Menselijke geïnduceerde pluripotente stamcellen (hiPSCs) worden beschouwd als een krachtig instrument voor drugs- en chemische screening en voor de ontwikkeling van nieuwe in vitro modellen voor toxiciteitsonderzoek, inclusief neurotoxiciteit. Hier wordt een gedetailleerd protocol voor de differentiatie van hiPSCs in neuronen en glia beschreven.
Menselijke pluripotente stamcellen kunnen onderscheiden in verschillende celsoorten die toegepast kunnen worden op in vitro toxiciteitsbepalingen op humane wijze. Een belangrijk voordeel is dat de herprogrammering van somatische cellen om menselijke geïnduceerde pluripotente stamcellen (hiPSC's) te produceren, de ethische en wetgevende problemen in verband met het gebruik van menselijke embryonale stamcellen (hESC's) vermijdt. HiPSCs kunnen uitgebreid worden en efficiënt gedifferentieerd worden in verschillende soorten neuronale en gliale cellen, die dienen als testsystemen voor toxiciteitstesten en in het bijzonder voor de beoordeling van verschillende pathways betrokken bij neurotoxiciteit. Dit werk beschrijft een protocol voor de differentiatie van hiPSCs in gemengde culturen van neuronale en gliale cellen. De signaalwegen die zijn gereguleerd en / of geactiveerd door neuronale differentiatie worden gedefinieerd. Deze informatie is van cruciaal belang voor de toepassing van het celmodel op het nieuwe toxiciteits testparadigma, waarin chemicaliën worden beoordeeld op basis van hun vermogen om te pezenRturb biologische wegen. Als bewijs van het concept werd rotenon, een remmer van mitochondriale ademhalingskomplex I, gebruikt om de activatie van de Nrf2-signaleringsweg te beoordelen, een sleutelregelaar van het anti-oxidant-respons-element (ARE) -gedreven celverdedigingsmechanisme tegen oxidatieve stress .
Het rapport van de nationale onderzoeksraad van de VS 1 beschouwde een nieuw toxiciteits testparadigma waarin regulatoire toxiciteitstesten verschoven zouden worden van een aanpak die afhankelijk is van fenotypische veranderingen waargenomen bij dieren, naar een aanpak die zich concentreert op mechanistische in vitro analyses met behulp van menselijke cellen. Pluripotente stamcellen (PSC) derivaten kunnen alternatieven voor kankercelmodellen vertegenwoordigen, aangezien de verkregen cellen meer lijken op de fysiologische omstandigheden van menselijk weefsel en meer relevante hulpmiddelen bieden om chemisch geïnduceerde nadelige effecten te bestuderen. De twee belangrijkste soorten PSC-culturen die het meestbelovend zijn voor toxiciteitstesten zijn menselijke embryonale stamcellen (hESC's) en door mensen geïnduceerde pluripotente stamcellen (hiPSC's), die op dit moment veel gebruikt worden op het gebied van basisonderzoek en regeneratieve geneeskunde 2 , 3 . Deze expertise kan nu worden gebruikt voor de ontwikkeling van een nieuwe klasse toxicoloIn vitro onderzoeken gericht op het identificeren van de verstoorde fysiologische pathways die betrokken zijn bij de ontwikkeling van bijwerkingen in vivo . Testmethoden voor regelgevende veiligheidsbeoordelingen op basis van hESC's zouden echter onwaarschijnlijk door alle EU-lidstaten en landen wereldwijd worden aanvaard wegens mogelijke ethische problemen en diverse nationale wetgevingsbeleid die het gebruik van embryo-afgeleide cellen regelt.
HiPSCs delen kenmerken vergelijkbaar met hESCs 4 , 5 en hebben een groot potentieel voor in vitro methoden, zowel ter identificatie van therapeutische doelen als voor veiligheidsbeoordelingen. Daarnaast vermindert hiPSC-technologie de beperkingen van een beperkt donorpool en de ethische problemen die verband houden met embryo afgeleide cellen. Een belangrijke uitdaging voor hiPSCs is de demonstratie dat deze cellen reproduceerbaar een significant aantal toxicologisch relevante cellederivaten kunnen genereren,Met kenmerken en reacties die typerend zijn voor menselijke weefsels. Vooraf gedefinieerde niveaus van de geselecteerde markers worden meestal gebruikt om celbevolkingen na het differentiatieproces te karakteriseren en inzicht te geven in de stabiliteit van het differentiatieproces.
Eerdere werken hebben de geschiktheid van hiPSCs geëvalueerd om gemengde culturen van neuronale en gliale cellen te genereren en de effecten van rotenon, een remmer van mitochondriale ademhalingskomplex I, te beoordelen bij de activatie van het Nrf2-pad, een belangrijke regelaar voor anti-oxidantverdedigingsmechanismen in Veel celtypes 6 , 7 .
Dit werk beschrijft een protocol dat wordt gebruikt voor de differentiatie van hiPSC's in gemengde neuronale en gliale culturen, waarbij details worden gegeven over de signaalwegen (gen- en eiwitniveau) die geactiveerd worden bij neuronale / gliale differentiatie. Bovendien toont het werk representatieve resultaten die aantonen hoe ditHiPSC-afgeleide neuronale en gliale celmodellen kunnen gebruikt worden om Nrf2-signaleringsactivatie geïnduceerd door acute (24-h) behandeling met rotenon te beoordelen, zodat de oxidatieve stressinductie kan worden beoordeeld.
IMR90 fibroblasten werden opnieuw in de hiPSCs bij I-Stem (Frankrijk) geprogrammeerd door de virale transductie van 2 transcriptiefactoren (Oct4 en Sox2) onder gebruikmaking van pMIG vectoren 6 . Analoge hiPSC modellen kunnen ook worden toegepast. De hieronder beschreven protocollen samenvatten alle fasen van differentiatie van hiPSCs in neurale stamcellen (NSC's) en verder in gemengde culturen van post-mitotische neuronen en gliale cellen (stap 1 en 2, zie ook de EURL ECVAM DBALM website voor een gedetailleerde beschrijving van Het protocol) 8 .
Een extra protocol voor de isolatie, uitbreiding, cryopreservering en verdere differentiatie van NSC's in gemengde neuronen en glialcellen wordt gedetailleerd beschreven in stap 3 en 4 (verwijzen ook naar de EURL ECVAM DBALM weBsite voor een gedetailleerde beschrijving van dit protocol) 9 . Stap 5 beschrijft de analyses die kunnen worden gedaan om de fenotypische identiteit van de cellen te beoordelen tijdens de verschillende fasen van inzet en differentiatie.
Dit werk beschrijft een robuust en relatief snel protocol voor de differentiatie van IMR90-hiPSC's in postmittotische neuronen en glialcellen. Voorheen gepubliceerde neuronale differentiatieprotocollen op basis van hESCs en hiPSCs geven gewoonlijk hoge percentages neurale precursors 25 , 26 en een significant aantal neuronale doelcellen 27 , 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 . Analoog is het hier beschreven hier beschreven differentiatieprotocol geschikt om heterogene kulturen van GABAergische, glutamatergische en dopaminergische neuronale cellen te genereren, samen met glia en een discreet aandeel van nestin + cellen. De aanwezigheid van glutamatergische (~ 35-42%) en GABAergic (~ 15-20%) neurale cellen suggereert datDeze cultuur bezit voorhoofd, corticale eigenschappen, en de aanwezigheid van een discreet aantal dopaminerge neuronen (~ 13-20%) kan ook de middelste hersenen specificiteit aanduiden. Bovendien kan de duur van een bescheiden deel van nestin + cellen blijken geschikt te zijn voor de studie van neurogenese en de mogelijke effecten van chemicaliën op NSC's, die hoofdzakelijk beperkt zijn tot zowel de hippocampus als de subventriculaire zone (SVZ) van het voorhoofd 34 . Verdere immunocytochemische en genexpressie-analyses zouden helpen om de regionale specificiteit van de gedifferentieerde celderivaten beter te definiëren.
De twee meest kritische stappen in het differentiatieprotocol beschreven in dit document zijn: (i) het snijden van hiPSC-kolonies in homogene fragmenten (die van cruciaal belang is voor de generatie van EB's met homogene afmetingen) en (ii) het snijden van neuroectodermale structuren (rozetten ) Voor NSC-differentiatie, die een aanzienlijke handvaardigheid vereistEn precisie om te voorkomen dat mesodermale en endodermale cellen worden verzameld die de verhoudingen van neuronen en glialcellen die worden verkregen bij differentiatie, kunnen verminderen.
Het is van cruciaal belang om de fenotypen van de cellen tijdens expansie te karakteriseren (als ongedifferentieerde kolonies of NSC's) en tijdens alle differentiatie stappen. In het bijzonder zouden de gen- en eiwituitdrukkingsprofielen van de neuronale / gliale celderivaten upregulatie en activatie van neurongerelateerde signaleringswegen moeten tonen, terwijl de expressie van pluripotentiemarkers moet worden verlaagd.
De generatie van EB's en neuroectodermale derivaten (rozetten) kan manueel uitdagend en vatbaar zijn voor variabiliteit. Om deze reden hebben we een protocol ontwikkeld voor de uitbreiding van rosette-afgeleide NSC's en hun verdere differentiatie in neuronale / gliale cellen.
Mogelijke beperkingen van dit differentiatieprotocol zijn voornamelijk (i) het relatief lage percentage dGerelateerde glialderivaten en (ii) het gebrek aan volwassen neuronale netwerkfuncties (zoals blijkt uit het gebrek aan barsten). Bovendien kunnen specifieke subpopulaties van astrocyten functioneren als primaire stamvogens of NSC's 35 . Terwijl nestine / GFAP dubbel-positieve cellen niet in deze gedifferentieerde celkweek werden waargenomen (data niet getoond), wordt verondersteld dat de GFAP + -cellen in deze gemengde culturen astrocytische stamvaders en astrocyten zijn. Het is aannemelijk dat door het verlengen van de tijd van differentiatie het aantal astrocyten kunnen toenemen, en hun morfologie kan volwassen worden, zoals reeds aangegeven door de vorige werken van Zhang's groep 36 , 37 .
In het nieuwe toxiciteits testparadigma is kennis over chemisch geïnduceerde verstoringen van biologische wegen van het grootste belang bij het beoordelen van chemische tegenstrijdigheid. Daarom moeten in vitro testsystemen kunnenNegatieve effecten op versteurings van signaalwegen veroorzaken, volgens het concept van de ongunstige uitkomstweg (AOP). Als bewijs van concept kan rotenon gebruikt worden om de activatie van de Nrf2-weg te beoordelen, die betrokken is bij de cellulaire verdediging tegen oxidatieve of elektrofile stress 38 en oxidatieve stress is een belangrijk en algemeen belangrijk gebeurtenis in verschillende AOP's die relevant zijn voor Ontwikkelings- en volwassen neurotoxiciteit 39 .
Rotenon zou de activatie van de Nrf2-weg moeten ontlokken, die kan worden aangetoond door Nrf2 proteïne nucleaire translocatie en verhoogde expressie van Nrf2-doel enzymen, waaronder NQO1 en SRXN1. Er is gebleken dat rotenon een dosisafhankelijke toename van GFAP-eiwitgehalten induceert, indicatief voor astrocytactivering 40 , 41 . Rotenon vermindert ook het aantal dopaminerge (TH + ) cellen, die in overeenstemming is met previIn vitro en in vivo onderzoeken die rotenonafhankelijke dopaminergische celdood zien, aangezien dit type neuron bijzonder gevoelig is voor oxidatieve stress 21 , 22 , 23 .
Ten slotte is dit hiPSC-afgeleide neuronale en gliale celcultuurmodel een waardevol hulpmiddel om de neurotoxische effecten van chemicaliën die oxidatieve stress oplevert, te leiden tot de activering van Nrf2-pathologie. Aangezien dit differentiatieprotocol zorgt voor de opwekking van gemengde culturen van neuronale cellen (GABAergische, dopaminergische en glutamatergische neuronen) en astrocyten, kan het wellicht geschikt zijn om de kruisvorming tussen neuronen en glia in fysiologische en pathologische aandoeningen te bestuderen, zoals bij neurodegeneratieve ziekten ( Bijvoorbeeld de ziekte van Parkinson). Bovendien kan de aanwezigheid van een significant deel van NSC's helpen bij het beoordelen van de mogelijke effecten van chemicaliën op neurale progEnitors, die bekend zijn als het hoofddoel van chemisch geïnduceerde mutaties of virale infecties 42 .
The authors have nothing to disclose.
De auteurs willen graag Marc Peschanski (I-Stem, Évry, Frankrijk) bedanken voor de IMR90-hiPSC's; Dr. Giovanna Lazzari en Dr. Silvia Colleoni (Avantea srl, Cremona, Italië); Dr. Simone Haupt (Universiteit van Bonn, Duitsland); Dr. Tiziana Santini (Italiaans Instituut voor Technologie, Rome), voor het verstrekken van advies over immunofluorescentiefleuring evaluatie; Dr. Benedetta Accordi, Dr. Elena Rampazzo en Dr. Luca Persano (Universiteit van Padua, Italië) voor hun bijdragen aan de RPPA analyse en antilichaam validatie. Financiering: dit werk werd ondersteund door het door de EU gefinancierde project "SCR & Tox" (subsidieovereenkomst nr. 266753).
Complete hiPSC medium: | |||
mTeSR1 Basal Medium | Stem Cell Technologies | 05851 | (Step 1.2.6). Complete mTeSR1 is stable when stored at 2 – 8°C for up to 2 weeks. 5X Supplements can be dispensed into working aliquots and stored at -20°C. Use frozen aliquots within 3 months. |
mTeSR1 5X Supplements | Stem Cell Technologies | 05852 | |
Matrigel hESC-qualified Matrix | Corning | 354277 | 1:100 (Step 1.1). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200ul aliquot in 20 ml of DMEM/F12 medium. |
CryoStem Freezing Medium | Stemgent | 01-0013-50 | Freeze ~ 100 fragments/250 ul/vial (Step 1.2.1) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
hiPSC EB medium: | |||
Knockout DMEM | Thermo-Fisher | 10829-018 | (Step 2.1.7) |
Knockout Serum Replacement (KOSR) | Thermo-Fisher | 10828-028 | 20% final concentration (Step 2.1.7) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.1.7) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.1.7) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 2.1.7) |
β-Mercaptoethanol | Thermo-Fisher | 31350-010 | 50 µM final concentration (Step 2.1.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete neuroepithelial induction medium (NRI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 2.3.1) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 2.3.1) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.3.1) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.3.1) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 2.3.1) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 20 ng/ml final concentration added before use (Step 2.3.1) |
Matrigel Basement Membrane Matrix | Corning | 354234 | 1:100 (Step 2.2). Thaw Matrigel on ice, prepare 200 ul aliquots and store them in -80°C. For coating, dilute 200 ul aliquot in 20 ml of cold DMEM/F12 medium. |
Laminin | Sigma-Aldrich | L2020 | 1:100 (Step 2.2). Dilute in PBS 1X. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Complete Neuronal Differentiation medium (ND): | |||
Neurobasal Medium | Thermo-Fisher | 21103049 | (Step 2.4.11) |
B-27 Supplements (50x) | Thermo-Fisher | 17504044 | (Step 2.4.11) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 2.4.11) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 2.4.11) |
GDNF | Thermo-Fisher | PHC7045 | 1 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use. (Step 2.4.11) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Neural induction medium (NI): | |||
DMEM/F12 | Thermo-Fisher | 3133-038 | (Step 3.3) |
Non-Essential Amino Acids | Thermo-Fisher | 11140-035 | (Step 3.3) |
N2 Supplement | Thermo-Fisher | 17502-048 | (Step 3.3) |
Penicillin/Streptomycin | Thermo-Fisher | 15140-122 | 50 U/mL final concentration (Step 3.3) |
Heparin Grade I-A, ≥180 USP units/mg | Sigma-Aldrich | H3149-100KU | 2 µg/ml final concentration (Step 3.3) |
B-27 Supplement (50X), minus vitamin A | Thermo-Fisher | 12587010 | (Step 3.3) |
L-Glutamine 200 mM Solution | Thermo-Fisher | 25030-081 | 2 mM final concentration (Step 3.3) |
bFGF | Thermo-Fisher | 13256-029 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
EGF | Thermo-Fisher | PHG6045 | 10 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
BDNF | Thermo-Fisher | PHC7074 | 2.5 ng/ml final concentration. Added before use (Step 3.3) |
Defined Trypsin Inhibitor (DTI) | Thermo-Fisher | R007-100 | Pre-warm at 37°C. Add an equal amount of DTI to Trypsin-EDTA (Step 3.10) |
Trypsin-EDTA (0.5%), no phenol red | Thermo-Fisher | 15400054 | 1:10. Dilute Trypsin-EDTA in PBS 1x (without calcium and magnesium), pre-warm the solution at 37°C (Step 3.8) |
CryoStor cell cryopreservation medium | Sigma-Aldrich | C2874-100ML | (Step 4.2) |
Trypan Blue (0.4%) | Sigma-Aldrich | T8154-100ML | multiple manufacturers/suppliers |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
TaqMan Probesets and reagents for gene expression analysis: | |||
RNAqueous-Micro kit | Thermo-Fisher | AM1931 | (Step 5.1.6) |
High Capacity cDNA Reverse Transcription Kits | Thermo-Fisher | 4368814 | |
TaqMan Gene Expression Master Mix | Thermo-Fisher | 4369016 | |
GFAP | Thermo-Fisher | Hs00909233_m1 | |
MAP2 | Thermo-Fisher | Hs00258900_m1 | |
NQO1 | Thermo-Fisher | Hs02512143_s1 | |
SRXN1 | Thermo-Fisher | Hs00607800_m1 | |
HMOX1 | Thermo-Fisher | Hs01110250_m1 | |
GSR | Thermo-Fisher | Hs00167317_m1 | |
PAX6 | Thermo-Fisher | Hs01088112_m1 | |
NES | Thermo-Fisher | Hs00707120_s1 | |
GRIA1 | Thermo-Fisher | Hs00181348_m1 | |
GAP43 | Thermo-Fisher | Hs00967138_m1 | |
GABRA3 | Thermo-Fisher | Hs00968132_m1 | |
GABRA1 | Thermo-Fisher | Hs00168058_m1 | |
NR4A2 | Thermo-Fisher | Hs00428691_m1 | |
TH | Thermo-Fisher | Hs00165941_m1 | |
GAPDH | Thermo-Fisher | Hs02758991_g1 | |
ACTB | Thermo-Fisher | Hs99999903_m1 | |
MAPT | Thermo-Fisher | Hs00902194_m1 | |
SYP | Thermo-Fisher | Hs00300531_m1 | |
NANOG | Thermo-Fisher | Hs04260366_g1 | |
POU5F1 (OCT4) | Thermo-Fisher | Hs04195369_s1 | |
SOX1 | Thermo-Fisher | Hs01057642_s1 | |
AFP | Thermo-Fisher | Hs00173490_m1 | |
KRT18 | Thermo-Fisher | Hs01941416_g1 | |
NPPA | Thermo-Fisher | Hs00383230_g1 | |
T | Thermo-Fisher | Hs00610080_m1 | |
NCAM1 | Thermo-Fisher | Hs00941821_m1 | |
NR4A1 | Thermo-Fisher | Hs00374226_m1 | |
PHOX2A | Thermo-Fisher | Hs00605931_mH | |
PHOX2B | Thermo-Fisher | Hs00243679_m1 | |
NARG2 | Thermo-Fisher | Hs00973298_g1 | |
SLC18A3 | Thermo-Fisher | Hs00268179_s1 | |
SLC5A7 | Thermo-Fisher | Hs00222367_m1 | |
ISL1 | Thermo-Fisher | Hs00158126_m1 | |
LHX3 | Thermo-Fisher | Hs01033412_m1 | |
TaqMan Human Protein Kinase Array | Thermo-Fisher | 4418721 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies and reagents for immunostaining: | |||
B-III-tubulin (Tuj1) | Covance | MMS-435P | 1:500 (Step 5.2.5). Other antibodies may also be used. |
MAP2 | Sigma Aldrich | M4403 | 1:500 |
NF200 | Sigma Aldrich | N4142 | 1:1000 |
GFAP | Acris Antibodies GmbH | AP02002SU-N | 1:500 |
Nestin | Sigma-Aldrich | N5413 | 1:200 |
synaptophysin (SYN) | Abcam | AB14692 | 1:200 |
Tau | Thermo-Fisher | MA5-12808 | 1:100 |
Nrf2 | Abcam | AB62352 | 1:200 |
Keap1 | Abcam | AB66620 | 1:200 |
sulfiredoxin1 (SRXN1) | Abcam | AB92298 | 1:200 |
NAD(P)H quinone oxidoreductase 1 (NQO1) | Abcam | AB2346 | 1:200 |
OCT4 | Millipore | MAB4401 | 1:100 |
SSEA3 | Millipore | MAB4303 | 1:100 |
Tra1-60 | Millipore | MAB4360 | 1:250 |
Tyrosine hydroxylase (TH) | Millipore | AB152 | 1:200 |
Gamma-aminobutyric acid (GABA) | Sigma-Aldrich | A0310 | 1:100 |
Vesicular glutamate transporter 1 (VGlut1) | Abcam | AB72311 | 1:500 |
Paraformaldehyde | Sigma-Aldrich | P6148-500G | 4% (4% formaldehyde can also be used) |
DPBS, no calcium, no magnesium | Thermo-Fisher | 14190144 | |
Triton-X-100 Solution | Sigma-Aldrich | 93443-100ML | 0.1% |
BSA 35% | Sigma-Aldrich | A7979-50ML | 3.5% |
Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 594 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10040 | 1:500. (Step 5.2.7) Other fluorochrome-conjugated secondary antibodies may also be used. In this case, appropriate dilutions should be tested by the enduser. |
Donkey anti-Mouse IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10166 | 1:500 |
Donkey anti-Goat IgG (H+L) Cross Adsorbed Secondary Antibody, DyLight 488 conjugate | Thermo-Fisher | SA5-10086 | 1:500 |
DAPI Solution (1 mg/ml) | Thermo-Fisher | 62248 | 1:1000 (Step 5.2.7) |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Reverse Phase Protein Array (RPPA): | |||
4E-BP1 (S65) | Abcam | AB81297 | 1:250 (Note after step 5.2.8) |
Akt (T308) | Cell Signaling | 9275 | 1:100 |
Akt (S473) | Cell Signaling | 9271 | 1:100 |
AMPKalpha (T172) | Cell Signaling | 2531 | 1:100 |
AMPKbeta1 (S108) | Cell Signaling | 4181 | 1:100 |
ATF-2 (T71) | Cell Signaling | 9221 | 1:100 |
c-Jun (S63) | Cell Signaling | 9261 | 1:200 |
c-Jun (S73) | Cell Signaling | 9164 | 1:200 |
c-Kit (Y719) | Cell Signaling | 3391 | 1:250 |
CREB (S133) | Cell Signaling | 9191 | 1:100 |
EGFR (Y1068) | Cell Signaling | 2234 | 1:50 |
ErbB2/HER2 (Y1248) | Cell Signaling | 2247 | 1:100 |
ERK 1/2, p44/42 (T202/Y204) | Cell Signaling | 9101 | 1:2000 |
GSK-3alpha (S21) | Cell Signaling | 9337 | 1:50 |
Jak1 (Y1022/1023) | Cell Signaling | 3331 | 1:100 |
Lck (Y505) | Cell Signaling | 2751 | 1:500 |
LKB1 (S428) | Cell Signaling | 3051 | 1:100 |
mTOR (S2448) | Cell Signaling | 5536 | 1:100 |
NFkB p65 (S536) | Cell Signaling | 3031 | 1:50 |
p70 S6 Kinase (T389) | Cell Signaling | 9205 | 1:200 |
PDK1 (S241) | Cell Signaling | 3061 | 1:100 |
PKA C (T197) | Cell Signaling | 4781 | 1:250 |
PRAS40 (T246) | BioSource | 44-1100 | 1:2000 |
PTEN (S380) | Cell Signaling | 9551 | 1:500 |
Smad1 (S463/465), Smad5 (S463/465), Smad8 (S426/428) | Cell Signaling | 9511 | 1:500 |
Src (Y527) | Cell Signaling | 2105 | 1:500 |
Src Family (Y416) | Cell Signaling | 2101 | 1:200 |
Stat1 (Y701) | Cell Signaling | 9171 | 1:200 |
Stat3 (S727) | Cell Signaling | 9134 | 1:200 |
Zap-70 (Y319) | Enogene | E011159 | 1:100 |
βCatenin (S33/37/T41) | Cell Signaling | 9561 | 1:250 |
CREB | Upstate Biotechnologies | 06-863 | 1:100 |
Fos B | Cell Signaling | 2251 | 1:200 |
GRB2 | Cell Signaling | 3972 | 1:2000 |
HSP70 | Stressgen | SPA-810 | 1:100 |
c-Jun | Cell Signaling | 9165 | 1:100 |
Kip1/p27 | BD | 610241 | 1:100 |
Lck | Cell Signaling | 2984 | 1:250 |
Mcl-1 | Cell Signaling | 4572 | 1:80 |
Musashi | Cell Signaling | 2154 | 1:100 |
NOTCH1 | Cell Signaling | 3439 | 1:100 |
PTEN | Cell Signaling | 9552 | 1:500 |
SGK1 | Abnova | PAB4590 | 1:250 |
Zap-70 | Cell Signaling | 2705 | 1:250 |
β-Catenin | Abcam | AB32572 | 1:1000 |
Dll4 | Abcam | AB7280 | 1:500 |
Shh | Abcam | AB53281 | 1:250 |
HIF-1α | BD | 610958 | 1:50 |
NUMB PAN-ISO | Upstate Biotechnologies | 07-207 | 1:400 |
NUMB-L | Chemicon | AB15145 | 1:750 |
Cyclin B | BD | 610220 | 1:75 |
c-Myc | Calbiochem | OP-10 | 1:100 |
BCIP/NBT Kit | Thermo-Fisher | 002209 | (Note after step 5.2.8). Kit used to measure alkaline phosphatase activity, similar kits can be used. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Antibodies for Flow Cytometry: | |||
SSEA1 Antibody, Pacific Blue conjugate | Thermo-Fisher | MHCD1528 | 1:100 (Note after step 5.2.8) |
SSEA4 Antibody (MC813-70), Alexa Fluor 647 | Thermo-Fisher | SSEA421 | 1:100 |
Name | Company | Catalog number | Comments |
Specific instruments, tools and softwares: | |||
Countess Automated Cell Counter | Thermo-Fisher | C10227 | Neubauer chamber or other suitable glass hemocytometer can be used. |
MEA1060-Inv-BC | Multichannel Systems | MEA1060-Inv-BC | (Step 5.3) |
MEA1060-BC control software | Multichannel Systems | MEA1060-BC | (Step 5.3) |
NeuroExplorer | Multichannel Systems | NeuroExplorer (NE) | (Step 5.3) For post-processing of MEA data |
Multielectrode arrays (MEA) | Multichannel Systems | 60MEA100/10iR-Ti-gr | (Step 5.3) Single-well MEA chip |
ArrayScan XTI High Content Platform | Thermo-Fisher | ASN00002P | (Step 5.2.8) Mean fluorescence can be quantified by using specific ArrayScan algorithms (e.g., Cytotoxicity V.4 and NucTrans V.4 bioapplications). It is recommended to take minimum 20 pictures/well, and have 7-8 internal replicates per condition |
7900HT Fast Real-Time PCR System | Thermo-Fisher | 4351405 | (Step 5.1.6) |
BD ULTRA-FINE Needle Insulin Syringe (with 30G needle) | BD | 328280 | (Steps 1.3.1, 2.1.2, and 2.4.1) |
StemPro EZPassage Disposable Stem Cell Passaging Tool | ThermoFisher | 23181010 | This colony cutting tool can be used as an alternative to the use of 30G needle 1 mL syringes (Step 1.3.1) |
Ultra-Low attachment Petri dish (60 mm) | Corning | 10010582 | (Step 2.1.8) Also other brands can be used. |
Mr. Frosty Freezing container | Sigma-Aldrich | C1562-1EA |