蛋白质是氨基酸链 含有胺和羧基的化合物 以及表示为R的不同侧基 连接到核心碳 氨基酸通过共价肽键连接 且沿核心的重复原子序列 称为多肽骨架 序列从N末端开始 带有游离的氨基NH3+ 在C末端结束 一个游离的羧基COO- 每种蛋白质是唯一的 取决于氨基酸 及其侧链的个数 例如 甲状腺释放激素有234个氨基酸 而弹性肌联蛋白 有超过34000个氨基酸 此外还有二十多种侧链 可以分为四组 负极性氨基酸 如天冬氨酸和谷氨酸 其侧链含有一个羧基 正因如此 它们在中性pH下呈酸性 正极性氨基酸呈碱性 并在其侧链上有一个氨基 几种极性氨基酸不带电 它们往往具有亲水性 并成为折叠蛋白质的外部结构 它们自由与水性环境 相互作用 最后 大量氨基酸 含有非极性侧链 它们可以简单 如甘氨酸 也可能复杂 如脯氨酸和色氨酸 非极性侧链 通常使氨基酸具有疏水性 形成许多蛋白质的核心