כאן, אנו מציגים הנחיות מפורטות כיצד לבנות ולכייל מדחום באיכות מחקר (חיישני אור המשלבים עוצמת אור בחיישנים רבים מסודר ליניארי לאורך פס אופקי).
קפלנסה היא טכניקה המשמשת כדי למדוד את המעבר של קרינה אקטיבית פוטוסינתטיים באמצעות החופה צמח באמצעות חיישני אור מרובים המחוברים במקביל על בר ארוך. קפטוטונסה משמשת לעתים קרובות להסיק מאפיינים של מבנה החופה ויירוט קל, בעיקר אינדקס אזור העלים (LAI) ואינדקס שטח הצמח האפקטיבי (פאי אף). בשל העלות הגבוהה של הקפטומטרים הזמינים מסחרית, מספר המידות שניתן לנקוט מוגבל לעתים קרובות במרחב ובזמן. הדבר מגביל את התועלת הרבה יותר בקפ, לימוד השונות הגנטית ביירוט האור, ומונע ניתוח יסודי של, ותיקון עבור, הטיות שיכולות להטות את המידות בהתאם לזמן היום. פיתחנו באופן רציף ברישום מדחום (שנקרא PARbars) אשר ניתן לייצר עבור USD $75 כל אחד ולהניב נתונים באיכות גבוהה המקבילה חלופות מסחרית זמין. כאן אנו מספקים הוראות מפורטות כיצד לבנות ולכייל את הפרברים, כיצד לפרוס אותם בשדה וכיצד להעריך את פאי מנתונים שנאספו. אנו מספקים תוצאות מייצגות מחופות חיטה ודנים בשיקולים נוספים שאמורים להתבצע בעת שימוש בפרברים.
מדחום (מערכים לינאריים של חיישני אור) משמשים כדי למדוד את הפרופורציה של קרינה פעילה מלאכותית (PAR) נתפס על ידי הצמח חופות. הקפטומטרים משמשים רבות לחקר היבול החקלאי בשל האופי הפשוט והברור של המידות והפשטות של פרשנות הנתונים. העיקרון הבסיסי של קפהאנסה הוא שהסיוע של אור לבסיס החופה של הצמח (τ) תלוי בשטח החזוי של חומרים סופגי אור מעל. מדידות של PAR מעל ומתחת החופה יכול, ולכן, לשמש להערכת תכונות החופה כגון אינדקס אזור העלה (LAI) ואינדקס שטח הצמח יעיל (פאי אף) (אשר כולל גבעולים, culms ומבני הרבייה בנוסף עלים)1 ,2,3. המהימנות של הערכות ההערכות של פאי ף הנגזרת מ- τ משופרת על-ידי דוגמנות ההשפעות של שבריר הקרן של השוה הנכנס (fb), את ה של העלה (a) ואת מקדם הכחדה משמדת החופה (K ); K, בתורו, תלוי הן זווית השיא השמש (θ) ואת התפלגות זווית העלה (χ)1,4,5,6. זה מנהג נפוץ לתקן את ההשפעות האלה. עם זאת, ישנם הטיות אחרות שלא קיבלו התחשבות בעבר בשל מגבלות מתודולוגיות ועלות.
לאחרונה זיהינו הטיה תלוית-זמן משמעותית במידות קפחנסות מיידית של גידולי שורה, כגון חיטה ושעורה7. הטיה זו נגרמת על ידי אינטראקציה בין כיוון נטיעת שורה זווית השיא הסולארי. כדי להתגבר על הטיה זו, ניתן לבצע באופן רציף כניסה באמצעות מדחום בשדה כדי לפקח על מחזורים יומי של יירוט אור החופה ולאחר מכן הממוצע היומי של τ ו-PAI לאחד יכול להיות מחושב. עם זאת, מדידות רציפות הן לעתים קרובות בלתי אפשרי בשל העלות הגבוהה ביותר של מדחום זמין מסחרית – לעתים קרובות כמה אלפי דולרים בארה ב עבור כלי אחד – ואת הדרישה למדידות של חלקות שדה רבות. האחרון בולט במיוחד בעידן-omics שבו מאות רבים של גנוטיפים נדרשים עבור ניתוחים גנומית, כגון לימודי הגנום רחב (GWAS) ובחירה גנומית (GS) (לסקירה ראה הואנג & חאן, 20148). הכרנו כי יש צורך בקפטומטרים חסכוניים שיכולים להיות מיוצרים במספרים גדולים ולשמש למדידות רציפות ברחבי גנוסוגים רבים.
כפתרון, תכננו קל לבנות, מדחום בדיוק גבוה (PARbars) בעלות של USD $75 ליחידה ודורש כ שעה של עבודה לבנות. PARbars בנויים באמצעות 50 תמונות שרגישות רק בלהקה גל PAR (אורכי גל 390 – 700 nm), עם רגישות מעט מאוד מחוץ לטווח זה, ברור את השימוש של מסננים יקרים. התמונות מחוברות במקביל לאורך של 1 מ’ כדי ליצור אות מתח דיפרנציאלי משולב שניתן להקליט באמצעות datalogger. המעגלים מארוזים באפוקסי לאיטום והחיישנים פועלים בטווח טמפרטורות גדול (-40 + 80 ° c) ומאפשר לפרוס את הסורגים בשדה לפרקי זמן ארוכים. למעט התמונות והחסימה בטמפרטורות נמוכות, כל החלקים הנדרשים לבניית PARbar ניתנים לרכישה מחנות לחומרי בנייה. רשימה מלאה של החלקים והכלים הנדרשים מסופקים בטבלת החומרים. כאן אנו מציגים הנחיות מפורטות כיצד לבנות ולהשתמש בקווים מדורגים להערכת התוצאות של פאי-אף והצגת הנציגים מחופות החיטה.
יישום מוצלח של הפרוטוקול המתואר כאן לבניית מדחום (PARbars) תלוי באופן הרגישות ביותר בשני שלבים: 1.5 (צילום הדבקה במקום) ו-1.6 (הלחמה פוטוטודות על חוט נחושת). שלב 1.5 הוא נוטה שגיאה על ידי יישור photodiodes באופן שגוי ביחס הקוטביות הפנימית שלהם. עבור התמונות שבהן השתמשנו, ואשר אנו ממליצים כפריטים ספציפיים חיוניים, הקוטביות מזוהה על-ידי הכוח של שתי הכרטיסיות של מחבר החשמל על הדיודה בעלת גדלים שונים וברורים. לפיכך, לפני החלת דבק ציאנואקרילי והלחמה התמונות במקום, מומלץ מאוד לבדוק כפול כי כל הדיודות ממוקמות עם כרטיסיות מחבר גדול פונה בכיוון אחד את הכרטיסיות הקטנות פונה בכיוון השני. שלב 1.6 הוא נוטה לכישלון בשל טכניקת הלחמה עניים והיווצרות של צומת מולחם קר. זה יכול להיות נמנע על ידי החלת שטף הלחמה דק באמצעות העט השטף מיד לפני הלחמה ולהבטיח כי הן התיל ואת הכרטיסיה פוטודיודה מחוממים עם קצה הלחמה (ב כ 350-400 oC) לפני הלחמה עצמה מוחל על צומת. בעיות בחיבורי חשמל ב-PARbar מניפסט בדרך כלל בצורת מדרון כיול שונה באופן במובהק מאלה של מייצגי הפעילויות האחרים. בעיות כאלה ניתן לתפוס מוקדם על ידי בדיקת כל חיבור חשמלי במהלך הבנייה (כמתואר בשלב 1.6), ושוב אחרי כל החיבורים כבר מולחמים, אבל לפני שהם ארוזים באפוקסי (שלב 1.9). מקור פוטנציאלי השלישי של שגיאה נובע הכישלון להשתמש נמוך בטמפרטורה מקדם המקדם, שההתנגדות שלו אינה רגישה לטמפרטורה; באמצעות התנגדות רגילה יגרום את השגיאה כהתנגדות, ומכאן פלט מתח לכל יחידה של אור נספג על ידי דיודות, שינויים עם טמפרטורת הסביבה. מקור השגיאה העיקרי הסופי אינו ייחודי למייצגי הפעילויות, אך חל על כל המדידות הקפמנסות: כלומר, היסק של מדד אזור הצמח האפקטיבי או מדד אזור העלים מלכידת האור תלוי בתכונות של מבנה החופה (ממוצע בולט של העלים ו התפלגות זווית העלה; a ו- c ב אקאן 1 ו-2) העשויים להשתנות במהלך פיתוח הצמח ובין הגנונים.
ישנם שני תחומים עיקריים בהם הפרוטוקול המתואר כאן יכול להיות שונה או מותאם. ראשית, הפרברים שאנו מציגים כאן עוצבו במיוחד לשימוש בגידולי שורה, כגון חיטה ושעורה, אך ניתן לשנות את העיצוב בקלות ליישומים אחרים. לדוגמה, ניתן להשתמש בחסימה עם התנגדות גדולה יותר כדי לשפר את הרווח (mV פלט לכל יחידה PAR) בטווחי PAR נמוכים יותר. עבור רב-תכליתיות, ניתן להשתמש בטמפרטורה נמוכה למקדם מדידת דיוק (שמות משתנים) כדי לשנות את טווח הרגישות של PARbar לפי הצורך או כדי לבצע כוונונים קטנים כדי להשיג כך שכל אחד מהקווים הרבים כוללים מדרונות כיול זהים. שנית, התמונות יכול לשמש גם באופן אינדיבידואלי כמו חיישני הקוונטים, המאפשר למשתמש ללכוד מרחבי, כמו גם וריאציה הזמני בתוך חופות בודדות עבור עלות נמוכה הרבה יותר מאשר אפשרי באמצעות מסחרית לזמין חיישנים קוונטים. זה יכול להיות יקר במיוחד בהתחשב העניין הולך וגובר בפוטוסינתזה דינמית תחת תנודות בתנאי אור12. שלישית, למרות שאנחנו משתמשים בקובץ datalogger קונבנציונאלי (ויקר) עבור הנתונים המוצגים במחקר זה, יש היקף ליצירת מערכות הנתוניםבמקום זאת בנויים באמצעות ערך רכיב מחוץ למדף, המאפשר יצירה של מערכת קפיופית משולבת וdatalogger ב תקציב מוגבל. הפופולריות של פלטפורמות יצרנית כביכול, כגון Arduino ו פטל פאי, להציע הבטחה גדולה באזור זה; אנו מציעים את הקוד פתוח Arduino מבוסס מערת פנינה פרויקט13 כמתחיל לפיתוח נוסף. מערת פנינה dataloggers נועדו לניטור סביבתי של מערכות אקולוגיות, כך מחוספס וביקוש כוח נמוך היו שיקולים מרכזיים בתכנון שלהם. שיקולים דומים רלוונטיים ליישום לעבודה פנוטיפים הצמח. רכיבי מערת פנינה datalogger זולים (פחות מ-$50 USD ליחידה) וקטנים, אשר יכולים לאפשר להם להיות משולבים ישירות לתוך PARbars.
יישום מייצגי הפעילויות המתוארים כאן מתמודד עם שלוש מגבלות עיקריות. ראשית, הסקנה של מדד אזור הצמח או מדד אזור העלה מתוך לכידת אור נמדד על ידי הטיות תלויות בזמן חזק, במיוחד בגידולי שורה7. זה יכול להיות להתגבר על ידי ביצוע מדידות חוזרות או רציפות על פני יום. שנית, photodiodes זולה לא יש פלט ספקטרלי כי הוא פרופורציונלי בדיוק השטף פוטון (המשתנה של העניין הגדול ביותר במחקר הפוטוסינתזה). זה יכול לגרום להטיה כאשר איכות האור משתנה מאוד דרך חופה, למרות ההערכות הקודמות של השגיאה המתקבלת עולה כי הוא על הסדר של כמה אחוזים7. שלישית, PARbars לא יכולים להבחין בין הקרן הישירה ורכיבים מפוזר של PAR נכנסות מעל החופה. כמו קרינה מפוזר חודר עמוק יותר לתוך החופה מאשר אור השמש ישיר14, מעבר יגדל פאי אף לא יהיה להמעיט כמו חלק מפוזר של מגדילה הכולל irradiance. כאשר כל הקרינה מפוזר , PAI אף הוא ביחס ישיר ללוגריתם של 1/τ ולא הקשר המוצג במשוואה 115. . אני מבין. (2015) 16 ציין כי כיום מכשירים מסחריים זמין כי יכול למדוד ישיר ו לפזר PAR יקרים ודורשים תחזוקה סדירה, כך הם עיצבו מנגנון פשוט זול לטפל בבעיה זו. המערכת שלהם מורכבת חיישן הקוונטים כי הוא מוצל באופן שגרתי על ידי ממונע, הזזת הצללים הנעה ומאפשר מדידה רציפה של סה כ, ישירה ומפוזר PAR. החיישן המשמש ב Cruse et al. 16 מערכת יכול להיות מוחלף עם פוטודיודה זהה בשימוש parbars כדי להקטין עוד יותר עלות ניתן לשלב בקלות לתוך ההתקנה הקיימת parbars. ניתן לשלב מדידות אלה לתוך צינור עיבוד הנתונים ולשפר את האמינות של האומדנים של פאי אף.
היתרון העיקרי של PARbars פעילויות יחסית לקפטומטרים מסחריים קיימים הוא העלות הנמוכה שלהם, מה שהופך אותו לאפשרי להפיק אותם במספרים גדולים. לאחרונה, יש כבר עניין הולך וגדל הרומן בתפוקה גבוהה הצמיחה פנוטיפים טכנולוגיות להערכת תכונות החופה (לסקירה ראה יאנג et al., 201717). בעוד שיטות אלה מבטיחות בכך שהם מייצרים כמויות עצומות של נתונים הם בדרך כלל עקיפים מאוד ודורשים אימות נגד טכניקות קונבנציונאלי. הפרברים יכולים לשמש כלי אימות חסכוני ומבוסס על קרקע עבור טכניקות חדשות אלה.
עלות הייצור הנמוכה של PARbars גם הופכים אותם לאפשרות מעשית עבור מדידות רציפה בשדה. זה יכול להיות שימושי מכמה סיבות. לדוגמה, ניתן להשתמש במידות רציפות כדי לאפיין הטיות בכיוון השורה כדי לפתח פונקציות תיקון ספציפיות לזמן עבור מדידות מיידית (לקבלת מידע נוסף ראה Salter et al. 20187). קפלנסות רציף יכול גם ללכוד תנודות קצרות באור החופה ללכוד לאורך זמן (sunflecks ו shadeflecks) הנגרמת על ידי עננים העוברים מעל, התנועה של החופה, וכו ‘. הפוטוסינתזה ידועה כרגישה מאוד לשינויים קטנים בתנאי הסביבה ושינויים דינמיים בפוטוסינתזה נחשבים כיום לחשובים בנהיגה ביבול (לסקירה ראה Murchie et al., 201812). PARbars מותקן בשדה עם מרווח כראוי רישום קצר יכול לשמש כדי ללכוד תנודות קצרות אלה ולספק הבנה טובה יותר של האופי הדינמי של חופות הצמח.
The authors have nothing to disclose.
המחברים רוצים להודות לד ר ריצ’רד ריצ’רדס וד ר שק הוססיין ב-CSIRO חקלאות ומזון לגישה וניהול של מחלקות השדה המשמשות למחקר זה. מחקר זה נתמך על ידי השותפות לתשואה חיטה בינלאומית, באמצעות מענק המסופק על ידי חברת מחקר ופיתוח גרגירים (US00082). TNB נתמכת על ידי מועצת המחקר האוסטרלית (DP150103863 ו-LP130100183) והקרן הלאומית למדעים (1557906 הפרס). עבודה זו נתמכת על ידי המכון הלאומי של משרד החקלאות של מזון וחקלאות, הצוהר פרויקטים 1016439 ו 1001480.
1.5 Ω low temperature coefficient precision resistor | TE Connectivity Ltd., Schaffhausen, Switzerland. | UPW25 series | Could be made using multiple larger resistors in parallel but they need to have low temperature coefficient (i.e. ± 3 ppm/°C). URL for commercial source: https://bit.ly/2DFuPpm |
Acrylic diffuser | Plastix Australia Pty. Ltd., Arncliffe, NSW, Australia. | 445 – Opal White | 1200 mm length x 30 mm width x 4.5 mm thick. URL for commercial source: https://bit.ly/2Bq0fyc |
Aluminum U-bar | Capral Ltd., Bundamba, QLD, Australia. | EK9160 | 1220 mm length x 35 mm width x 25 mm depth. URL for commercial source: https://bit.ly/2PPfJou |
Bare solid core copper wire | Non-specific part | ||
Bolts | Non-specific part | ||
Clamps | Non-specific part | ||
Clear epoxy potting resin | Solid Solutions, East Bentleigh, VIC, Australia. | 651 – Universal Epoxy Potting Resin | Clear epoxy resin for electrical applications. URL for commercial source: https://bit.ly/2qY0pHa |
Cyanoacrylate glue | Non-specific part | ||
Datalogger | Campbell Scientific, Logan, Utah, USA. | CR5000 | Other dataloggers that record differential voltages could be used. URL for commercial source: https://bit.ly/2U7Io5H |
Drill or drill press | Non-specific part | ||
Glue lined heat shrink | Non-specific part | ||
Heat gun | Non-specific part | ||
LED torch | Non-specific part | ||
Masking tape | Non-specific part | ||
Photodiodes (50) | Everlight Americas Inc., Carrollton, Texas, USA. | EAALSDSY6444A | It is important that this specific component is used due to spectral response. URL for commercial source: https://bit.ly/2FzVnuH |
Polyurethane foam filler | Non-specific part | ||
Quantum sensor | LI-COR, Lincoln, Nebraska, USA. | LI-190R | For calibration of PARbars only. URL for commercial source: https://bit.ly/2HEfKbh |
Screwdrivers | Non-specific part | ||
Silicone sealant | Non-specific part | ||
Solder | Non-specific part | ||
Solder flux pen | Non-specific part | ||
Soldering iron | Non-specific part | ||
Spirit/bubble level | Non-specific part | ||
Tap and die set | Non-specific part | ||
Two-core cable | Non-specific part | ||
Voltmeter | Non-specific part | ||
Waterproof connectors | Core Electronics, Adamstown, NSW, Australia. | ADA743 | 2 core waterproof connector. DC power connectors work well. URL for commercial source: https://bit.ly/2Brcrik |