RNA干渉,またはRNAiの場合,低分子RNAはメッセンジャーRNAであるmRNAと結合し,タンパク質の転写を妨げます。まず,標的遺伝子に相補的な配列を用いて 二本鎖RNAが合成されます。長さがヌクレオチド約22個分の低分子干渉RNAである siRNAの可能性があります。もしくは低分子ヘアピン型RNA,shRNAなどのsiRNA前駆体です。shRNAが使用される場合,ダイサーなどの細胞内の酵素はそれを siRNAに切断し,RNA誘導性サイレンシング複合体,RISCと呼ばれる タンパク質に結合し,鎖が分離します。ガイド鎖は,RISCに結合したままのもので,mRNAの相補配列に結合します。RISCの一部であるアルゴノート酵素は,mRNAを切断して分解し,それによって標的遺伝子を抑制します。