ホスト病原体のタンパク質 - タンパク質相互作用の風景を特徴づけるために比較的アプローチ

タンパク質 – タンパク質相互作用マップを生成するために収集されるデータ量の増加はさらに、病原体感染を理解するための視点を開く。病原体感染症の世界的な理解が出現し始めると、それは人間のプロテオーム^1を接続する場合は病原タンパク質によって誘導された摂動の範囲へのアクセスを提供します。それにより病原体が宿主細胞機械を操作する方法理解する方法を提供します。特に、いくつかのウイルス宿主相互作用ネットワークのマッピングは、ウイルスタンパク質が優先的に非常に（ハブ）セルラーネットワークに接続されている、またはネットワーク（ボトルネックタンパク質^）2-4の多くのパスの中心とその宿主タンパク質を標的とすることを明らかにした。これらの相互作用は、感染性の子孫を複製し、生成する楽器である、ウイルスが重要な細胞プロセスを操作することができます。比較の相互作用のマッピングは最近に関連する情報を抽出することを目標に関連したウイルスで実施されました病因^4。さらに、ホスト病原体の相互作用の風景の研究は、多くの病原体⁵に拡張されました。標的細胞因子の同定は、細胞に感染する病原体によって使用される戦略に洞察を提供し、潜在的な病原性マーカーの検出を可能にする。

酵母ツーハイブリッドシステムは、遺伝スクリーニングがタンパク質 – タンパク質相互作用のハイスループットマッピングのための効率的かつ高感度なツールであるため、バイナリの相互作用を同定するための最も一般的な方法である。さらにここで提案手法は、このようにして、病原体宿主タンパク質 – タンパク質相互作用の比較概要へのアクセスを提供する、複数の病原菌株変異体の蛋白質を評価することによって、個々のY2Hの上映を向上させることができる。それは全体の相互作用⁶の約20％を回収するため、また、酵母ツーハイブリッドスクリーニングの主な制限は、高い偽陰性率にある。これは、相互作用が病態のサブセットのみで検出されたことを意味します氏族バリアントは他の人と検出を免れたかもしれない。したがって、すべてのツーハイブリッドスクリーニングから出てくる個々のパートナーは、さらに比較の相互作用データセットを提供し、研究した株の完全な範囲との相互作用のために挑戦されています。それは別の手法を組み合わせることが強くタンパク質-タンパク質相互作用データセット⁷のロバスト性を増加させることが実証されたので、この検証は、HT-GPCA ⁸と呼ばれる新しく開発されたタンパク質断片相補アッセイにより、哺乳動物細胞中で行われる。このセルベースのシステムでは、 ガウヨモギの補完によるタンパク質相互作用の検出はルシフェラーゼを分割し、ハイスループットフォーマットと互換性があるように設計されていることができます。その発光ベースの技術のおかげで、その低バックグラウンドノイズは、他の蛍光ベースのアッセイと比較して、HT-GPCAは著しく高い感度を示しています。

全体として、このアプローチは、効率的となるハイジャックされた宿主細胞の国際理解の第一歩を表しホスト病原体のinterplaysの包括的なマッピングを生成するツール。