Histon varyantları, yapısal ve sekans varyasyonlarına sahip histon proteinleridir. Bu varyantlar, nükleozomlardaki kanonik histon muadillerinin yerini alan "mutant" formlar olarak kabul edilebilir. Histon varyantları üzerindeki spesifik translasyon sonrası modifikasyonlar, daha fazla kromatin karmaşıklığı sağlar ve dokuya özgü gen ekspresyonunu düzenler. En yaygın histon varyantları histon H2A, H2B ve bağlayıcı histon H1 aileleridir. Bununla birlikte, histon H3 varyantlarının çeşitli varyantları da giderek daha fazla çalışılmaktadır.
Histon H3 varyantı: CENP-A
Centrosomal kromatin, kanonik histon H3 ile %60 benzerlik gösteren CENP-A adı verilen özel bir histon proteini içerir. Kinetokor montajı ve daha sonra mikrotübüllerin bağlanması için gereklidir. Ayrıca CENP-A'nın sentromere kimliğini korumak için epigenetik bir işaret olarak hareket ettiği varsayılmaktadır. CENP-A, cenp-a hedefleme alanı (CATD) aracılığıyla sentromere tarafından tanınır ve hedeflenir.
İn vitro çalışmalar, sentromerik nükleozomların, iki kopya H2A, H2B ve H4 histonları ile birlikte iki kopya CENP-A ile oktomerler oluşturduğunu göstermiştir. Bununla birlikte, farklı ökaryotlarda yapılan yeni çalışmalar, CENP-a içeren nükleozomların yapısı için birkaç rakip modele yol açmıştır. Hemizom modeline göre, nükleozom her histonun sadece bir kopyasını içerir ve bir tetramer oluşturur. Ek olarak, son çalışmalar CENP-a nükleozomlarının hücre döngüsü tarafından düzenlendiğini göstermiştir. S fazında oktamerler ve hücre döngüsünün diğer fazlarında hemizomlar olarak bulunurlar.
CENP – A fonksiyonlarının deregülasyonu, kromozom instabilitesi ve kanser ile bağlantılıdır. Birkaç kanıt, kolon kanseri, adenokarsinom, testis germ hücreli tümörleri, meme kanseri ve hepatoselüler karsinomda CENP-A'nın aşırı ekspresyonunu göstermektedir.