概要

Control óptico de una proteína neuronal utilizando un ácido Unnatural Amino genéticamente codificados en las neuronas

Published: March 28, 2016
doi:

概要

Here, a procedure to selectively activate a neuronal protein with a short pulse of light by genetically encoding a photo-reactive unnatural amino acid into a target neuronal protein expressed in neurons in culture or in vivo is presented.

Abstract

Photostimulation is a noninvasive way to control biological events with excellent spatial and temporal resolution. New methods are desired to photo-regulate endogenous proteins expressed in their native environment. Here, we present an approach to optically control the function of a neuronal protein directly in neurons using a genetically encoded unnatural amino acid (Uaa). By using an orthogonal tRNA/aminoacyl-tRNA synthetase pair to suppress the amber codon, a photo-reactive Uaa 4,5-dimethoxy-2-nitrobenzyl-cysteine (Cmn) is site-specifically incorporated in the pore of a neuronal protein Kir2.1, an inwardly rectifying potassium channel. The bulky Cmn physically blocks the channel pore, rendering Kir2.1 non-conducting. Light illumination instantaneously converts Cmn into a smaller natural amino acid Cys, activating Kir2.1 channel function. We express these photo-inducible inwardly rectifying potassium (PIRK) channels in rat hippocampal primary neurons, and demonstrate that light-activation of PIRK ceases the neuronal firing due to the outflux of K+ current through the activated Kir2.1 channels. Using in utero electroporation, we also express PIRK in the embryonic mouse neocortex in vivo, showing the light-activation of PIRK in neocortical neurons. Genetically encoding Uaa imposes no restrictions on target protein type or cellular location, and a family of photoreactive Uaas is available for modulating different natural amino acid residues. This technique thus has the potential to be generally applied to many neuronal proteins to achieve optical regulation of different processes in brains. The current protocol presents an accessible procedure for intricate Uaa incorporation in neurons in vitro and in vivo to achieve photo control of neuronal protein activity on the molecular level.

Introduction

En comparación con la estimulación eléctrica convencional, fotoestimulación ofrece una mayor resolución temporal y espacial con una interferencia mínima para el sistema fisiológico de las muestras. Desde la demostración del uso de rayos láser para estimular las neuronas en 1971 1, de muchas maneras creativas se han inventado para controlar la actividad neuronal de forma exógena con la luz. Liberación óptico de agonistas photocaged ha sido utilizado para estudiar la respuesta fisiológica de la red neuronal a ligandos 2,3,4. Esta técnica ha limitado especificidad debido a la difusión de los agonistas enjaulados. Especificidad genética se consigue mediante ectópica expresan canales opsina sensibles a la luz y bombas 5,6,7, y se ha aplicado con éxito para modular las redes neuronales seleccionadas en diversos organismos modelo. Sin embargo, sería difícil de aplicar este método para controlar ópticamente varias otras proteínas neuronales, ya que el injerto photoresponsiveness de las proteínas opsina a otras proteínas would requerir la ingeniería intenso que puede alterar las características naturales de la proteína en estudio. Químicamente la inmovilización de un ligando exógeno fotosensible a una proteína ha demostrado otra manera de controlar la funcionalidad de proteínas de los canales 8.9.10. El ligando se presenta o se retira del sitio de unión de la proteína a través de la fotoisomerización de la fracción de azobenceno. Tethering química limita la aplicación principalmente en el lado extracelular de proteínas de membrana, con exclusión de la parte intracelular y proteínas intracelulares.

Photoresponsive Uaas, después de haber sido incorporado en proteínas, proporcionan una estrategia general para manipular las proteínas con la luz. En los primeros esfuerzos, ARNt acilado químicamente con Uaas photocaged con microinyecciones en oocitos de Xenopus para incorporar los Uaas en los receptores de membrana y los canales de iones 11, que han contribuido a la comprensión de sus relaciones estructura-función 12,13,14.Este enfoque de microinyección se limita principalmente a grandes ovocitos. Incorporación genética de una Uaa no pasa por el desafío técnico tRNA acilación y microinyección mediante el uso de un par de ARNt / sintetasa ortogonal, que incorpora la SAU a través de la traducción de proteínas endógenas en células vivas 15,16,17,18. Uaa incorporación en proteínas neuronales se ha demostrado en las neuronas primarias y células madre neurales 19,20. Más recientemente, photoresponsive Uaa se ha incorporado genéticamente en una proteína neuronal en el cerebro de mamíferos in vivo, por primera vez 21. Estos avances hacen que sea posible estudiar proteínas neuronales con Uaas en su ambiente celular nativo.

Interiormente rectificación del canal de potasio Kir2.1 es un rectificador fuerte que pasa K + corrientes más fácilmente en que fuera de la célula, y es esencial en la regulación de procesos fisiológicos incluyendo la excitabilidad celular, el tono vascular, la frecuencia cardíaca, resal flujo final y la liberación de insulina 22. La sobreexpresión de Kir2.1 hiperpolariza el potencial de membrana de la neurona objetivo, que se hace menos excitable 23,24. Para controlar ópticamente Kir2.1 en sus células nativas, Kang et al. Incorpora genéticamente un Uaa foto-sensible en Kir2.1 expresa en células de mamíferos, las neuronas y los cerebros de embriones de ratón 21. Un breve pulso de luz era capaz de convertir la SAU en un aminoácido natural Cys, activando de este modo la proteína Kir2.1 objetivo. Cuando esto dentro rectificación de potasio (PIRK) proteína del canal de foto-inducible se expresa en neuronas de rata primarias del hipocampo, que suprime la activación neuronal en respuesta a la activación de la luz. Además, el canal PIRK se expresó en la corteza cerebral de embriones de ratón, y se midió la corriente PIRK activado por la luz en las neuronas corticales. La aplicación con éxito de la tecnología SAU en vivo en el cerebro de los mamíferos se abre la puerta para controlar ópticamente proteínas neuronalesen su ambiente nativo, lo que permitirá la disección óptica de procesos y mecanismos neuronales a nivel molecular.

En este protocolo se describen procedimientos para la incorporación de genética Uaas en neuronas primarias en la cultura y en el cerebro de embriones de ratón in vivo. El photoresponsive Uaa Cmn y Kir2.1 se utilizan para ilustrar el proceso. Métodos para evaluar el éxito incorporación UAA y control óptico de la actividad de la proteína neuronal se proporcionan. Este protocolo proporciona una guía clara para que codifica genéticamente Uaas en las neuronas y en vivo, y a la regulación de la función de proteínas ópticamente neuronal a través de un Uaa fotosensible. Esperamos que este protocolo para facilitar la adopción de la tecnología in vivo Uaa de la neurociencia y estudios biológicos optogenética.

Protocol

Todos los procedimientos descritos en el presente estudio se realizaron utilizando Institucional Cuidado de Animales y el empleo Comisión (IACUC) aprobaron protocolos para el manejo de animales en el Instituto Salk para Estudios Biológicos en La Jolla, CA. 1. Incorporación Uaa en Kir2.1 y Expresión de la resultante en el PIRK cultivos neuronales primarios La construcción de ADN Seleccionar un sitio diana de Kir2.1 para Uaa incorporación. Explotar el conocimiento pre…

Representative Results

Para genéticamente incorporar un Uaa en una proteína en las neuronas, el primer paso importante es diseñar gen apropiado construye para entregar y expresar genes de manera eficiente en las neuronas. Hay tres componentes genéticos para Uaa incorporación: (1) el gen diana con el codón de parada TAG ámbar introducido en el sitio elegido para Uaa incorporación (2) un ARNt ortogonal a reconocer la mutado codón de parada TAG, y (3) una aminoacil ortogonal -tRNA sintetasa para cargar l…

Discussion

Para lograr foto-modulación efectiva, el paso inicial importante es decidir dónde incorporar el photoresponsive SAU en la proteína diana. La información estructural y funcional de la proteína diana es muy útil para guiar la selección de los sitios candidatos. Al mismo tiempo, el propósito de la regulación de la luz sería determinar qué sitio es el más adecuado. Después de elegir los sitios candidatos, se recomienda probar los sitios en líneas celulares de mamíferos tales como el riñón embrionario humano…

開示

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

We thank Dr. S. Szobota for helpful discussion on neuron culture and Ca-P transfection. L.W. acknowledges support from The Salk Innovation Grant, the California Institute for Regenerative Medicine (RN1-00577-1), and the National Institutes of Health (1DP2OD004744).

Materials

Cover Glasses, Circles, 12 mm, Thickness 0.13-0.17 mm Carolina Biologicals 633029
Corning BioCoat Poly-D-Lysine Corning Discovery Labware 354210
D-(+)-Glucose solution Sigma-Aldrich G8769
Iris Spatula-curved Fine Science Tool 10092-12
Dissecting Knife – Fine Angled Tip Fine Science Tool 10056-12
GlutaMAX-I Supplement Life Technologies 35050-061
MITO+ Serum Extender BD Biosciences 355006
Falcon 40 µm Cell Strainer Corning Life Sciences 352340
BES (N,N-Bis(2-hydroxyethyl)-2-aminoethanesulfonic acid, N,N-Bis(2-hydroxyethyl)taurine) Sigma-Aldrich B6420
LED LIGHT SOURCE – Black LED 385 Prizmatix Ltd.
Agarose, Low Melting Point, Analytical Grade Promega V2111

参考文献

  1. Fork, R. L. Laser Stimulation of Nerve Cells in Aplysia. Science. 171 (3974), 907-908 (1971).
  2. Callaway, E. M., Katz, L. C. Photostimulation using caged glutamate reveals functional circuitry in living brain slices. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 90 (16), 7661-7665 (1993).
  3. Cambridge, S. B., et al. Doxycycline-dependent photoactivated gene expression in eukaryotic systems. Nat. Methods. 6 (7), 527-531 (2009).
  4. Yoshimura, Y., Dantzker, J. L., Callaway, E. M. Excitatory cortical neurons form fine-scale functional networks. Nature. 433 (7028), 868-873 (2005).
  5. Bernstein, J. G., Boyden, E. S. Optogenetic tools for analyzing the neural circuits of behavior. Trends Cogn. Sci. 15 (12), 592-600 (2011).
  6. Fenno, L., Yizhar, O., Deisseroth, K. The development and application of optogenetics. Annu. Rev. Neurosci. 34 (1), 389-412 (2011).
  7. Yizhar, O., Fenno, L. E., Davidson, T. J., Mogri, M., Deisseroth, K. Optogenetics in neural systems. Neuron. 71 (1), 9-34 (2011).
  8. Banghart, M., Borges, K., Isacoff, E., Trauner, D., Kramer, R. H. Light-activated ion channels for remote control of neuronal firing. Nat. Neurosci. 7 (12), 1381-1386 (2004).
  9. Volgraf, M., et al. Allosteric control of an ionotropic glutamate receptor with an optical switch. Nat. Chem. Biol. 2 (1), 47-52 (2006).
  10. Szobota, S., Isacoff, E. Y. Optical control of neuronal activity. Annu. Rev. Biophys. 39 (1), 329-348 (2010).
  11. England, P. M., Lester, H. A., Davidson, N., Dougherty, D. A. Site-specific, photochemical proteolysis applied to ion channels in vivo. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (20), 11025-11030 (1997).
  12. England, P. M., Lester, H. A., Dougherty, D. A. Mapping disulfide connectivity using backbone ester hydrolysis. 生化学. 38 (43), 14409-14415 (1999).
  13. Philipson, K. D., Gallivan, J. P., Brandt, G. S., Dougherty, D. A., Lester, H. A. Incorporation of caged cysteine and caged tyrosine into a transmembrane segment of the nicotinic ACh receptor. Am. J. Physiol. Cell. Physiol. 281 (1), C195-C206 (2001).
  14. Tong, Y., et al. Tyrosine decaging leads to substantial membrane trafficking during modulation of an inward rectifier potassium channel. J. Gen. Physiol. 117 (2), 103-118 (2001).
  15. Liu, C. C., Schultz, P. G. Adding new chemistries to the genetic code. Annu. Rev. Biochem. 79 (1), 413-444 (2010).
  16. Wang, L., Brock, A., Herberich, B., Schultz, P. G. Expanding the genetic code of Escherichia coli. Science. 292 (5516), 498-500 (2001).
  17. Wang, L., Xie, J., Schultz, P. G. Expanding the genetic code. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 35 (1), 225-249 (2006).
  18. Wang, Q., Parrish, A. R., Wang, L. Expanding the genetic code for biological studies. Chem. Biol. 16 (3), 323-336 (2009).
  19. Shen, B., et al. Genetically encoding unnatural amino acids in neural stem cells and optically reporting voltage-sensitive domain changes in differentiated neurons. Stem Cells. 29 (8), 1231-1240 (2011).
  20. Wang, W., et al. Genetically encoding unnatural amino acids for cellular and neuronal studies. Nat. Neurosci. 10 (8), 1063-1072 (2007).
  21. Kang, J. Y., et al. In vivo expression of a light-activatable potassium channel using unnatural amino acids. Neuron. 80 (2), 358-370 (2013).
  22. Bichet, D., Haass, F. A., Jan, L. Y. Merging functional studies with structures of inward-rectifier K(+) channels. Nat. Rev. Neurosci. 4 (12), 957-967 (2003).
  23. Burrone, J., O’Byrne, M., Murthy, V. N. Multiple forms of synaptic plasticity triggered by selective suppression of activity in individual neurons. Nature. 420 (6914), 414-418 (2002).
  24. Johns, D. C., Marx, R., Mains, R. E., O’Rourke, B., Marban, E. Inducible genetic suppression of neuronal excitability. J. Neurosci. 19 (5), 1691-1697 (1999).
  25. Sambrook, J., Russell, D. W. . Molecular Cloning: A laboratory manual. , (2001).
  26. Beaudoin, G. M., et al. Culturing pyramidal neurons from the early postnatal mouse hippocampus and cortex. Nat. Protoc. 7 (9), 1741-1754 (2012).
  27. Molleman, A. . Patch Clamping: An Introductory Guide To Patch Clamp Electrophysiology. , (2003).
  28. Walantus, W., Castaneda, D., Elias, L., Kriegstein, A. In utero intraventricular injection and electroporation of E15 mouse embryos. J. Vis. Exp. (6), e239 (2007).
  29. Lemke, E. A., Summerer, D., Geierstanger, B. H., Brittain, S. M., Schultz, P. G. Control of protein phosphorylation with a genetically encoded photocaged amino acid. Nat. Chem. Biol. 3 (12), 769-772 (2007).
  30. Coin, I., et al. Genetically encoded chemical probes in cells reveal the binding path of urocortin-I to CRF class B GPCR. Cell. 155 (6), 1258-1269 (2013).
  31. Takimoto, J. K., Xiang, Z., Kang, J. Y., Wang, L. Esterification of an unnatural amino acid structurally deviating from canonical amino acids promotes its uptake and incorporation into proteins in mammalian cells. Chembiochem. 11 (16), 2268-2272 (2010).
  32. Parrish, A. R., et al. Expanding the Genetic Code of Caenorhabditis elegans Using Bacterial Aminoacyl-tRNA Synthetase/tRNA Pairs. ACS Chem. Biol. 7 (7), 1292-1302 (2012).
  33. Lu, H., Klaassen, C. Tissue distribution and thyroid hormone regulation of Pept1 and Pept2 mRNA in rodents. Peptides. 27 (4), 850-857 (2006).
  34. Tabata, H., Nakajima, K. Efficient in utero gene transfer system to the developing mouse brain using electroporation: visualization of neuronal migration in the developing cortex. 神経科学. 103 (4), 865-872 (2001).
  35. Plaster, N. M., et al. Mutations in Kir2.1 cause the developmental and episodic electrical phenotypes of Andersen’s syndrome. Cell. 105 (4), 511-519 (2001).
  36. Priori, S. G., et al. A novel form of short QT syndrome (SQT3) is caused by a mutation in the KCNJ2 gene. Circ. Res. 96 (7), 800-807 (2005).
  37. Beene, D. L., Dougherty, D. A., Lester, H. A. Unnatural amino acid mutagenesis in mapping ion channel function. Curr Opin Neurobiol. 13 (3), 264-270 (2003).
  38. Hoppmann, C., et al. Genetically encoding photoswitchable click amino acids in Escherichia coli and mammalian cells. Angew Chem Int Ed Engl. 53 (15), 3932-3936 (2014).
  39. Hoppmann, C., et al. In Situ Formation of an Azo Bridge on Proteins Controllable by Visible Light. J Am Chem Soc. 137 (35), 11218-11221 (2015).

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記事を引用
Kang, J., Kawaguchi, D., Wang, L. Optical Control of a Neuronal Protein Using a Genetically Encoded Unnatural Amino Acid in Neurons. J. Vis. Exp. (109), e53818, doi:10.3791/53818 (2016).

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