Здесь мы представляем высокопроизводительный протокол для временной трансфектации миллионов протопластов кукурузы для тестирования больших библиотек плазмид в клетках мезофилла кукурузы.
Трансфекция клеток мезофилла кукурузы часто включает в себя переваривание клеточных стенок растений для создания протопластов, а затем вставку ДНК с помощью электропорации или полиэтиленгликоля (ПЭГ). Предыдущие методы были разработаны для получения десятков тысяч трансфицированных протопластов одновременно. Здесь мы описываем простой метод выделения и трансфекции миллионов протопластов мезофилла листьев в кукурузе (Zea mays L.). Этот оптимизированный процесс устраняет некоторые распространенные этапы протопления, такие как промывка в W5. Кроме того, такие этапы, как центрифугирование, трансфекция, опосредованная ПЭГ, и инкубация были модифицированы для работы с большим количеством протопластов. Способность экспрессировать большие библиотеки плазмидных конструкций позволяет проводить эксперименты в масштабе генома, такие как массово-параллельные репортерные анализы кукурузы.
Транзиторная экспрессия генов является мощным инструментом в биологии растений. Однако растительные клетки трудно трансфицировать, потому что они окружены клеточной стенкой. Этот барьер для проникновения ДНК отсутствует в других широко изучаемых типах клеток, таких как клетки млекопитающих или насекомых. Прошлые исследования решали эту проблему, используя протопласты: растительные клетки, клеточные стенки которых были переварены и удалены. В отличие от необработанной ткани листа, с растительными протопластами легко работать в суспензии и они поддаются методам трансфекции, опосредованным электропорацией или полиэтиленгликолем (ПЭГ)1. Растительные клетки сохраняют большую часть своей функциональности даже после удаления клеточной стенки. Таким образом, протопласты используются у различных растений для изучения функции генов и белков2,3, для понимания сигнальной трансдукции4 и для определения возможных мишеней для селекции растений5. Протопласты также являются удобным средством для скрининга конструкций редактирования генома у различных видов сельскохозяйственных культур, включая пшеницу и картофель 6,7. Короче говоря, переходные анализы протопластов необходимы для сельскохозяйственной биотехнологии.
Кукуруза (Zea mays L.) является ведущей в мире зерновой культурой по тоннажу; Как таковой, он является одним из основных направлений фундаментальных и прикладных исследований в области растениеводства8. Однако, в отличие от модельных растений, таких как Nicotiana tabacum9, транзиторная экспрессия трансгена в неповрежденных листьях кукурузы обычно не выполняется. Протопластинг был использован для получения и трансфицирования клеток мезофилла листьев кукурузы10,11. Предыдущие методы достигали эффективности трансфекции до 75% с помощью электропорации и производили трансфицированные протопласты в масштабе10,15 десятков тысяч.
В этом протоколе подробно описано, как протопластировать миллионы клеток мезофилла кукурузы и трансфицировать их с эффективностью, сравнимой с предыдущими методами. Основными этапами являются выращивание этиолированных проростков кукурузы, сбор ткани листа, переваривание клеточной стенки растений и доставка плазмидной ДНК в клетки с помощью ПЭГ. Ключевым вкладом этого протокола является способность масштабировать трансфекцию протопластов при сохранении жизнеспособности клеток, необходимой для функциональных анализов. Это позволяет использовать эксперименты в масштабе генома, такие как массово-параллельные репортерные анализы, которые могут проверить функцию сотен тысяч областей по всему геному кукурузы. Этот метод недавно был использован для исследования больших библиотек цис-регуляторных элементов ДНК, включая энхансеры и промоторы12,13,14.
Как сообщалось ранее, качество растительного материала, используемого для протопласта, имеет важное значение для получения высококачественных протопластов16,17,18. Очень важно отбирать здоровые незапятнанные листья. В этой работе использовался популярный исследовательский сорт кукурузы B73. Мы не тестировали другие сорта. Проростки кукурузы, использованные для этого протокола, были выращены в темноте, потому что этиолированные листья производят протопласты с большей жизнеспособностью через 16 часов после трансфекции по сравнению с протопластами из зеленых листьев. Для применений, которые не требуют ночной инкубации, можно использовать зеленый или зеленеющий листовой материал.
Важным этапом является правильная нарезка листового материала тонкими ломтиками перед ферментативным перевариванием. Этот процесс увеличивает площадь поверхности клеток мезофилла, подвергающихся воздействию раствора фермента, что увеличивает количество восстановленных протопластов. Дистальные кончики листьев отбрасывают, а тонкие (≤1 мм) ломтики нарезают новыми бритвенными лезвиями, которые сразу же вынимаются, когда начинают тупиться. Для данного количества ткани более тонкие ломтики дают больше протопластов при условии, что используется правильная техника, чтобы свести к минимуму раздавливание листьев.
Правильная промывка протопластов также важна, так как они довольно деликатны после удаления клеточной стенки. После переваривания все растворы выдерживают на льду, а темные протопласты защищают от света. Осмолярность и рН буферизуются путем промывки в растворе MMG. Чтобы выделить протопласты из менее плотного клеточного мусора, центрифугирование проводят при 100 x g. Протопласты, центрифугированные при 200 x g , демонстрируют аналогичную жизнеспособность после выделения, но более низкую жизнеспособность на следующий день, и они также трансформируются примерно вдвое. Мы рекомендуем проверять жизнеспособность протопластов путем окрашивания FDA (флуоресцеин диацетат) сразу после выделения; Нормальная жизнеспособность колеблется в пределах 70-90%. Протопласты с жизнеспособностью менее 40% после выделения дают мало трансформаторов.
Гранулирование и промывка облегчаются при работе со многими протопластами, потому что после трансфекции получается хорошо видимая гранула. По этой причине трансфекцию проводят с 1 миллионом и более протопластов. При расширении протокола следует выбрать сосуд соответствующего размера для этапов инкубации (центрифужная пробирка объемом 1,5 мл, 15 мл или 50 мл), а объем раствора, используемый для этапов промывки, должен быть соответствующим образом увеличен. В любом случае, полезно центрифугировать аликвоты объемом ≤10 мл, чтобы гарантировать, что протопласты не останутся в надосадочной жидкости. Одним из нововведений этого протокола является удаление 1-часовой стадии инкубации и промывки в растворе W5, которая указана в других протоколах14,19, которая оказалась ненужной в наших руках.
Как видно из других исследований, количество и качество ДНК имеют решающее значение для успешной трансфекции19. Для плазмид в диапазоне 4-6 кб используется 15 мкг ДНК на 1 млн протопластов. Некачественные препараты ДНК могут привести к снижению жизнеспособности после трансфекции, поэтому мы рекомендуем использовать коммерческий набор для выделения ДНК при выделении плазмид из бактерий. Инкубация протопластов в течение ночи проводится при комнатной температуре в темноте, чтобы обеспечить транскрипцию плазмиды или библиотеки плазмид при минимизации стресса. После ночной инкубации восстанавливается примерно половина первоначально трансфицированных протопластов. Протопласты разбавляют до концентрации 500-1000 клеток/мкл для ночной инкубации. Протопласты, оставленные для инкубации на ночь в концентрациях выше 1000 клеток/мкл, имеют более низкую скорость восстановления и меньшую жизнеспособность. При более высоких концентрациях обломки поврежденных и мертвых протопластов могут способствовать гибели соседних протопластов. Промывание протопластов после ночной инкубации служит как для удаления этого мусора, так и для удаления излишков плазмиды.
Такие протоколы имеют ограничение, заключающееся в том, что не все виды растений или типы тканей поддаются протопластированию. Кроме того, различия в экспрессии генов могут быть вызваны протопластическим процессом.
Таким образом, мы подробно описали простой и масштабируемый протокол для выделения и трансфекции миллионов жизнеспособных протопластов из основной сельскохозяйственной культуры Z. mays. Этот метод может трансфицировать гораздо больше протопластов с использованием ПЭГ с эффективностью трансформации, почти такой же высокой, как и методы, основанные на электропорации15. Большее суммарное количество трансформаторов позволяет тестировать сотни или тысячи конструкций в крупномасштабных экспериментах, таких как массивно-параллельные репортерные анализы12,13. Будущие эксперименты на уровне генома кукурузы позволят ученым лучше понять экспрессию генов кукурузы и регуляцию генов.
The authors have nothing to disclose.
Эта работа была поддержана Национальным научно-исследовательским институтом генома человека, междисциплинарным обучением в области геномных наук (грант на обучение T32 No HG000035 для J.T.) и Национальным институтом здравоохранения (NIGMS 1R35GM139532 для C.Q.), а также Национальным научным фондом (RESEARCH-PGR IOS-1748843 и PlantSynBio 2240888 в CQ). Мы благодарим Андреа Галловатти из Университета Рутгерса за подарок семян кукурузы.
1.5 mL graduated microcentrifuge tubes | VWR | 490004-444 | |
15 mL Falcon conical centrifuge tube | Corning | 05-527-90 | |
250 mL Pyrex glass beaker | Fisher | 50-121-5005 | |
40 um nylon mesh cell strainer | Fisher | 22363547 | |
50 mL Falcon tube | Corning | 14-432-22 | |
72 cell propagation tray | T.O. Plastics | 725607C | |
Aluminum foil | VWR | 89107-732 | |
Bell jar | Bel-Art | F42022-0000 | |
Benchtop centrifuge | Eppendorf | 5424-R | |
Beta-mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | M6250-250ML | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Bovine serum albumin | Sigma-Aldrich | A2153 | |
Calcium chloride dihydrate (CaCl2*2H2O) | PhytoTech Labs | C135 | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Cellulase Onozuka R-10 | Duchefa Biochemie | C8001.0010 | |
D-Mannitol | PhytoTech Labs | M562 | |
Dissecting scope | Reichert | Microstar IV | |
Fluorescein Diacetate (FDA) | Thermofischer Scientific | F1303 | Dissolve in acetone at 0.5% weight/volume to make a 1000X stock solution. Protect from light and store at -20 °C. |
Fluorescence Illumination Systems | Prior | Lumen200 | |
Fluorescence microscope | Leica | MDG36 | |
High-capacity centrifuge | Eppendorf | 5810 R | |
Macerozyme | Duchefa Biochemie | M8002.0005 | |
Magnesium chloride (MgCl2) | Sigma-Aldrich | M292-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Maize seeds | B73 | USDA-ARS | https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/accessiondetail?accid=PI+550473 |
Medium binder clip | Uline | S-24649 | |
MES | Sigma-Aldrich | M5287-250G | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Adjust pH to 5.7 using KOH. Protect from light and store at room temperature. |
Micropipette 20-200 uL | Gilson | F123601G | |
Nanodrop microvolume spectrophotometer | Thermofischer Scientific | ND-1000 | |
NEB 5-alpha competent E. coli | New England BioLabs | C2987H | |
Neubauer hemocytometer | Daigger Scientific | EF16034F | |
No. 9 Single-edge razor blade | Excel | 20009 | |
Orbital shaker | VWR | 89032-104 | |
Poly(ethylene) glycol 4,000 | Sigma-Aldrich | 81240-1KG | |
Potassium chloride (KCl) | Sigma-Aldrich | P9541-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Professional Grade Vermiculite | NK Lawn & Garden | G208 | |
Round-bottom glass centrifuge tube 30 mL | Kimble Chase | 45500-30 | |
Rubber adapter for Corex centrifuge tubes | Corning | CLS8445AO | |
Sphagnum peat moss | Premier Horticulture | 0128P | |
TRIzol Reagent | Thermofischer Scientific | 15596018 | |
Tygon vacuum tubing | VWR | 76336-844 | |
Vacuum gauge | Wika | 4269978 |