Summary

Purificazione basata sul sistema MultiBac e caratterizzazione biofisica della miosina-7a umana

Published: August 23, 2024
doi:

Summary

Questo protocollo descrive in dettaglio le procedure per la produzione ricombinante dell’oloenzima miosina-7a umano utilizzando il sistema MultiBac Baculovirus e per lo studio della sua motilità utilizzando un saggio di scorrimento del filamento in vitro su misura.

Abstract

La miosina-7a è una proteina motoria a base di actina vitale per i processi uditivi e visivi. Le mutazioni della miosina-7a portano alla sindrome di Usher di tipo 1, la forma più comune e grave di sordocecità nell’uomo. Si ipotizza che la miosina-7a formi un complesso di adesione transmembrana con altre proteine di Usher, essenziali per l’integrità strutturale-funzionale dei fotorecettori e delle cellule ciliate cocleari. Tuttavia, a causa delle sfide nell’ottenere proteine pure e intatte, gli esatti meccanismi funzionali della miosina-7a umana rimangono sfuggenti, con studi strutturali e biomeccanici limitati disponibili. Studi recenti hanno dimostrato che la miosina-7a dei mammiferi è un complesso motorio multimerico costituito da una catena pesante e tre tipi di catene leggere: catena leggera regolatoria (RLC), calmodulina e proteina 4 simile alla calmodulina (CALML4). A differenza della calmodulina, CALML4 non si lega agli ioni calcio. Sia le calmoduline sensibili al calcio che quelle insensibili sono fondamentali per la miosina-7a dei mammiferi per una corretta messa a punto delle sue proprietà meccaniche. Qui, descriviamo un metodo dettagliato per produrre l’oloenzima ricombinante della miosina-7a umana utilizzando il sistema di espressione proteica MultiBac Baculovirus. Ciò produce quantità di milligrammi di proteina a lunghezza intera di elevata purezza, consentendone la caratterizzazione biochimica e biofisica. Presentiamo inoltre un protocollo per valutarne le proprietà meccaniche e mobili utilizzando saggi di motilità in vitro su misura e microscopia a fluorescenza. La disponibilità della proteina miosina-7a umana intatta, insieme al dettagliato protocollo di caratterizzazione funzionale qui descritto, apre la strada a ulteriori indagini sugli aspetti molecolari della miosina-7a nella vista e nell’udito.

Introduction

Le miosine sono proteine motrici molecolari che interagiscono con l’actina per guidare numerosi processi cellulari 1,2,3,4. Gli esseri umani possiedono 12 classi e 39 geni della miosina5, che sono coinvolti in un’ampia gamma di funzioni fisiologiche, come la contrazione muscolare6 e i processi sensoriali7. Ogni molecola di miosina è un complesso multimerico composto da una catena pesante e da catene leggere. La catena pesante è divisa in regioni della testa, del collo e della coda. La testa contiene siti di legame dell’actina e del nucleotide che sono responsabili dell’idrolisi dell’ATP e della generazione di forza sui filamenti di actina2. Il collo è formato da diversi motivi IQ a α elicoidali in cui è legato un insieme specifico di catene leggere. Insieme funzionano come un braccio di leva per amplificare i cambiamenti conformazionali del motore in grandi movimenti 8,9,10. La coda contiene sottodomini specifici di classe e svolge un ruolo regolatorio nella regolazione dell’attività motoria della miosina e nella mediazione delle interazioni con i partner di legame cellulare 2,11.

La miosina-7a umana, un membro della miosina di classe 7, è essenziale per i processi uditivi e visivi12,13. I motivi del QI della miosina-7a umana sono associati a una combinazione unica di catene leggere, tra cui la catena leggera regolatoria (RLC), la calmodulina e la proteina 4 simile alla calmodulina (CALML4)14,15,16. Oltre a stabilizzare il braccio di leva, queste catene leggere regolano le proprietà meccaniche della miosina-7a in risposta alla segnalazione del calcio, una caratteristica che sembra essere unica per l’isoforma14 dei mammiferi.

I difetti nel gene che codifica per la catena pesante della miosina-7a (MYO7A/USH1B) sono responsabili della sindrome di Usher di tipo 1, la forma più grave di perdita combinata della vista e dell’udito nell’uomo17. Inoltre, il gene della catena leggera CALML4 è tra i geni candidati mappati per contenere l’allele causativo per USH1H, un’altra variante della sindrome di Usher di tipo 115,18. Nella retina, la miosina-7a è espressa nell’epitelio pigmentato retinico e nelle cellule fotorecettrici13. È stato implicato nella localizzazione dei melanosomi nell’epitelio pigmentato retinico (RPE)19 e nella fagocitosi dei dischi del segmento esterno dei fotorecettori da parte delle cellule RPE20. Nell’orecchio interno, la miosina-7a si trova principalmente nelle stereociglia, dove svolge un ruolo fondamentale nella creazione di fasci di capelli e nel controllo del processo di trasduzione meccano-elettrica 12,21,22.

Mentre l’importanza della miosina-7a nelle cellule sensoriali è ben consolidata, i suoi meccanismi funzionali a livello molecolare rimangono poco compresi. Questa lacuna nelle conoscenze è in parte dovuta alle sfide nella purificazione della proteina intatta, in particolare dell’isoforma dei mammiferi. Recentemente, sono stati compiuti progressi significativi utilizzando il sistema MultiBac per esprimere in modo ricombinante l’oloenzima14 completo della miosina-7a umana. Questo progresso ha permesso la caratterizzazione strutturale e biofisica di questa proteina motrice, portando alla scoperta di diverse proprietà uniche della miosina-7a umana che sono specificamente adattate per le funzioni uditive dei mammiferi14,23.

Il sistema MultiBac è una piattaforma avanzata di baculovirus/cellule di insetti specificamente progettata per l’espressione di complessi multimerici eucariotici24,25. Una caratteristica chiave di questo sistema è la sua capacità di ospitare più cassette di espressione genica, ciascuna delle quali codifica per una subunità del complesso, all’interno di un singolo baculovirus MultiBac. L’assemblaggio delle cassette di espressione multigenica è facilitato attraverso un cosiddetto modulo di moltiplicazione: un sito di endonucleasi di homing (HE) e un sito BstXI progettato per la corrispondenza che fiancheggia i siti di clonazione multipli (MCS). Questo modulo consente l’assemblaggio iterativo di una singola cassetta di espressione mediante restrizione/legatura, sfruttando il fatto che i siti di restrizione HE e BstXI vengono eliminati al momento della legatura. In questo articolo, la catena pesante della miosina-7a umana, RLC, calmodulina e CALML4 sono clonate nel modulo di moltiplicazione all’interno del vettore pACEBac1 (Figura 1A), che vengono poi assemblate in una cassetta di espressione multigenica attraverso il processo iterativo (Figura 1B). La cassetta multigenica della miosina-7a è integrata nel genoma baculovirale (bacmid) attraverso la trasposizione dell’elemento mini-Tn7 dal vettore pACEBac1 al sito bersaglio mini-attTn7 nel genoma (Figura 1C). Seguendo le procedure per la purificazione del bacmid, la produzione di baculovirus e l’amplificazione (Figura 1D, E), viene preparato il baculovirus ricombinante Myosin-7a MultiBac che può essere utilizzato per la produzione di proteine su larga scala (Figura 1F). Inoltre, le catene leggere della miosina-7a possono essere prodotte separatamente in E. coli e purificate utilizzando un tag His6-SUMO 26,27,28 scissabile. Le catene leggere purificate sono utili per studiare la loro dinamica di legame e la regolazione della miosina-7a.

La proteina miosina-7a purificata può essere sottoposta a studi strutturali, biochimici e biofisici per ottenere informazioni sulla regolazione strutturale-funzionale di questa proteina motrice. Inoltre, le sue interazioni con la rete di actina e altre proteine leganti29 possono essere esaminate utilizzando una varietà di approcci di ricostituzione in vitro. I risultati di queste analisi informeranno le proprietà biofisiche di questa miosina, portando a una comprensione meccanicistica di come la miosina-7a guida i cambiamenti del citoscheletro e, in ultima analisi, modella la morfologia e la funzione uniche delle cellule sensoriali. In questo articolo, descriviamo in dettaglio un flusso di lavoro per il saggio di scorrimento del filamento di actina che è stato specificamente adattato per la miosina-7a dei mammiferi. Il saggio di scorrimento del filamento di actina è un robusto test di motilità in vitro che studia quantitativamente il movimento dei filamenti fluorescenti di actina spinti da un gran numero di motori di miosina immobilizzati su una superficie di vetrino 30,31,32. I vantaggi di questo test includono la semplicità di configurazione, i requisiti minimi di attrezzatura (un microscopio a fluorescenza ad ampio campo dotato di una fotocamera digitale) e l’elevata riproducibilità. Inoltre, poiché il movimento dei filamenti di actina è guidato da un gruppo di motori di miosina immobilizzati, questo test è particolarmente utile per studiare la motilità di miosine monomeriche come la miosina-7a14,33. I protocolli includono diverse modifiche, dalle procedure sperimentali all’analisi di imaging, specificamente adattate alle proprietà mobili uniche della miosina-7a dei mammiferi. Con la disponibilità della proteina miosina-7a intatta e il protocollo di caratterizzazione funzionale qui descritto, questo articolo pone le basi per ulteriori indagini sui ruoli molecolari della miosina-7a nei processi sia fisiologici che patologici.

Protocol

NOTA: Qui descriviamo un protocollo per sintetizzare l’oloenzima miosina-7a umano intatto e caratterizzare la sua motilità in vitro. Questo protocollo è diviso in tre sezioni: in primo luogo, l’espressione della miosina-7a umana utilizzando il sistema di espressione proteica del baculovirus MultiBac; In secondo luogo, purificare separatamente le catene leggere della miosina-7a utilizzando il sistema E.coli His6-SUMO; e infine, lo studio della motilità della miosina-7a umana u…

Representative Results

Il complesso miosina-7a purificato e le proteine della catena leggera possono essere valutate mediante elettroforesi su gel SDS-PAGE, come mostrato nella Figura 3. La banda sopra l’indicatore di 200 kDa corrisponde alla catena pesante miosina-7a (255 kDa). Le tre bande che migrano tra i marcatori di 22 e 14 kDa dall’alto verso il basso sono rispettivamente RLC (20 kDa), calmodulina e CALML4. Mentre la calmodulina e la CALML4 hanno un peso molecolare simile d…

Discussion

Presented here is a detailed protocol for the production of recombinant human myosin-7a protein from insect cells. Although the Sf9/baculovirus system has been used to produce a variety of myosins40,41,42,43, only recently has the mammalian myosin-7a been successfully purified using the MultiBac baculovirus system14. Mammalian myosin-7a is found to associate with three t…

Divulgations

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

We thank the Microscopy Imaging Facility and Visual Function and Morphology Core at West Virginia University for discussion and help with image analysis. This work is supported by the tenure-track startup funds from West Virginia University School of Medicine to R.L. This work is also supported by National Institute of General Medical Sciences (NIGMS) Visual Sciences Center of Biomedical Research Excellence (Vs-CoBRE) (P20GM144230), and the NIGMS West Virginia Network of Biomedical Research Excellence (WV-INBRE) (P20GM103434).

Materials

1.7 mL microcentrifuge tubes VWR 87003-294
1X FLAG Peptide GenScript N/A Custom peptide synthesis
22x22mm No. 1.5 coverslips VWR 48366-227
250 mL Conical Centrifuge Tubes Nunc 376814
250 mL Vented Erlenmyer Shaker Flask IntelixBio DBJ-SF250VP
2-Mercaptoethanol VWR M131
75x25x1 mm Vistavision microscope slides VWR 16004-42
Actin Protein (>99% Pure) Cytoskeleton AKL99
Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit Millipore Sigma UFC510024
Amicon Ultra-4 Centrifugal Filter Unit Millipore Sigma UFC801024
ANTI-FLAG M2 Affinity Gel Millipore Sigma A2220
ATP Millipore Sigma A7699
ATP Millipore Sigma A7699
Bio-Spin Disposable Chromatography Column Bio-Rad 732-6008
BL21 Competent E. coli New England Biolabs C2530H
Bluo-Gal Thermo Fisher 15519028
Bovine Serum Albumin Millipore Sigma 5470
BstXI Enzyme New England Biolabs R0113S
Calmodulin Millipore Sigma 208694
Catalase Millipore Sigma C40
Champion pET-SUMO Expression System Thermo Fisher K30001
cOmplete, EDTA-free Protease Inhibitor Cocktail Roche Diagnostics 5056489001
Cutsmart Buffer New England Biolabs B6004S
DL-Dithiothreitol Millipore Sigma DO632
DL-Dithiothreitol Millipore Sigma DO632
DNase I, Spectrum Chemical Fisher Scientific 18-610-304
Double-Sided Tape Office Depot 909955
EGTA, Molecular Biology Grade Millipore Sigma 324626-25GM
EGTA, Molecular Biology Grade Millipore Sigma 324626-25GM
Ethanol Thermo Fisher BP2818
ExpiFectamine Sf Transfection Reagent Gibco A38915
FAST program http://spudlab.stanford.edu/fast-for-automatic-motility-measurements; 
Fisherbrand Model 505 Sonic Dismembrator Fisher Scientific FB505110
Gentamicin Reagent Solution Gibco 15710-064 10 mg/mL in distilled water
Glucose Millipore Sigma G5767
Glucose Oxidase Millipore Sigma G2133
Glycerol Invitrogen 15514-011
HisPur Cobalt Resin Thermo Fisher 89966
I-CeuI Enzyme New England Biolabs R0699S
Image Stabilizer Plugin https://www.cs.cmu.edu/~kangli/code/Image_Stabilizer.html
ImageJ FIJI https://imagej.net/Fiji/Downloads
Imidazole Millipore Sigma I2399
In-Fusion Snap Assembly Master Mix TaKaRa 638948
IPTG Thermo Fisher 15529019
Isopropanol Fisher Scientific A451SK
Kanamycin Fisher Scientific AAJ67354AD
Large Orifice Pipet Tips Fisher Scientific 02-707-134 1-200uL
LB Agar, Ready-Made Powder Thermo Fisher J75851-A1
Leupeptin Protease Inhibitor Thermo Fisher 78435
Magnesium chloride Thermo Fisher J61014.=E 1M
Magnesium chloride Thermo Fisher J61014.=E 1M
Max Efficiency DH10Bac Competent Cells Gibco 10361012
Microcentrifuge Tubes, 1.7mL VWR 87003-294
Microcentrifuge Tubes, 1.7mL VWR 87003-294
Microcentrifuge Tubes, 1.7mL VWR 87003-294
Microscope Nikon Model: Eclipse Ti with H-TIRF system with 100X TIRF objective
Microscope Camera ORCA-Fusion BT
Microscope Laser Unit Andor iXon Ultra
Miller's LB Broth Corning 46-050-CM
MOPS Millipore Sigma M3183
MOPS Millipore Sigma M3183
NanoDrop One/OneC Microvolume UV-Vis Spectrophotometer Thermo Fisher ND-ONE-W
NanoDrop One/OneC Microvolume UV-Vis Spectrophotometer Thermo Fisher ND-ONE-W
NEB 5-alpha Competent E.coli (High Efficiency) New England Biolabs C2987H
NEBuffer r3.1 New England Biolabs B6003S
NIS Elements Nikon
NIS-Elements Nikon
Nitrocellulose LADD Research Industries 53152
Opti-MEM I Reduced Serum Medium Gibco 31985070
pACEBac1 Vector Geneva Biotech
Parafilm Millipore Sigma P7793
PMSF Millipore Sigma 78830
PureLink RNase A (20 mg/mL) Invitrogen 12091021
QIAprep Spin Miniprep Kit (250) QIAGEN 27106
QIAquick Gel Extraction Kit (50) QIAGEN 28704
QIAquick PCR Purification Kit (50) QIAGEN 28104
Quick CIP New England Biolabs M0525S
Rhodamine phalloidin Invitrogen R415
S.O.C. Medium Invitrogen 15544034
SENP2 protease PMID:17591783 Purified in the lab
Sf9 cells Thermo Fisher 11496015
Sf-900 III SFM (1X) – Serum Free Media Complete Gibco 12658-027
Slide-A-Lyzer G3 Dialysis Cassettes, 10K MWCO, 3 mL Thermo Fisher A52971
Sodium chloride Millipore Sigma S7653
Sodium chloride Millipore Sigma S7653
Stericup Quick Release Vacuum Driven Disposable Filtration System Millipore Sigma S2GPU01RE
Superdex 75 Increase 10/300 GL Cytiva 29148721
T4 DNA Ligase New England Biolabs M0202S
T4 DNA Ligase Buffer – 10X with 10mM ATP New England Biolabs B0202A
Tetracycline Hydrochloride Millipore Sigma T7660-5G
Tris Millipore Sigma 10708976001
Triton X American Bioanalytical 9002-93-1

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Wright, M., Redford, S., Vehar, J., Courtney, K. C., Billington, N., Liu, R. MultiBac System-Based Purification and Biophysical Characterization of Human Myosin-7a. J. Vis. Exp. (210), e67135, doi:10.3791/67135 (2024).

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