여기에서 우리는 옥수수 중엽 세포에서 플라스미드의 대규모 라이브러리를 테스트하기 위해 수백만 개의 옥수수 원형질체를 일시적으로 형질감염시키는 고처리량 프로토콜을 제시합니다.
옥수수 중엽엽 세포의 형질감염은 종종 식물 세포벽을 소화하여 원형질체를 생성한 다음 전기천공 또는 폴리에틸렌 글리콜(PEG)을 통해 DNA를 삽입하는 것을 포함합니다. 이전의 방법은 수만 개의 형질주입된 원형질체를 한 번에 생산하기 위해 개발되었습니다. 여기에서 우리는 옥수수에서 수백만 개의 잎 엽엽 원형질체를 분리하고 형질감염시키는 간단한 방법을 설명합니다(Zea mays L.). 이 간소화된 프로세스는 W5 세척과 같은 특정 일반적인 원형 성형 단계를 제거합니다. 또한 원심분리, PEG 매개 형질감염 및 배양과 같은 단계가 더 많은 수의 원형질체와 함께 작동하도록 수정되었습니다. 플라스미드 구조의 대규모 라이브러리를 발현하는 능력은 옥수수의 대규모 병렬 리포터 분석과 같은 게놈 규모의 실험을 가능하게 합니다.
일시적인 유전자 발현은 식물 생물학에서 강력한 도구입니다. 그러나 식물 세포는 세포벽으로 둘러싸여 있기 때문에 형질 주입이 어렵습니다. DNA 진입에 대한 이러한 장벽은 포유류 또는 곤충 세포와 같이 일반적으로 연구되는 다른 세포 유형에는 존재하지 않습니다. 과거 연구에서는 세포벽이 소화되고 제거된 식물 세포인 원형질체를 사용하여 이 문제를 해결했습니다. 처리되지 않은 잎 조직과 달리, 식물 원형질체는 현탁액에서 작업하기 쉽고 전기천공 또는 폴리에틸렌 글리콜(PEG)에 의해 매개되는 형질주입 기술에 적합합니다1. 식물 세포는 세포벽 제거 후에도 많은 기능을 유지합니다. 따라서, 원형질체는 유전자 및 단백질 기능을 연구하기 위해 다양한 식물에서 사용된다2,3, 신호 전달4을 이해하고, 식물 육종5을 위한 가능한 표적을 식별하기 위해. 원형질체는 또한 밀과 감자를 포함한 다양한 작물 종에서 게놈 편집 구조를 스크리닝하기 위한 편리한 수단입니다 6,7. 요컨대, 원형질체의 일시적인 분석은 농업 생명 공학에 없어서는 안될 필수 요소입니다.
옥수수 (Zea mays L.)는 톤수 기준으로 세계 최고의 곡물 작물입니다. 따라서 기초 및 응용 식물 과학 연구8의 주요 초점입니다. 그러나 니코티아나 타바쿰9와 같은 모델 식물과 달리 온전한 옥수수 잎에서 일시적인 이식유전자 발현은 일상적으로 수행되지 않습니다. 원형질성형체는 옥수수 잎 엽엽 세포10,11을 획득하고 형질감염시키는데 사용되었다. 이전의 방법은 전기천공법을 사용하여 최대 75%의 형질주입 효율을 달성했으며 수만 개의 규모로 형질주입된 원형질체를 생성했습니다10,15.
이 프로토콜은 수백만 개의 옥수수 중엽 세포를 원형질화하고 이전 방법과 비교할 수 있는 효율성으로 형질감염시키는 방법을 자세히 설명합니다. 주요 단계는 침식된 옥수수 묘목을 재배하고, 잎 조직을 수확하고, 식물 세포벽을 소화하고, PEG를 사용하여 플라스미드 DNA를 세포에 전달하는 것입니다. 이 프로토콜의 주요 기여는 기능적 분석에 필요한 세포 생존율을 유지하면서 원형질체 형질주입을 확장할 수 있다는 것입니다. 이를 통해 옥수수 게놈 전체에서 수십만 개 영역의 기능을 테스트할 수 있는 대규모 병렬 리포터 분석과 같은 게놈 규모 실험을 사용할 수 있습니다. 이 방법은 최근 인핸서 및 프로모터를 포함한 시스-조절 DNA 요소의 대규모 라이브러리를 조사하는 데 사용되었습니다12,13,14.
이전에 보고된 바와 같이, 원형질체에 사용되는 식물 재료의 품질은 고품질 원형질체(16,17,18)를 얻기 위해 필수적이다. 흠집이 없는 건강한 잎을 선택하는 것이 중요합니다. 이 작품은 인기있는 연구 옥수수 품종 B73을 사용했습니다. 우리는 다른 품종을 테스트하지 않았습니다. 이 프로토콜에 사용된 옥수수 묘목은 에티올레이트된 잎이 녹색 잎의 원형질체에 비해 형질감염 후 16시간 후에 더 큰 생존력을 가진 원형질체를 생성하기 때문에 어둠 속에서 재배되었습니다. 하룻밤 배양이 필요하지 않은 응용 분야의 경우 녹색 또는 녹화 잎 재료를 사용할 수 있습니다.
중요한 단계는 효소 소화 전에 잎 재료를 얇은 조각으로 적절하게 자르는 것입니다. 이 과정은 중엽 세포가 효소 용액에 노출되는 표면적을 증가시켜 회수된 원형질체의 수를 증가시킵니다. 말단 잎 끝은 버리고 얇은(≤1mm) 조각을 새 면도날로 자르고 무뎌지기 시작하면 즉시 교체합니다. 주어진 양의 조직에 대해 더 얇은 조각은 잎의 분쇄를 최소화하기 위해 올바른 기술을 사용하는 경우 더 많은 원형질체를 생성합니다.
원형질체는 세포벽 제거 후 매우 섬세하기 때문에 올바르게 세척하는 것도 중요합니다. 소화 후, 모든 용액은 얼음 위에 보관되고, 어둠 속에서 자란 원형질체는 빛으로부터 보호됩니다. 삼투압 및 pH는 MMG 용액에서 세척을 수행하여 완충된다. 덜 조밀 한 세포 파편으로부터 원형질체를 분리하기 위해, 원심 분리는 100 x g에서 일어난다. 200 x g 에서 원심분리된 원형질체는 분리 후 유사한 생존력을 나타내지만 다음 날 생존율이 낮아지며 약 절반도 변형됩니다. 분리 직후 FDA(fluorescein diacetate)로 염색하여 원형질체의 생존력을 확인하는 것이 좋습니다. 정상적인 생존율 범위는 70%-90%입니다. 분리 후 생존율이 40% 미만인 원형질체는 형질전환체를 거의 생성하지 않습니다.
펠렛화 및 세척은 형질감염 후 명확하게 보이는 펠릿을 얻을 수 있기 때문에 많은 원형질체로 작업할 때 더 쉽습니다. 이러한 이유로 형질주입은 100만 개 이상의 원형질체로 수행됩니다. 프로토콜을 확장할 때 배양 단계(1.5mL, 15mL 또는 50mL 원심분리기 튜브)에 적합한 크기의 용기를 선택하고 세척 단계에 사용되는 용액의 부피를 그에 따라 조정해야 합니다. 어쨌든, 원형질체가 상청액에 남아 있지 않도록 하기 위해 ≤10mL 분취량으로 원심분리하는 것이 유리합니다. 이 프로토콜의 한 가지 혁신은 다른 프로토콜14,19에 나열된 W5 용액에서 1시간 배양 및 세척 단계를 제거하는 것인데, 이는 우리 손에 불필요한 것으로 판명되었습니다.
다른 연구에서 볼 수 있듯이, DNA의 양과 질은 모두 성공적인 형질감염에 매우 중요하다19. 4-6kb 범위의 플라스미드의 경우 원형질체 100만 개당 15μg의 DNA가 사용됩니다. 품질이 좋지 않은 DNA 제제는 형질감염 후 생존력이 감소할 수 있으므로 박테리아에서 플라스미드를 분리할 때 상용 DNA 추출 키트를 사용하는 것이 좋습니다. 원형질체를 하룻밤 동안 배양하는 것은 스트레스를 최소화하면서 플라스미드 또는 플라스미드 라이브러리의 전사를 허용하기 위해 어두운 곳에서 실온에서 수행됩니다. 하룻밤 배양 후, 원래 형질감염된 원형질체의 수의 약 절반이 회수됩니다. 원형질체는 하룻밤 배양을 위해 500-1,000 cells/μL의 농도로 희석됩니다. 1,000 cells/μL 이상의 농도로 밤새 배양하도록 방치된 원형질체는 회수율이 낮고 생존력이 낮습니다. 더 높은 농도에서, 손상되고 죽은 원형질체로부터의 파편은 인접한 원형질체의 죽음에 기여할 수 있다. 하룻밤 배양 후 원형질체를 세척하는 것은 이러한 찌꺼기를 제거하고 과량의 플라스미드를 제거하는 역할을 한다.
이와 같은 프로토콜은 모든 식물 종 또는 조직 유형이 원형질에 복종할 수 있는 것은 아니라는 한계를 가지고 있습니다. 또한, 유전자 발현 차이는 원형질체 과정에 의해 유도될 수 있다.
요약하면, 우리는 주요 농작물 Z. mays에서 수백만 개의 생존 가능한 원형질체를 분리하고 형질주입하기 위한 간단하고 확장 가능한 프로토콜을 자세히 설명했습니다. 이 방법은 PEG를 사용하여 더 많은 원형질체를 형질주입할 수 있으며, 형질전환 효율은 전기천공 기반 방법(electroporation based method)과 거의 비슷하다(15). 형질전환체의 순 수가 많을수록 대규모 병렬 리포터 분석(12,13)과 같은 대규모 실험에서 수백 또는 수천 개의 구축물을 테스트할 수 있습니다. 옥수수에 대한 미래의 게놈 규모 실험을 통해 과학자들은 옥수수 유전자 발현과 유전자 조절을 더 잘 이해할 수 있습니다.
The authors have nothing to disclose.
이 연구는 국립 인간 게놈 연구소 게놈 과학 학제 간 교육 (T32 교육 보조금 번호 HG000035 to J.T.) 및 국립 보건원 (NIGMS 1R35GM139532 to C.Q.) 및 국립 과학 재단 (RESEARCH-PGR IOS-1748843 및 PlantSynBio 2240888 to CQ). 옥수수 씨앗을 선물해 주신 Rutgers University의 Andrea Gallovatti에게 감사드립니다.
1.5 mL graduated microcentrifuge tubes | VWR | 490004-444 | |
15 mL Falcon conical centrifuge tube | Corning | 05-527-90 | |
250 mL Pyrex glass beaker | Fisher | 50-121-5005 | |
40 um nylon mesh cell strainer | Fisher | 22363547 | |
50 mL Falcon tube | Corning | 14-432-22 | |
72 cell propagation tray | T.O. Plastics | 725607C | |
Aluminum foil | VWR | 89107-732 | |
Bell jar | Bel-Art | F42022-0000 | |
Benchtop centrifuge | Eppendorf | 5424-R | |
Beta-mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | M6250-250ML | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Bovine serum albumin | Sigma-Aldrich | A2153 | |
Calcium chloride dihydrate (CaCl2*2H2O) | PhytoTech Labs | C135 | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Cellulase Onozuka R-10 | Duchefa Biochemie | C8001.0010 | |
D-Mannitol | PhytoTech Labs | M562 | |
Dissecting scope | Reichert | Microstar IV | |
Fluorescein Diacetate (FDA) | Thermofischer Scientific | F1303 | Dissolve in acetone at 0.5% weight/volume to make a 1000X stock solution. Protect from light and store at -20 °C. |
Fluorescence Illumination Systems | Prior | Lumen200 | |
Fluorescence microscope | Leica | MDG36 | |
High-capacity centrifuge | Eppendorf | 5810 R | |
Macerozyme | Duchefa Biochemie | M8002.0005 | |
Magnesium chloride (MgCl2) | Sigma-Aldrich | M292-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Maize seeds | B73 | USDA-ARS | https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/accessiondetail?accid=PI+550473 |
Medium binder clip | Uline | S-24649 | |
MES | Sigma-Aldrich | M5287-250G | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Adjust pH to 5.7 using KOH. Protect from light and store at room temperature. |
Micropipette 20-200 uL | Gilson | F123601G | |
Nanodrop microvolume spectrophotometer | Thermofischer Scientific | ND-1000 | |
NEB 5-alpha competent E. coli | New England BioLabs | C2987H | |
Neubauer hemocytometer | Daigger Scientific | EF16034F | |
No. 9 Single-edge razor blade | Excel | 20009 | |
Orbital shaker | VWR | 89032-104 | |
Poly(ethylene) glycol 4,000 | Sigma-Aldrich | 81240-1KG | |
Potassium chloride (KCl) | Sigma-Aldrich | P9541-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Professional Grade Vermiculite | NK Lawn & Garden | G208 | |
Round-bottom glass centrifuge tube 30 mL | Kimble Chase | 45500-30 | |
Rubber adapter for Corex centrifuge tubes | Corning | CLS8445AO | |
Sphagnum peat moss | Premier Horticulture | 0128P | |
TRIzol Reagent | Thermofischer Scientific | 15596018 | |
Tygon vacuum tubing | VWR | 76336-844 | |
Vacuum gauge | Wika | 4269978 |