Bu protokol, insan M1 veya M2 polarize makrofajlardaki Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonunu, periferik-kan monositlerinin GFP etiketli virülan strain H37Rv ile enfekte olan makrofaj benzeri hücrelere farklılaşmasına dayanan ve seçilen M1/M2 belirteçlerinin ifadesini içeren 10 renkli bir panel kullanılarak akış sitometrisi ile analiz edilen bir yöntem sağlar.
İnsan makrofajları hücre içi Mycobacterium tuberculosis (Mtb) enfeksiyonunun birincil konak hücreleridir ve bu nedenle tüberkülozun (TB) immün kontrolünde merkezi bir role sahiptir. Miyelod türevi hücrelerin M1 (klasik olarak aktive edilmiş) veya M2 (alternatif olarak aktive edilmiş) makrofaj benzeri hücrelere immün polarizasyonunu, çeşitli makrofaj alt kümelerinde yeşil floresan protein (GFP) etiketli Mtb’nin görselleştirilmesini ve derin karakterizasyonunu sağlayan 10 renkli akış sitometri paneli ile değerlendirme yoluyla takip etmek için deneysel bir protokol oluşturduk. Sağlıklı kan bağışçılarından elde edilen monositler, granülosit makrofaj-koloni uyarıcı faktör (GM-CSF) veya makrofaj-koloni uyarıcı faktör (M-CSF) ile farklılaşma ve ardından sırasıyla IFN-γ ve lipopolisakkarit (LPS) veya IL-4 ile polarizasyon kullanılarak M1 veya M2 hücrelerine polarize edildi. Tamamen polarize edilmiş M1 ve M2 hücreleri, müstakil Mtb ile enfekte makrofajlar enfeksiyon sonrası 4 veya 24 saat akış sitometrisi ile lekelendiden önce 4 saat boyunca Mtb-GFP ile enfekte edildi. Akış sitometrisi ile örnek alımı gerçeklendi ve veriler akış sitometrisi analiz yazılımı kullanılarak analiz edildi. Tekdüzen Manifold Yaklaşım ve Projeksiyon (UMAP) ile manuel gatingin yanı sıra boyutsallık azaltma ve fenograf analizi yapıldı. Bu protokol, enfekte olmayan M1 hücrelerinde cd64, CD86, TLR2, HLA-DR ve CCR7 seviyelerinin yükselmesiyle karakterize etkili M1/M2 polarizasyonuna neden olurken, enfekte olmayan M2 hücreleri CD163, CD200R, CD206 ve CD80’in güçlü bir yukarı regülasyonunu sergiledi. M1 polarize hücreler tipik olarak M2 polarize hücrelere kıyasla daha az bakteri içeriyordu. Mtb enfeksiyonundan sonra birkaç M1/M2 belirteci küçültülmüştür, bu da Mtb’nin makrofaj polarizasyonunu modüle atedebileceğini göstermektedir. Ayrıca, farklı boyutlardaki 24 farklı hücre kümesinin, enfeksiyon sonrası 24 saat boyunca M1 ve M2 enfekte olmayan ve Mtb ile enfekte olmuş hücreler arasında benzersiz bir şekilde dağıtıldığı bulunmuştur. Bu M1/M2 akış sitometrisi protokolü Mtb-makrofaj araştırmalarında omurga olarak kullanılabilir ve farklı araştırma alanlarındaki özel ihtiyaçlar için benimsenebilir.
Makrofajlar, doku homeostazının, iltihabın ve hastalık patolojilerinin düzenlenmesine önemli ölçüde katkıda bulunan bağışıklık hücreleridir. Doğuştan gelen bağışıklığın önemli bir bileşeni olan hücrelerin monosit-makrofaj soyu, plastisitelerini ve farklı anatomik ve immünolojik konumlara adaptasyonlarını yansıtan değiştirilmiş çevresel ipuçlarına yanıt olarak heterojen fenotipleri ifade eder1. Mikroçevrimde bulunan büyüme faktörlerine, sitokinlere ve diğer aracılara bağlı olarak, makrofajlar, her biri bakteriyel kontrol ve boşlukta farklı bir role sahip iki ana geri dönüşümlü popülasyona kategorize edilmiştir2: pro-enflamatuar, klasik olarak aktive edilmiş M1 polarize makrofajlar ve başlangıçta T yardımcı (Th) hücre isimlendirmesini taklit etmek için adlandırılan anti-enflamatuar, alternatif olarak aktive edilmiş M2 polarize makrofajlar3. Makrofaj aktivasyonu ve farklılaşması doğrusal olmadığı için, immün polarize makrofajların bu gruplanması genellikle basit olarak kabul edilir, ancak daha doğru bir şekilde, her popülasyonun hastalık gelişimi ve ilerlemesi sonucu4, 5,6,7‘de farklı özelliklere ve işlevsel rollere sahip olduğu bir süreklilik olarak gösterilmiştir. Bununla birlikte, M1/M2 makrofaj modeli ile birkaç farklı araştırma alanında kullanılabilecek çok sayıda deneysel avantaj vardır.
Mycobacterium tuberculosis (Mtb) tüberkülozun (TB) etken maddesidir ve her saniye bir kişiye bulaştığı tahmin edilmektedir ve dünyanın en ölümcül tek enfeksiyöz ajanı olarak kabul edilmektedir (Küresel TB raporu 2019). Solunum yolu Mtb enfeksiyonunun ana yolu olduğundan, alveolar makrofajlar Mtb ile enfekte olmak için tercih edilen konak hücrelerdir ve akciğerlerde Mtb için hem birincil bariyerleri hem de enfeksiyöz rezervuarı temsil eder. Farklı uyaranlara yanıt olarak makrofaj polarizasyonu7 yıl boyunca ve yayınlanan çalışmaların çoğunda kapsamlı bir şekilde incelenmiştir, Monosit kültürlerinin in vitro M1 polarizasyonu IFN-γ ve LPS8,9ile birlikte Granülosit-Makrofaj Koloni Uyarıcı Faktörü (GM-CSF) tarafından indüklenirken, M2 polarizasyonu Makrofaj Koloni Uyarıcı Faktörü (M-CSF) ve IL-4 10,11ile indüklenmiştir. M1 makrofajları hücre içi patojenlere karşı antimikrobiyal yanıtlara aracılık eden ve antitümör bağışıklıkta önemli bir role sahip güçlü efektör hücrelerdir12. Öte yandan, M2 makrofajları anti-enflamatuar bir işleve, yüksek fagositik kapasiteye sahiptir ve esas olarak yara iyileşmesi ve doku onarımının yanı sıra parazit enfeksiyonlarında da yer almaktadır12. Buna göre, M1 makrofajları Mtb’nin hücre içi kontrolünde M2 makrofajlara göre daha etkili olarak görülür13. Bununla birlikte, Mtb bakterileri ayrıca doğuştan gelen bağışıklığı14 , 15 , 16,17’yiyıkmak için makrofaj polarizasyonunu modüle etmepotansiyelinesahiptir.
Periferik kan18’denelde edilen monositlerin farklılaşmasından makrofajlar üretmek yaygın olsa da, makrofajlar indüklenmiş pluripotent kök hücrelerden (iPSC’ ler)19 veya farelerden kemik iliği türevi makrofajlardan da üretilebilir20,21. Bunlar, monosit/makrofaj progenitörlerinden elde edilen ve olgun makrofaj benzeri hücrelerin homojen popülasyonuna çoğalacak ve farklılaşacak birincil makrofaj hücrelerini incelemek için uygulanabilir tekniklerdir. Bununla birlikte, bu protokoller nadiren elde edilen hücrelerin fenotipi ve işlevi hakkında derinleşmiş bilgi sağlar veya in vivo elde edilen makrofajlar arasında gözlenen doğal heterojenliği hesaba katmaz. Mtb sıkı bir insan patojeni olduğundan, Mtb’yi insanlaştırılmış model sistemlerinde incelemenin de bir avantajı vardır. Akış sitometrisi, süspansiyon22’dekitek hücrelerin birden fazla fenotipik ve fonksiyonel özelliklerini değerlendirme imkanı sunan güçlü bir teknolojidir Otofluoresan 23,24olarak da bilinen makrofajlar gibi yapışan hücrelerle oldukça zor olabilecek bir şey. Sıkı yapışan makrofajların kimyasal müfrezesine ek olarak, Mtb enfeksiyonu, Mtb ile enfekte makrofajların akış sitometrik analizlerinde başka bir karmaşıklık seviyesi ekleyen hücrelere önemli bir stres faktörü oluşturabilir.
Bu deneysel protokolde, virülan laboratuvar Mtb strain H37Rv ile enfekte olan primer periferik-kan-monosit türevi hücrelerin immün polarizasyonuna dayanan ve seçilen M1 ve M2 belirteçlerinin ifadesini içeren 10 renkli bir panel kullanılarak akış sitometrisi ile analiz edilen daha önce kurulmuş bir insan makrofaj enfeksiyonu modeli kullandık25. Bu protokol, M1 veya M2 polarize monosit türevli makrofajlarda Mtb enfeksiyonuna verilen yanıtları incelemek için etkili ve tekrarlanabilir bir yöntem sağlar. Ek olarak, yapışan Mtb ile enfekte makrofajlarda akış sitometrisi kullanımı, geleneksel M1 ve M2 makrofajları ile ilişkili çeşitli yüzey belirteçlerini ve Mtb enfeksiyonuna boyuna yanıtlarını incelememizi sağlar. Daha da önemlisi, bu protokol diğer patojenlerle enfeksiyonların araştırılması, anti-tümör çalışmalarında veya enflamatuar durumların çalışmalarında, ilaç taraması vb.
Bu deneysel protokol, miyeloid türevli hücrelerin M1 veya M2 fenotiplerine etkili polarizasyonunu açıklar, buna GFP etiketli Mtb’nin çeşitli makrofaj alt kümelerinde görselleştirilmesine ve derin karakterizasyonuna izin veren 10 renkli akış sitometri paneli ile değerlendirme de dahildir. TB eski bir insan hastalığı olmasına rağmen, şu anda Mtb-makrofaj etkileşimlerini incelemek için altın standart bir model yoktur ve makrofajların çok renkli akış sitometrisi lenfosit yanıtlarının analizlerine kıyasla karmaşık olabilir. İnsan monositlerinin makrofajlara in vitro farklılaşması için mevcut birkaç protokol, üretilen makrofajların türü hakkında derin bilgi sunar. Makrofaj polarizasyonu ve akış sitometrik değerlendirmesi için temel bir protokol, katı bir işaret paneli kullanarak makrofaj aktivasyonunun bu tür bir karakterizasyonu kolaylaştırabilir ve farklı koşullar altında tedavi edilen polarize hücrelerin ek özelliklerini keşfetme fırsatları sunabilir. Bu, in vitro kültürlü hücrelerin analizlerinin yanı sıra klinik örneklerde in vivo hücrelerin analizlerini, yani vücut sıvılarından (örneğin, bronkoalveoler lavaj) veya homojenize dokudan pbmc ve tek hücreli süspansiyonları içerir. Buna göre hastalardan elde edilen monosit ve makrofajların farklılaşması ve/veya aktivasyon durumu hastalık sonucu ile ilişkili olabilir. Pulmoner TBhastalarında periferik kanda CD16 + CD163+ monositlerin genişlemesi bildirilmiştir30. Atopik dermatit hastalarının iltihaplı derisinde cd163+ hücre sıklığının arttığı da tespit edildi31. Benzer şekilde, CD206+ M2 benzeri makrofajların adipozit dokusunun mikroçevrimi32’deki hücrelerin çoğalmasını ve farklılaşmasına engel olduğu ve akut miyeloid lösemi (AML)29hastalarından kemik iliği örneklerinde zenginleştirildiği gösterilmiştir. Osteoartritli hastaların tam kanında CD64 (M1) ile CD163 (M2) hücrelerinin yüksek oranının hastalık şiddeti33ile ilişkili olduğu bulunmuştur. Başka bir çalışmada, dokudaki yüksek M1 ekspresyonunun kötü huylu beyin tümörlerinin bir alt grubunda daha kötü sonuçla ilişkili olduğunu göstermek için CD86 (M1) ve CD163 (M2) kullanıldı34.
Bu deneysel M1/M2 akış sitometrisi protokolünün birkaç önemli avantajı vardır. Bu model, virülan Mtb enfeksiyonuna doğuştan gelen immün yanıtları inceleme fırsatı sağlar ve karışık lenfosit reaksiyonlarında (MLR’ ler) M1 veya M2 makrofajları ile birlikte otolog T hücreleri ekleyerek uyarlanabilir immün yanıtların çalışmalarını içerecek şekilde geliştirilebilir. Protokol ayrıca farklı immünomodülatör ve antimikrobiyal bileşiklerin ilaç taraması ve testleri için de uygundur. Burada, daha önce D vitamini ve histone deacetylaz inhibitörü fenilbütiratın Mtb enfeksiyonundan sonra miyeloid türevli hücreler üzerindeki etkilerini inceledik25,35. M1/M2 akış sitometrisi, hücre kültürü süpernatantları veya hasta plazması ile koşullandırmadan sonra makrofaj aktivasyonunu değerlendirmek için de kullanılabilir. HIV veya helmintler veya TB-diyabet ko-morbiditesi ile TB ko-enfeksiyonu in vivo çalışmaları zor olsa da, daha az karmaşık M1 / M2 modeli in vitro eş morbiditelerin çalışmalarını kolaylaştırabilir. Aynı şekilde, protokol, hücrelerin Mtb enfektivitesini incelemek veya bireysel M1/M2 hücrelerinin fagositik ve antijen sunum kapasitesini araştırmak için iletim çalışmaları için kullanılabilir. M1/M2 akış sitometrisi, biyobelirteç ve aşı çalışmalarında, tedavi sırasında hastalık prognozlarını takip etmek ve miyeloid türevi hücreleri hedef alan tedavileri test etmek için de çekicidir. Daha da önemlisi, konfokal mikroskopi (Şekil 3D),gerçek zamanlı PCR, batı blot, multipleks tahlilleri ve kültür süpernatantındaki çözünür faktörlerin ELISA’sının yanı sıra GFP ekspresyonu (akış sitometrisi ve konfokal mikroskopi) ve koloni oluşturan birimler (CFU) kullanılarak hücre içi bakteriyel enfektivite ve büyümenin değerlendirilmesi. M1 veya M2 hücrelerinin Mtb-GFP bakterisi ile enfeksiyonu, tek hücre-RNA dizileme analizi için enfekte olmayan ve Mtb ile enfekte olmuş hücrelerin aynı örnekten sıralanarak sıralanarak sıralanarak enfekte olduğunu da sağlar.
Açıklanan protokolün hem teknik hem de bilimsel dezavantajları da dahil olmak üzere bazı sınırlamaları vardır. İnsan kanı bağışçılarından monosit türevli makrofajların kullanılmasının dezavantajı, donör değişkenliğinin genellikle yüksek olması ve hücrelerin insan dokularının fizyolojik ortamında polarize olmamasıdır. M1/M2 polarizasyon etkinliğindeki büyük değişkenlik veya donörler arasındaki Mtb-enfeksiyözlüğü, hem deneyim içi hem de deneyimsel varyasyonlarda sorunlara, düşük istatistiksel güce ve güvenilir sonuçlar elde etmek için birçok bağışçıyı dahil etme ihtiyacına neden olabilir. Ek olarak, PBMC’lerden monositlerin plastik yapışması, sonunda Mtb enfeksiyonundan sonra makrofaj polarizasyonunu ve hücre canlılığını etkileyebilecek rastgele bir MOI sağlayabilecek donöre bağımlı sayıda monosit / kuyu ile sonuçlanır. Protokoldeki kritik adımlar, makrofaj polarizasyonunu da etkileyebilecek hücre kültürlerini kirletmek için diğer hücre türlerini önlemek için uygun yıkamayı içerir. Çok düşük bir MOI gizli TB enfeksiyonunu taklit edebilirken, çok yüksek bir MOI hücreleri öldürür ve uygun bir MOI kullanmanın önemini vurgular. Ayrıca, akış sitometrisi analizleri için kullanılan bazı makrofaj alt kümelerinin önyargılı bir şekilde temsil edilmesine neden olabilecek, kopma üzerine sıkıca yapışan hücreleri almak zor olabilir. Akış sitometrisi analizinde önemli bir adım, boncuk kompanzasyon matrisinin doğru kullanımını ve doğru manuel gating sağlamak için lekelenmemiş hücreler veya FMO (Floresan Eksi Bir) kontrolleri gibi negatif kontrolleri içerir.
Diğer bir sınırlama, yerel doku ortamından değil, kandan elde edilen monositlerin polarizasyonunu içerir. İnsan TB’nin ayırt edici özelliği Mtb ile enfekte dokularda granülom oluşumudur ve bu nedenle TB’deki immünopatoloji tercihen lokal doku bölgesinde çalışılmalıdır. Bununla birlikte, monositler, hücrelerin GM-CSF12gibi enflamatuar sitokinlerin varlığında makrofajlara farklılaşabileceği iltihaplanma / enfeksiyon üzerine periferik kandan akciğere işe alınmaktadır. Daha da önemlisi, doku in vivosunun fizyolojik milieu’sunda, tb enfeksiyonunun kaderine katkıda bulunan çeşitli M1 ve M2 benzeri makrofaj popülasyonlarının bir karışımı ve farklı oranları da dahil olmak üzere makrofaj polarizasyonunun büyük bir heterojenliği muhtemeldir36. Daha önce TB37’demakrofaj aracılı granülom oluşumunun 3D etüdlerini sağlayan bir insan organotipik akciğer dokusu modeli geliştirdik. Deneysel dokuda TB granülom oluşumunu, efektör fonksiyonlarını ve M1/M2 oranını daha fazla incelemek için akciğer dokusu modeli ile birlikte mevcut M1/M2 polarizasyon protokolünün istismar edilmesi ilginç olabilir.
Bu M1/M2 akış mikropları protokolü, inhibitör ve inflamatuar yanıtlarla ilişkili özelliklerin değerlendirilmesi için yararlı olan genişletilmiş bir miyeloid belirteç panelini içerecek şekilde kolayca uyarlanabilir. Makrofaj yanıtlarını modüle edebilecek PD-1, SIRP-α, IDO ve arginazlar gibi inhibitör immün kontrol noktası moleküllerine büyük bir araştırma ilgisi vardır38. Bu bağlamda, miyeloid hücrelerin polarizasyonu, TB38dahil olmak üzere çeşitli hastalıklarda rol aldığı gösterilen immünoregülatör makrofajları (Mreg) veya miyeloid türevli baskılayıcı hücreleri (MDSC) destekleyen diğer uyaranları da içerebilir. M1/M2/Mreg makrofaj alt kümelerinin daha gelişmiş akış sitometri panelleri ayrıca sitokinlerin/kemokinlerin hücre içi boyanmasını içerebilir IL-1β, TNF-α, IL-10 ve MCP-1 veya indüklenebilir nitrik oksit (iNOS) ve antimikrobiyal peptitler gibi diğer çözünür faktörler veya efektör moleküller. Bu, T hücreleri için kapsamlı olarak açıklananlara benzer şekilde poli işlevli makrofaj yanıtlarını inceleme olanaklarını artırabilir39.
Şu anda, akış sitometri boyama panelleri, aynı anda birden fazla hücre alt kümesini ve moleküllerini immünofenotipleme yeteneği sağlayan 30-40 renge kadar içerebilir. Bu M1/M2 akış sitometri protokolünün temel deneysel kurulumu, çoğu eski ve yeni akış sitometreleri ile uyumlu bir omurga olarak kullanılabilir ve BSL-3 ortamında virülan Mtb ile çalışmanın getirdiği zorluklar da dahil olmak üzere bireysel ihtiyaçlara göre inşa edilebilir ve uyarlanabilir. Günümüzde, UMAP gibi boyutsallık azaltma teknikleri, yüksek boyutlu verilerin daha iyi görselleştirilmesi ve yorumlanması için gerekli olan tek hücreli çalışmalarda üretilen çok sayıda parametrenin analizini sağlayan akış sitometri yazılımının yeni sürümlerinde mevcuttur40. Akış sitometristindeki sürekli teknolojik gelişmeler, çok parametrik fenotiplemenin modern hücre sıralama yetenekleri ile kombinasyonu da dahil olmak üzere önümüzdeki yıllarda devam edecektir, burada bu protokol birkaç makrofaj bazlı Mtb enfeksiyonu testlerinde yararlı olabilir.
The authors have nothing to disclose.
İsveç Halk Sağlığı Kurumu’ndaki meslektaşlarımız Matilda Svensson ve Solomon Ghebremichael’e BSL-3 laboratuvarındaki yardımları için teşekkür ediyoruz.
Bu çalışma İsveç Kalp ve Akciğer Vakfı (HLF) (2019-0299 ve 2019-0302 SB), İsveç Araştırma Konseyi (VR) (2014-02592, 2019-01744 ve 2019-04720’den SB’ye), Antibiyotik Direncini Önleme Vakfı (Resist), Karolinska Institutet Foundations ve KID’den SB’ye (Marco Loreti için doktora eğitiminin kısmi finansmanı) Karolinska Enstitüsü’nden. ML, İsveç Çocuk Kanserleri Vakfı (TJ2018-0128 ve PR2019-0100) tarafından desteklendi.
8-well chamber slides | Lab-Tek | 154534 | |
BD Comp bead plus | BD | 560497 | |
Bovine Serum Albumin | Sigma-Aldrich | A7906 | |
DAPI Mounting media | Vector Laboratories | H-1200-10 | |
EDTA (0.5 M) | Karolinska University hospital, Huddinge | N/A | |
Falcon 6-well Flat Bottom plates | Corning Life Sciences | 353046 | |
Fetal bovine serum (FBS) | Sigma-Aldrich | F7524 | |
Formaldehyde | Sigma-Aldrich | F8775 | |
Glycerol (70%) | Karolinska University hospital, Huddinge | N/A | |
GM-CSF | Peprotech | 300-03 | |
Goat anti-mouse IgG Alexa Fluor 594 secondary antibody | Invitrogen | R37121 | Secondary antibody for CD64 |
Goat anti-Rabbit IgG Alexa Fluor 594 secondary antibody | Invitrogen | A-11037 | Secondary antibody for CD163 |
HEPES | GE Healthcare Life Sciences | SH30237.01 | |
IFN-γ | Peprotech | 300-02 | |
IL-4 | Peprotech | 200-04 | |
L-Glutamine | GE Healthcare Life Sciences | SH30034.01 | |
LPS (Escherichia coli O55:B5) | Sigma-Aldrich | L6529 | |
Lymphoprep | Alere Technologies AS | 11508545 | |
M-CSF | Peprotech | 300-25 | |
Middle Brook 7H10 agar plates | Karolinska University hospital, Huddinge | N/A | |
Middle Brook 7H9 media | Karolinska University hospital, Huddinge | N/A | |
Mouse anti-human CD64 primary antibody | Bio-Rad | MCA756G | Clone: 10.1 |
Na-pyruvate | GE Healthcare Life Sciences | SH300239.01 | |
Normal goat serum | Jackson ImmunoResearch | 005-000-121 | |
Rabbit anti-human CD163 primary antibody | GeneTex | GTX81526 | Polyclonal |
RPMI 1640 | Life Technologies Corporation | SH30096.01 | |
Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X-100 | |
TubeSpin bioreactor tubes | TPP Techno Plastic Products AG | 87050 | |
Tween-20 | Sigma-Aldrich | P9416 | |
Tween-80 | Sigma-Aldrich | P4780 |