Sağlam, küçük ölçekli HeLa çekirdek ekstreler hazırlanması için bir protokol tarif edilmektedir. Bu protokol, örneğin ilaçların veya RNAi ile muamele hücreleri gibi hücrelerin küçük popülasyonları, kullanımını gerektiren deneyleri için önemlidir. Metodu gen ifadesi deneyleri ve hasta hücreleri dahil olmak üzere diğer hücre tipleri, geniş bir yelpazede uygulanabilir olması gerekir.
Anlayış gen ekspresyonu ilerleme çok sayıda in vitro sistemleri kullanılarak yapılmıştır. Çoğu çalışmaları için, fonksiyonel deneyleri süspansiyon yetiştirilen hücrelerinin 10-50 ya da daha fazla litre toplu olarak hazırlanmıştır ekstreler kullanılarak gerçekleştirilir. Bununla birlikte, bu büyük ölçekli preparatlar vitro etkileri hızla test edilmesi için müsait değildir vivo hücresel tedavisi ya da koşullarında çok çeşitli sonucu. Bu, Journal Video madde, örnek olarak HeLa hücreleri kullanılarak, fonksiyonel küçük ölçekli nükleer ekstreler hazırlanması için bir yöntemi göstermektedir. Bu yöntem, yapışık mono tabakalar olarak yetiştirilir hücreleri gibi birkaç 150 üç olarak mm levha kullanılarak gerçekleştirilir. Küçük ölçekli özleri etkinliğini göstermek için, biz onlar birleştirilmiş RNA Polimeraz II transkripsiyon / yapıştırma reaksiyonlar için toplu nükleer özler gibi aktif olduğunu göstermektedir. Özü protokol programı göstermek için, yapıştırma HeLa hücre hazırlanan özler kaldırılacaktır olduğunu gösteriyors raptetme inhibitörü ilaç E7107 ile muamele edilmiştir. Küçük ölçekli protokolü hücresel özleri kullanılarak in vitro araştırılması edilebilir herhangi bir işlem veya hücre tipi için genel olarak uygulanabilir olmalıdır. Bunlar, örneğin, küçük hücre popülasyonlarının ilaçların kullanımını gerektirir, DNA zarar verici ajanlar, RNAi veya transfeksiyon gibi çeşitli ajanlar maruz sınırlı miktarda veya hücrelerde yalnızca mevcut hastanın hücreleri içerir. Buna ek olarak, taze yetiştirilen hücreler, az miktarda uygun ve / veya bazı uygulamalar için gereklidir.
Biz monotabaka olarak yetiştirilen HeLa hücrelerinde az miktarda nükleer özler hazırlanması için hızlı ve tekrarlanabilir bir yöntem kurduk. Biz bu özler RNAP II transkripsiyon / yapıştırma tahlillerin kinetik ve verimliliği, küçük ölçekli ve toplu nükleer özler benzer olduğunu göstererek sağlam olduğunu gösterdi. Biz kırpılma inhibitörü ilaç ile tedavi hücrelerinden hazırlanan özler transkripsiyon ama yapıştırma kusurlu için aktif olduklarını göstererek özlerinin yardımcı gösterdi.
Küçük ölçekli nükleer ekstreler hazırlanması için yöntem, daha önce büyük ölçekli 1,8 içinde süspansiyon yetiştirilen HeLa hücreleri ekstreler ve ekstre 9 küçük ölçekli hazırlanması için bir yöntem yapmak için yöntemler kurulan birleştirerek ve optimize etmek kurulmuştur. Önceki küçük ölçekli özleri gibi birleştiğinde transkripsiyon / sp, bazı testler için işlevsel değildi, çünkü bizim protokol kurulantahlil licing. Önceki küçük ölçekli protokolü 9 ile bizimki arasında önemli bir fark, önceki protokolü bir küçük iğne ile 9 aktararak hücreleri parçalanır, oysa biz bir mini-Dounce kullanarak hücrelerini parçalayan koşulları optimize olmasıdır. Ekstreleri, bazı testler için yeniden etkin ve / veya zordu neden açıklayabilir kabarcıklar iğne parçalama sonuçları. Biz de protokole bir konsantrasyon adımı ekledi. Bu adım konsantrasyonu son derece duyarlı olan özler, aktivitesini artırır ve aynı zamanda küçük ölçekli hazırlıklarına doğasında vardır özleri arasında değişkenlik sınırlar. Son olarak, rutin olarak hazırlanması dökme ekstreler göre aktivitesi üzerinde anlamlı bir etkisi olmayan, tek tabaka hücrelerin sadece üç 150 mm levha ile gerçekleştirilir. Böylece, işlem masraflı reaktifler veya sınırlı hücre durumu gerektiren küçük ölçekli hazırlıkları için hazır tâbidir. Örneğin, biz sma hazırladıkll ölçekli RNAi Knockdown hücrelerinden ve Kronik Lenfositik Lösemi (KLL) hasta hücreleri alıntılar ve fonksiyonel ve / veya biyokimyasal testler (EGF, JLH, TY ve RR, yayınlanmamış) için bu özleri kullanılmaktadır. Biz RNAi gibi immunopreciptations, Batılıların ve gümüş boyama gibi özel biyokimyasal testler, takip için özler değerli olduğunu bulduk. Belirli bir protein vurma etkinliği kurduktan sonra, daha ayrıntılı bir çalışma düşük maliyetle ilave ekstreler hazırlamak için kullanılabilen bir stabil demonte hücre hattı, yaparak gerçekleştirilebilir. Proteinlerin kütle spektrometrisi, aynı zamanda yöntemin yararlı bir uygulama olacak bu demonte hücre hatları elde immunoprecipitates içinde mevcut. Buradaki protokol açıklama için bir örnek olarak kullanılmaktadır ki çiftli transkripsiyon / assay raptetme ek olarak, küçük ölçekli ekstreler gibi farklı st için kullanılanlar gibi, çok sayıda işlevsel ve biyokimyasal deneyleri için genel olarak uygulanabilir olmalıdırgen ekspresyonu eps (kapatma, yapıştırma, transkripsiyon, poliadenilasyon, mikroRNA işleme gibi). Protokol ayrıca iki süspansiyon elde (örneğin KLL hücreleri gibi) ya da (örneğin hastanın fibroblast gibi) kültür yetiştirilebilir hasta hücre türleri için adapte edilebilir. Son olarak, işlem sırasında elde edilen sitoplazmik fraksiyonu sitoplazma gerektiren işlevsel ve biyokimyasal hem deneyleri için yararlı olmalıdır.
The authors have nothing to disclose.
Biz M. Winkelbauer-Hurt, E. İbrahim P. Valencia, K. Dufu, yararlı tartışmalar için H. Cheng minnettarız. HeLa hücrelerinde Ulusal Hücre Kültür Merkezi (Minneapolis, MN) elde edildi. Ayrıca ışık mikroskobu ile yardım için Harvard Tıp Okulu'nda E7107 ve Nikon Görüntüleme Merkezi sağlamak için Eisai Co, Ltd teşekkür ederim. Bu çalışma JLH RR ve EGF ve NRSA dostluk için bir NIH hibe GM043375 tarafından desteklenmiştir.
Name of the reagent | Full name of reagent | Company | Catalogue number |
HEPES | 4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid | Sigma | H3375-500G |
MgCl2.6H2O | Magnesium Chloride Hexahydrate | Sigma | M2670-500G |
KCl | Potassium Chloride | Fisher | P335-212 |
PMSF | Phenylmethanesulfonyl fluoride | Sigma | P7626-100G |
DTT | Dithiothreitol | American Bioanalytical | AB00490-5G |
EDTA | Ethylenediaminetetraacetate, disodium, dihydrate | American Bioanalytical | AB00500-01000 |
Glycerol | MP Biomedicals | 800689 | |
DMEM | Dulbecco’s Minimal Essential Medium | Invitrogen | 11995-073 |
FBS | Fetal Bovine Serum | Gibco | 16140 |
Penicillin/Streptomycin | Gibco | 15070 | |
PBS | Phosphate Buffered Saline | Cellgro | 21-040-CV |
Trypan Blue Stain 0.4% | Gibco | 15250 | |
Cell Lifters | Corning | 29442-200 | |
150mm Plates | VWR | 353025 | |
Extended Micropipette Tip | Denville | P1126 | |
Dounce homogenizer, 1ml, with tight pestle | Wheaton | 357538 | |
Slidealyzers, MWCO 10kDa | ThermoScientific | 69572 | |
Mini-Centricons, MWCO 3kDa | Millipore (Amicon) | UFC500396 |
Table 1. Specific Reagents and Equipment.
Solution | Final | Stock | Dispense |
Hypotonic | 10 mM HEPES, pH 7.9 | 1M HEPES, pH 7.9 | 5 ml |
1.5 mM MgCl2 | 1M MgCl2 | 750 μl | |
10 mM KCl | 3M KCl | 1.67 ml | |
0.2 mM PMSF | 200 mM PMSF | 500 μl | |
0.5 mM DTT | 2M DTT | 125 μl | |
Bring up to 500 ml with water | |||
Low Salt | 20 mM HEPES, pH 7.9 | 1M HEPES, pH 7.9 | 2 ml |
1.5 mM MgCl2 | 1M MgCl2 | 150 μl | |
20 mM KCl | 3M KCl | 667 μl | |
0.2 mM EDTA | 0.5M EDTA | 40 μl | |
25% Glycerol | Glycerol | 25 ml | |
0.2 mM PMSF | 200 mM PMSF | 100 μl | |
0.5 mM DTT | 2M DTT | 25 μl | |
Bring up to 100 ml with water | |||
High Salt | 20 mM HEPES, pH 7.9 | 1M HEPES, pH 7.9 | 2 ml |
1.5 mM MgCl2 | 1M MgCl2 | 150 μl | |
1.4M KCl | 3M KCl | 48 ml | |
0.2 mM EDTA | 0.5M EDTA | 40 μl | |
25% Glycerol | Glycerol | 25 ml | |
0.2 mM PMSF | 200 mM PMSF | 100 μl | |
0.5 mM DTT | 2M DTT | 25 μl | |
Bring up to 100 ml with water | |||
Dialysis | 20 mM HEPES, pH 7.9 | 1M HEPES, pH 7.9 | 10 ml |
100 mM KCl | 3M KCl | 16.625 ml | |
0.2 mM EDTA | 0.5M EDTA | 200 μl | |
20% Glycerol | Glycerol | 100 ml | |
0.2 mM PMSF | 200 mM PMSF | 500 μl | |
0.5 mM DTT | 2M DTT | 125 μl | |
Bring up to 500 ml with water |
Table 2. Solutions for Nuclear Extract Preparation.