系統樹には様々な形があります。生物は木の下から上に向かってどのような順序で配置されているかが重要ですが、枝は情報を変えずに節で回転できます。個々の節を結ぶ線は、直線でも、角度がついていても、曲がっていても構いません。
枝の長さは、時間や生物間の変化の相対的な量を表すことができます。例えば、枝の長さは、系統樹の基礎となる配列におけるアミノ酸の変化の数を示しているかもしれないです。正確な意味は、系統樹に添えられた凡例に明確に示されていなければなりません。そのような凡例がない場合、枝の長さは恣意的なものであり、読者はいかなる情報も推測してはなりません。
系統樹は根を持っていてもいなくても構いません。対象となるすべての生物の最新の共通祖先が不明な場合、木は根を持ちません。この場合、系統関係の描写は、木ではなく雪の結晶に似ています。科学者は、外群を分析に含めることで、木を根付かせることができます。外群とは、科学者が木の上に並べたいと思っている生物のどれとも近縁ではない生物のことです。
