哺乳類では、組織特異的な転写因子が多様な細胞機能に貢献しています。例えば、ヘモグロビンの主成分であるβグロビンの遺伝子は、全身の細胞に存在しています。例えば、ヘモグロビンの主成分であるβグロビンの遺伝子は、全身の細胞に存在しますが、βグロビン遺伝子のプロモーター配列に結合できる転写因子が赤血球にしか発現していないため、赤血球でのみ発現しています。また、組織特異的な転写因子は、その変異が生体全体に影響を与えることなく、特定の組織や体の一部の機能のみを損なう可能性があります。
さらに複雑なのは、真核生物の転写因子がコンビナトリアル・コントロール（組み合わせによる調節）を発揮していることです。いくつかの転写因子の活性化因子と抑制因子が組み合わされることで、遺伝子を追加することなく、1つの遺伝子が異なる制御を受け、さまざまな環境変化に適応することが可能になります。
