適切な処理プロトコルと共に高分子X線結晶学のための新しいサンプルホルダーが提示される。このシステムは、結晶の成長、結晶浸漬、および結晶操作や取り付けを必要とせずに、周囲および低温の両方で回折データ収集を可能にします。
高分子X線結晶学(MX)は、生体高分子の高分解能三次元知識を得るための最も顕著な方法である。この方法の前提条件は、高位の結晶性標本を高分子から増殖させ、回折実験に備える必要があることです。この調製手順は、典型的には、それが成長した溶液から結晶を除去し、リガンド溶液または凍結保護溶液に結晶を浸漬し、実験に適したマウント上に結晶を固定することを含む。この手順の深刻な問題は、高分子結晶がしばしば機械的に不安定で、むしろ壊れやすいということです。その結果、このような壊れやすい結晶の取り扱いは、構造決定試行において容易にボトルネックとなりうる。このような繊細な結晶に加えられた機械的な力は、分子の規則的なパッキングを妨げる可能性があり、結晶の回折力の損失につながる可能性があります。ここでは、結晶の取り扱い工程を最小限に抑え、構造判定実験の成功率を最大化するために開発された新しいオールインワンサンプルホルダーを紹介します。サンプルホルダーは、一般的に使用される顕微鏡カバースリップを交換することにより、結晶滴のセットアップをサポートしています。さらに、リガンド浸漬、凍結保護、複雑な形成などのインプレース結晶操作を可能にし、結晶化キャビティを開かず、結晶処理を行わずに行えます。最後に、サンプルホルダーは、周囲温度と低温温度の両方で現場のX線回折データの収集を可能にするために設計されています。このサンプルホルダーを使用することで、結晶化から回折データ収集に至る途中で結晶を損傷する可能性が大幅に減少します。
生物高分子の三次元構造に関する知識は、すべての基礎生物学的、生化学的、生物医学的研究において重要な基礎となる。これは、例えば創薬など、このような研究の特定の翻訳的側面にも及ぶ。原子分解能X線結晶学でこのような三次元情報を得るためのすべての方法の中で、利用可能なすべての構造情報の90%がX線によって寄与しているという事実によって証明されるように、最も強力で最も顕著なものです。結晶学1.X線結晶学の主な前提条件は、同時にその主な制限は、回折品質の結晶を製造し、回折実験のために準備する必要があることです。このステップは、まだメソッドの主要なボトルネックの 1 つを構成します。
歴史的に、タンパク質結晶からの回折データは周囲温度で収集されていました。個々の結晶は、データ収集の前にガラスまたは石英毛細血管に慎重に移され、母酒は結晶が乾燥しないように毛細血管に添加され、毛細血管は2、3、2、3、密封された。 4.1980年代以降、X線放射の電離特性と高分子結晶の放射線感受性が差し迫っているため、周囲温度でのデータ収集が方法に厳しい限界を与えるようになった。その結果、高分子結晶を100Kまで冷却し、このような低温5,6で回折データを収集することで、放射線損傷の影響を軽減するアプローチが開発されました。低温での作業では、毛細血管のサンプルの取り付けは、熱伝達率が低いため実用的ではなくなりました。それにもかかわらず、毛細血管の使用にも継続的な取り組みがあり、特に反拡散結晶化実験から、低温回折作業7、8のために、それにもかかわらず、標準となりました。高分子結晶学におけるアプローチは、薄い有線ループ9、10の中に母酒の薄膜によって保持される高分子結晶を取付ける。このループベースの取り付けに対して、多くの改良点(リソグラフィループや類似構造11の導入など)が時間をかけて行われてきましたが、1990年代初頭に開発された基本原理は現在でも使用されています。今日の高分子結晶のほとんどの回折データ収集は、まだこのアプローチ5に依存していると安全に述べられているかもしれません。
時間が経つにつれて、ループベースの取り付け方法のいくつかの興味深い新しい開発や変更がありましたが、これらのアプローチは、これまでのところ、コミュニティで広く採用されていません。一つは、より低い背景散乱12、13、14を達成するために開発された結晶のいわゆるループレスマウントです。もう一つは、グラフェンシースを使用して結晶性サンプルを包み、乾燥から保護することです。グラフェンは、その非常に低いX線散乱背景15のために、その点で適した材料です。
最近では、サンプルマウントの分野の開発は、主にサンプルスループット16を増加させる目的でマウントを標準化することに焦点を当てたか、例えば、複数のサンプル17を保持することができるマウントの設計に焦点を当てました。シリコンフレーム上のパターン化された膜は、主にシリアル結晶学18、19、20、21、22の分野で何百もの小さな結晶を保持することができる。
これまでに説明したサンプル取り付け方法はすべて、ある程度の手動介入が必要であり、これはサンプルに機械的損傷を引き起こす固有の危険性があることを意味します。そのため、結晶の回折データを成長環境内で収集できるように、サンプル環境をエンジニアリングすることで新しいアプローチが求められています。そのような方法の1つは、その現場またはプレートスクリーニング23、24で呼ばれ、すでに世界中の様々なシンクロトロン源25で多数の高分子結晶学ビームラインで実施されている。しかし、この方法の使用は、結晶板の幾何学的パラメータと計測器のサンプルポイントの周りに利用可能なスペースによって制限されます。
さらに別のアプローチは、いわゆるCrystalDirectシステム26で実現されています.ここで、結晶化滴全体が自動的に収穫される。結晶が成長した箔は、レーザーを使用してカスタムカットされ、サンプルホルダー27として直接使用されます。
ここで説明する作業では、ユーザーが成長室からデータ収集装置に結晶性サンプルを移動させ、サンプルを簡単に操作できるようにするサンプルホルダーを開発することを目的としていました。高分子結晶学の分野の多くの研究者は、大規模なスクリーニングキャンペーンで特定された条件を変更することによって結晶成長を最適化するために24ウェル結晶化フォーマットをまだ使用しているので、新しいサンプルホルダーは、この形式と互換性があります。以下では、新しいサンプルホルダーの設計について説明し、その中のデータ収集およびリガンド浸漬用のサンプルホルダーの取り扱いと性能を実証する。最後に、この新しいサンプルホルダーの適合性と、さまざまな作業手順の制限について説明します。
結晶化実験に適しています。新しいサンプルホルダーは、24ウェルリンブロタイププレート(タイプ1および2)または各ウェルの直径が18mm(タイプ3)の24ウェルSBSフットプリントプレートのいずれかを使用して、標準的な吊り下げドロップ結晶化実験に使用できます。それらは標準的な顕微鏡カバーのスリップの代わりに使用することができる。非晶質COC箔はシステムの気密性を保障する。結晶化実験のモニタリングは、透過性箔を用いるので透過光顕微鏡を用いて可能である。私たちの知るなか、24ウェル結晶化プレートには他のサンプルホルダーは存在せず、結晶操作や回折実験を可能にし、それが成長するドロップから結晶を機械的に除去することなく、結晶を除去します。この分野の多くの研究者は、96ウェルの座り落ち板に比べて大きなドロップ量を使用できるため、結晶最適化のためにこのようなプレートに依然として依存しているため、これは特に重要です。これらのより大きな滴量では、より大きな結晶が得られる可能性がある。
結晶操作のための適合性。外側のCOC箔の自己治癒特性と内側の黄色のポリイミド箔の微多孔構造により、結晶環境にアクセスでき、結晶を機械的に他の容器に移すことなく操作することができます。これにより、サンプルホルダーが非常に便利になります。私たちが知っている唯一の他のシステムは、この間接的で穏やかな結晶へのアクセスを可能にする、CrystalDirectシステム26です。しかし、CrystalDirectは、特殊な96ウェル結晶化プレートを使用する必要があるため、柔軟性が低くなります。結晶が成長している箔は、結晶化実験を封印するのと同じであり、自己治癒ではありません。これは、リガンドまたは凍結保護剤の結晶への送達のためのレーザーアブレーションによって箔に突き刺さった開口部が開いたままになり、液体蒸発の可能性が高まることを意味します。これは、COC箔が何度も貫通しても結晶が直接環境にさらされるわけではない設計とは対照的です。
周囲温度での現場回折実験に対する適合性。サンプルホルダーは、結晶化プレートから直接前方に取り外し、磁気ベースに貼り付け、ビームラインゴニオメーターに置くことができます。室温での回折実験の場合、サンプルを定義された湿度33の空気流に入れることをお勧めします。結晶の周りの母酒は、背景の散乱を減らすために、ゴニオメーターにサンプルホルダーを置く前に除去することができる。このようなセットアップは、時間の安定しています。
100 K での操作および貯蔵のための使用済み材料の適合性。サンプルホルダーの製造に使用される材料もポリイミドフィルムも、低温34まで冷却することによって悪影響を受けません。したがって、低温(例えば、100K)でサンプルホルダーを使用しても、深刻な問題は発生しません。
100 K での現場回折実験の適合性.窒素流れの100Kでのデータ収集の場合、サンプルホルダーは前の段落と同様に結晶化プレートから取り出し、磁気ベースに貼り付け、ビームラインゴニオメータ上の100Kの気体窒素流れに入れる必要があります。必要に応じて、サンプルは凍結保護されてもよいが、裸のサンプルの場合、これはほとんどの場合31で必要でない可能性がある。100 K での実験では、外側のプラスチック リングを取り外すことができるため、サンプルホルダータイプ 2 および 3 の方が適しています。したがって、それらはより小さいサイズであるため、アイシングが起こりにくいはずです。ただし、タイプ1のサンプルホルダーであっても使用できます。実験小屋で湿度が高すぎず、ホルダーのアイシングが適切に整列していることを考えると、実際には問題ではありません。
制限事項。サンプルホルダーの幾何学は160°の総回転範囲の回転方法によって妨げられない回折データのコレクションを可能にする。これは、ほとんどの結晶システムで完全な回折データセットを取得できるように十分です。これが不可能な場合は、結晶を超えるデータをマージする必要があります。結晶を一緒に成長させる場合、個々の結晶の一部だけが露出するように、入射X線ビームのサイズを調整することができるかもしれません。極端な場合は、MeshAndCollect アプローチ35と同様のデータ収集戦略に頼る必要があります。要約すると、サンプルホルダーに関連する特定の制限がありますが、ほとんどの場合、これらを克服することができます。もちろん、状況が発生する可能性は常に高く、いずれも不可能です。このような場合、他の結晶取り付け方法に頼る必要があるかもしれません。
我々は、高分子結晶学のための新しいタイプのサンプルホルダーを説明し、様々な用途のためのサンプルホルダーの適合性を実証しました。タンパク質結晶のシンプルで再現性の高い取り扱いとサンプルホルダーのユニークな特性を考慮すると、これらのサンプルホルダーは、高分子用サンプルホルダーの武器庫に貴重な追加となると考えています。結晶。
The authors have nothing to disclose.
著者らは、ビームタイムアクセスとサポートのためにヘルムホルツ・ゼントルム・ベルリンが運営するBESSY IIと、サンプル環境と技術設計の部門が設計と建設、3Dプリンター施設へのアクセスを支援してくれたことに感謝したいと思います。
AF Satetiss | RS Components | 101-5738 | lint-free paper, multiple retailer |
Cannula | Dispomed Neoject | 25 G 5/8" 0.5 x 16, Ref:10026 | multiple retailer |
COC foil | HJ-Bioanalytik GmbH | 900360 | |
ComboPlate | Greiner Bio-one / Jena Bioscience | 662050 / CPL-131 | pre-greased plate, multiple retailer |
Cryo Vials | Jena Bioscience | CV-100 | |
Eppendorf Research Plus | Eppendorf | 3123000012 | 0.1 – 2.5 µL volume |
Eppendorf Tubes | Eppendorf | 30125150 | 1.5 mL g-Safe Eppendorf Quality, manufacturer reference number |
Forceps Usbeck | FisherScientific | 10750313 | |
GELoader Eppendorf Quality | Eppendorf | 30001222 | extruded tips (0.2 – 20 µL), manufacturer reference number |
Magnetic CryoVials | Molecular Dimension | MD7-402 | |
Microfuge Thermo | ThermoFisher Scientific | R21 | |
Paper wicks | dental2000 | 64460 | Set of paper wicks, multiple retailer |
Rotiprotect Nitril-eco | Carl Roth | TC14.1 | powder free, multiple retailer |
SuperClear Plates | Jena Bioscience | CPL-132 | pre-greased plate |
UHU super glue | UHU GmbH & Co KG | 45545 | manufacturer reference number, multiple retailer |
VeroBlackPlus | Alphacam | OBJ-40963 | manufacturer reference number |
XtalTool | Jena Bioscience | X-XT-101 | sample holder set |
XtalTool HT | Jena Bioscience | X-XT-103 / X-XT-104 | SPINE compatible sample holder set |
XtalToolBases | Jena Bioscience | X-XT-105 | Magnetic sample holder bases set |