Journal
/
Génétique
/
Une plate-forme de machine virtuelle pour les professionnels non informatiques pour l’utilisation de l’apprentissage profond pour classer les séquences biologiques de données métagénomiques
Journal JoVE
Génétique
Author Produced
Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu.  Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.
Journal JoVE Génétique
A Virtual Machine Platform for Non-Computer Professionals for Using Deep Learning to Classify Biological Sequences of Metagenomic Data
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Une plate-forme de machine virtuelle pour les professionnels non informatiques pour l’utilisation de l’apprentissage profond pour classer les séquences biologiques de données métagénomiques

DOI:
10.3791/62250-v

•

09:34 min

•

September 25, 2021

•

,
1Microbiome Medicine Center, Department of Laboratory Medicine, Zhujiang Hospital,Southern Medical University, 2Center for Quantitative Biology,Peking University, 3State Key Laboratory of Organ Failure Research,Southern Medical University

Chapitres

  • 00:07Introduction
  • 01:35The Installation of the Virtual Machine
  • 04:11Create Shared Folders and Prepare the Files for the Training Set and Test Set
  • 06:55Digitize the Biological Sequences Using “One‐Shot” Encoding Form
  • 07:27Train and Test the Artificial Neural Network
  • 08:12Result
  • 08:52Conclusion

Summary

Traduction automatique

Traduction automatique

Ce didacticiel décrit une méthode simple pour construire un algorithme d’apprentissage profond pour effectuer une classification de séquence à 2 classes de données métagénomiques.

Tags

Virtual MachineDeep LearningBiological Sequence ClassificationMetagenomic DataSpecies ClassificationGene Function ClassificationHost ClassificationDeep Learning FrameworkSequence ClassificationVirtualBoxUbuntu

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

Une plate-forme robotique pour haut débit protoplastes Isolement et Transformation

Perturbations de circulation miARN dans le syndrome du côlon irritable détectée en utilisant un multiplexée à haut débit Gene Expression Plate-forme

Métagénomique Analyse des Ensilage

L'utilisation d'un TMEM184A GFP-tagged Construct pour Confirmation de Heparin Receptor Identity

Protocoles pour l'assemblage standard d'ADN de C-Brick utilisant Cpf1

Isolement d’ADN robuste et Construction de bibliothèque de séquençage haut-débit pour les spécimens d’herbier

CRISPR/Cas9-médiation ciblée Integration In Vivo en utilisant une stratégie de base rejoindre fin médiée par homologie

Analyse informatique des données de séquence d’écrans de 2-hybride de levure lot

High-throughput Identification des séquences régulatrices du gène à l’aide de prochaine génération séquençage du Chromosome circulaire Conformation Capture (4C-seq)

Un écran de suppresseur de Deep-séquençage-assisted, spontanée chez la levure Scissipare Schizosaccharomyces pombe

Read Article