Quando ambas as vertentes do DNA são danificadas, não há nenhum modelo intacto deixado para o reparo exato. Mas se não reparado, este cenário pode conduzir à morte da célula. Há dois mecanismos para reparar quebras de fita dupla.O primeiro tipo, união não-homóloga do fim, permite a junção de extremidades mesmo se não houver nenhuma sequência semelhante entre elas e ocorre antes da duplicação de DNA quando o DNA precisa de reparo rápido. Nas células de mamíferos, esta é realizada pela proteína heterodinumérica de ligação do ADN Ku, que forma um complexo com as subunidades catalíticas da quinase proteica dependente do ADN. Este complexo prende as extremidades quebradas do cromossoma no lugar, enquanto uma DNA polimerase insere nucleotídeos quando para colmatar a lacuna entre estas extremidades.Em seguida, DNA ligase IV forma um complexo com o seu cofator, XRCC, e outra proteína chamada XLF e rejunta e sela estes fins. Correções rápidas como estas podem levar a mutações no local de reparo ou rearranjos genómicos incluindo deleções, translocações de material genético. e fusões, que podem resultar em cromossomas 00:01:19.240 00:01:23.920 com dois centrómeros, ou com falta de centrómeros.Mutações são generalizadas, e as células somáticas humanas podem tolerar tantas quanto 2, 000 destas. Rearranjos genómicos, por outro lado, são raros, mas podem ser encontrados em células cancerosas. A maioria das quebras de DNA de cadeia dupla levam a única falha.E o segundo tipo de reparo, recombinação homóloga, corrige essas quebras. Esta forma de recombinação é muito mais precisa do que a união não-homóloga do fim e requer DNA de uma cromatina irmã como um modelo. Assim isso ocorre tipicamente após a duplicação do gene durante a divisão da célula.