Этот протокол предоставляет метод для изучения Mycobacterium туберкулезной инфекции в человеке M1- или M2-поляризованных макрофагов на основе дифференциации периферических-кровь-моноцитов макрофаг-как клетки, которые инфицированы GFP помечены вирулентного штамма H37Rv, и проанализированы с потоком цитометрии с помощью 10-цветной панели, включая выражение выбранных M1/M2 маркеров.
Макрофаги человека являются первичными клетками-хозяинами внутриклеточного микобактерий туберкулеза (Mtb) инфекции и, таким образом, играют центральную роль в иммунном контроле туберкулеза (ТБ). Мы создали экспериментальный протокол для последующей иммунной поляризации клеток миелоидного происхождения в M1 (классически активированные) или M2 (альтернативно активированные) макрофагоподобные клетки путем оценки с 10-цветной цитометрической панелью потока, которая позволяет визуализировать и глубокой характеристикой зелено-флуоресцентного белка (GFP) с маркировкой Mtb в различных подмножествах макрофагов. Моноциты, полученные от здоровых доноров крови, были поляризованы в клетки М1 или М2 с использованием дифференциации с гранулоцитов макрофагов-колоний-стимулирующий фактор (ГМ-CSF) или макрофаг-колония стимулирующий фактор (M-CSF), а затем поляризации с IFN-γ и липополисахарид (LPS) или IL-4, соответственно. Полностью поляризованные клетки M1 и M2 были инфицированы Mtb-GFP в течение 4 часов, прежде чем отдельные макрофаги Mtb были окрашены цитометрией потока в 4- или 24-часовой пост-инфекции. Приобретение образцов было выполнено с помощью цитометрии потока, и данные были проанализированы с помощью программного обеспечения для анализа цитометрии потока. Проведено ручное заготовка, а также уменьшение размерности с помощью единообразного многообразного приближения и проекции (UMAP) и фенографического анализа. Этот протокол привел к эффективной поляризации M1/M2, характеризующейся повышенными уровнями CD64, CD86, TLR2, HLA-DR и CCR7 на неинфицированных клетках M1, в то время как неинфицированные клетки M2 продемонстрировали сильное регулирование маркеров фенотипа M2 CD163, CD200R, CD206 и CD80. M1-поляризованные клетки обычно содержали меньше бактерий по сравнению с M2-поляризованными клетками. Несколько маркеров M1/M2 были вниз регулируется после инфекции Mtb, что свидетельствует о том, что Mtb может модулировать макрофаг поляризации. Кроме того, было установлено, что 24 различных клеточных кластера различных размеров были однозначно распределены между неинфицированными и инфицированными M2 клетками M1 и Mtb в течение 24 часов после инфицирования. Этот протокол цитометрии потока M1/M2 может быть использован в качестве основы в исследовании Mtb-макрофагов и быть принят для особых потребностей в различных областях исследований.
Макрофаги являются иммунными клетками, которые вносят значительный вклад в регуляции гомеостаза тканей, воспаления и патологий заболеваний. Будучи важным компонентом врожденного иммунитета, моноцитно-макрофаг линии клеток выражает неоднородные фенотипы в ответ на измененные экологические сигналы, которые отражают их пластичность и адаптацию к различным анатомическим и иммунологическимместам 1. В зависимости от факторов роста, цитокинов и других посредников, присутствующих в микрооквидении, макрофаги были разделены на две основные обратимые популяции, каждая из которыхиграет различную роль в бактериальном контроле и очистке 2: провоспалительные, классически активированные макрофаги M1 и противовоспалительные, альтернативно активированные M2-поляризованные макрофаги, которые первоначально были названы, чтобы имитировать T.T. Эта группировка иммунных поляризованных макрофагов часто считается упрощенной, так как активация и дифференциация макрофага не линейна, а более точно иллюстрируется как континуум, где каждая популяция имеет различные характеристики и функциональные роли в исходеразвития и прогрессирования заболевания 4,5,6,7. Тем не менее, существует множество экспериментальных преимуществ с моделью макрофагов M1/M2, которые могут быть использованы в нескольких различных областях исследований.
Микобактерий туберкулеза (МТБ) является причинным агентом туберкулеза (ТБ) и, по оценкам, инфицирует одного человека каждую секунду и считается самым смертоносным инфекционным агентом в мире (Global TB Report 2019). Поскольку дыхательные пути являются основным путем инфекции Mtb, альвеолярные макрофаги являются предпочтительными клетками-хозяинами, которые должны быть инфицированы Mtb и представляют собой как первичные барьеры, так и инфекционный резервуар для Mtb в легких. Макрофаг поляризации в ответ на различные стимулы был широко изучен на протяжениимногих лет 7 и в большинстве опубликованных работ, M1 поляризации моноцитов культур в пробирке индуцируется Гранулоцит-Макрофаг колонии Стимулирующий фактор (GM-CSF) вместе с IFN-γ и LPS8,9, в то время как M2 поляризация индуцируется с макрофаг колонии стимулирующий фактор (M-CSF) и IL-410,11. Макрофаги M1 являются мощными клетками-эффекторами, которые являются посредниками в борьбе с противомикробными реакциями против внутриклеточных патогенов и играют важную роль в противоопухолевомиммунитете 12. Макрофаги M2, с другой стороны, имеют противовоспалительную функцию, высокую фагоцитаную способность и в основном участвуют в заживлении ран и восстановлении тканей, а также впаразитарной инфекции 12. Соответственно, макрофаги M1 рассматриваются как более эффективные во внутриклеточном контроле Mtb по сравнению с макрофагами M213. Тем не менее, Mtb бактерии также имеют потенциал для модулировать макрофаг поляризации для подрыва врожденного иммунитета14,15,16,17.
Хотя он является общим для создания макрофагов от дифференциации моноцитов,полученных из периферической крови 18, макрофаги также могут быть получены из индуцированных плюрипотентныхстволовых клеток (iPSCs) 19 или из костного мозга полученных макрофаговот мышей 20,21. Это осуществимые методы для изучения первичных клеток макрофага, полученных из моноцитов / макрофаг прародителей, которые будут размножаться и дифференцироваться в однородной популяции зрелых макрофагов, как клетки. Однако эти протоколы редко дают углубленые знания о фенотипе и функции полученных клеток и не учитывают естественную неоднородность, наблюдаемую среди макрофагов, полученных in vivo. Поскольку Mtb является строгим патогеном человека, есть также преимущество для изучения Mtb в гуманизированных модельных системах. Цитометрия потока является мощной технологией, которая предлагает возможность оценить несколько фенотипических и функциональных характеристик отдельных клеток вподвеске 22, то, что может быть довольно сложной задачей с приверженцами клеток, таких как макрофаги, которые также известны как аутофторесцентные23,24. В дополнение к химическому отслоему твердо придерживаются макрофагов, Mtb инфекция может представлять собой значительный стресс-фактор для клеток, что добавляет еще один уровень сложности в потоке цитометрических анализов Mtb-инфицированных макрофагов.
В этом экспериментальном протоколе мы использовали ранее созданную модель инфекции макрофага человека, основанную на иммунной поляризации первичных периферических клеток моноцитов, которые заражены вирулентным лабораторным штаммом Mtb H37Rv, и проанализировали с помощью цитометрии потока с помощью 10-цветной панели, включая выражение выбранных маркеров M1 и M225. Этот протокол обеспечивает эффективный и воспроизводимый метод для изучения реакции на инфекцию Mtb в M1 или M2 поляризованных моноцитов полученных макрофагов. Кроме того, использование цитометрии потока на адепте Mtb-инфицированных макрофагов позволяет нам изучать различные поверхностные маркеры, связанные с обычными макрофагами M1 и M2 и их продольной реакцией на инфекцию Mtb. Важно отметить, что этот протокол может быть легко принят для исследования инфекций с другими патогенами, в противоопухолях исследованиях или в исследованиях воспалительных заболеваний, для скрининга наркотиков и т.д., а также может быть использован для оценки макрофаговой поляризации M1/M2 в клинических образцах человека.
Этот экспериментальный протокол описывает эффективную поляризацию клеток миелоидного происхождения в фенотипы M1 или M2, включая оценку с помощью 10-цветной панели цитометрии потока, которая позволяет визуализировать и глубоко охарактеризовать GFP-маркированную Mtb в различных подмножествах макрофагов. Хотя туберкулез является древним заболеванием человека, в настоящее время нет золотой стандартной модели для изучения Mtb-макрофаг взаимодействия, и многоцветный поток цитометрии макрофагов может быть сложным по сравнению с анализом реакций лимфоцитов. Немногие доступные протоколы для дифференциации моноцитов человека на макрофаги представляют глубокие знания о типе генерируемых макрофагов. Базовый протокол макрофаговой поляризации и цитометрической оценки цитометрической оценки активации макрофагов с использованием твердой панели маркеров, вероятно, может облегчить такую характеристику и предложить возможности для изучения дополнительных особенностей поляризованных клеток, обработанных в различных условиях. Это включает в себя анализ клеток, культурных in vitro, а также анализ клеток in vivo в клинических образцах, т.е. как PBMC, так и одноклеточных суспензий из жидкостей организма (т.е. бронхоалвеолярного лаважа) или гомогенизированных тканей. Соответственно, дифференциация и/или активация моноцитов и макрофагов, полученных от пациентов, могут быть связаны с исходом заболевания. Расширение CD16иCD163моноцитов в периферической крови были зарегистрированы у больных легочным туберкулезом30. Повышенная частота CD163и клеток была также обнаружена в воспаленной коже пациентов с атопическим дерматитом31. Аналогичным образом, CD206и M2-как макрофаги были показаны, чтобы ингибировать пролиферацию и дифференциацию клеток в микроокноронизмежировой ткани 32 и быть обогащены в образцах костного мозга от пациентов с острым миелоидным лейкозом (AML)29. Было установлено, что повышенное соотношение клеток CD64 (M1) и CD163 (M2) в крови пациентов с остеоартритом связано стяжестью заболевания 33. Другое исследование использовало CD86 (M1) и CD163 (M2), чтобы продемонстрировать, что высокое выражение M1 в тканях коррелирует с худшим исходом в подгруппе злокачественныхопухолей головного мозга 34.
Есть несколько существенных преимуществ этого экспериментального протокола цитометрии потока M1/M2. Эта модель дает возможность изучать врожденные иммунные реакции на вирулентную инфекцию Mtb и может быть разработана для сдерживания исследований адаптивных иммунных реакций путем добавления аутологичные Т-клетки вместе с M1 или M2 макрофагов в смешанных лимфоцитных реакций (MLRs). Протокол также подходит для скрининга и тестирования различных иммуномодулирующих и противомикробных соединений. Здесь мы ранее изучали влияние витамина D и ингибитора дицетилазы гистона фенилбутирата на клетки, полученные из миелоида после инфекции Mtb25,35. Цитометрия потока M1/M2 также может быть использована для оценки активации макрофагов после кондиционирования супернатантами клеточной культуры или плазмой пациента. Хотя исследования по совместной инфекции туберкулеза ВИЧ или гельминтами или со-заболеваемость туберкулезом и диабетом могут быть сложными, менее сложная модель М1/М2 может облегчить исследования со-заболеваемости в пробирке. Аналогичным образом, протокол может быть использован для исследования передачи для изучения инфекции Mtb клеток или для исследования фагоцитов, а также антигена презентационой способности отдельных клеток M1/M2. Цитометрия потока M1/M2 также привлекательна для использования в исследованиях биомаркеров и вакцин, для последующего прогноза заболевания во время лечения и для тестирования методов лечения, ориентированных на клетки, полученные из миелоидов. Важно отметить, что параллельно с цитометрией потока можно было бы применять ряд различных методов для одновременной оценки фенотипов макрофагов поляризации и функциональных реакций с использованием конфокаляковой микроскопии(рисунок 3D), ПЦРв режиме реального времени, западная помарка, мультиплексные анализы и ELISA растворимых факторов в культуре супернатанта, а также оценка внутриклеточной бактериальной инфекционности и роста с использованием GFP-экспрессии (цитометрия потока и конфокальная микроскопия) и единиц формирования колоний (CFU). Инфекция клеток М1 или М2 бактериями Mtb-GFP также позволяет сортировать неинфицированные и зараженные Mtb клетки из одного образца для анализа секвенирования одноклеточной РНК.
Описанный протокол также имеет некоторые ограничения, включая как технические, так и научные недостатки. Недостатком использования макрофагов, полученных из моноцитов, от доноров крови человека является то, что изменчивость донора часто высока, и тот факт, что клетки не поляризованы в физиологической среде тканей человека. Большая изменчивость эффективности поляризации М1/М2 или Mtb-инфекции между донорами может привести к проблемам как с внутри-, так и с межсексментальными колебаниями, низкой статистической мощностью и необходимостью включения многих доноров для получения надежных результатов. Кроме того, пластическое присоединение моноцитов от ПБМТ приводит к зависимости от донора количеству моноцитов/хорошо, что в конечном итоге может обеспечить произвольный МВД, который может повлиять на макрофаг поляризации и жизнеспособности клеток после инфекции Mtb. Критические шаги в протоколе включает в себя надлежащее мытье, чтобы предотвратить другие типы клеток, чтобы загрязнить клеточные культуры, которые также могут повлиять на поляризацию макрофагов. В то время как слишком низкий МВД может имитировать скрытую инфекцию туберкулеза, слишком высокий МВД убьет клетки, подчеркивая важность использования соответствующего МВД. Кроме того, может быть трудно получить твердо приверженных клеток при отслоении, что может привести к предвзятому представлению некоторых подмножеству макрофагов, используемых для анализа цитометрии потока. Важным шагом в анализе цитометрии потока включает в себя правильное использование матрицы компенсации бисера и отрицательных элементов управления, таких как необлоленные клетки или FMO (Флуоресценция Минус Один) элементы управления для обеспечения правильного ручного gating.
Другое ограничение включает в себя поляризацию моноцитов, полученных из крови, а не из местной среды тканей. Отличительной чертой туберкулеза человека является образование гранулем в ткани, инфицированных МТБ, и, таким образом, иммунопатологию при туберкулезе следует преимущественно изучать на местном участке тканей. Тем не менее, моноциты набираются в легкие из периферической крови при воспалении/инфекции, где клетки могут дифференцироваться в макрофаги в присутствии воспалительных цитокинов, таких как GM-CSF12. Важно отметить, что в физиологической среде ткани in vivo, существует вероятность большой неоднородности макрофаговой поляризации, включая смесь и различные соотношения различных популяций макрофагов, похожих на M1- и M2, которые способствуют судьбе туберкулезнойинфекции 36. Ранее мы разработали модель органотипической ткани легких человека, которая позволяет 3D-исследования макрофагов опосредованного образования грануломы вТБ 37. Было бы интересно использовать текущий протокол поляризации M1/M2 в сочетании с моделью легочной ткани для дальнейшего изучения образования грануломы туберкулеза, функций эффектора и соотношения M1/M2 в экспериментальной ткани.
Этот протокол M1/M2 flowcytometry можно было бы легко адаптировать к расширенной панели миелоидных маркеров, полезных для оценки функций, связанных с ингибиторными, а также воспалительными реакциями. Существует большой интерес исследований в ингибирующие молекулы иммунной контрольно-пропускной пункт, такие как PD-1, SIRP-α, IDO и аргиназы, которые могли бы модулировать макрофагответы 38. В этом контексте поляризация миелоидных клеток может также включать другие стимулы, которые способствуют иммунорегуляторных макрофагов (Mreg) или миелоидных клеток супрессора (MDSC), который, как было показано, участвует в нескольких заболеваниях, включаяТБ 38. Более продвинутые цитометрические панели потока подмножества макрофагов M1/M2/Mreg могут также включать внутриклеточное окрашивание цитокинов/хемокинов IL-1, TNF-α, IL-10 и MCP-1 или другие растворимые факторы или молекулы-эффекторы, такие как неизгладимый оксид азота (iNOS) и антимикробные пептиды. Это может расширить возможности для изучения полифункциональных реакций макрофагов, аналогичных тому, что было широко описано для Т-клеток39.
В настоящее время цитометрические окрашивающие панели потока могут включать до 30-40 цветов, что обеспечивает возможность иммунофенотипа нескольких клеточных подмножество и молекул одновременно. Базовая экспериментальная настройка этого протокола цитометрии потока M1/M2 может быть использована в качестве основы, которая совместима с большинством старых, а также новых цитометров потока и может быть построена и адаптирована в соответствии с индивидуальными потребностями, включая проблемы, связанные с работой с вирулентным Mtb в среде BSL-3. В настоящее время методы уменьшения размерности, такие как UMAP доступны в новых версиях программного обеспечения цитометрии потока, что позволяет анализ большого количества параметров, генерируемых в одноклеточных исследований, что имеет важное значение для улучшения визуализации и интерпретации высокомерныхданных 40. Постоянные технологические усовершенствования цитометрии потока, вероятно, будут продолжаться и в ближайшие годы, включая сочетание многокатриметрического фенотипирования вместе с современными возможностями сортировки клеток, где этот протокол может оказаться полезным в нескольких анализах инфекции Mtb на основе макрофагов.
The authors have nothing to disclose.
Мы благодарим наших коллег из Агентства общественного здравоохранения Швеции Матильду Свенссон и Соломона Гебремихаэля за помощь в лаборатории BSL-3.
Эта работа была поддержана грантами Шведского фонда сердца и легких (HLF) (2019-0299 и 2019-0302 до SB), Шведского исследовательского совета (VR) (2014-02592, 2019-01744 и 2019-04720 до SB), Фонд по предотвращению устойчивости к антибиотикам (сопротивление), Каролинский институт фондов и KID в SB (частичное финансирование докторского образования для Марко Лорети) из Каролинского института. ML была поддержана Шведским детским онкологическим фондом (TJ2018-0128 и PR2019-0100).
8-well chamber slides | Lab-Tek | 154534 | |
BD Comp bead plus | BD | 560497 | |
Bovine Serum Albumin | Sigma-Aldrich | A7906 | |
DAPI Mounting media | Vector Laboratories | H-1200-10 | |
EDTA (0.5 M) | Karolinska University hospital, Huddinge | N/A | |
Falcon 6-well Flat Bottom plates | Corning Life Sciences | 353046 | |
Fetal bovine serum (FBS) | Sigma-Aldrich | F7524 | |
Formaldehyde | Sigma-Aldrich | F8775 | |
Glycerol (70%) | Karolinska University hospital, Huddinge | N/A | |
GM-CSF | Peprotech | 300-03 | |
Goat anti-mouse IgG Alexa Fluor 594 secondary antibody | Invitrogen | R37121 | Secondary antibody for CD64 |
Goat anti-Rabbit IgG Alexa Fluor 594 secondary antibody | Invitrogen | A-11037 | Secondary antibody for CD163 |
HEPES | GE Healthcare Life Sciences | SH30237.01 | |
IFN-γ | Peprotech | 300-02 | |
IL-4 | Peprotech | 200-04 | |
L-Glutamine | GE Healthcare Life Sciences | SH30034.01 | |
LPS (Escherichia coli O55:B5) | Sigma-Aldrich | L6529 | |
Lymphoprep | Alere Technologies AS | 11508545 | |
M-CSF | Peprotech | 300-25 | |
Middle Brook 7H10 agar plates | Karolinska University hospital, Huddinge | N/A | |
Middle Brook 7H9 media | Karolinska University hospital, Huddinge | N/A | |
Mouse anti-human CD64 primary antibody | Bio-Rad | MCA756G | Clone: 10.1 |
Na-pyruvate | GE Healthcare Life Sciences | SH300239.01 | |
Normal goat serum | Jackson ImmunoResearch | 005-000-121 | |
Rabbit anti-human CD163 primary antibody | GeneTex | GTX81526 | Polyclonal |
RPMI 1640 | Life Technologies Corporation | SH30096.01 | |
Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X-100 | |
TubeSpin bioreactor tubes | TPP Techno Plastic Products AG | 87050 | |
Tween-20 | Sigma-Aldrich | P9416 | |
Tween-80 | Sigma-Aldrich | P4780 |