Fylogenetische bomen zijn er in vele vormen. De volgorde waarin de organismen van onder naar boven in de boom zijn gerangschikt is belangrijk, maar de takken kunnen op hun knooppunten gedraaid worden zonder de informatie te veranderen. De lijnen die individuele knooppunten met elkaar verbinden, kunnen recht, hoekig of zelfs gebogen zijn.
De lengte van de takken kan de tijd of de relatieve hoeveelheid verandering tussen organismen weergeven. De lengte van de takken kan bijvoorbeeld het aantal aminozuurveranderingen aangeven in de sequentie die ten grondslag ligt aan de fylogenetische boom. De exacte betekenis moet duidelijk worden weergegeven in de legende van de fylogenetische boom. Als zo'n legenda niet aanwezig is, is de lengte van de tak willekeurig en mag de lezer hier geen informatie uit afleiden.
Bomen kunnen al dan niet een wortel hebben. De boom heeft geen wortel als de meest recente gemeenschappelijke voorouder van alle organismen van belang onbekend is. In dit geval lijkt de afbeelding van de fylogenetische relaties op een sneeuwvlok, niet op een boom. De wetenschapper kan de boom wortels geven een outgroup in de analyse op te nemen. Een outgroup is een organisme dat niet nauw verwant is aan een van de organismen die de wetenschapper in de boom wil rangschikken.
