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Etikettenfreier Immunpräzipitations-Massenspektrometrie-Workflow für großangelegtes Nuklear-Interactome-Profiling
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Label-Free Immunoprecipitation Mass Spectrometry Workflow for Large-scale Nuclear Interactome Profiling
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Etikettenfreier Immunpräzipitations-Massenspektrometrie-Workflow für großangelegtes Nuklear-Interactome-Profiling

DOI:
10.3791/60432-v

•

11:19 min

•

November 17, 2019

•

, ,
1Department of Molecular, Cellular and Developmental Biology,University of Colorado, 2Linda Crnic Institute for Down Syndrome,University of Colorado School of Medicine

Capitoli

  • 00:04Titolo
  • 01:07Preparation of Nuclear Extract
  • 03:45Immunoprecipitation of Endogenous Nuclear Bait Protein
  • 07:01Sample Preparation and LC/MS System Suitability
  • 09:09Results: A Single-bait Single-antibody IP-MS Experiment
  • 10:25Conclusion

Summary

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Described ist ein Proteomik-Workflow zur Identifizierung von Proteininteraktionspartnern aus einer nuklearen subzellulären Fraktion mithilfe der Immunaffinitätsanreicherung eines bestimmten Proteins von Interesse und der etikettenfreien Massenspektrometrie. Der Workflow umfasst subzelluläre Fraktionierung, Immunpräzipitation, filtergestützte Probenvorbereitung, Offline-Bereinigung, Massenspektrometrie und eine nachgelagerte Bioinformatik-Pipeline.

Tags

Label-freeImmunoprecipitationMass SpectrometryNuclear InteractomeProtein-protein InteractionsSubcellular FractionationAffinity PurificationProteomics WorkflowCell LysisNuclear LysateDounce Homogenization

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