El virus adenoasociado recombinante (rAAV) se usa ampliamente para la administración clínica y preclínica de genes. Un uso poco apreciado de los rAAV es la transducción robusta de células cultivadas sin necesidad de purificación. Para los investigadores nuevos en rAAV, proporcionamos un protocolo para la clonación de casetes transgénicos, la producción de vectores crudos y la transducción de cultivos celulares.
Los vectores virales adenoasociados recombinantes (rAAV) pueden lograr una expresión transgénica potente y duradera sin integrarse en una amplia gama de tipos de tejidos, lo que los convierte en una opción popular para la administración de genes en modelos animales y en entornos clínicos. Además de las aplicaciones terapéuticas, los rAAV son una herramienta de laboratorio útil para administrar transgenes adaptados a las necesidades experimentales y los objetivos científicos del investigador en células cultivadas. Algunos ejemplos son los genes reporteros exógenos, los casetes de sobreexpresión, la interferencia de ARN y las herramientas basadas en CRISPR, incluidas las de las pantallas de todo el genoma. Las transducciones rAAV son menos dañinas para las células que la electroporación o la transfección química y no requieren ningún equipo especial ni reactivos costosos para producirse. Los lisados crudos o los medios acondicionados que contienen rAAV se pueden agregar directamente a las células cultivadas sin purificación adicional para transducir muchos tipos de células, una característica subestimada de los rAAV. Aquí, proporcionamos protocolos para la clonación básica de casetes de transgenes y demostramos cómo producir y aplicar preparaciones crudas de rAAV a células cultivadas. Como prueba de principio, demostramos la transducción de tres tipos de células que aún no se han reportado en aplicaciones de rAAV: células placentarias, mioblastos y organoides del intestino delgado. Discutimos los usos apropiados de las preparaciones crudas de rAAV, las limitaciones de los rAAV para la administración de genes y las consideraciones para la elección de la cápside. Este protocolo describe un método simple, de bajo costo y efectivo para que los investigadores logren una entrega productiva de ADN en cultivos celulares utilizando rAAV sin la necesidad de laboriosos pasos de titulación y purificación.
La elucidación de las bases moleculares de las funciones celulares a menudo requiere la expresión de ADN transgénico en cultivos celulares. Para expresarse, los transgenes deben penetrar a través de la membrana selectiva de una célula y llegar al núcleo 1,2. Por lo tanto, la capacidad de eludir eficazmente las barreras físicas de la célula y manipular sus procesos centrales es una necesidad para aplicar la transgénesis para descubrir nuevos fenómenos biológicos. Un enfoque aprovecha la capacidad intrínseca de los virus para entregar y expresar ADN extraño 3,4.
El virus adenoasociado (AAV) es uno de los virus de mamíferos más pequeños: su genoma de ADN monocatenario de 4,7 kilobases (kb) contiene dos genes, rep (para replicasa) y cap (para cápside), empaquetados dentro de una cápside icosaédrica de 60 meros que mide 25 nm. Los genes rep/cap tienen múltiples promotores, marcos de lectura y productos de empalme que codifican al menos nueve proteínas únicas necesarias para la replicación, producción y empaquetamiento viral 5,6. Además, ambos extremos del genoma contienen estructuras secundarias llamadas repeticiones terminales invertidas (ITR) que son necesarias para la replicación del ADN, el empaquetamiento del genoma y el procesamiento posterior durante la transducción 7,8,9,10. Los RTI son los únicos elementos de ADN que se requieren para el empaquetamiento del genoma en la cápside y, por lo tanto, el AAV se puede clonar con fines de administración de transgenes reemplazando los genes rep/cap virales con la elección de un investigador de elementos reguladores y/o genes de interés6. El AAV recombinante (rAAV) resultante, con un genoma vectorial (VG) modificado, se utiliza ampliamente en la clínica para la terapia génica humana y ha acumulado éxitos11. Un uso subestimado del vector es en el laboratorio; Los rAAV pueden lograr de manera eficiente la expresión de transgenes en células cultivadas para satisfacer las necesidades experimentales de un investigador12.
El método más común para producir rAAV es mediante transfección de plásmidos triples en células HEK293 o 293T (Figura 1). El primer plásmido, comúnmente llamado plásmido cis, contiene el transgén deseado flanqueado por ITR (pAAV). Dependiendo de la aplicación, los plásmidos cis con elementos comunes, como promotores fuertes o herramientas basadas en CRISPR, están disponibles para su compra. El segundo es el plásmido pRep/Cap que contiene los genes rep y cap AAV de tipo salvaje proporcionados en trans, es decir, en un plásmido separado, que no contiene ITR que expresa elementos reguladores y estructurales que luego interactúan con el plásmido cis, y por lo tanto se denomina plásmido trans. Además de encerrar físicamente la VG, la cápside influye en el tropismo celular12,13. Al proporcionar el gen de la cápsula específico del serotipo en trans, los investigadores pueden maximizar fácilmente la eficiencia de la transducción eligiendo un serotipo de cápside optimizado para su célula diana dada. Por último, como Dependoparvovirus, el AAV requiere de un virus auxiliar para activar la expresión rep/cap de sus promotores virales, lograda por genes auxiliares adenovirales, proporcionados en un tercer plásmido como pAdΔF614,15. Después de 72 h de transfección de plásmido triple, el vector puede liberarse de las células productoras en el medio de cultivo mediante ciclos repetidos de congelación/descongelación. A continuación, se recoge todo el contenido de la placa y se eliminan los residuos celulares grandes mediante centrifugación; el sobrenadante de medios resultante es una preparación cruda de rAAV lista para transducciones posteriores.
Figura 1: Visión general de la producción cruda de vectores rAAV. La producción y transducción de crudo rAAV se puede lograr en 5 días. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
El rAAV puede ser más favorable para la administración de transgenes en comparación con otros métodos de transfección, que comúnmente se asocian con toxicidad celular, baja eficiencia y reactivos y equipos costosos, como la electroporación o la transfección a base de químicos/lípidos16,17. El rAAV evita estos obstáculos y, a menudo, proporciona una potente expresión de transgenes con una toxicidad mínima y un tiempo de manipulación mínimo. Es importante destacar que la producción de rAAV y su aplicación en cultivos celulares es sencilla y rara vez requiere la purificación del vector a partir de los medios de cultivo (Figura 1). Además, rAAV no integra su VG en el genoma del huésped, a diferencia de la administración de transgenes lentivirales, y por lo tanto reduce el riesgo de mutagénesis insercional18. A pesar de los beneficios potenciales del uso de rAAV para la administración de transgenes, se deben considerar las limitaciones. Es importante destacar que el tamaño del transgén, incluidos los RTI, no debe exceder los 4,9 kb debido a las limitaciones físicas de la cápside, lo que limita la capacidad de un investigador para administrar eficazmente grandes elementos reguladores y transgenes. Además, dado que el rAAV es un virus no integrador, la transducción da lugar a una expresión transitoria del transgén en las células en división y puede no ser práctica para una expresión estable. Sin embargo, los métodos que utilizan plantillas duales de Cas9 administradas por rAAV y de reparación dirigida por homología (HDR) pueden utilizarse para insertar secuencias de forma estable en loci genómicos específicos si un investigador lo desea19.
Clonación
El protocolo de clonación no se limita al plásmido pAAV.CMV.Luc.IRES.EGFP.SV40 utilizado anteriormente y puede modificarse fácilmente en función de las necesidades experimentales del investigador. Muchos plásmidos que contienen ITR están disponibles en línea para su compra. Por ejemplo, los plásmidos que contienen Cas9 y un sitio de clonación de sgRNA están disponibles, pero requieren pocos pasos adicionales, como el recocido de oligonucleótidos y el tratamiento con PNK30. Además, se pueden encontrar plásmidos que contienen un sitio de clonación múltiple (MCS) con solo ITRs y sin elementos reguladores internos31. Si se van a utilizar plásmidos diferentes, las enzimas de restricción (ER) utilizadas para la digestión suelen ser los únicos elementos que pueden necesitar ser cambiados en este protocolo. Sin embargo, una limitación de rAAV es su limitada capacidad de carga. Debido a las limitaciones físicas de la cápside, el genoma del vector no debe exceder los 4,9 kb, incluidos los RTI.
Al aislar plásmidos de bacterias, es fundamental utilizar un kit midiprep o maxiprep con bajo o libre de endotoxinas para mitigar el daño a las células durante la transfección o transducción de plásmidos triples. El plásmido de los kits de minipreparación a menudo contiene impurezas más altas, concentraciones reducidas y menos ADN superenrollado, todo lo cual puede afectar la producción posterior de rAAV y, por lo tanto, no se recomienda.
Es fundamental comprender la estructura y las propiedades de los RTI durante la clonación. En primer lugar, es extremadamente difícil utilizar la PCR a través del ITR. Deben evitarse los diseños de clonación que requieran amplificación por PCR a través de ITR y, además, limitar el uso de la técnica de clonación de ensamblaje de Gibson. Como tal, la clonación con enzimas de restricción es el método preferido para clonar en plásmidos que contienen ITR. Además, ciertos cebadores para la secuenciación de Sanger pueden no ser compatibles si la región secuenciada contiene el ITR. En su lugar, se recomienda utilizar cebadores que se alejen de los RTI y se introduzcan en el cuerpo del genoma del vector para obtener resultados de secuenciación más precisos. En segundo lugar, los ITR son propensos a deleciones, reordenamientos y mutaciones cuando se transforman en bacterias para la amplificación de plásmidos32,33. Para mitigar estos eventos, se recomienda utilizar cepas bacterianas competentes deficientes en recombinación, como Stbl3, e incubarlas a 30 °C para ralentizar las divisiones celulares. Por último, se ha observado que las colonias más pequeñas pueden corresponder a clones sin reordenamientos o deleciones, ya que las que no tienen RTI pueden conferir una ventaja de crecimiento y ser más grandes. Por lo tanto, se recomienda elegir colonias que sean pequeñas.
Producción de vectores
La producción exitosa del vector rAAV puede verse afectada por múltiples elementos. Un factor crítico es la salud de las células HEK293 o 293T utilizadas para la transfección. En general, lo ideal es un número de pasos bajo, ya que las células con muchos pasajes pueden presentar variaciones genotípicas y fenotípicas que pueden reducir los títulos de rAAV. Además, la densidad de las células sembradas debe tener una confluencia del 75% al 90% para una producción efectiva. Las células dispersas generan bajos rendimientos de vectores porque hay menos células disponibles para producir vectores, mientras que las células demasiado crecidas no se transfectarán de manera eficiente.
Las variaciones entre los lotes de reactivos, las existencias de células y la variabilidad general de un laboratorio a otro contribuyen a las diferencias en la eficiencia de la transfección y el título de producción. Un factor optimizable que puede conducir a mejoras en los títulos es la relación plásmido:PEI en las reacciones de transfección. Es fundamental utilizar PEI Max fresco (<1 mes de antigüedad). Se recomienda utilizar una relación plásmido:PEI de 1:1 como punto de partida, y si la transfección o la eficiencia de la transducción parecen deficientes, probar varias proporciones diferentes. La optimización de la titulación es más fácil si se utiliza un transgén con una lectura visual, como el transgén reportero CMV.Luc.IRES.EGFP utilizado en este documento como material de partida para la clonación. Para realizar la optimización, siga el paso 3 del protocolo utilizando una placa de 12 pocillos y reduciendo las masas de plásmidos y los volúmenes de reactivos en dos (la masa final del plásmido es de 2,6 μg). Ajuste el volumen de PEI en consecuencia para que corresponda a proporciones que van de 1:0,75 a 1:3, con incrementos crecientes de 0,25 (Figura 6). Diluir cada reacción con 950 μL de medio SF después de 15 min. Para mayor comodidad, se puede hacer una mezcla maestra que contenga los plásmidos triples y pipetear individualmente en tubos de 1,5 ml antes de agregar PEI. Recolecta el vector, transduce las células de interés y toma una imagen. El pocillo con la mayor eficiencia de transducción (proporción de células GFP+) corresponde al título más alto y a la relación más óptima de PEI:ADN.
Figura 6: Flujo de trabajo de optimización de PEI. Esquema de los pasos necesarios para la optimización del PEI. Se prueban múltiples proporciones de plásmido: PEI para determinar la proporción óptima. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Consideraciones sobre la cosecha y el título
La técnica de congelación/descongelación utilizada para recolectar el vector rAAV lisa eficazmente las células HEK293 de una manera compatible con el uso directo del lisado clarificado para transducir células cultivadas. Ciertos serotipos de rAAV, como AAV1, AAV8 y AAV9, se liberan de las células durante la producción del vector y pueden cosecharse del medio celular cultivado sin ciclos de congelación/descongelación34. El método descrito aquí suele producir títulos del orden de 1 x 10 10 VG/mL cuando se utilizan cápsidas de AAV2, y 1 x10 11 VG/mL para AAV8. Si bien se pueden lograr títulos más altos mediante detergente u otra lisis química, estos son dañinos para las células en uso posterior y requieren que los rAAV se purifiquen aún más a partir del lisado. Un título más bajo es una compensación que un investigador debe considerar al determinar si las preparaciones crudas son apropiadas para sus necesidades de investigación, sin embargo, los títulos marginalmente más bajos producidos por los métodos descritos aquí pueden transducir muy bien muchos tipos de células (ver resultados representativos). Además de la eficiencia de la transfección y la salud celular, los títulos de vectores varían dependiendo de la cápside utilizada durante la producción de rAAV y del tamaño y secuencia del transgén dentro del VG35.
Al cosechar preparaciones de vectores crudos, el ADN plasmídico que se utilizó durante la transfección de plásmidos triples puede estar presente y, aunque es raro, dar lugar a una transfección posterior durante la transducción. Además, las VG no empaquetadas pueden unirse al exterior de las cápsidas e invocar una respuesta inmune innata al ADN monocatenario desnudo y extraño36,37. Por lo tanto, los tipos celulares sensibles pueden requerir que las preparaciones de vectores se digieran y purifiquen con DNasa para eliminar las VG y el plásmido no empaquetados.
Si se desea calcular el título de una preparación cruda, se puede realizar qPCR para cuantificar el número de VG empaquetadas dentro de partículas resistentes a la DNasa (DRP). Brevemente, una pequeña cantidad de preparación cruda se digiere con DNasa para eliminar el ADN plasmídico, los ácidos nucleicos contaminantes o los VG parcialmente envasados. A continuación, la muestra se somete a qPCR y se cuantifica el VG protegido en el interior de los DRP, lo que da como resultado un título con unidades de genoma del vector por mL de preparación cruda38. No se recomienda realizar la valoración de vectores mediante ensayos basados en ELISA que cuantifiquen los títulos de la cápside. En comparación con el virus AAV de tipo salvaje, el rAAV sufre de una proporción de cápsidas vacías y parcialmente empaquetadas39. ELISA cuantificará todas las cápsidas independientemente de su contenido genómico y sobreestimará las unidades transducibles presentes en una preparación, lo que requiere un VG empaquetado.
Consideraciones sobre la transducción
Son muchos los factores que influyen en las transducciones de rAAV y se deben tener en cuenta las consideraciones adecuadas para cualquier nuevo experimento. Dependiendo del promotor que impulsa la expresión transgénica, el inicio de la expresión puede ocurrir tan pronto como 4 h después de la transducción (hpt), y la expresión máxima generalmente se alcanza a los 48 hpt. Es importante tener en cuenta la duración del tiempo desde la siembra inicial de las células hasta el punto final experimental. Esto es para estimar la confluencia inicial de las células y asegurarse de que no crezcan demasiado al final del experimento. Si las células se vuelven demasiado confluentes, el comportamiento celular puede verse alterado debido a una respuesta de estrés y puede confundir los resultados experimentales. Algunos tipos de células, como U2-OS, pueden tolerar bastante bien el crecimiento excesivo o la inhibición del contacto. Además, pueden soportar largos períodos (48 h+) en medio acondicionado sin suero, producto de este protocolo de producción. Sin embargo, los tipos de células sensibles pueden requerir la adición de suero o la dilución de la preparación cruda con un medio de crecimiento especial para mantener la salud durante la transducción. Una eficiencia de transducción ligeramente reducida por el uso de medios que contienen suero es una compensación potencial para la salud celular y debe ser considerada por el investigador.
Normalmente, para células que se dividen rápidamente, una confluencia inicial de alrededor del 50% es óptima para aplicaciones que terminarán a 48 hpt. Sin embargo, la confluencia se puede ajustar en consecuencia en función de las necesidades del experimento. No se recomienda transducir líneas celulares inmortalizadas de tipo monocapa con más del 75% de confluencia debido a la disminución de las eficiencias de transducción. La mayoría de los tipos de células cultivadas se transducen con éxito y se sanan después de la incubación durante la noche con preparaciones crudas de rAAV, seguidas de un cambio a medios frescos que contienen suero por la mañana.
El serotipo de la cápside es un factor importante a tener en cuenta a la hora de producir rAAV para transducir una célula diana, ya que la cápside es el principal determinante del tropismo celular y la posterior expresión del transgén13. AAV2 es un serotipo ampliamente utilizado debido a su capacidad para transducir eficazmente muchos tipos de células cultivadas12. Esta propiedad de AAV2 puede atribuirse a los proteoglicanos de sulfato de heparina (HSPG) que sirven como factor de unión primario para AAV2 y a los altos niveles de HSPG en las células cultivadas de la adaptación al crecimiento en una placa40. Otras cápsides, como AAV9, son menos efectivas en la transducción de tipos celulares amplios y pueden explicarse por sus factores de unión de dependencia que no se expresan en este entorno41. Por lo tanto, recomendamos AAV2 como cápside de primera elección en células cultivadas si una célula diana deseada no ha sido probada previamente con rAAV en la literatura.
Tenga en cuenta que una limitación importante de las preparaciones de vectores crudos es que son inapropiadas para la transducción de modelos animales. Los estudios in vivo requieren que los preparados se purifiquen y se sometan a una evaluación de calidad.
Consideraciones sobre la expresión de transgenes y la posible integración
Los rAAV no dan lugar de forma fiable a la expresión permanente del transgén. Con el tiempo, las VG pueden silenciarse y la expresión transgénica puede ser cerrada después de varios pasajes42. Además, la mayoría de las VG siguen siendo episódicas, y las rAAV no contienen las proteínas Rep virales que mediarían la integración frecuente en el genoma del huésped como en una infección lisogénica viral de tipo salvaje o promoverían la replicación de las VG43. Como resultado, los episomas en las células transducidas eventualmente se diluirán entre las células hijas a través de divisiones.
La integración a nivel basal es una posibilidad para todo el material de ADN transgénico suministrado. Sin embargo, los VG que contienen ITR son propensos a la integración con una frecuencia más alta44. Por lo tanto, se puede observar la expresión permanente de un transgén en un pequeño subconjunto de células. Los usuarios deben considerar esta posibilidad, especialmente cuando utilizan rAAV para administrar enzimas que cortan el ADN, como Cas9, ya que las roturas de doble cadena pueden dar lugar a una frecuencia de integración y expresión permanente aún mayor45. Si bien esto hace que rAAV sea un buen candidato para entregar plantillas de reparación dirigidas por homología para el marcaje endógeno o la adición de genes, se debe considerar la posibilidad de inserción de Cas919,46.
The authors have nothing to disclose.
Agradecemos a Robert Tjian y Xavier Darzacq por su apoyo y uso de equipos de laboratorio. Agradecemos a Mark Kay por su regalo de los plásmidos KP1 y LK03 rep/cap, y a Luk Vandenberghe por el plásmido rep/cap AAV4. Los fondos fueron proporcionados por el Instituto Médico Howard Hughes (34430, R. T.) y el Programa de Capacitación del Instituto de Medicina Regenerativa de California EDUC4-12790. N.W. agradece la financiación del Centro de Células Madre de Berkeley a través de una beca postdoctoral Siebel y de la Fundación Alemana de Investigación (DFG) a través de una beca Walter Benjamin.
Snapgene DNA viewing sofrware | Snapgene | ||
pAAV.CMV.Luc.IRES.EGFP.SV40 | AddGene | 105533 | |
pAAV2/2 (Rep/Cap) | AddGene | 104963 | |
pAdΔF6 | AddGene | 112867 | |
LB Agar Carbenicillin | Sigma-Aldrich | L0418 | |
Boekel Scientific Economy Digital Incubator | Boekel Scientific | 133000 | |
LB medium, powder | MP Biomedicals | 113002042 | |
Carbencillin (Disodium) | GoldBio | C-103-5 | |
New Brunswick I26 Shaker | Eppendorf | M1324-0000 | |
50 mL Centrifuge Tubes | Corning | 430828 | |
Centrifuge 5810 R | Eppendorf | 22627040 | |
QIAGEN Plasmid Plus Midi Kit | Qiagen | 12945 | |
PCR PULL-APART 8-TUBE STRIPS | USA Scientific | 1402-3900 | |
Mastercycler nexus | Eppendorf | 6333000022 | |
dNTP | Thermo Fisher Scientific | 18427013 | |
5x Phusion Buffer | NEB | B0518S | Provided with purchase of Phusion Polymerase |
Phusion High-Fidelity DNA Polymerase | NEB | M0530S | |
Gel Loading Dye, Orange (6X) | NEB | B7022S | |
DNA Clean & Concentrator-100 | Zymo | D4029 | |
Zymoclean Gel DNA Recovery Kit | Zymo | D4001 | |
NotI-HF | NEB | R3189S | |
EcoRI-HF | NEB | R3101S | |
CutSmart Buffer (10x) | NEB | B6004S | Provided with purchase of restriction enzyme |
UltraPure Agarose | Thermo Fisher Scientific | 16500100 | |
Ethidium Bromide | Sigma-Aldrich | E1510 | |
T4 DNA Ligase | NEB | M0202S | |
T4 DNA Ligase Reaction Buffer | NEB | B0202S | Provided with purchase of T4 Ligase |
Eppendorf Safe-Lock Tubes (1.5mL) | Eppendorf | 22363204 | |
Precision Microprocessor Water Bath | Thermo Scientific | 51221046 | |
Sterile Plastic Culture Tubes | Fisher Scientific | 149566B | |
2.0 mL Microcentrifuge Tube | Thomas Scientific | 1149Y01 | |
ZR Plasmid Miniprep – Classic | Zymo | D4015 | |
Xma1 | NEB | R0180S | |
Sma1 | NEB | R0141S | |
HEK 293T cells | ATCC | CRL-3216 | |
Falcon 6-well | Corning | 353046 | |
Gibco DMEM, high glucose, pyruvate | Thermo-Fisher | 11995065 | |
Sanyo MCO-18AIC(UV) CO2 Incubator | Marshall Scientific | MCO-18AIC | |
PEI MAX (Polyethylenimine Hydrochloride) | Polysciences | 24765-100 | |
Mixer Vortex Genie 2 | Electron Microscopy Sciences | 102091-234 | |
Sanyo Ultra Low Freezer | Sanyo | 14656-15267-16219 | |
INCU-Line IL 10 with transparent window | VWR | 390-0384 | |
Eppendorf Microcentrifuges | Eppendorf | 05-400-005 | |
Falcon 96-well | Corning | 353072 | |
C57BL/6J mice | JAX | strain #000664 | |
organoid growth medium | STEMCELL Technologies | 6005 | |
L Wnt-3A cells | ATCC | CRL-2647 | |
nicotinamide | Sigma | N0636-100G | |
ROCK inhibitor | STEMCELL Technologies | 72302 | |
CHIR99021 | STEMCELL Technologies | 72052 | |
Corning Matrigel Growth Factor Reduced (GFR) Basement Membrane | Fisher | 356231 | |
24-well plate | Fisher | 08-772-1 | |
D-PBS | Thermo Fisher Scientific | 14-190-250 | |
TrypLE Express | Fisher | 12604013 | |
DMEM/F-12 with 15 mM HEPES | STEMCELL Technologies | 36254 | |
polybrene | Millipore Sigma | TR-1003-G | |
48-well plates | Fisher | 08-772-3D | |
Thermo Scientific Nunc Lab-Tek Chambered Coverglass | Fisher | 12-565-470 | |
BeWo cells | ATCC | CCL-98 | |
F-12K Medium | ATCC | 30-2004 | |
Hepa1-6 | ATCC | CRL-1830 | |
Huh7 | UC Berkeley BSD Cell Culture Facility | HUH-7 | |
C2C12 | ATCC | CRL-1772 | |
HSkMC | ATCC | PCS-950-010 | |
Skeletal Muscle Cell Growth Medium | Sigma | C-23060 | |
Skeletal Muscle Differentiation Medium | Sigma | C-23061 | |
Invitrogen EVOS Digital Color Fluorescence Microscope | Fisher Scientific | 12-563-340 | |
Perkin Elmer Opera Phenix | Perkin Elmer | HH14001000 | |
PhenoPlate 96-well | Perkin Elmer | 6055302 | |
DMEM, high glucose, no glutamine, no phenol red | Thermo-Fisher | 31053028 | |
GlutaMAX Supplement | Thermo-Fisher | 35050079 | |
Sodium Pyruvate | Thermo-Fisher | 11360070 | |
pAAV2/5 (Rep/Cap) | Addgene | 104964 | |
pAAV2/8 (Rep/Cap) | Addgene | 112864 | |
pAAV-DJ-N589X (Rep/Cap) | Addgene | 130878 | |
pAAV2/9n (Rep/Cap) | Addgene | 112865 | |
pAnc80L65AAP | Addgene | 92307 | |
KP1 (rep/cap) | gifted by Professor Mark Kay (Stanford University) | ||
LK03 (rep/cap) | gifted by Professor Mark Kay (Stanford University) | ||
pAAV4 (rep/cap) | gifted by Professor Luk Vandenberghe (Harvard Medical School) | ||
pAAV.Cas9.sgRNA | Addgene | 61591 | |
pAAV.MCS | Addgene | 46954 | |
gBlock (synthetic DNA fragement) | IDT |