ここでは、トウモロコシ葉肉細胞におけるプラスミドの大規模なライブラリをテストするために、数百万のトウモロコシプロトプラストを一過性にトランスフェクトするためのハイスループットプロトコルを紹介します。
トウモロコシ葉肉細胞のトランスフェクションでは、多くの場合、植物細胞壁を消化してプロトプラストを作成し、エレクトロポレーションまたはポリエチレングリコール(PEG) を介して DNAを挿入します。以前の方法は、一度に数万個のトランスフェクトプロトプラストを生産するために開発されました。ここでは、トウモロコシ(Zea mays L.)中の数百万の葉葉肉プロトプラストを単離してトランスフェクトする簡単な方法について説明します。この合理化されたプロセスにより、W5での洗浄など、特定の一般的なプロトプラストステップが削除されます。さらに、遠心分離、PEGを介したトランスフェクション、インキュベーションなどのステップは、より多くのプロトプラストで機能するように変更されています。プラスミド構築物の大規模なライブラリを発現する能力は、トウモロコシでの超並列レポーターアッセイなどのゲノムスケールの実験を可能にします。
一過性遺伝子発現は、植物生物学における強力なツールです。しかし、植物細胞は細胞壁に囲まれているため、トランスフェクションが困難です。DNA侵入に対するこの障壁は、哺乳類細胞や昆虫細胞などの他の一般的に研究されている細胞型には存在しません。過去の研究では、プロトプラスト(細胞壁が消化および除去された植物細胞)を採用することで、この課題に対処しました。未処理の葉組織とは対照的に、植物プロトプラストは懸濁液中での取り扱いが容易であり、エレクトロポレーションまたはポリエチレングリコール(PEG)1によって媒介されるトランスフェクション技術に適しています。植物細胞は、細胞壁を除去した後もその機能の多くを保持します。したがって、プロトプラストは、遺伝子およびタンパク質の機能を研究し2,3、シグナル伝達4を理解し、植物育種の可能な標的を特定するために、さまざまな植物で使用されています5。プロトプラストは、コムギやジャガイモなどの多様な作物種のゲノム編集構築物をスクリーニングするための便利な媒体でもあります6,7。要するに、プロトプラストの一過性アッセイは農業バイオテクノロジーに不可欠です。
トウモロコシ(Zea mays L.)は、トン数で世界をリードする穀物です。そのため、基礎および応用植物科学研究の主要な焦点です8。しかしながら、Nicotiana tabacum9のようなモデル植物とは異なり、無傷のトウモロコシ葉における一過性導入遺伝子発現は日常的に行われていない。プロトプラストは、トウモロコシ葉葉肉細胞10,11を取得してトランスフェクトするために使用されています。以前の方法では、エレクトロポレーションを使用して最大75%のトランスフェクション効率を達成し、数万のスケールでトランスフェクションされたプロトプラストを製造していました10,15。
このプロトコルは、何百万ものトウモロコシ葉肉細胞をプロトプラストし、以前の方法に匹敵する効率でそれらをトランスフェクションする方法を詳述しています。主なステップは、エチオレートトウモロコシの苗の成長、葉の組織の収穫、植物の細胞壁の消化、およびPEGを使用したプラスミドDNAの細胞への送達です。このプロトコルの主な貢献は、機能アッセイに必要な細胞生存率を維持しながら、プロトプラストトランスフェクションをスケールアップできることです。これにより、超並列レポーターアッセイなどのゲノムスケールの実験を使用して、トウモロコシゲノム全体の数十万の領域の機能をテストできます。この方法は最近、エンハンサーおよびプロモーターを含むシス調節DNAエレメントの大規模なライブラリを調査するために使用されている12,13,14。
以前に報告されたように、プロトプラストに使用される植物材料の品質は、高品質のプロトプラストを得るために不可欠である16,17,18。健康で傷のない葉を選ぶことが重要です。この作品は、人気のある研究用トウモロコシ品種B73を使用しました。他の栽培品種はテストしていません。このプロトコルに使用されたトウモロコシの苗は、緑葉のプロトプラストと比較して、トランスフェクション後16時間でより高い生存率のプロトプラストを生成するため、暗闇で栽培されました。一晩のインキュベーションを必要としないアプリケーションでは、緑または緑化葉の材料を使用することが可能です。
重要なステップは、酵素消化の前に葉の材料を適切に薄切りに切断することです。このプロセスは、葉肉細胞が酵素溶液にさらされるための表面積を増加させ、それは回収されたプロトプラストの数を増加させる。遠位の葉の先端は捨てられ、薄い(≤1 mm)スライスは新しいかみそりの刃で切られます。一定量の組織に対して、葉の粉砕を最小限に抑えるために正しい技術が採用されていれば、より薄いスライスはより多くのプロトプラストを生成します。
プロトプラストは細胞壁除去を受けた後は非常に繊細であるため、プロトプラストを正しく洗浄することも重要です。消化後、すべての溶液は氷上に保たれ、暗く成長したプロトプラストは光から保護されます。浸透圧およびpHは、MMG溶液中で洗浄を行うことによって緩衝される。密度の低い細胞破片からプロトプラストを単離するために、遠心分離は100 x gで行われます。200 x g で遠心分離したプロトプラストは、単離後に同様の生存率を示しますが、翌日には生存率が低下し、約半分も形質転換します。単離直後にFDA(フルオレセインジアセテート)で染色することにより、プロトプラストの生存率を確認することをお勧めします。通常の生存率は70%〜90%の範囲です。単離後の生存率が40%未満のプロトプラストは、形質転換体をほとんど生み出しません。
多くのプロトプラストを扱う場合、トランスフェクション後にはっきりと見えるペレットが得られるため、ペレット化と洗浄が容易になります。このため、トランスフェクションは100万個以上のプロトプラストを用いて行われます。プロトコルをスケールアップするときは、インキュベーションステップ(1.5 mL、15 mL、または50 mLの遠沈管)に適したサイズの容器を選択し、洗浄ステップに使用する溶液の量をそれに応じてスケーリングする必要があります。いずれの場合も、プロトプラストが上清中に残らないようにするために、≤10 mLアリコートで遠心分離することが有益です。このプロトコルの1つの革新は、他のプロトコル14,19に記載されているW5溶液の1時間のインキュベーションおよび洗浄ステップの削除であり、これは私たちの手には不要であることが証明されました。
他の研究で見られるように、DNAの量と質はどちらもトランスフェクションを成功させるために重要です19。4〜6 kbの範囲のプラスミドの場合、100万個のプロトプラストあたり15 μgのDNAが使用されます。DNA調製の質が低いと、トランスフェクション後の生存率が低下する可能性があるため、細菌からプラスミドを単離する場合は市販のDNA抽出キットを使用することをお勧めします。プロトプラストを一晩インキュベートすることは、ストレスを最小限に抑えながらプラスミドまたはプラスミドライブラリの転写を可能にするために、暗所で室温で行われます。一晩のインキュベーション後、最初にトランスフェクトされたプロトプラストの数の約半分が回収されます。プロトプラストを500〜1,000細胞/μLの濃度に希釈して一晩インキュベートします。プロトプラストを1,000細胞/μLを超える濃度で一晩インキュベートすると、回収率が低く、生存率も低くなります。より高い濃度では、損傷したプロトプラストおよび死んだプロトプラストからの破片が隣接するプロトプラストの死に寄与する可能性がある。一晩インキュベーションした後にプロトプラストを洗浄することは、この破片を除去することおよび過剰なプラスミドを除去することの両方に役立つ。
このようなプロトコルには、すべての植物種または組織タイプがプロトプラストに適しているわけではないという制限があります。さらに、遺伝子発現差は、プロトプラストプロセスによって誘導され得る。
要約すると、主食農作物Z. maysから何百万もの生存可能なプロトプラストを単離およびトランスフェクトするためのシンプルでスケーラブルなプロトコルを詳述しました。この方法は、PEGを使用してさらに多くのプロトプラストをトランスフェクションすることができ、エレクトロポレーションベースの方法とほぼ同じくらい高い形質転換効率が得られます15。形質転換体の正味数が多いほど、超並列レポーターアッセイなどの大規模実験において数百または数千の構築物の試験が可能になります12,13。トウモロコシでの将来のゲノムスケールの実験により、科学者はトウモロコシの遺伝子発現と遺伝子調節をよりよく理解できるようになります。
The authors have nothing to disclose.
この研究は、国立ヒトゲノム研究所のゲノム科学における学際的トレーニング(T32トレーニング助成金番号HG000035からJ.T.)および国立衛生研究所(NIGMS 1R35GM139532からC.Q.)、および国立科学財団(RESEARCH-PGR IOS-1748843およびPlantSynBio 2240888からCQ)によってサポートされました。トウモロコシの種を贈ってくれたラトガース大学のアンドレア・ギャロヴァッティに感謝します。
1.5 mL graduated microcentrifuge tubes | VWR | 490004-444 | |
15 mL Falcon conical centrifuge tube | Corning | 05-527-90 | |
250 mL Pyrex glass beaker | Fisher | 50-121-5005 | |
40 um nylon mesh cell strainer | Fisher | 22363547 | |
50 mL Falcon tube | Corning | 14-432-22 | |
72 cell propagation tray | T.O. Plastics | 725607C | |
Aluminum foil | VWR | 89107-732 | |
Bell jar | Bel-Art | F42022-0000 | |
Benchtop centrifuge | Eppendorf | 5424-R | |
Beta-mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | M6250-250ML | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Bovine serum albumin | Sigma-Aldrich | A2153 | |
Calcium chloride dihydrate (CaCl2*2H2O) | PhytoTech Labs | C135 | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Cellulase Onozuka R-10 | Duchefa Biochemie | C8001.0010 | |
D-Mannitol | PhytoTech Labs | M562 | |
Dissecting scope | Reichert | Microstar IV | |
Fluorescein Diacetate (FDA) | Thermofischer Scientific | F1303 | Dissolve in acetone at 0.5% weight/volume to make a 1000X stock solution. Protect from light and store at -20 °C. |
Fluorescence Illumination Systems | Prior | Lumen200 | |
Fluorescence microscope | Leica | MDG36 | |
High-capacity centrifuge | Eppendorf | 5810 R | |
Macerozyme | Duchefa Biochemie | M8002.0005 | |
Magnesium chloride (MgCl2) | Sigma-Aldrich | M292-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Maize seeds | B73 | USDA-ARS | https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/accessiondetail?accid=PI+550473 |
Medium binder clip | Uline | S-24649 | |
MES | Sigma-Aldrich | M5287-250G | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Adjust pH to 5.7 using KOH. Protect from light and store at room temperature. |
Micropipette 20-200 uL | Gilson | F123601G | |
Nanodrop microvolume spectrophotometer | Thermofischer Scientific | ND-1000 | |
NEB 5-alpha competent E. coli | New England BioLabs | C2987H | |
Neubauer hemocytometer | Daigger Scientific | EF16034F | |
No. 9 Single-edge razor blade | Excel | 20009 | |
Orbital shaker | VWR | 89032-104 | |
Poly(ethylene) glycol 4,000 | Sigma-Aldrich | 81240-1KG | |
Potassium chloride (KCl) | Sigma-Aldrich | P9541-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Professional Grade Vermiculite | NK Lawn & Garden | G208 | |
Round-bottom glass centrifuge tube 30 mL | Kimble Chase | 45500-30 | |
Rubber adapter for Corex centrifuge tubes | Corning | CLS8445AO | |
Sphagnum peat moss | Premier Horticulture | 0128P | |
TRIzol Reagent | Thermofischer Scientific | 15596018 | |
Tygon vacuum tubing | VWR | 76336-844 | |
Vacuum gauge | Wika | 4269978 |