呼吸器系は、呼吸をするための器官で構成されています。空気は鼻孔と口から入り、咽頭（のど）、喉頭（声帯）を経て、気管（風の通り道）へとつながます。胸腔内では、気管は2本の気管支に分かれ、空気は肺に入ります。気管支は徐々に小さな気管支に分かれ、肺胞と呼ばれる肺の中の小さな袋のグループで終わり、そこでガス交換が行われます。
空気は鼻腔で浄化されますが、その防御機能を通過したり、口から入ってきたりしたものは肺に引っかかます。肺には異物を捕らえる粘液があり、気管支には繊毛が張り巡らされていて、粘液やゴミを喉に向かって叩き上げ、廃棄（つまり飲み込む）します。喫煙は繊毛にダメージを与え、喫煙によって生じた過剰な粘液の除去を困難にします。これが、喫煙者が呼吸器系の感染症にかかりやすい理由の1つです。
気管は食道の前にある長さ10～12cmの管で、肺に空気を出入りさせる役割を果たしています。C型のヒアルロン酸軟骨が気管を開いた状態にしています。気管の平滑筋が収縮すると、気管の直径が小さくなり、呼気が勢いよく押し出されます（例：咳）。喉や口に障害があって呼吸が妨げられている場合には、気管に手術で穴を開けて気管切開をすることで、肺への空気の出入りが可能になります。
。気管支の先にある1本の肺胞管は、約100個の肺胞嚢に分かれており、それぞれの肺胞嚢は茎についたブドウの房のような形をしています。各肺胞嚢には20～30個の肺胞があり、これは小さな泡やブドウのように見えます。肺胞はガス交換の場であり、毛細血管と直接接触しています。この構造は、肺の表面積を最大にするため、体に酸素を供給し、二酸化炭素を除去するという肺の機能にとって重要です。肺には75m2の肺胞があり、これは小さなアパートの大きさに相当します。
