Dieses Protokoll stellt einen Workflow für die Sub-mm-2D-Visualisierung mehrerer lamitischer anorganischer Nährstoff- und Schadstoffspezies mit diffusiven Gradienten in Dünnschichten (DGT) in Kombination mit Massenspektrometrie-Bildgebung dar. Solute Probenahme und hochauflösende chemische Analyse werden detailliert für die quantitative Kartierung von Gelösten in der Rhizosphäre von terrestrischen Pflanzen beschrieben.
Wir beschreiben ein Verfahren zur zweidimensionalen (2D) Visualisierung und Quantifizierung der Verteilung von labile (d.h. reversibel adsorbierten) anorganischen Nährstoffen (z. B. P, Fe, Mn) und Kontaminanten (z. B. As, Cd, Pb) gelösten Arten im Boden, die an Pflanzenwurzeln (die “Rhizosphäre”) bei submillimeter bedingter Raumauflösung angrenzen. Das Verfahren kombiniert die senksenkende Solute-Probenahme durch die diffusiven Gradienten in Dünnschichten (DGT) mit räumlich aufgelöster chemischer Analyse mittels laserablationsinduktiv gekoppelter Plasmamassenspektrometrie (LA-ICP-MS). Die DGT-Technik basiert auf dünnen Hydrogelen mit homogen verteilten Analyt-selektiven Bindungsphasen. Die Vielfalt der verfügbaren Bindungsphasen ermöglicht die Herstellung verschiedener DGT-Geltypen nach einfachen Gelherstellungsverfahren. Für den Einsatz von DGT-Gelen in der Rhizosphäre werden Pflanzen in flachen, transparenten Wachstumsbehältern (Rhizotronen) angebaut, die minimalinvasiven Zugang zu einem bodengewachsenen Wurzelsystem ermöglichen. Nach einer Vorwachstumsphase werden DGT-Gele auf ausgewählte Regionen von Interesse für in situ-Solute-Proben in der Rhizosphäre angewendet. Anschließend werden DGT-Gele abgerufen und für die anschließende chemische Analyse der gebundenen Gelösten mittels LA-ICP-MS Line-Scan-Bildgebung vorbereitet. Die Anwendung der internen Normalisierung mittels 13C und die externe Kalibrierung mit Matrix-matched Gel-Standards ermöglichen die Quantifizierung der 2D-Gelöstenflüsse. Diese Methode ist einzigartig in ihrer Fähigkeit, quantitative 2D-Bilder von Mehrelement-Gelösten in Boden-Pflanzen-Umgebungen zu erzeugen, die die erreichbare räumliche Auflösung anderer Methoden zur Messung von gelösten Gradienten in der Rhizosphäre wesentlich übersteigen. Wir stellen die Anwendung und Bewertung des Verfahrens zur Abbildung mehrerer kationischer und anionischer soluteArten in der Rhizosphäre terrestrischer Pflanzen vor und weisen auf die Möglichkeit hin, diese Methode mit komplementären solute bildgebenden Verfahren zu kombinieren.
Die Nährstoffaufnahme durch Kulturpflanzen ist ein Schlüsselfaktor für die Bestimmung der Ernteproduktivität. Die Prozesse für die effiziente Aufnahme von Nährstoffen durch Kulturen wurden intensiv untersucht, insbesondere die Mechanismen zur Kontrolle der Nährstoffverfügbarkeit und der Nährstoffinternalisierung durch Pflanzenwurzeln an der Bodenwurzelschnittstelle, der Rhizosphäre, werden für ihre Rolle bei der Erfassung von Pflanzennährstoffen anerkannt. Wichtige Prozesse für die Aufnahme von Pflanzennährstoffen sind: Nährstofftransport zur Wurzel; dynamische Sorptionsgleichgewichte zwischen Arten, die sich im Bodenporenwasser gelöst haben, und Arten, die an feste Bodenoberflächen gebunden sind; mikrobielle Konkurrenz um Nährstoffe; mikrobielle Mineralisierung von Nährstoffen, die in organischen Bodenstoffen enthalten sind; und Nährstoffinternalisierung in das Wurzelsymplasma. Die Aufnahme von anorganischen Spurenmetall(oid) Verunreinigungen wird weitgehend durch die gleichen Mechanismen gesteuert.
Je nach Verfügbarkeit von Nährstoffen und Schadstoffen, Pflanzenbedarf und Diffusivität im Boden können differenzielle Nährstoffmuster in der Rhizosphäre beobachtet werden. Für stark sorbierende Elemente mit vergleichsweise hohen Internalisierungsraten (z.B. P, Fe, Mn, Zn, As, Cd, Pb), Erschöpfung der labilen (d.h. reversibel adsorbierten) Elementfraktion im Vergleich zum Schüttgutboden gefunden, wobei die Erschöpfungszonen oft ≤1 mm betragen, während sich für mobilere Nährstoffe wie NO3–Erschöpfungszonen bis zu mehrerenZentimeternerstrecken können. Darüber hinaus wurde die Anhäufung von Elementen wie Al und Cd beobachtet, wenn die Verfügbarkeit die AufnahmeratenderAnlage 2,3übersteigt.
Angesichts der Bedeutung von Rhizosphärenprozessen im Nährstoff- und Schadstoffkreislauf wurden mehrere Techniken zur Messung der pflanzenverfügbaren Elementfraktion mit hoher räumlicher Auflösung entwickelt4,5. Die Messung kleiner labiler Solute-Verteilungen hat sich jedoch aus mehreren Gründen als herausforderunglich erwiesen. Eine große Schwierigkeit besteht darin, sehr kleine (niedrige L-Bereich) Volumen von Boden und/oder Porenwasser an definierten Positionen neben lebenden Pflanzenwurzeln zu beproben, um die steilen Nährstoffgradienten in der Rhizosphäre zu beheben. Ein Ansatz, um dieses Problem anzugehen, ist die Verwendung von Mikrosaugnäpfen für die Extraktion von Porenwasserproben6. Mit dieser Methode maßen A. Göttlein, A. Heim und E. Matzner7 die Porenwassernährstoffkonzentrationen in der Nähe von Quercus robur L. Wurzeln mit einer räumlichen Auflösung von 1 cm. Eine Schwierigkeit bei der Analyse der Boden- oder Bodenlösungsvolumina besteht darin, dass diese kleinen Probenvolumina in Kombination mit den geringen Konzentrationen aller bis auf die wichtigsten Nährstoffarten hochsensible chemische Analysetechniken erfordern.
Ein alternatives System, das in der Lage ist, Nährstoffgradienten mit einer Auflösung von bis zu 0,5 mm aufzulösen, besteht darin, eine Wurzelmatte auf der Oberfläche eines Bodenblocks zu züchten, wobei eine dünne hydrophile Membranschicht den Boden von den Wurzeln8,9trennt. In dieser Konfiguration können Solutes durch die Membran passieren und Wurzeln können Nährstoffe und Verunreinigungen aus dem Boden aufnehmen, während Wurzelausscheidungen in den Boden diffundieren können. Nach dem Aufbau einer dichten Wurzelschicht kann der Bodenblock beprobt und in Scheiben geschnitten werden, um Bodenproben für die nachfolgende Extraktion von Elementfraktionen zu erhalten. Auf diese Weise können eindimensionale Nährstoffe und Schadstoffgradienten, die über eine relativ große Fläche gemittelt sind (ca. 100 cm2), analysiert werden.
Eine weitere Herausforderung besteht darin, Proben der lamitischen, pflanzenverfügbaren Elementfraktion zu erhalten, da die meisten chemischen Bodenextraktionstechniken sehr unterschiedlich arbeiten als die Mechanismen, mit denen Pflanzen Nährstoffe und Verunreinigungen aufnehmen. In vielen Bodenextraktionsprotokollen wird der Boden mit einer Extraktanlösung vermischt, um ein (Pseudo-)Gleichgewicht zwischen gelöster und sorbierter Elementfraktion herzustellen. Pflanzen verinnerlichen jedoch kontinuierlich Nährstoffe und erschöpfen daher oft zunehmend den Boden der Rhizosphäre. Obwohl Gleichgewichtsextraktionsprotokolle weithin als Bodentests angenommen wurden, da sie einfach umzusetzen sind, stellt die extrahierte Nährstofffraktion oft nicht die pflanzenverfügbare Nährstofffraktion gut10,11,12,13dar. Sinkmethoden, die den beprobten Boden kontinuierlich für Nährstoffe aufbrauchen, wurden als vorteilhafte Methoden vorgeschlagen und können dem zugrunde liegenden Nährstoffaufnahmemechanismus besser ähneln, indem sie die Wurzelaufnahmeprozesse10,11,14,15imitieren.
Zusätzlich zu den oben beschriebenen Methoden wurden echte Bildgebungsanwendungen entwickelt, die in der Lage sind, kontinuierliche Parameterkarten mit Auflösungen≤100 m über Sichtfelder von mehreren cm2 hinweg zu messen. Die Autoradiographie kann verwendet werden, um die Elementverteilung in der Rhizosphäre abzubilden, sofern geeignete Radioisotope verfügbar sind16. Planare Optodes ermöglichen die Visualisierung wichtiger bodenchemischer Parameter wie pH undpO 217,18,19, und Enzymaktivität oder totale Proteinverteilungen können mit fluoreszierenden Indikator-Bildgebungstechniken wie Bodenzymographie20,21,22,23 und/oder Wurzelblotting-Methoden24abgebildet werden. Während Zymographie und Autoradiographie auf die Messung eines einzelnen Parameters beschränkt sind, können pH- und pO2-Bildgebung mit planaren Optoden gleichzeitig durchgeführt werden. Die traditionelleren Root-Mat-Techniken liefern nur 1D-Informationen, während Mikrosaugnäpfe Punktmessungen oder 2D-Informationen mit niedriger Auflösung bereitstellen, jedoch ermöglichen beide Ansätze eine Multi-Elemente-Analyse. In jüngerer Zeit präsentierten P. D.Ilhardt , et al.25 einen neuartigen Ansatz mit hilfe der laserinduzierten Abbauspektroskopie (LIBS), um 2D-Gesamt-Multielementverteilungen mit einer Auflösung von 100 m in Bodenwurzelkernproben zu kartieren, bei denen die natürliche Elementverteilung durch sorgfältige Probenvorbereitung erhalten wurde.
Die einzige Technik, die in der Lage ist, gezielt 2D-Proben von mehreren Nährstoff- und Schadstoffsolutes bei hoher räumlicher Auflösung durchzuführen, sind die diffusiven Gradienten in der Thin-Films-Technik (DGT), eine senklassbasierte Probenahmemethode, die labile Spurenmetall(loid) In-situ auf einem in eine Hydrogelschicht eingebetteten Bindungsmaterial26,27immobilisiert. DGT wurde als chemische Spezifiationstechnik zur Messung von Labile-Solutes in Sedimenten und Gewässern eingeführt und bald für den Einsatz in Böden28eingeführt. Es ermöglicht eine Sub-mm-Skala multi-Elemente-Solute-Bildgebung, die ursprünglich in einem Flusssediment29demonstriert wurde und für seine Anwendung in Pflanzenrhizosphären30,31,32,33weiterentwickelt wurde.
Für die DGT-Probenahme wird ein Gelblech von einer Größe von ca. 3 cm x 5 cm auf eine einzelne Pflanzenwurzel aufgetragen, die in der Oberflächenschicht eines Bodenblocks wächst und eine hydrophile Membran das Gel vom Boden trennt. Während der Kontaktzeit diffundieren labile Nährstoffe und/oder Verunreinigungen in Richtung Gel und werden sofort durch das im Gel enthaltene Bindungsmaterial gebunden. Auf diese Weise wird ein Konzentrationsgradient und damit ein kontinuierlicher Nettofluss zum Gel festgestellt und setzt sich während der Probenahmezeit durch. Nach der Probenahme kann das Hydrogel mit einer analytischen chemischen Technik entfernt und analysiert werden, die eine räumlich aufgelöste Analyse ermöglicht. Eine hochspezialisierte und häufig eingesetzte Technik ist die laserablation induktiv gekoppelte Plasmamassenspektrometrie (LA-ICP-MS). In einigen frühen Studien wurde auch die mikropartikelinduzierte Röntgenemission (PIXE) verwendet29. Die DGT-Probenahme in Kombination mit der LA-ICP-MS-Analyse ermöglicht eine chemische Multielement-Bildgebung bei einer räumlichen Auflösung von 100 m. Werden hochsensible ICP-MS-Techniken (z. B. Sektorbereich ICP-MS) eingesetzt, können außergewöhnlich niedrige Nachweisgrenzen erreicht werden. In einer Studie über die Wirkung von Liming auf Zn und Cd-Aufnahme durch Mais15konnten wir labile Cd in der Maisrhizosphäre in nicht kontaminierten Böden mit einer Nachweisgrenze von 38 pg cm-2 cd pro Gelfläche kartieren. DGT, planare Optodes und Zymographie basieren auf der Diffusion des Zielelements aus dem Boden in eine Gelschicht, die für die kombinierte Anwendung dieser Methoden genutzt werden kann, um gleichzeitig oder nacheinander eine große Anzahl von Parametern abzubilden, die für die Aufnahme von Pflanzennährstoffen und Kontaminanten relevant sind. Detaillierte Informationen über analytische chemische Aspekte der DGT-Bildgebung, über das Potenzial der Kombination von DGT und anderen bildgebenden Verfahren sowie über ihre Anwendungen werden in Ref.34,35umfassend geprüft.
In diesem Artikel beschreiben wir, wie ein solute Imaging-Experiment mit der DGT-Technik an Wurzeln von terrestrischen Pflanzen in einer ungesättigten Bodenumgebung durchgeführt wird, einschließlich Pflanzenanbau, Gelherstellung, Gelanwendung, Gelanalyse und Bilderzeugung. Alle Schritte werden detailliert ausgearbeitet, einschließlich Anmerkungen zu kritischen Schritten und experimentellen Alternativen.
Das hier vorgestellte Solute Imaging-Protokoll ist eine vielseitige Methode zur Visualisierung und Quantifizierung von 2D-Nährstoff- und Schadstoffflüssen in Boden-Pflanzen-Umgebungen. Es ist einzigartig in seiner Fähigkeit, Sub-mm-Skala Multi-Elemente-Bilder von labile solute Arten an der Boden-Wurzel-Schnittstelle zu erzeugen, überschreitet die erreichbare räumliche Auflösung von alternativen Methoden zur Messung von gelösten Gradienten in der Rhizosphäre im Wesentlichen4. Der gezielte In-situ-Probenahmeansatz der DGT in Kombination mit einer hochsensiblen chemischen Analysemethode wie LA-ICP-MS erleichtert die detaillierte Untersuchung der Solute-Flussdynamik um einzelne Pflanzenwurzeln, die in Böden oder ähnlichen Substraten angebaut werden. Aufgrund des senenbasierten Probenahmeverfahrens spiegeln die erhaltenen Bilder die Lität der visualisierten Gelöstheit wider und sind daher eine Schätzung ihrer Anlagenverfügbarkeit10. Obwohl die methodeninhärente Messung von gelösten Flussmitteln erhebliche Vorteile wie die Deutungsbarkeit als pflanzenverfügbare Nährstofffraktionen mit sich bringt, sind Flussmessungen viel weniger geradlinig zu verstehen als Porenwasserkonzentrationsmessungen. Die Standard-DGT-Probenahmegeometrie in Massenbodenanwendungen (insbesondere die in diesem Aufbau verwendeten 0,8 mm dicken Diffusionsgele) ermöglicht den Vergleich der tatsächlichen Porenwasserkonzentration csolnund einer zeitgemittelten Porenwasserkonzentrationsschätzung durch eine Massen-DGT-Messung, cDGT, und für die Interpretation dieser Parameter hinsichtlich der Nachschubdynamik einer gelösten Art. Ein solcher Vergleich kann jedoch nicht auf der Grundlage einer bildgebenden DGT-Anwendung mit sehr dünnen Diffusionsschichten durchgeführt werden, da die abgeleiteten c-DGT-Werte unrealistisch klein sind34. Die Bildergebnisse von DGT sind daher nicht immer einfach und schnell zu interpretieren und sind oft nicht direkt mit herkömmlichen Porenwasserkonzentrationsmessungen vergleichbar.
Bei der Anwendung der Methode müssen einige kritische Schritte sorgfältig geprüft werden, hauptsächlich im Zusammenhang mit dem Befüllen und Gießen der Rhizotron-Wachstumsbehälter. Beim Einfüllen des Bodens in das Rhizotron ist es sehr wichtig, eine zu starke Verdichtung des Bodens zu vermeiden, da die Pflanzenwurzeln nicht stark verdichteten Boden eindringen können und das Wurzelwachstum gehemmt wird. Wir haben beobachtet, wie Wurzeln stark verdichteten Boden vermeiden und an den inneren Rändern des Rhizotron-Wachstumsbehälters wachsen, wo der Boden in der Regel weniger verdichtet ist. In diesem Fall können sich einzelne Wurzeln in der Mitte der Rhizotrone, wo DGT-Gel bequem angewendet werden können, überhaupt nicht entwickeln, was eine erfolgreiche Gelanwendung effektiv hemmt. In unserem Labor haben die Erfahrungen gezeigt, dass trockene Bodenmassendichten von 1,0-1,4 g cm-3 eine ungehinderte Wurzelentwicklung ermöglichen. Darüber hinaus ist eine übermäßige Bodenverdichtung auch eine potenzielle Quelle von Artefakten in Bezug auf die Löslichkeit von redoxsensitiven Elementen und biogeochemisch assoziierten Arten. Da das gesamte Porenvolumen reduziert wird und die Porendurchmesserverteilung in stark verdichteten Böden zu niedrigeren Durchmessern verschoben wird, ist weniger luftgefülltes Porenvolumen mit größerem Durchmesser verfügbar, was lokal zu reduktiven Bedingungen führen kann. Folglich können MnIII/IV-undFe-III-Oxidereduziert werden, was zu erhöhten Mn2+ und Fe2+ Flussmitteln führt. Die Auflösung von Feoxiden, die wichtige Sorptionsstandorte z.B. für Phosphat- und Mikronährstoffe sind, kann sorbed eiterte und/oder mitgestürzte Arten befreien und dadurch künstlich erhöhte Flussflüsse der biogeochemisch assoziierten Arten verursachen. Ein ähnliches Problem kann auftreten, wenn die Wachstumsbehälter zu stark bewässert werden. Die Verdunstung über die kleine Bodenoberfläche an der Spitze des Wachstumsbehälters ist gering und der Boden kann nach der Pflanzung bis zu mehreren Wochen wassergesättigt bleiben, was auch zu Redox-Artefakten führen kann.
Ein weiterer wichtiger Aspekt ist die chemische Funktionalität des hergestellten HR-DGT-Bindungsgels. Durch das Folgen des Protokolls erhalten dünne Gele mit einer homogenen Verteilung von Bindungsphasen. Wenn die Gele Bereiche mit inhomogener Materialverteilung aufweisen (z.B. Löcher im Gel oder Aggregate von Bindungsphasen), müssen diese Bereiche entfernt oder, wenn zu umfangreich, das Gelherstellungsprotokoll wiederholt werden. Bei richtiger Vorbereitung muss das Gel in der Lage sein, die Ziellösungsarten, die sofort und quantitativ27in das Gel diffundieren, zu binden, was durch die analytspezifische Gelbindungskapazität bestimmt wird. Während die Überschreitung der Gelkapazität in nicht kontaminierten Böden weniger problematisch ist, sollte sie in metallverseuchten Böden und salineBodenumgebungen berücksichtigt werden. Die Sättigung der Gelbindungsphasen beeinträchtigt nicht nur die quantitative Gelöste Probenahme, sondern führt auch zu einer seitlichen Diffusion von Gelösten zwischen Bindungsphasen im Gel, was zu einer unbestimmten Lokalisierung von kleinräumigen Solute-Fluss-Features führt. Wenn also sehr hohe Mengen labiler Nährstoff-/Schadstoffarten in der Zielbodenumgebung zu erwarten sind, sollten Vortests durchgeführt werden. Zur Schätzung der erwarteten DGT-Belastungen können Die DGT-Kolbenproben mit anschließender Gelelution und nasschemische Analyseauf 15,49angewendet werden. Bei Bedarf können die DGT-Bereitstellungszeiten angepasst werden, um die Gelkontaktzeit zu reduzieren und so eine Gelsättigung über Kapazitätsschwellen zu vermeiden. Umgekehrt können Vortests auch hilfreich sein, um erforderliche Gelkontaktzeiten und/oder LA-ICP-MS-Empfindlichkeiten zu identifizieren, wenn sehr geringe gelöste Belastungen zu erwarten sind, was für die Kartierung von Spurenelementsolutes auf natürlichen Bodenhintergrundniveaus15wichtig sein kann. Außerdem sollte die korrekte Funktion des DGT-Gels vor seiner experimentellen Anwendung durch kontrolliertes Laden von Gelen bei der Herstellung von DGT LA-ICP-MS Kalibrierstandards überprüft werden. Der Gelstandard bietet eine Matrix-abgestimmte Referenzgel-Analytenbelastung, mit der beurteilt werden kann, ob die von LA-ICP-MS ermittelte Probengelbelastung innerhalb des erwarteten Bereichs liegt. Wenn es nicht möglich ist, ein Signal zu erhalten, das sich von dem Gas- und Methodenleerhintergrund unterscheidet, muss der Bediener sicherstellen, dass Laborverfahren für die Spurenelementanalyse implementiert und alle Protokollschritte korrekt ausgeführt wurden. Manchmal wird das DGT-Gel versehentlich nach einer gelösten Probenahme mit der bodenbelichteten, belasteten Seite zur Glasplatte und nicht zum Laserstrahl hin gekippt, was zu niedrigen Signalintensitäten und irrtümlich gekippten Features in den endgültigen gelösten Flussbildern führt.
Während der LA-ICP-MS-Analyse wird eine große Datenmenge generiert, die viel Zeit für die Auswertung in Anspruch nimmt. In unserem Labor verwenden wir interne Datenauswertungsskripts, die auf unser Zieldatenausgabeformat zugeschnitten sind, mit Standard-Tabellenkalkulationssoftware. Nach der halbautomatischen Sortierung und Kalibrierung wird das Bildzeichnen mit Open-Source-Open-Access-Bildanalyse-Tools (ImageJ, Fidschi50) durchgeführt. Dieser Ansatz ermöglicht die vollständige Kontrolle über die Datensortierung, -auswertung und -darstellung, was unerlässlich ist, da die gesammelten Daten rechteckigen und nicht quadratischen Pixeln entsprechen, die in den generierten gelösten Karten ordnungsgemäß angezeigt werden müssen. Darüber hinaus sollte bei der Datenverarbeitung jede Pixelinterpolation sorgfältig vermieden werden. Die Pixelinterpolation führt zu geglätteten Farbverläufen in den chemischen Bildern, was zu aufgeweichten, oft kreisförmigen Elementverteilungsmerkmalen führt und somit eine unerwünschte Änderung der ursprünglichen Daten darstellt. Die Pixelinterpolation ist eine Standardprozedur bei Neuskalierung und Neuformatierung von Vorgängen in vielen Bildverarbeitungssoftwareprodukten, kann aber in der Regel deaktiviert werden.
Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die beschriebene Methode ein signifikanter Fortschritt für das Verständnis der Nährstoff- und Schadstoffdynamik in natürlichen Boden-Rhizosphären-Pflanzensystemen ist. Zusätzlich zu DGT-Anwendungen kann das Verfahren mit anderen, diffusionsbasierten bildgebenden Verfahren wie planaren Optoden3,33,42,43,48,51 und Zymographie20,21,22,23,24, kombiniert werden und kann weiterentwickelt werden, um zusätzliche Elemente und Bodenparameter einzubeziehen.
The authors have nothing to disclose.
Diese Studie wurde vom Wissenschaftsfonds (FWF): P30085-N28 (Thomas Prohaska) und dem Wissenschaftsfonds (FWF) und dem Land Niederösterreich kofinanziert: P27571-BBL (Jakob Santner).
(NH4)2S2O8 (ammonium persulfate; APS) | VWR | 21300.260 | ≥98.0%, analytical reagent |
2-(N-morpholino)-ethanesulfonic acid (MES) | Sigma-Aldrich | M8250-100G | ≥99.5% |
Acrylamide solution | Sigma-Aldrich | A4058-100ML | 40%, for electrophoresis |
Analyte salts | n/a | n/a | Use water soluble analyte salts of analytical grade or higher |
Buechner funnel | VWR | 511-0065 | 13 cm plate diameter |
Chemical equilibrium modelling software | KTH Sweden | n/a | Visual MINTEQ |
Clamp | Local warehouse | n/a | |
Desktop publishing software | Adobe Inc. | n/a | InDesign CS6 |
DGT cross-linker | DGT Research Ltd | n/a | 2%, agarose derivative |
DGT piston sampler | DGT Research Ltd | n/a | 2 cm diameter exposure window |
Digital single-lens reflex (DSLR) camera | Canon Inc. | n/a | Canon EOS 1000D |
Dispersion device | IKA | 3737000 | Ultra-Turrax T10 Basic |
Double-sided adhesive tape | Tesa | 56171 | |
Ethanol | Sigma-Aldrich | 34923 | Puriss. p.a., absolute, ≥99.8% |
Gel blotting paper | Whatman | 10426981 | Blotting Papers, Grade GB005, 20 × 20 cm, 1.5 mm thickness |
Gel drier | UniEquip | n/a | UNIGELDRYER 3545 |
High-pressure microwave system | Anton Paar | n/a | Multiwave 3000 |
HNO3 | VWR | 1.00456.2500P | 65%, ISO for analysis |
Horizontal shaker | GFL | 305 | |
HydroMed D4 | AdvanSource Biomaterials Corp. | n/a | Ether-based hydrophilic urethane |
ICP-MS software | Perkin Elmer | n/a | Syngistix |
Image analysis software | National Institutes of Health (NIH) | n/a | ImageJ Fiji, freely available at https://fiji.sc/ |
Knife-coating device | BYK | 5561 | Single Bar 6″, 0.5 mils |
LA software | Elemental Scientific Lasers | n/a | ActiveView |
LA system | Elemental Scientific Lasers | n/a | NWR193 |
Laminar flow bench | Telstar Laboratory Equipment B.V. | n/a | Class II biological safety cabinet |
Magnetic stirrer | IKA | 0003582400 | C-MAG MS 7 |
Moisture-retaining film | Bemis Company, Inc. | PM999 | Parafilm M, 4" x 250' |
N,N,N’,N’-tetramethylethylenediamine (TEMED) | Sigma-Aldrich | T9281-50ML | BioReagent, suitable for electrophoresis, ~99% |
NaNO3 | Sigma-Aldrich | 229938-10G | 99.995% trace metals basis |
NaOH | Sigma-Aldrich | 1064980500 | Pellets for analysis |
Overhead shaker | GFL | 3040 | |
Perfluoroalkoxy alkane (PFA) vials | Savillex | 200-015-20 | 15 mL Standard Vial, Rounded Interior |
pH meter | Thermo Scientific | 13-644-928 | Orion 3-Star Benchtop pH Meter |
pH probe | Thermo Scientific | 8157BNUMD | Orion ROSS Ultra pH/ATC Triode |
Plastic cutter | DGT Research Ltd | n/a | Use empty cross-linker vials from DGT research Ltd |
Plastic tweezers | Semadeni | 602 | |
Plasticine | Local stationary shop | n/a | non-drying plastic modelling mass based on paraffin wax and bulking agents |
Polycarbonate membrane discs | Whatman | 110606 | Nuclepore Hydrophilic Membrane, 25 mm diameter, 0.2 µm pore size, 10 µm thickness |
Polycarbonate membrane sheet | Whatman | 113506 | Nuclepore Hydrophilic Membrane, 8 × 10 in, 0.2 µm pore size, 10 µm thickness |
Polyethersulfone membrane discs | Pall Corporation | 60172 | Supor 450 Membrane Disc Filters, 25 mm diameter, 0.45 µm pore size, 0.14 mm thickness |
Polyethersulfone membrane sheet | Pall Corporation | 60179 | Supor 450 Membrane Disc Filters, 293 mm diameter, 0.45 µm pore size, 0.14 mm thickness |
PTFE foil | Haberkorn | n/a | 50 µm thickness |
PTFE spacer | Haberkorn | n/a | Variable thicknesses available |
PTFE-coated razor blades | Personna GEM | 62-0178 | Stainless steel single edge blades (coated) |
PTFE-coated Tygon tubing | S-prep GmbH | SP8180 | 0.32 cm inner diameter |
Quadrupole ICP-MS | Perkin Elmer | N8150044 | NexION 2000B |
Quantitative filter paper, 454 | VWR | 516-0854 | Particle retention 12-15 µm |
Spreadsheet software | Microsoft Corporation | n/a | Microsoft Excel 2016 (v16.0) |
Stainless-steel cutter | Local locksmithery | n/a | 2.5 cm diameter |
Suspended particulate reagent-iminodiacetate (SPR-IDA) | Teledyne CETAC Technologies | n/a | 10 µm diameter polystyrene beads, 10 % (w/v) bead suspension |
Transistor-transistor logic (TTL) cable | n/a | n/a | Consult ICP-MS technician to identify a suitable TTL cable for a specific instrument |
Two-volume cell | Elemental Scientific Lasers | n/a | Two-volume cell 1 |
Vinyl electrical tape | 3M | n/a | Scotch Super 33+ |
Water purification system | Termo Electron LED GmbH | n/a | TKA-GenPure |
ZrOCl2 × 8H2O | Alfa Aesar | 86108.30 | 99.9 %, metals basis |