虽然蛋白质、碳水化合物和脂类的消化可能从胃开始，但在肠内完成。从食物和饮料中吸收营养、水和电解质也发生在肠道中。肠道可分为两个结构不同的器官，即小肠和大肠。
小肠是一根长约22米的管子，内径只有2.5厘米。由于大部分营养物质在这里被吸收，小肠的内层高度卷曲，并被称为绒毛的手指状延伸物所覆盖，每一个绒毛都含有数百微绒毛。小肠的皱褶、绒毛和微绒毛将吸收表面积放大60到120倍。增加的表面积为养分的吸收提供了充足的机会。
小肠通过幽门括约肌与胃相连，当食糜进入小肠的起点十二指肠时，括约肌就会关闭。小肠的中部和最大部分是空肠。回肠在小肠末端，通过回盲瓣与大肠相连。
大肠从盲肠开始。阑尾，一个小的淋巴结构，从盲肠底部垂下。盲肠上方，开始升结肠，接着是横结肠。它们从食糜中吸收大部分剩余的水和电解质，把食糜变成粪便。降结肠、乙状结肠和直肠储存粪便，直到通过肛门排出。
大肠全长约1.5米，内径4.8厘米。不含皱褶和绒毛，但吸收上皮细胞有微绒毛。大肠是细菌生态系统的所在地，它负责消化的最后阶段，分解纤维素和纤维，而纤维素和纤维是胃和小肠无法处理的化合物。
大肠中含有700多种细菌细菌。多样性被认为与肥胖和2型糖尿病的发生有关。肥胖者的细菌株数少于非肥胖者。细菌多样性低也与胰岛素抵抗有关。肠道细菌生态系统是在婴儿出生后不久建立的，母乳喂养的婴儿从母乳中的细菌中发育出肠道生物群。出生后，生物群落由个体的遗传、饮食、年龄、性别及其免疫系统构成。外部因素如饮食、健康状况、药物和地理位置也显著影响肠道生物群落的复杂性。
