Gli alberi filogenetici sono disponibili in molte forme. È importante in quale sequenza gli organismi sono disposti dal basso verso la parte superiore dell’albero, ma i rami possono ruotare ai loro nodi senza alterare le informazioni. Le linee che collegano i singoli nodi possono essere dritte, angolate o persino curve.
La lunghezza dei rami può rappresentare il tempo o la quantità relativa di cambiamento tra gli organismi. Ad esempio, la lunghezza del ramo potrebbe indicare il numero di cambiamenti di amminoacidi nella sequenza che sta alla base dell’albero filogenetico. Il significato esatto deve essere mostrato chiaramente su una leggenda che accompagna l’albero filogenetico. Se tale legenda non è presente, la lunghezza del ramo è arbitraria e il lettore non deve dedurre alcuna informazione.
Gli alberi possono avere o meno una radice. L’albero è sradicato se l’antenato comune più recente di tutti gli organismi di interesse è sconosciuto. In questo caso, la rappresentazione delle relazioni filogenetiche assomiglia a un fiocco di neve, non a un albero. Lo scienziato può sradicare l’albero includendo un outgroup (al di fuori del gruppo) nell’analisi. Un outgroup è un organismo che non è strettamente legato a nessuno degli organismi che lo scienziato desidera organizzare sull’albero.
