Bu protokol, murin ince bağırsak organoidlerinin oluşturulması, tip-1 doğuştan gelen lenfoid hücrelerin murin ince bağırsak lamina propriasından izole edilmesi ve bağırsak epitel hücreleri ile tip-1 doğuştan gelen lenfoid hücreler arasındaki çift yönlü etkileşimleri incelemek için her iki hücre tipi arasında 3 boyutlu (3D) ortak kültürlerin oluşturulması için ayrıntılı talimatlar sunmaktadır.
Organoidlerin bağışıklık hücreleri ile karmaşık ko-kültürleri, mukozal homeostazın hassas dengesini destekleyen çift yönlü etkileşimleri sorgulamak için çok yönlü bir araç sağlar. Bu 3D, çok hücreli sistemler, çok faktörlü hastalıkları ele almak ve dokuda yerleşik doğuştan gelen lenfoid hücreler (ILC’ler) gibi nadir hücre tiplerini incelerken ortaya çıkan teknik zorlukları çözmek için indirgemeci bir model sunar. Bu makalede, ince bağırsak organoidlerini ve ince bağırsak lamina propria’dan türetilmiş yardımcı benzeri tip-1 ILC’leri (ILC1’ler) birleştiren ve diğer ILC veya immün popülasyonlara kolayca genişletilebilen bir murin sistemi anlatılmaktadır. ILC’ler, homeostazı teşvik ettikleri ve hasar veya enfeksiyona hızla yanıt verdikleri mukozada özellikle zenginleştirilmiş dokuda yerleşik bir popülasyondur. ILC’lerle organoid ko-kültürleri, bağırsaktaki yeni epitelyal-immün sinyal modüllerine ışık tutmaya başlamış ve farklı ILC alt kümelerinin bağırsak epitel bariyeri bütünlüğünü ve rejenerasyonunu nasıl etkilediğini ortaya koymuştur. Bu protokol, mukozal homeostaz ve inflamasyon mekanizmaları hakkında yeni bilgiler sağlama potansiyeline sahip epitel ve bağışıklık hücreleri arasındaki karşılıklı etkileşimler hakkında daha fazla araştırma yapılmasını sağlayacaktır.
Bağırsak epiteli ve bağırsakta yerleşik bağışıklık sistemi arasındaki iletişim, bağırsak homeostazının korunmasında merkezidir1. Bu etkileşimlerdeki bozulmalar, İnflamatuar Bağırsak Hastalığı (IBD) ve gastrointestinal kanserler dahil olmak üzere hem lokal hem de sistemik hastalıklarla ilişkilidir2. Homeostazın yakın zamanda tanımlanan kritik bir düzenleyicisinin dikkate değer bir örneği, bağırsak bağışıklık manzarasında kilit oyuncular olarak ortaya çıkan doğuştan gelen lenfoid hücrelerin (ILC’ler) çalışmasından kaynaklanmaktadır3. ILC’ler, bağırsak homeostazını düzenleyen ve inflamasyonu büyük ölçüde sitokin aracılı sinyalizasyon yoluyla düzenleyen heterojen doğuştan gelen bir immün hücre grubudur4.
Murin ILC’ler genel olarak transkripsiyon faktörü, reseptör ve sitokin ekspresyon profillerine göre alt tiplere ayrılır5. Sitotoksik Doğal Öldürücü (NK) hücreleri ve yardımcı benzeri tip-1 ILC’leri (ILC1’ler) içeren Tip-1 ILC’ler, sırasıyla T hücrelerinde (T-bet)6 ekspresyonlu transkripsiyon faktörü (eomezodermin) Eomes ve T-box proteininin ekspresyonu ile tanımlanır ve T yardımcı tip-1 (TH1) bağışıklığı ile ilişkili sitokinleri salgılar: interlökin (IL)-12’ye yanıt olarak interferon-γ (IFNγ) ve tümör nekroz faktörü (TNF), IL-15 ve IL-187. Homeostaz sırasında, dokuda yerleşik ILC1’ler, epitel proliferasyonunu ve matris yeniden modellemesini sağlamak için Transforme Edici Büyüme Faktörü β (TGF-β) salgılar8. Tip-2 ILC’ler (ILC2’ler) öncelikle helmint enfeksiyonuna T yardımcı tip-2 (TH2) ile ilişkili sitokinlerin salgılanması yoluyla yanıt verir: IL-4, IL-5 ve IL-13 ve retinoik asitle ilişkili yetim reseptör (ROR) α (ROR-α)9 ve GATA Bağlayıcı Protein 3 (GATA-3)10,11,12 ekspresyonu ile karakterizedir. . Farelerde, bağırsak “enflamatuar” ILC2’ler, epitel tutam-hücresi kaynaklı IL-25 14,15’e yanıt verdikleri Öldürücü hücre lektin benzeri reseptörün (alt aile G üyesi 1, KLRG)13 ekspresyonu ile karakterize edilir. Son olarak, lenfoid doku indükleyici hücreleri ve yardımcı benzeri tip-3 ILC’leri (ILC3’ler) içeren tip-3 ILC’ler, transkripsiyon faktörü ROR-γt16’ya bağımlıdır ve lokal IL-1β ve IL-23 sinyallerine yanıt olarak Granülosit Makrofaj Kolonisi Uyarıcı Faktörü (GM-CSF), IL-17 veya IL-22 salgılayan gruplara ayrılır17. Lenfoid doku indükleyici hücreler Peyer’in yamalarında kümelenir ve gelişim sırasında bu ikincil lenfoid organların gelişimi için çok önemlidir18, ILC3’ler ise erişkin murin ince bağırsak lamina propriasında en bol ILC alt tipidir. ILC3’lü en eski murin intestinal organoid ko-kültür sistemlerinden biri, sitokin IL-22’nin Sinyal Dönüştürücü ve Transkripsiyon Aktivatörü 3 (STAT-3) aracılı Lösin Bakımından Zengin Tekrar İçeren G Protein Eşleşmiş Reseptör 5 (Lgr5) + bağırsak kök hücre proliferasyonu19 üzerindeki etkisini ayırmak için kullanıldı. rejeneratif ILC-epitel etkileşiminin güçlü bir örneği. ILC’ler organlar arasında damga-heterojenlik sergiler 20,21 ve polarize edici sitokinlere yanıt olarak alt kümeler arasında plastisite sergiler22. Bu dokuya özgü izleri ve plastisite farklılıklarını yönlendiren ve IBD23 gibi kronik hastalıklarda hangi rolü oynadıkları, organoid ortak kültürleri kullanılarak ele alınabilecek heyecan verici konular olmaya devam etmektedir.
İntestinal organoidler, intestinal epitel24,25’i incelemek için başarılı ve güvenilir bir model olarak ortaya çıkmıştır. Bunlar, bağırsak epitelyal Lgr5 + kök hücrelerinin veya Wnt Ailesi Üyesi 3A’nın (Wnt3a) endojen bir kaynağı olarak Paneth hücrelerini içeren tüm izole kriptoların kültürlenmesiyle üretilir. Bu 3D yapılar, sentetik hidrojeller26’da veya bazal lamina propria’yı taklit eden biyomalzemelerde, örneğin Termal-çapraz bağlanan Bazal Hücre Dışı Matriks’te (TBEM) korunur ve ayrıca çevredeki nişi, özellikle Epitel Büyüme Faktörünü (EGF), Kemik Morfogenetik Protein (BMP) inhibitörü Noggin’i ve bir Lgr5-ligand ve Wnt-agonisti R-Spondin127’yi taklit eden büyüme faktörleri ile desteklenir. . Bu koşullar altında, organoidler epitelyal apiko-bazal polariteyi korur ve bağırsak epitelinin kript-villus yapısını, organoidin merkezindeki emici ve salgısal hücrelere terminal olarak farklılaşan tomurcuklanan kök hücre kriptleri ile özetler, daha sonra anoikis28 tarafından iç psödölümenin içine dökülür. Her ne kadar bağırsak organoidleri tek başına epitel gelişiminin indirgemeci modelleri ve izolasyondaki dinamikler olarak büyük ölçüde avantajlı olsa da29,30, bu davranışların bağışıklık bölmesi tarafından nasıl düzenlendiğini, etkilendiğini ve hatta bozulduğunu anlamak için muazzam bir gelecek potansiyeline sahiptir.
Aşağıdaki protokolde, murin ince bağırsak organoidleri ve lamina propria türevi ILC1’ler arasında, bu popülasyonun inflamasyonun bağırsak imzalarını beklenmedik bir şekilde nasıl azalttığını ve bunun yerine bu sistemde TGF-β yoluyla epitel proliferasyonunun artmasına katkıda bulunduğunu tanımlamak için kullanılan bir ko-kültür yöntemi tanımlanmıştır8.
Bu protokol, murin ince bağırsak organoidlerinin oluşturulması, bağırsak ayrışma protokolü sırasında lenfosit kaybını en aza indirgeyerek nadir ILC1’in izole edilmesi ve bu iki bölme arasında ko-kültürlerin oluşturulması yöntemlerini açıklamaktadır. Bu protokol için birçok adım vardır ve bazıları ILC1’lere özgü olsa da, bu yaklaşım diğer bağırsak bağışıklık hücresi tiplerine uygulanabilir ve ko-kültür kurulumları bireysel araştırma sorularına uyacak şekilde modüler olarak…
The authors have nothing to disclose.
E.R., Wellcome Trust’tan doktora bursunu kabul eder (215027 / Z / 18 / Z). G.M.J., Wellcome Trust’tan (203757 / Z / 16 / A) doktora bursunu kabul eder. D.C., NIHR GSTT BRC’den doktora öğrencisi olduğunu kabul eder. J.F.N., Marie Skłodowska-Curie Bursu, Kral Ödülü bursu, RCUK/UKRI Rutherford Fonu bursu (MR/R024812/1) ve Wellcome Trust’tan Bilim Tohum Ödülü (204394/Z/16/Z) kabul eder. Guy’s Hospital’da bulunan BRC akış sitometrisi çekirdek ekibine de teşekkür ederiz. Rorc(γt)-GfpTG C57BL/6 muhabir fareleri, G. Eberl’in (Institut Pasteur, Paris, Fransa) cömert bir hediyesiydi. CD45.1 C57BL/6 fareler T. Lawrence (King’s College London, Londra) ve P. Barral (King’s College London, Londra) tarafından nazikçe verildi.
Reagents | |||
2-Mercaptoethanol | Gibco | 21985023 | |
Anti-mouse CD45 (BV510) | BioLegend | 103137 | |
Anti-mouse NK1.1 (PE) | Thermo Fisher Scientific | 12-5941-83 | |
B-27 Supplement (50X), serum free | Gibco | 17504044 | |
CD127 Monoclonal Antibody (APC) | Thermo Fisher Scientific | 17-1271-82 | |
CD19 Monoclonal Antibody (eFluor 450) | Thermo Fisher Scientific | 48-0193-82 | |
CD3e Monoclonal Antibody (eFluor 450) | Thermo Fisher Scientific | 48-0051-82 | |
CD5 Monoclonal Antibody (eFluor 450) | Thermo Fisher Scientific | 48-0031-82 | |
CHIR99021 | Tocris | 4423/10 | |
COLLAGENASE D, 500MG | Merck | 11088866001 | |
Cultrex HA- RSpondin1-Fc HEK293T Cells | Cell line was used to harvest conditioned RSpondin1 supernatant, the cell line and Materials Transfer Agreement was provided by the Board of Trustees of the Lelands Stanford Junior University (Calvin Kuo, MD,PhD, Stanford University) | ||
DISPASE II (NEUTRAL PROTEASE, GRADE II) | Merck | 4942078001 | |
DMEM/F12 (1:1) (1X) Dulbecco's Modified Eagle Medium Nutrient Mixture F-12 (Advanced DMEM/F12) | Gibco | 11320033 | |
DNASE I, GRADE II | Merck | 10104159001 | |
Dulbecco's Modified Eagle Medium (1X) | Gibco | 21969-035 | |
Ethilenediamine Tetraacetate Acid | Thermo Fisher Scientific | BP2482-100 | |
FC block | 2B Scientific | BE0307 | |
Fetal Bovine Serum, qualified, hear inactivated | Gibco | 10500064 | |
GlutaMAX (100X) | Gibco | 3050-038 | |
Hanks' Balanced Salt Solution (10X) | Gibco | 14065056 | |
HBSS (1X) | Gibco | 12549069 | |
HEK-293T- mNoggin-Fc Cells | Cell line was used to harvest conditioned Noggin supernatant, cell line acquired through Materials Transfer Agreement with the Hubrecth Institute, Uppsalalaan8, 3584 CT Utrecht, The Netherlands, and is based on the publication by Farin, Van Es, and Clevers Gastroenterology (2012). | ||
HEPES Buffer Solution (1M) | Gibco | 15630-056 | |
KLRG1 Monoclonal Antibody (PerCP eFluor-710) | Thermo Fisher Scientific | 46-5893-82 | |
Live/Dead Fixable Blue Dead Cell Stain Kit, for UV excitation | Thermo Fisher Scientific | L23105 | |
Ly-6G/Ly-6C Monoclonal Antibody (eFluor 450) | Thermo Fisher Scientific | 48-5931-82 | |
Matrigel Growth Factor Reduced Basement Membrane Matrix, Phenol Red-free, LDEV-free | Corning | 356231 | |
N-2 Supplement (100X) | Gibco | 17502048 | |
N-acetylcysteine (500mM) | Merck | A9165 | |
NKp46 Monoclonal Antibody (PE Cyanine7) | Thermo Fisher | 25-3351-82 | |
PBS (1 X) 7.2 pH | Thermo Fisher Scientific | 12549079 | |
PBS (10X) | Gibco | 70013032 | |
Percoll | Cytiva | 17089101 | |
Recombinant Human EGF, Animal-Free Protein | R&D Systems | AFL236 | |
Recombinant Human IL-15 GMP Protein, CF | R&D Systems | 247-GMP | |
Recombinant Human IL-2 (carrier free) | BioLegend | 589106 | |
Recombinant Mouse IL-7 (carrier free) | R&D Systems | 407-ML-005/CF | |
UltraComp eBeads | Thermo Fisher Scientific | 01-2222-42 | |
Y-27632 dihydrochloride (ROCK inhibitor) | Bio-techne | 1254 | |
Plastics | |||
50 mL tube | Falcon | 10788561 | |
1.5 mL tube | Eppendorf | 30121023 | |
10 mL pippette | StarLab | E4860-0010 | |
15 mL tube | Falcon | 11507411 | |
25 mL pippette | StarLab | E4860-0025 | |
p10 pippette tips | StarLab | S1121-3810-C | |
p1000 pippette tips | StarLab | I1026-7810 | |
p200 pippette tips | StarLab | E1011-0921 | |
Standard tissue culture treated 24-well plate | Falcon | 353047 | |
Equipment | |||
Centrifuge | Eppendorf | 5810 R | |
CO2 and temperature controled incubator | Eppendorf | Galaxy 170 R/S | |
Flow Assisted Cellular Sorter | BD equipment | FACS Aria II | |
Heated shaker | Stuart Equipment | SI500 | |
Ice box | – | – | |
Inverted light microscope | Thermo Fisher Scientific | EVOS XL Core Imaging System (AMEX1000) | |
p10 pippette | Eppendorf | 3124000016 | |
p1000 pippette | Eppendorf | 3124000063 | |
p200 pippette | Eppendorf | 3124000032 | |
Pippette gun | Eppendorf | 4430000018 | |
Wet ice | – | – |