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Analyse du génome entier en utilisant ChIP d'identifier les gènes cibles spécifiques Isoform
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Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets
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Analyse du génome entier en utilisant ChIP d'identifier les gènes cibles spécifiques Isoform

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11:19 min

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July 07, 2010

DOI:

10.3791/2101-v

DOI:
10.3791/2101-v

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11:19 min
July 07, 2010

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1Department of Biochemistry and Molecular Genetics,University of Illinois Chicago – UIC, 2Research Unit on Biomedical Informatics,Universitat Pompeu Fabra, 3Genome Technology Core,Whitehead Institute for Biomedical Research

Summary

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Ici, nous présentons une immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) procédure pour analyse de la localisation du génome entier d'isoformes de protéines qui diffèrent dans un domaine histone-contraignant. Nous sommes en l'appliquant à ChIP-Seq analyse pour identifier les cibles de la déméthylase KDM5A/JARID1A/RBP2 histones.

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Genome-wide AnalysisChIPIsoform-specific Gene TargetsTranscriptional FactorsEpigenetic FactorsProtein DomainsPlant Homeodomain (PHD)Histone ModificationsRBP2Oncogenic FusionHuman LeukemiaTrimethylated Lysine 4Histone H3 (H3K4me3)RBP2 IsoformDifferentiationU937 CellsGenomic RegionsHistone Demethylase ActivityTranscriptional Activity

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Beshiri, M. L., Islam, A., DeWaal, D. C., Richter, W. F., Love, J., Lopez-Bigas, N., Benevolenskaya, E. V. Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets. J. Vis. Exp. (41), e2101, doi:10.3791/2101 (2010).

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