Transcriptome-Wide Profiling of Protein-RNA Interactions by Cross-Linking and Immunoprecipitation Mediated by FLAG-Biotin Tandem Purification

Xianju Bi; Xuechun Zhang; Xiaohua Shen

doi:10.3791/60730

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Profilazione a livello di trascrizione delle interazioni proteina-RNA attraverso il cross-linking e l'immunoprecipitazione mediata dalla purificazione tandem FLAG-Biotina

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Transcriptome-Wide Profiling of Protein-RNA Interactions by Cross-Linking and Immunoprecipitation Mediated by FLAG-Biotin Tandem Purification

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Profilazione a livello di trascrizione delle interazioni proteina-RNA attraverso il cross-linking e l'immunoprecipitazione mediata dalla purificazione tandem FLAG-Biotina

DOI:

10.3791/60730-v

•

08:46 min

•

May 18, 2020

•

Xianju Bi², Xuechun Zhang, Xiaohua Shen

¹Tsinghua-Peking Center for Life Sciences, School of Medicine and School of Life Sciences,Tsinghua University, ²Department of Molecular Biology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapitres

00:04Introduction
00:41Crosslinking
02:44Immunoprecipitation
05:31Dephosphorylation and PNK Treatment
06:53Results: WDR43 and LIN28 ^FbioCLIP-seq
08:17Conclusion

Summary

Traduction automatique

Qui presentiamo un protocollo CLIP-seq modificato ^{chiamato Fbio}CLIP-seq con purificazione tandem FLAG-biotina per determinare gli obiettivi di RNA delle proteine leganti l'RNA (RRP) nelle cellule dei mammiferi.

Profilazione a livello di trascrizione delle interazioni proteina-RNA attraverso il cross-linking e l'immunoprecipitazione mediata dalla purificazione tandem FLAG-Biotina

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