פרוטוקול זה מתאר שיטה לחקר חלבוני ממברנה אלקטרוגניים על ידי מדידת שינויים בפוטנציאל הממברנה. בדיקה זו מספקת פלטפורמה לקריאה פונקציונלית של תעלות יונים מרובות המבוטאות אנדוגנית בשורות תאי אפיתל.
מחקרים מבוססי פלואורסצנטיות מתאימים למבחני קורא לוחות בעלי תפוקה גבוהה של תאים בתרבית. הם שימשו בדרך כלל לקמפיינים לגילוי תרופות שהתמקדו בחלבוני תעלות יונים רקומביננטיים המתבטאים יתר על המידה בתאים כגון תאי HEK-293. עם זאת, יש דגש הולך וגובר על השימוש בקווי תאים רלוונטיים לרקמות לחקר ההשפעות של התערבויות במולקולות קטנות. הפרוטוקול הבא מתאר את ההתאמה של בדיקת פוטנציאל ממברנה מבוססת פלואורסצנטיות לחקר תעלות יונים המבוטאות אנדוגניות בשורות תאי אפיתל. בדיקת פוטנציאל הממברנה מפרטת בדיקת תפוקה גבוהה לפעילות תעלת כלוריד של וסת המוליכות הטרנסממברנית של סיסטיק פיברוזיס (CFTR) בשני קווי תאי אפיתל נחקרים נפוצים, Caco-2 ו- Calu-3. בנוסף, מאמר זה מתאר יישום חדשני של מערכת זו למדידת הפעילות של תעלת נתרן אפיתל (ENaC) בפורמט תפוקה גבוהה באותם קווי תאי אפיתל. יחד, בדיקות פלואורסצנטיות אלה מספקות פלטפורמה חזקה וגמישה לחקר אפנון מולקולות קטנות, המכוונות לשני ערוצי אפיתל בהקשר תאי רלוונטי.
מבחני פעילות מבוססי פלואורסצנטיות ובתפוקה גבוהה של חלבוני ערוץ רקומביננטי היו יעילים ביותר בזיהוי מודולטורים של מולקולות קטנות שיש להם פוטנציאל להפוך לטיפולים עתידיים 1,2,3,4. אחת השיטות הנפוצות לסינון ספריות מולקולות קטנות עבור מודולטורים של תעלות יונים היא באמצעות מדידת שינויים בפוטנציאל הממברנה. בדרך כלל, מסכים אלה מתבצעים באמצעות ערוצים רקומביננטיים המבוטאים באופן הטרולוגי בקווי תאים כגון תאי HEK-293 5,6,7.
עם זאת, יש צורך באימות של “להיטים” בסוגי תאים רלוונטיים. אנו מציעים כי רצוי מסך משני בקווי תאים רלוונטיים המבטאים באופן אנדוגני את ערוצי העניין. מסך משני כזה יזהה את המודולטורים בעלי הסבירות הגבוהה ביותר להיות יעילים במבחני אימות סופיים המסתמכים על רקמות אנושיות ראשוניות פחות נגישות.
יש גם צורך במערכות בדיקה שיש להן את הגמישות לדווח על הפעילות של מטרות מרובות תעלות יונים באותו סוג רקמה. לדוגמה, יש ספרות מהותית שפורסמה התומכת ברעיון כי CFTR ו- ENaC אינטראקציה פונקציונלית 8,9,10. למרות שמספר קווי תאי אפיתל שנחקרו היטב ידועים כמבטאים הן CFTR והן ENaC, עד כה, תנאי הבדיקה לחקר שניהם באופן בתפוקה גבוהה לא תוארו.
בדיקת פוטנציאל ממברנה פלואורסצנטית זו היא רב-תכליתית, מכיוון שהיא משתמשת בבדיקה כימית אקסוגנית כדי למדוד את תפקודם של CFTR ו- ENaC, תוך עקיפת הצורך בבדיקות מקודדות גנטית11. כהוכחה עקרונית, שני קווי תאי אפיתל נפוצים נלמדים כדוגמאות כדי להדגיש את השלבים הקריטיים הדרושים למדידת פעילות הערוץ הן של CFTR והן של ENaC.
במאמר זה תיארנו שיטות מבוססות פלואורסצנטיות למדידת פעילות CFTR ו-ENaC בקו תאי סרטן המעי הגס אפיתל, Caco-2, ובקו תאי סרטן הריאה באפיתל האנושי, Calu-3. ניתן להשתמש בבדיקות פוטנציאליות אלה של ממברנות בקווי תאי אפיתל כדי לאשר את יעילותן של תרכובות מודולטור של מולקולות קטנות, שזוהו בעבר במערכות ביטוי הטרולוגיות, לפני אימות סופי במבחנה בתרביות אפיתל ראשוניות שמקורן במטופל.
חובה לאשר כי המדידות הנ”ל מיוחסות כראוי לאפיק העניין. לדוגמה, המדידה המיוחסת ל- CFTR צריכה להראות תלות בביטוי חלבון CFTR ובכוח המניע האלקטרוכימי של כלוריד, אשר מווסת על ידי פורסקולין והמעכב CFTRInh-172. באופן דומה, ניתן לייחס את השינויים הפוטנציאליים בממברנה הנגרמים על ידי אמילוריד של 10 מיקרומטר ל- ENaC, אם הם מסתמכים על ביטוי חלבון ENaC וכוח מניע נתרן פנימי. למרות שאישרנו תכונות אלה של ENaC בתאי MDCK לאחר טרנספקציה עם כל שלוש תת-היחידות של ENaC 2, עדיין לא אישרנו רשמית כי תגובת האמילוריד שנמדדה בתאי Caco-2 ו- Calu-3 מוענקת על ידי ENaC. זה חשוב במיוחד, כמו amiloride יכול לווסת את הפונקציה של מחליף נתרן-פרוטונים NHE3 בנוסף ENaC13. באופן מתקבל על הדעת, היפרפולריזציה הנגרמת על ידי אמילוריד שנצפתה בבדיקה זו יכולה לשקף חלקית את ההשפעות העקיפות של החמצה תוך תאית על ערוצים אחרים. כדי לאשר שההיפרפולריזציה הנגרמת על ידי אמילוריד שנמדדה באמצעות צבע רגיש פוטנציאלי זה מוענקת על ידי ENaC בקווי התאים לעיל ובמערכות תאים מורכבות יותר, כגון רקמות הנגזרות מ- iPSC, אנו מאשרים כי פעילות זו אובדת על ידי השמטת תת-יחידה ENaC (בטא) מחייבת בשורות אלה.
ההצלחה של בדיקות אלה דורשת תשומת לב למספר גורמים. ראשית, תרבויות האפיתל חייבות להיות חופפות ומובחנות היטב. לצורך מדידת פונקציות CFTR ו-ENaC, יש לצפות כ-145,000 תאים לבאר בלוחות של 96 בארות או 45,000 תאים לבאר בלוחות של 384 בארות. ברגע שתאי האפיתל מגיעים למפגש (תוך 3-4 ימים מהציפוי), יש לאפשר 2-5 ימים של התמיינות. תזמון זה נקבע בעבר בהתבסס על ביטוי מקסימלי של חלבון CFTR על ידי immunoblotting14. באופן דומה, נקבע תזמון אופטימלי לביטוי ENaC פונקציונלי בשני קווי התא, Calu-3 ו- Caco-2.
חד-שכבות לא משתפכות או צמיחת יתר של תאים מובילה ליכולת רבייה נמוכה על פני שכפולים טכניים. במקרים בהם תאים בבארות בודדות אינם מגיעים למפגש בו זמנית, יש להשליך לוחות אלה. בנוסף, קריאות בסיסיות לא יציבות או היעדר תגובות גירוי עשויות להיות אינדיקציה לאיכות תאים ירודה, שיש להוציא מהניתוח. תגובות מופחתות למפעיל CFTR, פורסקולין או מעכב ENaC, אמילוריד, עשויות לשקף את השימוש בתאים שעברו מעבר מוגזם15. למרות שזה לא בעיה עבור תאי Calu-3 ו- Caco-2, תאים או רקמות אחרים עשויים שלא להיצמד היטב ללוחות ועשויים לדרוש ציפוי מוקדם של הבארות. לדוגמה, במחקרים קודמים הוצמדו לצלחות תרביות כולנגיוציטים דו-ממדיות באמצעות ציפוי קולגן16. לחלופין, היצמדות של רקמות מעיים דו ממדיות הוגברה באמצעות Poly-L-Lysine2.
יתר על כן, בבדיקת אפנון תעלות יונים על ידי מולקולות קטנות באמצעות בדיקה מבוססת פלואורסצנטיות, חיוני להתייחס לממצאים פוטנציאליים המוענקים על ידי תכונות פלואורסצנטיות של המולקולות הקטנות. כדי לאשר את הספציפיות של תגובות פונקציונליות, ניתן לאמת עוד יותר את בדיקות פוטנציאל הממברנה באמצעות שיטות אלקטרופיזיולוגיות קונבנציונליות, כגון מחקרי שימוש17.
לאחר שאישרו כי התגובה המזוהה על ידי צבעים רגישים לפוטנציאל הממברנה מוענקת באופן ספציפי על ידי ערוץ העניין, לבדיקות אלה יש פוטנציאל עצום לאמת מודולטורים מבטיחים של תעלות יוני אפיתל בהקשר התאי הרלוונטי שלהם. פלטפורמה זו יכולה לגשר על הפער בין מסכי אפנן בעלי תפוקה גבוהה במערכות ביטוי הטרולוגיות לבין מדידות ביואלקטריות הגוזלות זמן רב ברקמות ראשוניות קשות לגישה.
The authors have nothing to disclose.
המחברים רוצים להודות לכריסטופר פלאד ול-SPARC BioCentre בבית החולים לילדים חולים על עזרתם בביצוע בדיקות פוטנציאל הממברנה המודדות CFTR ו-ENaC. עבודה זו נתמכה על ידי תוכנית CFIT במימון CF קנדה וקרן הילדים החולים. עבודה זו מומנה על ידי ממשלת קנדה באמצעות גנום קנדה ומכון הגנומיקה של אונטריו (OGI-148). מחקר זה מומן על ידי ממשלת אונטריו. S.X. נתמך על ידי האגודה הקנדית לגסטרואנטרולוגיה (CAG) Ph.D. Scholarship.
Amiloride | Spectrum Chemical | TCI-A2599-5G | Dissolved in DMSO and stored at -20 °C |
CFTRInh-172 | CF Foundation Therapeutics | Dissolved in DMSO and stored at -20 °C | |
EMEM, 1xs | Wisent | 320-005-CL | |
Fetal Bovine Serum (FBS) | Wisent | 080-450 | |
FLIPR Membrane Potential Dye | Molecular Devices | R8042 | Stored at 4 °C |
Forskolin | Sigma-Aldrich | F3917 | Dissolved in DMSO and stored at -20 °C |
Gluconic acid lactone or (D-(+)-Gluconic acid δ-lactone) | Sigma-Aldrich | G4750 | Stored at room temperature |
HEPES | Bioshop | HEP001.5 | Stored at room temperature |
Human Bronchial Adenocarcinoma Cell Line (Calu-3) | ATCC | HTB-55 | |
Human Epithelial Colorectal Adenocarcinoma Cell Line (Caco-2) | ATCC | HTB-37 | |
N-Methyl-D-glucamine (NMDG | Sigma-Aldrich | M2004 | Stored at room temperature |
Penicillin-Streptomycin Solution | Wisent | 450-200-EL | |
Phosphate-Buffered Saline (PBS) | Wisent | 311-010-CL | |
Potassium Gluconate | Sigma-Aldrich | P1847 | Stored at room temperature |
Sodium Gluconate | Sigma-Aldrich | G9005 | Stored at room temperature |