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Hochdurchsatz-Transkriptomanalyse zur Untersuchung von Wirt-Pathogen-Interaktionen
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JoVE Journal Immunologia e infezioni
High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions
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Hochdurchsatz-Transkriptomanalyse zur Untersuchung von Wirt-Pathogen-Interaktionen

DOI:
10.3791/62324-v

•

14:58 min

•

March 05, 2022

•

, , , , ,
1Laboratory of Pathology of Infectious Diseases, Department of Pathology, Medical School,University of São Paulo, 2Scientific Platform Pasteur USP, 3Department of Clinical and Toxicological Analyses, School of Pharmaceutical Sciences,University of São Paulo, 4Hospital Israelita Albert Einstein

Capitoli

  • 00:07Introduction
  • 01:15Docker Desktop Installation
  • 04:25Quality Control
  • 05:10Mapping and Annotation Steps
  • 05:51Differentially Expressed Genes Process
  • 06:10Transfer Data to the Personal Computer
  • 12:02Representative Results
  • 14:22Conclusions

Summary

Traduzione automatica

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Das hier vorgestellte Protokoll beschreibt eine komplette Pipeline zur Analyse von RNA-Sequenzierungs-Transkriptomdaten von Rohlesungen bis hin zur Funktionsanalyse, einschließlich Qualitätskontroll- und Vorverarbeitungsschritten bis hin zu fortschrittlichen statistischen Analyseansätzen.

Tags

– High-throughput Transcriptome Analysis- Host-pathogen Interactions- Quality Control- Sequencing And Annotations- Statistical And Co-expression Analysis- Molecular Degree Of Perturbation Analysis- Functional Analysis- Docker Container- Chikungunya Virus- RNA Sequencing- Reference Genome- Gene Annotation

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