Mikrobiella biofilmer i allmänhet utgörs av distinkta subpopulationer av specialiserade celler. Enkel-cell-analys av dessa underpopulationer kräver användning av fluorescerande reportrar. Här beskriver vi ett protokoll för att visualisera och övervaka flera subpopulationswithin<em> B. subtilis</em> Biofilmer med fluorescens-mikroskopi och flödescytometri.