O alongamento da transcrição é um processo dinâmico que se altera dependendo da heterogeneidade da sequência do DNA que está a ser transcrito. Por conseguinte, não é de surpreender que a composição do complexo de alongamento também varie ao longo do caminho enquanto um gene é transcrito.
O alongamento da transcrição é regulado por meio de pausas da RNA polimerase em várias ocasiões durante a transcrição. Em bactérias, estas pausas são necessárias porque a transcrição do DNA para mRNA é acoplada à tradução desse mRNA em uma proteína. No entanto, em eucariotas, a transcrição é acoplada ao processamento de mRNA. Assim, a pausa da RNA polimerase em torno de junções exão-intrão é necessária para aumentar a eficiência do splicing de mRNA.
Estas pausas na atividade da RNA Polimerase podem ser reversíveis ou irreversíveis. Em caso de pausa reversível, proteínas como a TFIIF, elongins, ELL, asseguram que a RNA Polimerase retoma o alongamento após uma breve pausa. No entanto, se a pausa na atividade da RNA Polimerase for irreversível, ela torna-se uma paragem transcricional. Se a transcrição parar, então a enzima não pode retomar o alongamento sozinha. Nesta situação, factores de alongamento, tais como TFIIS e pTEFb, permitem que a RNA Polimerase II leia através do molde de DNA em locais de paragem transcricional.
Além disso, factores de remodelação de cromatina dependentes de ATP e chaperonas histonas também estão envolvidos na regulação do alongamento da transcrição. Juntos, eles podem alterar as posições dos nucleossomas ao longo do DNA, tornando-o acessível ou inacessível à maquinaria de transcrição.
Assim, a RNA polimerase precisa da ajuda de vários factores para percorrer a cromatina e sequências específicas que interferem com a transcrição.
