Summary

En enkel teknik för att analysera lokomotorisk aktivitet i Drosophila

Published: February 24, 2023
doi:

Summary

Detta protokoll bedömer Drosophilas rörelseaktivitet genom att spåra och analysera flugornas rörelse i en handgjord arena med hjälp av öppen källkodsprogramvara Fiji, kompatibel med plugins för att segmentera pixlar i varje ram baserat på högupplöst videoinspelning för att beräkna parametrar för hastighet, avstånd etc.

Abstract

Drosophila melanogaster är en idealisk modellorganism för att studera olika sjukdomar på grund av dess överflöd av avancerade genetiska manipulationstekniker och olika beteendefunktioner. Att identifiera beteendebrist i djurmodeller är ett avgörande mått på sjukdomens svårighetsgrad, till exempel vid neurodegenerativa sjukdomar där patienter ofta upplever nedsatt motorisk funktion. Men med tillgången till olika system för att spåra och bedöma motoriska underskott i flugmodeller, såsom läkemedelsbehandlade eller transgena individer, saknas fortfarande ett ekonomiskt och användarvänligt system för exakt utvärdering från flera vinklar. En metod baserad på AnimalTracker applikationsprogrammeringsgränssnitt (API) utvecklas här, vilket är kompatibelt med Fiji bildbehandlingsprogram, för att systematiskt utvärdera rörelseaktiviteterna hos både vuxna och larvala individer från inspelad video, vilket möjliggör analys av deras spårningsbeteende. Denna metod kräver endast en HD-kamera och en hårdvaruintegration för kringutrustning för att spela in och analysera beteende, vilket gör det till ett prisvärt och effektivt tillvägagångssätt för screening av flugmodeller med transgena eller miljömässiga beteendebrister. Exempel på beteendetester med farmakologiskt behandlade flugor ges för att visa hur teknikerna kan upptäcka beteendeförändringar hos både vuxna flugor och larver på ett mycket repeterbart sätt.

Introduction

Drosophila melanogaster ger en utmärkt modellorganism för att undersöka cellulära och molekylära funktioner i neuronala sjukdomsmodeller skapade av genmodifiering1, läkemedelsbehandling2 och åldrande3. Det höga bevarandet av biologiska vägar, fysikaliska egenskaper och sjukdomsassocierade homologgener mellan människor och Drosophila gör att fruktflugan gör att fruktflugan är en idealisk efterlikning från molekylär till beteendenivå4. I många sjukdomsmodeller är beteendebrist ett viktigt index, vilket ger en användbar modell för olika mänskliga neuropatier 5,6. Drosophila används nu för att studera flera mänskliga sjukdomar, neurodevelopment och neurodegenerativa sjukdomar som Parkinsons sjukdom och amyotrofisk lateralskleros 7,8. Att detektera sjukdomsmodellernas motoriska förmåga är avgörande för att förstå det patogena framsteget och kan ge en fenotypisk korrelation till de molekylära mekanismerna bakom sjukdomsprocessen.

Nyligen har kommersiellt tillgängliga mjukvaruverktyg och kostnadseffektiva program utvecklats för Drosophila lokomotoriska detektionsstrategier, såsom testning med hög genomströmning i grupperade flugor9,10 och mätning av rörelse i realtid11,12. Ett sådant konventionellt tillvägagångssätt är snabb interaktiv negativ geotaxi (RING), även kallad klättringsanalysen, som inkluderar flera kanaler som gör det möjligt att innehålla en stor flugpopulation med samma kön och ålder, vilket minskar variationen medan data samlar in 9,13. En annan förtestmetod för att analysera lokomotoriskt beteende är TriKinetics Drosophila aktivitetsmonitor (DAM), en enhet som använder flera strålar för att detektera flugaktivitetsrörelse i ett tunt glasrör14. Enheten registrerar position kontinuerligt, vilket representerar automatiserad rörelse genom att beräkna strålkorsningarna för att studera flugornas aktivitet och dygnsrytm under en längre tidsperiod15. Även om dessa metoder har använts i stor utsträckning för att analysera beteendefel hos fruktflugor för att bestämma förändringar i beteendemässig rörelse, kräver de alltid speciell testutrustning eller komplexa analysprocesser och begränsar deras tillämpning i vissa modeller med en begränsad, enkel enhet. Djurspårningsgruppbaserade strategier för testning av den vuxna Drosophila, såsom FlyGrAM11 och Drosophila island assay10, implementerar social rekrytering och individuell spårning i ett fördefinierat område. Icke desto mindre kan social individuell begränsning i trotsiga områden ha en negativ inverkan på identifieringen i bilderna, orsakad av kollision eller överlappning av flugor. Även om vissa materialbaserade metoder med öppen källkod, som TRex16, MARGO 12 och FlyPi17, har en nödsituation, kan de snabbt spåra flugorna med flexibel användning i beteendetestning. Dessa testmetoder är förknippade med utarbetade experimentella apparatinstallationer, speciella programvarukrav eller professionella datorspråk. För larver är mätning av det totala avståndet som reste över antalet rutnätgränslinjer per tidsenhet18, eller grovräkning av kroppsväggkontraktionerna för individer manuellt19, de dominerande metoderna för att bedöma deras rörelseförmåga. På grund av bristen på precision i utrustning eller anordningar och analysmetoder kan viss beteendemässig rörelse av larver undgå upptäckt, vilket gör det svårt att exakt bedöma beteenderörelser, särskilt fin rörelse15.

Den nuvarande utvecklade metoden använder AnimalTracker applikationsprogrammeringsgränssnitt (API), kompatibelt med Fiji (ImageJ) bildbehandlingsprogram, för att systematiskt utvärdera rörelseaktiviteten hos både vuxna och larvflugor genom att analysera deras spårningsbeteende från högupplösta (HD) videor. Fiji är en ImageJ-distribution med öppen källkod som kan kombinera robusta programvarubibliotek med många skriptspråk, vilket resulterar i snabb prototypning av bildbehandlingsalgoritmer, vilket gör den populär bland biologer för sina bildanalysfunktioner20. I det nuvarande tillvägagångssättet utnyttjas Fijis integration i AnimalTracker API för att utveckla en unik Drosophila-beteendeanalys med personlig algoritminsättning och ger ett användbart steg för detaljerad dokumentation och handledning för att stödja robusta analytiska funktioner för lokomotoriskt beteende (figur 1). För att kringgå komplikationen av objektiva identifieringar i bilderna som orsakas av kollision eller överlappning av flugor, är varje arena begränsad till att vara värd för endast en fluga. Vid bedömning av metodens spårningsprecision implementerades det för att spåra och kvantifiera rörelserörelserna hos Drosophila som administrerades med det toxiska läkemedlet rotenon, som vanligtvis används för djurmodeller av Parkinsons sjukdom, och slutligen upptäckte rörelsenedsättning i läkemedelsbehandlingen21. Denna metod, som använder öppen källkod och fri programvara, kräver inte högkostnadsinstrumentering och kan exakt och reproducerbart analysera Drosophila beteenderörelse.

Protocol

W1118 vuxna flugor och tredje instar larver användes för den aktuella studien. 1. Experimentell förberedelse OBS: En öppen fältarena för Drosophila rörelsespårning är gjord medenfärgslös och luktfri kiselgel. Blanda reagens A och reagens B i förhållandet 1:10 enligt tillverkarens instruktioner för kiseldioxidsatsen (se Materialförteckning). Se till att natriumbikarbonat tillsätt…

Representative Results

I den aktuella studien undersöktes rörelseunderskott hos vuxna flugor och tredje instarlarver behandlade med rotenon och jämfördes i sin motoriska aktivitet med den hos en kontrollfluga som matades med läkemedlet lösningsmedel dimetylsulfoxid (DMSO). Behandling med rotenon i Drosophila har visat sig orsaka dopaminerg neuronförlust i hjärnan22 och leda till betydande rörelsestörningar23. Som visas i figur 11 och figur 12 har v…

Discussion

Vi har utformat en metod, baserad på materialet AnimalTracker API med öppen källkod som är kompatibelt med Fijis bildbehandlingsprogram, som kan göra det möjligt för forskare att systematiskt utvärdera rörelseaktivitet genom att spåra både vuxna och enskilda larvflugor. AnimalTracke är ett verktyg skrivet i Java som enkelt kan integreras i befintliga databaser eller andra verktyg för att underlätta analysen av applikationsdesignat djurspårningsbeteende24. Efter en …

Divulgazioni

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Detta arbete stöddes av en särskild lanseringsfond från Soochow University och National Science Foundation of China (NSFC) (82171414). Vi tackar professor Chunfeng Lius labbmedlemmar för deras diskussion och kommentarer.

Materials

Animal tracker Hungarian Brain Research Program version: 1.7 pfficial website: http://animaltracker.elte.hu/main/downloads
Camera software Microsoft version: 2021.105.10.0 built-in windows 10 system
Computer DELL Vostro-14-5480 a comupter running win 10 system is available
Drosophila carbon dioxide anesthesia workstation Wu han Yihong technology #YHDFPCO2-018 official website: http://www.yhkjwh.com/
Fiji software Fiji team version: 1.53v official website: https://fiji.sc/
Format factory software Pcfreetime version: X64 5.4.5 official website: http://www.pcfreetime.com/formatfactory/CN/index.html
Graph pad prism GraphPad Software version: 8.0.2 official website: https://www.graphpad-prism.cn
Hight definition camera TTQ Jingwang2 (HD1080P F1.6 6-60mm) official website: http://www.ttq100.com/product_show.php?id=35
Office software Microsoft version: office 2019 official website: https://www.microsoftstore.com.cn/software/office
Petri dish Bkman 110301003 size: 60 mm
Silica gel DOW SYLGARD 184 Silicone Elastomer Kit Mix well according to the instructions
Sodium bicarbonate Macklin #144-55-8 Mix well with silica gel

Riferimenti

  1. Ham, S. J., et al. Loss of UCHL1 rescues the defects related to Parkinson’s disease by suppressing glycolysis. Science Advances. 7 (28), (2021).
  2. Algarve, T. D., Assmann, C. E., Aigaki, T., da Cruz, I. B. M. Parental and preimaginal exposure to methylmercury disrupts locomotor activity and circadian rhythm of adult Drosophila melanogaster. Drug and Chemical Toxicology. 43 (3), 255-265 (2020).
  3. Jones, M. A., Grotewiel, M. Drosophila as a model for age-related impairment in locomotor and other behaviors. Experimental Gerontology. 46 (5), 320-325 (2011).
  4. Yamaguchi, M., Yoshida, H. Drosophila as a model organism. Advances in Experimental Medicine and Biology. 1076, 1-10 (2018).
  5. Rothenfluh, A., Heberlein, U. Drugs, files, and videotape: the effects of ethanol and cocaine on Drosophila locomotion. Current Opinion in Neurobiology. 12 (6), 639-645 (2002).
  6. Tsuda, L., Lim, Y. M. Alzheimer’s disease model system using Drosophila. Advances in Experimental Medicine and Biology. 1076, 25-40 (2018).
  7. Dung, V. M., Thao, D. T. P. Parkinson’s disease model. Advances in Experimental Medicine and Biology. 1076, 41-61 (2018).
  8. Liguori, F., Amadio, S., Volonte, C. Fly for ALS: Drosophila modeling on the route to amyotrophic lateral sclerosis modifiers. Cellular and Molecular Life Sciences. 78 (17-18), 6143-6160 (2021).
  9. Cao, W., et al. An automated rapid iterative negative geotaxis assay for analyzing adult climbing behavior in a Drosophila model of neurodegeneration. Journal of Visualized Experiments. (127), 56507 (2017).
  10. Eidhof, I., et al. High-throughput analysis of locomotor behavior in the Drosophila island assay. Journal of Visualized Experiments. (129), 55892 (2017).
  11. Scaplen, K. M., et al. Automated real-time quantification of group locomotor activity in Drosophila melanogaster. Scientific Reports. 9 (1), 4427 (2019).
  12. Werkhoven, Z., Rohrsen, C., Qin, C., Brembs, B., de Bivort, B. MARGO (Massively Automated Real-time GUI for Object-tracking), a platform for high-throughput ethology. PLoS One. 14 (11), e0224243 (2019).
  13. Gargano, J. W., Martin, I., Bhandari, P., Grotewiel, M. S. Rapid iterative negative geotaxis (RING): a new method for assessing age-related locomotor decline in Drosophila. Experimental Gerontology. 40 (5), 386-395 (2005).
  14. Cichewicz, K., Hirsh, J. ShinyR-DAM: a program analyzing Drosophila activity, sleep and circadian rhythms. Communications Biology. 1, 25 (2018).
  15. McParland, A. L., Follansbee, T. L., Ganter, G. K. Measurement of larval activity in the Drosophila activity monitor. Journal of Visualized Experiments. 98, e52684 (2015).
  16. Walter, T., Couzin, I. D. TRex, a fast multi-animal tracking system with markerless identification, and 2D estimation of posture and visual fields. eLife. 10, (2021).
  17. Maia Chagas, A., Prieto-Godino, L. L., Arrenberg, A. B., Baden, T. The €100 lab: A 3D-printable open-source platform for fluorescence microscopy, optogenetics, and accurate temperature control during behaviour of zebrafish, Drosophila, and Caenorhabditis elegans. PLoS Biology. 15 (7), e2002702 (2017).
  18. Nichols, C. D., Becnel, J., Pandey, U. B. Methods to assay Drosophila behavior. Journal of Visualized Experiments. (61), (2012).
  19. Xiao, G. Methods to assay the behavior of Drosophila melanogaster for toxicity study. Methods in Molecular Biology. 2326, 47-54 (2021).
  20. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  21. Johnson, M. E., Bobrovskaya, L. An update on the rotenone models of Parkinson’s disease: their ability to reproduce the features of clinical disease and model gene-environment interactions. Neurotoxicology. 46, 101-116 (2015).
  22. Coulom, H., Birman, S. Chronic exposure to rotenone models sporadic Parkinson’s disease in Drosophila melanogaster. The Journal of Neuroscience. 24 (48), 10993-10998 (2004).
  23. Kumar, P. P., Bawani, S. S., Anandhi, D. U., Prashanth, K. V. H. Rotenone mediated developmental toxicity in Drosophila melanogaster. Environmental Toxicology and Pharmacology. 93, 103892 (2022).
  24. Gulyas, M., Bencsik, N., Pusztai, S., Liliom, H., Schlett, K. AnimalTracker: an ImageJ-based tracking API to create a customized behaviour analyser program. Neuroinformatics. 14 (4), 479-481 (2016).
  25. Qu, S. EasyFlyTracker: a simple video tracking Python package for analyzing adult Drosophila locomotor and sleep activity to facilitate revealing the effect of psychiatric drugs. Frontiers in Behavioral Neuroscience. 15, 809665 (2022).
  26. Yarwais, Z. H., Najmalddin, H. O., Omar, Z. J., Mohammed, S. A. Automated data collection of Drosophila movement behaviour assays using computer vision in Python. International Journal of Innovative Approaches in Science Research. 4 (1), 15-22 (2020).
check_url/it/65092?article_type=t

Play Video

Citazione di questo articolo
Long, X., Du, H., Jiang, M., Meng, H. A Simple Technique to Assay Locomotor Activity in Drosophila. J. Vis. Exp. (192), e65092, doi:10.3791/65092 (2023).

View Video