HIV-1感染細胞からのエキソソームのSILACベースのプロテオミクス特性評価

ウイルス感染を含む多くのヒトの疾患は、多くの場合、影響を受けた細胞とその周辺行われる独特の細胞プロセスに関連しています。タンパク質は、多くの場合、これらのプロセスを仲介する、究極の携帯エフェクターとして働きます。タンパク質の分析は、多くの場合、影響を受けた細胞の局所環境に関して貴重な情報を提供し、疾患の病因の根底にあるメカニズムを理解するために私たちを助けることができます。様々なタンパク質分析技術の中で、プロテオミクスは、特に非常に有望です。強力な、大規模なツールとして、プロテオミクスは、特に、タンパク質の機能および相互作用の領域において、細胞プロセスの全身的な理解を提供することができます。特定のタンパク質を分析して、調査のサイトにおいて、研究者は、細胞成分、特にタンパク質の発現をモニターすることを可能にする標識技術の開発により簡素化されます。多くのプロテオーム解析は、携帯で行われてきたがプロテオームスケール、細胞内コンパートメントにプロテオミクスの特徴付けは^、1特に有益であることが判明しています。これは、HIV-1感染症の研究によく例示されています。

エキソソーム、細胞タイプ^2、3の広い範囲によって分泌さ30〜100nmの膜小胞は、細胞間コミュニケーションと分子輸送の重要な構成要素です。これらは、以前にHIV-1出芽過程^4、5で重要な役割を果たすことが発見されました。機能解剖とプロテオーム解析を組み合わせることにより、我々は、HIV-1感染細胞から放出されたエキソソームは、細胞のアポトーシスおよび増殖^6を含む受容細胞を、隣接の細胞特性に影響を与えるユニークかつ定量的に異なるタンパク質の署名と港調節分子で構成されていることがわかりました。方法は、このプロトコルに記載されており、HIV-1感染細胞からのエキソソームの、すなわちSILAC（細胞培養中のアミノ酸による安定同位体標識^）7ベースのプロテオミクス特性評価。同様のアプローチは、より良い目的の特定の区画または画分に実験的応力を調整し、記載された手順に必要な変更を行うことで、発病時に他の細胞内コンパートメントを理解するために適用することができます。

定量プロテオミクス法の最近の発展を考えると、特定の実験のために最も効率的な方法を選択するときに選択することが多くあります。これらのうち、化学ベースのiTRAQ（相対および絶対定量のための同重体タグ^）8とラベルフリーMRM（多重反応モニタリング^）9の技術があります。両方の方法は、強力なツールであり、特定の設定のために良い選択です。主に細胞株を操作典型的な研究室のために、しかし、これらの2つの方法は、relativelを有しますyの高いコストと多くの時間がかかるSILACベースの方法と比較しています。 SILACは、細胞タンパク質に培養培地からのアミノ酸の非放射性同位体形態を組み込んだ、代謝ベースの標識技術です。一般的に、SILAC実験は、例えば、感染および非感染、2つの細胞集団で始まります。完全な標識化が達成されるまで、それぞれが差動で、その特定の同位体の環境で標識されています。これらの細胞を標識したエキソソームを、次いでタンパク質抽出に供されます。一度抽出し、標識されたエキソソームのタンパク質は、液体クロマトグラフィータンデム質量分析法^10を用いて分析します。最後に、質量分析結果と大幅に標識されたタンパク質は、同様に厳格な生化学的検証を分析し、統計的およびバイオインフォマティクスに供されます。我々の以前の調査レポートは、細胞株は、ANに通常あるようにSILAC /エキソソーム手順は、初代細胞よりも細胞系に適していることを示唆しています効率的な同位体標識のための積極的な増殖性状態、