Células-tronco cancerosas (CSCs) foram identificados em uma série de tumores malignos. Neste protocolo, descrevemos um método de citometria de fluxo utilizando atividade aldeído desidrogenase e CD44 e CD24 expressão para isolar CSCs de xenoenxertos adenocarcinoma pancreático humano. Estas células viáveis podem então ser utilizados em estudos funcionais e analíticos.