אנו מציגים פרוטוקול לבידוד ולשבירת הקפאה של שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs) שמקורן בתאי אורותל סרטניים. טכניקת ההקפאה-שבר חשפה את הקוטר והצורה של כלי הרכב החשמליים וכמאפיין ייחודי – את הארגון הפנימי של ממברנות ה-EV. אלה הם בעלי חשיבות עצומה בהבנת האופן שבו כלי רכב חשמליים מתקשרים עם הממברנות המקבלות.
שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs) הן מבנים מוגבלי ממברנה המשתחררים מהתאים לחלל החוץ-תאי ומעורבים בתקשורת בין-תאית. כלי רכב חשמליים מורכבים משלוש אוכלוסיות של שלפוחיות, כלומר מיקרו-ווסיקלים (MVs), אקסוזומים וגופים אפופטוטיים. הממברנה המגבילה של כלי רכב חשמליים מעורבת באופן מכריע באינטראקציות עם התאים המקבלים, מה שעלול להוביל להעברת מולקולות פעילות ביולוגית לתאים המקבלים, וכתוצאה מכך להשפיע על התנהגותם. טכניקת מיקרוסקופיית האלקטרונים של שבר ההקפאה משמשת לחקר הארגון הפנימי של ממברנות ביולוגיות. כאן אנו מציגים פרוטוקול לבידוד MV מתאי אורותל סרטניים בתרבית ושבר בהקפאה של MVs בשלבים של הקפאה מהירה, שבירת, ייצור וניקוי ההעתקים, וניתוחם באמצעות מיקרוסקופ אלקטרונים הולכה. התוצאות מראות כי פרוטוקול הבידוד מניב אוכלוסייה הומוגנית של כלי רכב חשמליים, התואמת את הצורה והגודל של MVs. חלקיקים תוך-ממברניים נמצאים בעיקר בפנים הפרוטופלסמיות של הממברנה המגבילה. לפיכך, הקפאה-שבר היא הטכניקה המועדפת לאפיון הקוטר, הצורה וההתפלגות של חלבוני הממברנה של MVs. הפרוטוקול המוצג חל על אוכלוסיות אחרות של כלי רכב חשמליים.
שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs) הן שלפוחיות מוגבלות ממברנה המשתחררות מהתאים אל החלל החוץ-תאי. שלוש האוכלוסיות העיקריות של כלי רכב חשמליים הן אקסוזומים, מיקרו-ווסיקלים (MVs) וגופים אפופטוטיים, הנבדלים זה מזה במקורם, בגודלם ובהרכבם המולקולרי 1,2,3. הרכב כלי הרכב החשמליים משקף את הפרופיל המולקולרי של התא התורם ואת מצבו הפיזיולוגי (כלומר בריא או חולה)4,5. זה נותן לרכבים חשמליים פוטנציאל עצום באבחון, פרוגנוזה וטיפול במחלות אנושיות, ויש להם יישומים רפואיים מבטיחים לשימוש ברפואה מותאמת אישית 6,7,8.
כלי רכב חשמליים הם מתווכים של תקשורת בין-תאית. הם מכילים חלבונים פעילים ביולוגית, שומנים ורנ”א, המפריעים לתהליכים ביולוגיים בתא המקבל ויכולים לשנות את התנהגותו 9,10. עם זאת, ההרכב של הממברנה המגבילה EV הוא חיוני לאינטראקציה עם קרום התא המקבל.
המקורות של כלי רכב חשמליים הם נוזלי גוף ומדיה תרבותית מותנית. כדי לבודד אוכלוסיית ר”ח, יש להשתמש בטכניקת בידוד מתאימה. לדוגמה, צנטריפוגה ב-10,000 × גרם מניבה שבר מועשר ב-MVs, בעוד שכוחות צנטריפוגליים של ≥100,000 × גרם מניבים שבר מועשר באקסוזומים11,12. החלק המבודד של כלי הרכב החשמליים חייב להיות מאומת במונחים של טוהר, גודל וצורה. לשם כך המליצה האגודה הבינלאומית לבועיות חוץ-תאיות 2018 על שלושה סוגים של טכניקות הדמיה ברזולוציה גבוהה: מיקרוסקופיית אלקטרונים, מיקרוסקופיית כוח אטומי ומיקרוסקופיה מבוססת מיקרוסקופיית אור ברזולוציה גבוהה13. אף אחת מהטכניקות הללו לא יכולה לספק מידע על פנים ממברנת EV.
מיקרוסקופיית אלקטרונים של שבר הקפאה היא טכניקה של שבירת דגימות קפואות כדי לחשוף את המבנים הפנימיים שלהן, במיוחד מתן מבט על פנים הממברנה. שלבי הכנת הדגימה הם (1) הקפאה מהירה, (2) שבירה, (3) יצירת ההעתק, ו-(4) ניקוי ההעתק14. בשלב 1, הדגימה קבועה (אופציונלית) כימית, מוגנת בהקפאה עם גליצרול, ומקפואה בפראון נוזלי. בשלב 2, הדגימה הקפואה נשברת ביחידת הקפאה-שבר, החושפת את פנים דו-שכבת הממברנה. בשלב 3, הפרצופים השבורים החשופים מוצללים עם פלטינה (Pt) ופחמן (C) כדי לייצר העתקים. בשלב 4, החומר האורגני מוסר. ההעתק מנותח במיקרוסקופ האלקטרונים ההולכה (TEM). לצורך פרשנות מדויקת של המיקרוגרפים, יש לעקוב אחר ההנחיות להתמצאותם הנכונה14,15. בקצרה, כיוון הצללים במיקרוגרף הוא הפניה להתמצאות במיקרוגרף (כלומר, כדי לקבוע את כיוון ההצללה של Pt) וכתוצאה מכך, לקבוע צורות קמורות וקעורות (איור 1). ניתן לראות שתי תצוגות פנים המכונות פרצופים שבורים של דו-שכבת הממברנה כתוצאה מפיצול הממברנה על ידי שבירת הקפאה: הפנים הפרוטופלסמיות (P-face) והפנים האקסופלסמיות (E-face). פני ה-P מייצגים את עלון הממברנה הסמוך לפרוטופלסמה של התא, ואילו פני ה-E מייצגים את עלון הממברנה הסמוך לחלל החוץ-תאי. חלבוני ממברנה אינטגרליים והאסוציאציות שלהם נראים כחלקיקים תוך-ממברניים בולטים14,15.
כאן, המטרה היא ליישם את טכניקת ההקפאה-שבר כדי לאפיין MVs במונחים של גודל, צורה ומבנה הממברנה המגבילה שלהם. כאן אנו מציגים פרוטוקול לבידוד ולשבירת הקפאה של MVs שמקורם בתאי שתן סרטניים פולשניים אנושיים.
לאפיון של MVs, או לכל אוכלוסייה אחרת של כלי רכב חשמליים מבודדים, יש חשיבות עליונה מלכתחילה לפני שמתחילים בניתוחים במורד הזרם כמו מחקרי “אומיקה” או מחקרים פונקציונליים11,18. כאן, כלי רכב חשמליים מתאי T24 של סרטן שלפוחית השתן הפולשנית האנושית בודדו על ידי צנטריפוגה, ובעקבות הפרוטוקול שסופק לניתוח על ידי מיקרוסקופ אלקטרונים של שברים קפואים, הראינו כי החלק המבודד הועשר ברכבי MVs11,13. הבידוד של MVs היה נטול פסולת תאים או אברונים, ואישר פרוטוקול בידוד וטיהור מוצלח.
השילוב של קיבוע כימי והקפאה, שהם שלבים קריטיים בפרוטוקול, שמר על הצורה הכדורית של כלי הרכבהחשמליים 12. עם זאת, יש צורך באמצעי זהירות בעת הערכת קוטר EV על ידי הקפאה-שבירת17. מכיוון שהשבר עובר דרך הדגימה באופן אקראי, ממברנות MV מפוצלות למישורים המשווניים והלא משווניים שלהן. כדי לספק שיטה קפדנית לניתוח התמונות של דגימות שבורות ומוצלות בהקפאה, האלט ואחרים הראו כי קוטר השלפוחית הממוצע הוא פי 4/π מהגודל האמיתי של קוטר השלפוחית בתמונה17. בהתחשב בכך, כלי רכב חשמליים מתאי T24 חושבו כבעלי קוטר של 304 ננומטר, מה שמתאים לטווח התפלגות הגודל התיאורטי של MV של 100-1000 ננומטר19.
שבירת הקפאה יכולה להשלים צביעה שלילית, טכניקת ה-TEM הנפוצה ביותר להמחשת כלי רכב חשמליים. על ידי צביעה שלילית, הדגימה בדרך כלל קבועה כימית, מיובשת ומחוברת לרשת TEM, ומנוגדת לתמיסת אורניל. ללא מדיה תומכת, כלי רכב חשמליים נוטים להתמוטט, מה שמעניק להם מראה בצורת. על ידי שבירת הקפאה, אנו מראים כי MVs הם כדורים, המשקפים את צורתם בחללים חוץ-תאיים ובנוזלי גוף12. בכך, התוצאות שלנו תואמות גם תצפיות של כלי רכב חשמליים בקטעים קריו-אולטרה-ת’ין20.
יתרון מכריע של טכניקת ההקפאה-שבר הוא כוחה לפתור את הארגון הפנימי של הממברנה המגבילה, המהווה גורם מפתח בהבנת האופן שבו כלי רכב חשמליים ממוקדים ומתקשרים עם ממברנות המקבלים. כאן ניתחנו את הממברנות של רכבי שטח, אך שבירת הקפאה עלולה לחשוף את ארגון הממברנות של כל אוכלוסייה אחרת של כלי רכב חשמליים. MVs נוצרים על ידי ניצני ממברנת פלזמה; לכן, חלבוני ממברנת פלזמה ואשכולות חלבונים צפויים להימצא בקרום MV. התוצאות שלנו תמכו בכך שה-MVs מתאי T24 הכילו חלקיקים תוך-ממברניים, והציגו חלבוני ממברנה אינטגרליים. בהתבסס על התפלגות החלקיקים בין פני ה-E לפנים ה-P, סביר לצפות שהחלקיקים שנצפו ב-MVs הם חלבוני טרנס-ממברנה אורופלקינס, שהם ספציפיים לתאי אורותל 21,24. החלקיקים שנצפו היו דלילים, וזה בהתאם למחקרים קודמים שדיווחו על ירידה באורופלקס במהלך קרצינוגנזה של אורותל 21,22,23. עם זאת, כדי לחקור עוד יותר את הרכב החלבון של ממברנות MV, מומלץ להשתמש בטכניקת ההקפאה-שברים של תיוג חיסוני (FRIL). FRIL הוא שדרוג של טכניקת ההקפאה-שבר המוצגת והוא מוקדש לחשיפת זהותם של חלבונים בהעתקים על ידי זיהוי נוגדנים24,25. לסיכום, טכניקת ההקפאה-שבר היא טכניקת מיקרוסקופיית אלקטרונים המתאימה לאפיון הממברנה המגבילה EV, כמו גם לצורה, לגודל ולטוהר של שברי EV המבודדים. הפרוטוקול המוצג יכול לשמש גם להערכת אוכלוסיות אחרות של כלי רכב חשמליים מבודדים; לפיכך, טכניקת ההקפאה-שבירת ההקפאה ראויה להיכלל בהנחיות האגודה הבינלאומית לשלפוחית חוץ-תאית למחקרים הבוחנים את הארגון של ממברנות מגבילות EV.
The authors have nothing to disclose.
מחקר זה מומן על ידי סוכנות המחקר הסלובנית (מימון ליבת המחקר לא). P3-0108 ופרויקט J7-2594) ותוכנית התשתית MRIC UL IP-0510. עבודה זו תורמת לרשת הבינלאומית של COST Action CA17116 לתרגום מחקר על נגזרות פרינטליות לגישות טיפוליות (SPRINT), הנתמכת על ידי COST (שיתוף פעולה אירופי במדע וטכנולוגיה). המחברים רוצים להודות ללינדה שטרוס, לסניה צ’בראג’ה, לנאדה פאבליקה דובאריץ’ ולסבינה ז’לזניק על העזרה הטכנית בגיבוש התאים ובהכנת הדגימות ולמארקו ווגריניץ’, אוטה שירקה רוש ונייץ’ דאבק על העזרה הטכנית בהכנת הסרטון.
A-DMEM | ThermoFisher Scientific, USA | 12491015 | |
Balzers freeze-fracture device | Balzers AG, Liechtenstein | Balzers BAF 200 | |
Centrifuge | Eppendorf, Germany | model 5810R | |
CO2 incubator HeraCell | Heraues, Germany | ||
Copper carriers | Balzers | BB 113 142-2 | 100+ mesh |
Copper grids | SPI, United States | 2010C | |
Culture flask T75 | TPP, Switzerland | growing surface 75 cm2 | |
F12 (HAM) | Sigma-Aldrich, Germany | 21765029 | |
FBS | Gibco, Life Technologies, USA | 10500064 | |
Glazed Porcelain Plate 6 Well | Fischer Sientific, United States | 50-949-072 | |
Glycerol | Kemika, Croatia | 711901 | final concentration 30 % (v/v) |
Glutaradehyde | Serva, Germany | 23114.01 | final concentration 2.5 % (v/v) |
GlutaMAX | Gibco, Life Technologies | 35050-079 | final concentration 4 mM |
Penicillin | Gibco, Life Technologies | 15140163 | final concentration 100 U/ml |
Phase-contast inverted microscope | Nikon, Japan | model Eclipse | |
Rotor | Eppendorf, Germany | A 4-44 | |
Rotor | Eppendorf, Germany | F-34-6-38 | |
Serological pipetts | TPP, Switzerland | 50mL volume | |
Sodium hypochloride solution in water | Carlo Erba, Italy | 481181 | |
Stereomicroscope | Leica, Germany | ||
Streptomycin | Gibco, Life Technologies | 35050038 | final concentration 100 mg/mL |
Transmission electron microscope | Philips, The Netherlands | model CM100 | working at 80 kV |
Tweezers | SPI, United States |