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O Banco de Dados ITS2
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This content is Free Access.
Journal JoVE Biologie
The ITS2 Database

O Banco de Dados ITS2

DOI:
10.3791/3806-v

•

16:17 min

•

March 12, 2012

•

, , , , , , ,
1Department of Bioinformatics, Biocenter,University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry,University of Würzburg

Chapitres

  • 00:03Titre
  • 01:55Correct Annotation of ITS2 Sequence
  • 03:30Secondary Structure Prediction
  • 06:38Motif Search
  • 08:07Search and Browse
  • 10:21ITS2 BLAST
  • 12:23Multiple Sequence-structure Alignment
  • 13:46Phylogenetic Tree
  • 14:47Additional Software
  • 15:25Conclusion

Summary

Traduction automatique

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O Banco de Dados ITS2 é uma seqüência de bancada para inferência filogenética e, simultaneamente, considerando a estrutura secundária do espaçador interno transcrito 2. Isto inclui a coleta de dados com anotações precisas, a previsão de estrutura, alinhamento de sequências-estrutura múltipla e cálculo árvore rápido. Em poucas palavras, esse ambiente de trabalho simplifica análises filogenéticas primeiros a alguns cliques.

Tags

ITS2 DatabaseInternal Transcribed Spacer 2Phylogenetic MarkerITS2 SequenceSecondary StructurePhylogenetic ResolutionSpecies DelimitationNCBI GenBankReannotated SequencesHidden Markov ModelsFold PredictionHomology ModelingMotif DetectionBLAST SearchSequence-structure Information4SALEProfDistS

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