冷冻电子显微镜(cryo-EM)的样品制备是该方法结构测定工作流程中的一个重大瓶颈。在这里,我们提供了使用易于使用的三维打印块制备支撑膜的详细方法,以稳定样品以进行透射EM研究。
通过冷冻电子显微镜(cryo-EM)进行结构测定在过去十年中发展迅速;然而,样品制备仍然是一个重大瓶颈。理想情况下,大分子样品直接从玻璃体冰层中的随机取向进行成像。然而,许多样品对此是难治性的,空气 – 水界面处的蛋白质变性是一个常见问题。为了克服这些问题,可以将支持膜(包括无定形碳,石墨烯和氧化石墨烯)应用于网格,以提供样品可以填充的表面,从而降低颗粒经历空气 – 水界面有害影响的可能性。然而,将这些精密支撑应用于网格需要小心处理,以防止破损,空气污染或广泛的洗涤和清洁步骤。最近的一份报告描述了一种易于使用的浮选块的开发,该浮块有助于将支撑膜直接润湿地转移到样品上。使用该块可最大限度地减少所需的手动处理步骤的数量,从而保持支撑膜的物理完整性以及疏水性污染可能累积的时间,从而确保仍然可以产生一层薄冰。本文为EM研究制备碳、石墨烯和氧化石墨烯载体提供了分步方案。
在过去十年中,主要在探测器技术以及其他技术领域的突破促进了通过透射电子显微镜(TEM)对生物相关系统进行成像的分辨率的连续大幅提高1,2。尽管冷冻电镜已经允许通过单颗粒分析(SPA)从低至50μg蛋白质的高分辨率结构中分离出来,但冷冻电镜样品和网格制备仍然是主要瓶颈3,4,5。SPA样品由大分子组成,大分子大约随机分布在玻璃体冰层内。冰必须尽可能薄,以最大化颗粒和溶剂之间的对比度差异。生物大分子在较厚的冰中更稳定(即不太可能 失去其天然结构),因为它们保持更好的溶解。此外,在比粒径厚得多的冰中,颗粒通常分布在视野中要好得多, 并且通常根本不可能在碳膜的孔内发现。
此外,由于表面与体积比较高,较厚的冰层降低了分子靠近空气 – 水界面的可能性,并且据估计,使用标准的冷冻-冷冻方法进行冷冻电镜研究会导致约90%的颗粒吸附到空气 – 水界面7。较厚的冰导致由于溶剂内的散射事件增加以及伴随的信号衰减而导致不希望的高背景6,7。因此,有必要实现尽可能薄的玻璃体冰层;理想情况下,该层仅比颗粒略厚。对于应用于网格的每个不同样品,研究人员面临的挑战是准备足够薄的样品以进行高对比度成像,同时保持样品中颗粒的结构完整性。蛋白质吸附到空气 – 水界面伴随着几个通常有害的影响。
首先,蛋白质与这种疏水界面的结合通常诱导蛋白质变性,其迅速进行并且通常是不可逆的8,9。使用酵母脂肪酸合酶进行的一项研究表明,高达90%的吸附颗粒是变性的10。其次,一项研究比较了在无定形碳11 或没有支持的情况下收集的80S核糖体数据集的方向分布的 研究表明,空气 – 水界面会导致严重的优先方向,从而影响体积的3D重建13。减少颗粒与空气 – 水界面相互作用的方法包括用表面活性剂(例如洗涤剂)补充冷冻缓冲液,使用支撑膜,基质的亲和捕获或脚手架以及加速暴跌时间。表面活性剂的使用与其自身的问题有关,因为一些蛋白质样品在它们的存在下可能表现得不理想,而亲和捕获和脚手架基板通常需要工程定制的网格表面和捕获策略。最后,尽管对快速跳水装置的发展有很多研究14,15,16,但这些都需要通常不广泛使用的装置。
尽管用于生物冷冻电镜的标准TEM网格已经具有穿孔无定形碳箔17,但有许多协议可用于生成额外的支撑膜并将其传输到TEM网格。使用这些薄膜是一种长期建立的样品稳定方法18。无定形碳载体是通过蒸发和沉积在结晶云母片上而产生的19,从中可以将层漂浮到网格上,浮载载体的效用是先前报告中建立的有用工具20。氧化石墨烯薄片通常使用悍马方法的改良版本21制备,已被用作非晶碳的优选支撑结构,因为它们的背景信号降低以及固定和稳定大分子的能力22。最近,由于其机械稳定性,高导电性,对背景噪声的贡献极低23,以及用于产生宏观大面积单层石墨烯并将其转移到TEM网格的可重复方法的出现, 人们对使用石墨烯作为TEM支持膜的兴趣重新燃起25.与无定形碳相比,石墨烯的束诱导运动与缺乏支撑膜的冰相似或更糟,11,12,17,石墨烯显示出冷冻电镜图像的光束诱导运动显着减少12。
然而,虽然亲水石墨烯保护脂肪酸合酶免受空气 – 水界面变性的影响,但本研究的作者指出,石墨烯在标本制备过程中受到污染,可能是由于大气碳氢化合物污染和用于亲水网格的试剂的组合10。事实上,尽管石墨烯具有许多优越的品质,但其广泛使用仍然受到降低其疏水性所需的衍生化的阻碍12,这最终在化学上是困难的,需要专业设备。本文报告了使用三维(3D)打印样品浮选块27 将支撑膜从产生它们的基板直接转移到TEM网格的无定形碳,氧化石墨烯和石墨烯样品载体的制备方案(图1)。使用这种设备的一个关键优点是薄膜的润湿转移,最大限度地减少了支撑物的疏水性污染,因此需要进一步处理,并减少了可能有害的手动处理步骤的数量。这些方法的实施成本低廉,因此广泛可及,适用于需要样品支持的冷冻电镜研究。
本文提出了使用样品浮选块27处理用于冷冻电镜样品制备的无定形碳和石墨烯薄膜的方案。支持块的STL文件可从公共Thingiverse存储库[www.thingiverse.com/thing:3440684]免费获得,并且可以使用合适的树脂的任何合适的立体光刻打印机进行3D打印。使用覆盖透射电镜网格的碳膜通常涉及碳漂浮到样品上28。这种制备负染色网格的方法可最大限度地减少支撑处理过程中的空气暴露,从而减少污染和蛋白质变性。在小井中使用浮动碳制备网格有利于漂浮更大的表面积, 即在水浴或培养皿中,在这种情况下,碳的机械剪切更容易发生。
由于发布时的当前健康和安全法规,UAc可能难以购买。还有许多其他常用的非放射性阴性染色试剂可用,并且之前已经描述了其制备方案29。虽然替代染色剂尚未与该支持浮选块一起使用,但除了优化样品的孵育时间(步骤3.5)之外,这些方案不太可能有任何差异,这已经固有地依赖于样品。该GrOx支持制备方案中的关键步骤是步骤4.4,由注释突出显示,以防止水和GrOx溶液在网格边缘周围接触。水和GrOx溶液的不当混合可防止GrOx薄片通过毛细管作用单向沉降。在碳箔的两侧都有GrOx薄片会导致厚层,从而否定了使用GrOx作为近乎单层支撑的优势,以及将水捕获在薄片之间,这导致可用区域被额外的冰层污染。氧化石墨烯载体的制备相对容易在柔性聚烯烃薄膜上使用溶液液滴来实现。但是,当以这种方式执行时,更容易通过错误处理错误意外污染电网的铜侧;浮充块的使用降低了这种可能性的可能性。
最后,本文提出了一种制备石墨烯覆盖网格的协议,该协议避免了任何类型的石墨烯预处理以使其亲水,从而降低了其成本并增加了其可及性。在整个试样制备过程中保持润湿膜,并在冷冻前将试样 原位涂敷 在块中,足以产生适合冷冻电镜的冰层,并具有均匀的样品分布。总体而言,此处介绍的协议最大限度地减少了样品与空气 – 水界面的接触,从而减少了样品变性并支持污染。对于这些方法中使用的三种载体膜,可以在网格上实现均匀的样品分布,同时对完整,保存完好的单个颗粒进行成像。
The authors have nothing to disclose.
作者要感谢伦敦帝国理工学院结构与合成生物学部门的所有成员,他们帮助测试了这些技术,以及帝国理工学院高级Hackspace的Harry Barnett和结构生物学中心的Paul Simpson。CHSA由Wellcome Trust和皇家学会共同资助的Henry Dale爵士奖学金(206212/ Z / 17 / Z)提供支持。
Basic Plasma Cleaner (230 V) | Harrick Plasma | PDC-32G-2 | |
Dumont tweezers N5A INOX. | Dumont Swissmade | 0302-N5A-PO | |
Dumont tweezers NGG INOX. | Dumont Swissmade | 0102-NGG-PO | |
Ehtylacetate | Sigma-Aldrich | 270989-250ML | |
Fishing Loops 10 μL | VWR | 612-9353 | |
Graphene Oxide 2 mg/mL | Sigma-Aldrich | 763705-25ML | |
Iron (III) chloride | Sigma-Aldrich | 31232-250MG | |
Mica Sheets 75 mm x 25 mm x 0.15 mm | Agar Scientific | AGG250-1 | We usually coat mica with a target carbon film thickness of 2 nm |
Monolayer Graphene on Cu | Graphenea | N/A | 10 mm x 10 mm, pack of 4 |
n-dodecyl β-D-maltoside (DDM) | GLYCON Biochemicals GmbH | D97002-C | |
Quantifoil R1.2/1.3 300 mesh copper grids | Enzo Life Sciences | JBS-X-101-Cu300 | |
Quantifoil R2/1 300 mesh copper grids | Enzo Life Sciences | JBS-X-102-Cu300 | |
Quantifoil R2/1 300 mesh gold grids | Electron Microscopy Sciences | Q350AR1 | |
Scissors | Agar Scientific | AGT577 | |
Uranyl Acetate | TAAB Laboratories Equipment | U001 | |
Vitrobot Mark IV | FEI | N/A | |
Whatman filter paper 55 mm | GE Healthcare Life Sciences | 1441-055 | |
Whatman filter paper 70 mm | GE Healthcare Life Sciences | 1441-070 |