Представлены препараты острых срезов ткани поджелудочной железы и их использование в конфокальной лазерной сканирующей микроскопии для изучения динамики кальция одновременно в большом количестве живых клеток, в течение длительных периодов времени и с высоким пространственно-временным разрешением.
Острый срез ткани поджелудочной железы мыши представляет собой уникальный препарат in situ с сохраненной межклеточной связью и тканевой архитектурой, который влечет за собой значительно меньше изменений, вызванных препаратом, чем изолированные островки, ацинусы, протоки или дисперсные клетки, описанные в типичных исследованиях in vitro. Комбинируя острый срез ткани поджелудочной железы с визуализацией кальция живыми клетками в конфокальной лазерной сканирующей микроскопии (CLSM), сигналы кальция могут быть изучены в большом количестве эндокринных и экзокринных клеток одновременно, с одноклеточным или даже субклеточным разрешением. Чувствительность позволяет обнаруживать изменения и позволяет изучать межклеточные волны и функциональную связность, а также изучать зависимость физиологических реакций клеток от их локализации в островковых и паракринных отношениях с другими клетками. Наконец, с точки зрения благополучия животных, запись сигналов от большого количества клеток одновременно снижает количество животных, необходимых в экспериментах, способствуя 3R-замене, сокращению и уточнению принципа.
Поджелудочная железа млекопитающих представляет собой крупную экзокринную и эндокринную железу. Экзокринная часть составляет 96-99% от общего объема поджелудочной железы и состоит из ацинушек и протоков. Эндокринная часть состоит из большого количества островков Лангерганса, составляющих оставшиеся 1-4% от общего объема поджелудочной железы1. Экзокринная часть выделяет основные пищеварительные ферменты, которые расщепляют богатые энергией полимеры в пище, а также богатую бикарбонатами жидкость, которая соединяется с другими желудочно-кишечными выделениями, чтобы обеспечить среду, подходящую для действия ферментов. Эндокринная часть выделяет гормоны, которые регулируют постпрандиальное распределение, хранение и межпрандиальное высвобождение богатых энергией питательных веществ. Хотя экзокринная ткань относительно недоразвита, а эндокринная относительно хорошо развита при рождении, первая быстро перерастает вторую при отлученииот груди 2,3,4. Ранние исследования функции поджелудочной железы ознаменовали рождение современной физиологии, и за основными методологическими достижениями в этой области последовали крупные научные прорывы5. Работа с поджелудочной железой технически сложна из-за сложной структуры железы, но также является большой мотивацией из-за таких заболеваний, как рак поджелудочной железы, панкреатит и диабет, которые представляют серьезную угрозу для общественного здравоохранения и для которых необходимы новые терапевтические подходы.
Изолированные островки6, ацины 7,8 и фрагменты протоков разрабатывались и использовались в течение десятилетий в качестве методов золотого стандарта благодаря их преимуществам по сравнению с клеточными линиями и первичными диспергированными эндокринными, ацинарными и протоковыми клетками 9,10. Несмотря на заметно улучшенную функцию изолированных клеточных коллективов, эти методы по-прежнему сопряжены со значительным механическим и ферментативным напряжением, изолируют клетки от окружающих тканей и, таким образом, не имеют паракринных взаимодействий и механической поддержки, и, самое главное, сопровождаются значительными изменениями нормальной физиологии 11,12,13 . Острый срез ткани поджелудочной железы мыши был разработан в 2001 году из предполагаемой необходимости разработки экспериментальной платформы, аналогичной срезам мозга, гипофиза и надпочечников с сохраненными межклеточными контактами, паракринными взаимодействиями, мезенхимой и тканевой архитектурой, а также без некоторых из наиболее важных недостатков метода золотого стандарта в исследовании островков того времени – изолированных островков12, 14. Среди этих недостатков – повреждение самых внешних слоев, отсутствие доступности основных островковых районов и необходимость культивирования, что, возможно, оказывает важное влияние на идентичность и физиологию клеток12,15. Кроме того, метод среза ткани позволяет проводить исследования на животных моделях с сильно нарушенной архитектурой островков, где невозможно изолировать островки или когда выход островков чрезвычайно низок при традиционной изоляции 16,17,18,19,20,21.
Кроме того, срез больше подходит для изучения морфологических изменений во время развития диабета и панкреатита, например, поскольку он позволяет лучше просматривать всю ткань, а также совместим с изучением региональных различий. Важно отметить, что, несмотря на раннюю ориентацию на эндокринную часть, метод среза ткани по своей сути позволяет изучать экзокринные компоненты 9,22,23. В течение первого десятилетия после его введения метод использовался для электрофизиологических исследований бета-14,24,25,26,27,28,29 иальфа-30,31 клеток, а также для изучения морфологического и функционального созревания поджелудочной железы 2,3 . Десять лет спустя, в 2013 году, метод был успешно адаптирован для визуализации кальция в живых клетках островковых клеток с использованием CLSM для характеристики их реакций на глюкозу32, их функциональных паттернов связности33 и взаимосвязи между мембранным потенциалом и внутриклеточным кальцием путем объединения флуоресцентного красителя кальция с мембранным потенциальным красителем34. Позже в том же году метод был также использован для оценки динамики кальция в ацинарных клетках22,35. В течение следующих лет срезы ткани поджелудочной железы использовались в ряде различных исследований и успешно адаптировались к тканям свиней и человека 9,36,37,38,39,40,41. Тем не менее, взятые вместе, визуализация кальция – в срезах ткани поджелудочной железы мыши в целом и в островках в частности – по-прежнему в основном выполняется этой группой. Одна из основных причин этого может заключаться в сочетании технически сложной подготовки среза ткани, необходимости конфокального микроскопа и довольно сложного анализа данных. Основная цель настоящего документа состоит в том, чтобы сделать этот мощный метод более доступным для других потенциальных пользователей.
Уже есть несколько отличных методологических статей, подробно посвященных подготовке срезов тканей и использованию срезов для структурных и секреционных исследований, но не для конфокальной визуализации кальция 9,42,43. Поэтому в данной работе основное внимание уделяется некоторым дополнительным советам и приемам при приготовлении срезов, этапам, критически важным для успешной загрузки красителя, получения изображения, а также основным этапам анализа базовых данных кальция. Поэтому этот вклад следует рассматривать как дополняющий, а не как альтернативу вышеупомянутому методу. Аналогичным образом, визуализация кальция в срезах ткани поджелудочной железы мыши должна рассматриваться как экспериментальный подход, который будет использоваться для ответа на конкретные вопросы, и, таким образом, является дополнением, а не абсолютной альтернативой другим подходам к визуализации кальция в физиологии поджелудочной железы, таким как изолированные протоки или ацины, изолированные островки, органоиды, островки, пересаженные в переднюю камеру глаза, и записи in vivo 11,44,45,46,47,48. Перспективность визуализации кальция в срезах ткани поджелудочной железы мыши, вероятно, лучше всего иллюстрируется недавними успешными записями динамики кальция в островковых мезенхимальных клетках, таких как перициты49 и макрофаги50, а также в клетках протоков23.
Метод среза ткани поджелудочной железы является быстрым экспериментальным методом изучения морфологии и физиологии эндокринной и экзокринной частей поджелудочной железы в более законсервированном препарате in situ. Многие из преимуществ уже были отмечены во Введении. Стоит отметить, что в целом (т.е. не только для кальциевой визуализации) срезовый подход к изучению физиологии поджелудочной железы экономит время, поскольку не предполагает восстановительного периода после изоляции. Последнее не является абсолютно необходимым при всех типах экспериментов и использовании изолированных островков разных видов, но обычно используется для повышения чистоты, восстановления жизнеспособности и функциональности, а иногда и для сбора островков у нескольких доноров 59,60,61,62,63,64 . Однако в контексте визуализации кальция было обнаружено, что реакции бета-клеток зависят от продолжительности и условий культивирования, и это является важным источником вариаций, которые следует учитывать при использовании изолированных островков15,65. Тот же вопрос следует рассмотреть для срезов тканей, если их долгосрочная культивирование станет широко используемым вариантом в будущем22,36. Метод среза ткани также имеет высокий выход и, таким образом, потенциально уменьшает страдания животных и увеличивает статистическую мощность. Более того, как много ломтиков может быть получено от одного животного, так и потому, что ломтики выживают в течение длительных периодов времени, включая одно и то же животное или даже один и тот же островок как в экспериментальной, так и в контрольной группах, становится возможным.
Поскольку оригинальная архитектура и межклеточные коммуникации сохраняются, а также поскольку он совместим с рядом структурных анализов, электрофизиологических, методов визуализации и анализов секреции гормонов, этот метод особенно полезен для изучения функций поджелудочной железы, которые зависят от ненарушенных взаимодействий между отдельными клетками, например, чувствительности к секретагогам, паракринным и иммунным взаимодействиям между различными типами клеток, закономерности электрической активности, свойства динамики кальция, секреция различных гормонов. В частности, для визуализации кальция основными преимуществами использования срезов являются экспозиция островкового ядра и возможность получать сигналы от многих различных типов клеток с высоким разрешением. В зависимости от требований эксперимента и возраста животных толщина может варьироваться, срезы могут быть трансфектированы или получены от животных с генетически закодированными репортерами. Как более подробно объясняется ниже, последние два подхода также позволяют специфическую функциональную идентификацию и характеристику реакций от небета-клеток 31,66. Кроме того, островки из четко определенных частей органа могут быть изучены на предмет различий в отзывчивости или восприимчивости к заболеванию. Хотя они не требуют восстановительного инкубационного периода, их можно легко инкубировать с различными фармакологическими средствами, жирными кислотами, высоким содержанием глюкозы и цитокинами.
Самое главное, поскольку высокое разрешение достижимо в сочетании с одноклеточным или даже субклеточным разрешением, конфокальная визуализация кальция в срезах является одним из наиболее подходящих методов анализа кальциевых волн, функциональной связности и различных функциональных ролей клеток в отдельных частях островка54,67. Несмотря на ряд преимуществ, подход среза ткани имеет важные ограничения. Во-первых, это все еще, по крайней мере, частично нарушает островковую и экзокринную архитектуру, особенно на поверхности разреза, и меры предосторожности, такие как низкая температура, частый обмен растворами и мягкие и быстрые манипуляции, необходимы во время подготовки для предотвращения дополнительного механического и эндогенного ферментативного повреждения. Во-вторых, паттерны доставки питательных веществ и секретагога по-прежнему уступают пути in vivo, препарат отделен от системной иннервации, а межорганная обратная связь, например, между островком и его тканями-мишенями, невозможна, в отличие от подходов in vivo. В-третьих, максимальная толщина среза ограничена оксигенацией, доставкой питательных веществ и регулированием рН при ~ 200 мкм9. Кроме того, как подготовка срезов, так и визуализация требуют большой подготовки, а углубленный анализ данных кальция из длинных временных рядов и из многих клеток требует специальных знаний, которые часто не включены в инструментарий классического физиолога и требуют помощи физиков или специалистов по данным. Преимущество сохранения гомо- и гетеротипических взаимодействий также может усложнить анализ образцов из-за наличия сигналов от других клеток в интересующих областях. В зависимости от протоколов, активация других клеток может привести к косвенной дополнительной стимуляции или ингибированию наблюдаемой клетки.
Это может быть окончательно решено только с помощью подходов к деконволюции, более сложных протоколов стимуляции, включая вещества, которые блокируют некоторые косвенные эффекты, путем использования конкретных нокаутирующих животных и путем тщательного сравнения результатов с результатами других исследований, использующих более редукционистские методологии. Кроме того, если необходимы измерения секреции, следует иметь в виду, что некоторым срезам могут отсутствовать островки, а общая масса эндокринной ткани в одном срезе, как правило, низкая. Подготовка острых срезов ткани поджелудочной железы к визуализации включает в себя несколько критических этапов, обсуждаемых в следующих разделах и обобщенных в таблице 1, где читатель также может найти короткие, но важные советы по устранению неполадок. Во-первых, при приготовлении раствора агарозы порошок агарозы должен полностью раствориться, иначе нерастворенные частицы могут затруднить инъекцию. Держите однородный раствор агарозы при 37-45 °C, чтобы предотвратить затвердевание агарозы из-за слишком низкой температуры, с одной стороны, и предотвратить повреждение тканей из-за слишком высоких температур, с другой стороны. После использования оставшуюся агарозу можно хранить при 4 °C и повторно нагревать, хотя повторный повторный нагрев может привести к увеличению плотности из-за испарения воды, что в конечном итоге затрудняет или делает инъекцию невозможной.
Следующим критическим шагом в подготовке является правильное зажатие большого дуоденального сосочка. Белое пятно на двенадцатиперстной кишке указывает на соединение общего желчного протока и двенадцатиперстной кишки. Зажим, размещенный слишком проксимально, приведет к обструкции некоторых боковых поджелудочных ветвей общего протока, отключая инъекцию этих частей, тогда как зажим, размещенный слишком дистально, приведет к утечке агарозы через нижний путь сопротивления непосредственно в двенадцатиперстную кишку. Перед канюляцией общего желчного протока окружающая жировая ткань может быть аккуратно удалена для лучшей визуализации протока и большего контроля во время инъекции. Недостаточная точность при удалении окружающих тканей может привести к перфорации протока. Также важен выбор диаметра иглы, используемой для инъекции агарозы. У мышей предпочтительно используют иглу 30 Г; меньшие (32 или 33 г) иглы требуют больших усилий из-за высокой вязкости раствора агарозы и более склонны к обструкции. Однако, если они используются в сочетании с раствором агарозы более низкой плотности, они могут быть очень полезны для небольших штаммов мышей и молодых животных. В течение первых послеродовых дней агароза может быть альтернативно введена субкапсулярно, а не внутрипродукционно2. Использование игл с большим диаметром у мышей, скорее всего, приведет к повреждению общего желчного протока. Это также может произойти с правильным диаметром иглы, и щипцы могут помочь в удержании иглы на месте во время инъекции. Иглы большего диаметра могут быть единственным решением в случае больших протоков, как у крыс. Если игла слишком узкая, чтобы обеспечить плотное уплотнение, предотвращающее обратную утечку, лигатура может быть помещена вокруг нее при успешном входе в проток.
Инъекция агарозы требует некоторых усилий из-за вязкости раствора, и как только процесс инъекции начался, его не следует прерывать, так как раствор агарозы с низкой температурой плавления может затвердеть в игле или самых больших частях протокового дерева до завершения инъекции. Это приведет к плохому проникновению в ткани и худшей поддержке во время разреза. Проток всегда должен быть канюлят в точке, где соединяются левый печеночный проток и кистозный проток, образуя общий желчный проток. Если общий желчный проток становится перфорированным, многократно попробуйте канюлюгировать ближе к двенадцатиперстной кишке. Когда поджелудочная железа достаточно стабилизируется раствором агарозы и извлекается из брюшинной полости, разрезают небольшие кусочки хорошо вводимой ткани. Прежде чем встраивать их в агарозу, крайне важно удалить все жировые и соединительные ткани, поскольку их остатки делают нарезку более сложной. То же самое относится к кровеносным сосудам и остаткам протоков, за исключением случаев, когда они находятся в центре внимания эксперимента. В этом случае обязательно расположите их таким образом, чтобы было получено нужное поперечное сечение. При встраивании ткани в агарозу убедитесь, что температура соответствующая (37 ° C), и что ткань полностью окружена агарозой, так как силы во время нарезки вибратома могут вырвать ткань поджелудочной железы из блоков агарозы.
Быстрое высушивание тканевых блоков перед помещением их в агарозу путем их кратковременного размещения на бумажной салфетке может помочь предотвратить плохой контакт между тканью и агарозой на этом этапе. Во время затвердевания блоков агарозы поместите чашку Петри горизонтально и предотвратите контакт между тканью поджелудочной железы и дном чашки Петри. Если поджелудочная железа не полностью введена, процесс резки будет сложным. Поэтому постарайтесь уменьшить скорость резания, чтобы получить срезы ткани. Чтобы свести к минимуму повреждение клеток во время нарезки вибратома, регулярно заменяйте ECS (и кубики льда из ECS) в камере нарезки. Последний снизит активность ферментов поджелудочной железы, высвобождаемых из ацинарной ткани при нарезке. Толщина срезов также имеет решающее значение. Для динамики кальция и электрофизиологических экспериментов обычно разрезают 140 мкм срезы; однако, согласно цели исследования, толщина среза может варьироваться от 90 мкм до 200 мкм. Имейте в виду, что в более толстых срезах диффузия кислорода и питательных веществ будет ограничена, но они будут включать больше ткани. Кроме того, можно ожидать, что доля неразрезанных островков будет увеличиваться с увеличением толщины среза. Ломтики можно хранить в регулярно заменяемой ЭКС при комнатной температуре в течение нескольких часов или даже культивировать в соответствующей клеточной среде в течение нескольких дней; однако это может в конечном итоге повлиять на нормальную физиологию островковых клеток 3,22.
При приготовлении раствора красителя обеспечьте тщательное перемешивание всех компонентов и избегайте воздействия окружающего света. Срез поджелудочной железы состоит из многих клеточных слоев, и поглощение кальциевого красителя ограничено первыми несколькими наиболее поверхностными клеточными слоями, как описано ранее для изолированных островков58,68 и срезов гипофиза69. Однако, в отличие от изолированных островков, где окружающая капсула и внешние клеточные слои препятствуют проникновению красителя в более глубокие слои, срезы ткани обеспечивают доступ ко всей поверхности поперечного сечения островка, что позволяет одновременно измерять динамику кальция в сотнях клеток из всех слоев островка. Флуоресцентные индикаторы Ca2+ наиболее широко используются для измерения динамики кальция, и вместе с CLSM они позволяют записывать с высоким временным разрешением, достигающим нескольких сотен Гц. При выборе наиболее подходящего флуоресцентного индикатора Ca2+ учитывайте различные факторы, включая форму индикатора, которая влияет на метод загрузки ячейки, режим измерения (качественный или количественный) и константу диссоциации (Kd), которая должна находиться в интересующем диапазоне концентраций Ca2+ и зависит от pH, температуры, наличия Mg2+ и других ионов, а также связывание с белками. Поскольку сотовые сигналы Ca2+ обычно являются переходными, следует также учитывать константу скорости связывания Ca2+. Для измерения динамики [Ca2+]IC в клетках поджелудочной железы эта группа в основном использует клеточно-проницаемый индикаторный краситель Ca2+, описанный в этом протоколе (Таблица материалов), поскольку это длинноволновый индикатор с длинами волн излучения в спектре, где клеточная автофлуоресценция обычно менее проблематична, а энергия света возбуждения низкая, что снижает потенциал для клеточных фотоповреждений. Поскольку этот краситель флуоресцентный при низких концентрациях Ca2+, это облегчает определение исходного уровня [Ca2+]IC и увеличивает клеточную видимость перед стимуляцией. После связывания Ca2+ интенсивность флуоресценции красителя увеличивается в 14 раз, что позволяет обнаруживать даже незначительные изменения в [Ca2+]IC.
Для успешной визуализации кальция живыми клетками необходимо учитывать несколько важных аппаратных параметров, как описано в разделе протокола. Для визуализации живых клеток, где амплитуды сигнала низкие, а шансы фототоксичности высоки, объективы с более высоким NA предпочтительно используют для сбора большего количества света от образца. Если динамика кальция должна регистрироваться с высоким временным разрешением, используйте резонансный сканер вместо линейных гальванометров. Помимо выбора правильного объектива, использование высокочувствительных детекторов, таких как гибридные детекторы, которые требуют меньшей мощности лазера, позволяет избежать фототоксичности и фотоотбеливания. Это имеет особое значение для длительной визуализации кальция. Другими важными шагами в визуализации кальция являются настройки параметров качества изображения для получения временных рядов. Наиболее важными являются временное и пространственное разрешение. Поскольку динамика кальция сама по себе определяет наименьшее приемлемое временное разрешение, частота дискретизации должна быть, по крайней мере, в два раза выше ожидаемой частоты сигнала для обнаружения сигнала или даже в 10 раз выше, чтобы надежно обнаружить форму сигнала. При острых срезах ткани поджелудочной железы динамика кальция может быть измерена в сотнях клеток одновременно, и поэтому пространственное разрешение также важно. Это может быть улучшено за счет увеличения количества пикселей или за счет увеличения усреднения линии во время съемки в реальном времени. Однако из-за обратной зависимости между пространственным и временным разрешением необходим компромисс между обоими параметрами.
Если визуализация кальция должна быть выполнена в определенной клеточной популяции в поджелудочной железе, необходим стимул, способный функционально дифференцировать клетки внутри среза. Высокая глюкоза надежно и быстро активирует бета-клетки до колебательного паттерна, который накладывается на повышенный уровень кальция и высоко синхронизируется между всеми клетками в пределах островка 32,58,70. Бета-клетки являются наиболее многочисленным типом клеток в островке и расположены в основном в ядре островка у мышей. Тот же протокол стимуляции уменьшается и иногда существенно не изменяет разрыв в альфа-клетках 30,32,58,70,71,72. Для функционального различения альфа-клеток можно использовать низкую (3 мМ) глюкозу, глутамат или адреналин для увеличения их частоты или базальную [Ca2+]IC 21,72,73,74,75. Они составляют 10-20% островковых клеток и будут обнаружены на периферии островка1. Дельта-клетки также находятся на периферии. Они составляют всего ~ 5% от общего числа эндокринных клеток в островке и, как правило, активны в глюкозе 6 мМ и реагируют на стимуляцию глюкозы повышенной нерегулярной лопающей активностью от исходного уровня или слегка повышенным уровнем кальция 1,32,71,76. Грелин может быть использован для специфической стимуляции дельта-клеток 21,77,78,79 в экспериментах по визуализации кальция. Тем не менее, протоколы для специфической функциональной идентификации pp и epsilon клеток еще предстоит определить. Кроме того, 25 нМ ацетилхолин надежно активирует ацинарные клетки в разрывную активность 35,80,81. Кроме того, ряд других секретагов, таких как церуляин, холецистокинин и карбамилхолин, могут быть использованы для вызова реакций кальция в ацинарных клетках 22,40,82,83.
Наконец, 1 мМ хенодезоксихолевая кислота надежно вызывает кальциевые реакции в клетках протоков в срезах тканей; ангиотензин II, АТФ и некоторые другие секретагоги также могут быть использованы 11,23,84,85. Всякий раз, когда функциональная идентификация, основанная на характерных реакциях на специфические секретагоги и ингибиторы, недостаточна, генетически меченые животные31, трансфектированные клетки73 или иммуноцитохимия могут быть использованы для идентификации различных типов клеток 9,22,71,86 . За последние пару лет метод среза ткани был успешно адаптирован к тканям человека, открыв множество новых важных направлений исследований как в экзокрине41, так и в эндокринной физиологии 9,36,37,39. Интересно, что детальная оценка динамики кальция в островках человека была, как известно, трудной и еще предстоит исследовать более подробно87. В сочетании с передовой конфокальной микроскопией метод среза ткани поджелудочной железы позволил по-новому взглянуть на динамику кальция у мышей и, надеюсь, сделает то же самое для тканей человека.
The authors have nothing to disclose.
Работа, представленная в этом исследовании, была финансово поддержана Словенским исследовательским агентством (nos. П3-0396 и И0-0029, а также научно-исследовательские проекты Nos. J3-9289, N3-0048 и N3-0133) и Австрийским научным фондом / Fonds zur Förderung der Wissenschaftlichen Forschung (двусторонние гранты I3562–B27 и I4319–B30). Мы благодарим Марушу Рошер, Машу Чатер и Руди Млакара за отличную техническую помощь.
Equipment | |||
Analytical balance KERN ALJ 120-4 | KERN & SOHN GmbH | ALJ 160-4A | |
Confocal microscope Leica TCS SP5 II Upright setup | Leica | 5100001578 | |
Confocal microscope Leica TCS SP5 AOBS Tandem II setup | Leica | ||
Cork pad 15 cm x 15 cm | |||
Corning 15 mL centrifuge tubes | Merck KGaA, Darmstadt, Germany | CLS430790 | |
Corning Round Ice Bucket with Lid, 4 L | Fischer Scientific, Leicestershire, UK | 432124 | |
Double edge razor blade | Personna, USA | ||
Dumont #5 – Fine Forceps | FST, Germany | 11254-20 | |
Eppendorf Safe-Lock Tubes 0.5 mL | Eppendorf | 0030 121.023 | |
Erlenmeyer flask 200 mL | IsoLab, Germany | 027.01.100 | |
Fine Scissors – ToughCut | FST, Germany | 14058-11 | |
Flat orbital shaker IKA KS 260 basic | IKA | Ident. No.: 0002980200 | |
Glass lab bottle 1000 mL | IsoLab, Germany | 091.01.901 | |
Hartman Hemostat, curved | FST, Germany | 13003-10 | |
HCX APO L 20x/1.00 W HCX APO L (water immersion objective, 20x, NA 1.0) | Leica | 15507701 | |
Measuring cylinder 25 mL | IsoLab, Germany | 015.01.025 | |
Micromanipulator Control box SM-7, Keypad SM-7 | Luigs & Neumann | 200-100 900 7311, 200-100 900 9050 | |
Microwave owen | Gorenje, Slovenia | MO20MW | |
Osmometer Gonotec 010 | Gonotec, Berlin, Germany | OSMOMAT 010 Nr. 01-02-20 | |
Paint brush | Faber-Castell, No.2 | Any thin soft round paint brush No.2, preferably black | |
Paper towels | |||
Perifusion pumps | Ismatec | ISM 827 | Reglo Analog MS – 4/8 |
Petri dish 100/20 mm | Sarstedt | 83.3902 | |
Petri dish 35/10 mm | Greiner bio-one | 627102 | |
Petri dish 35 x 10 mm Nunclon Delta | Thermo Fischer Scientific, Waltham, MA USA | 153066 | NON-STICKY for agarose blocks |
pH meter inoLab pH Level 1 | WTW, Weilheim, Germany | E163694 | |
Pipette 1000 mL | Eppendorf | 3121 000.120 | |
Pipette 50 mL | Eppendorf | 3121 000.066 | |
Push pins 23 mm | Deli, Ningbo, China | E0021 | |
Screw cap tube, 15 mL | Sarstedt | 62.554.502 | |
Semken Forceps | FST, Germany | 11008-13 | |
Stabilizing ring for Erlenmeyer flask | IsoLab, Germany | 027.11.048 | |
Stereomicroscope Nikon SMZ 745 | Nikon, Melville, NY USA | ||
Syringe Injekt Solo 5 mL | Braun, Melsungen, Germany | 4606051V | |
Syringe needle 0.30 x 12 mm (30 G x 1/2") | Braun, Melsungen, Germany | 4656300 | |
Temperature controller | Luigs & Neumann | 200-100 500 0150, 200-150-500-145 | Slice mini chamber, Temperature controller TC 07 |
Tubings for perifusion system | Ismatec | SC0310 | Ismatec Pharmed 1.14 mm(ID) + silicone tubing 1.0 (ID) x 1.8 mm(OD) |
Ultrasonic bath Studio GT-7810A | Globaltronics | ||
Vibrotome Leica VT 1000 S | Leica, Nussloch, Germany | 14047235613 | |
Volumetric flask 1000 mL | IsoLab, Germany | 013.01.910 | |
Vortex mixer Neolab 7-2020 | Neolab | 7-2020 | |
Water bath Thermo Haake open-bath circulator | Thermo Fisher Scientific | Z527912 | |
Material/Reagent | |||
Calcium chloride dihydrate – CaCl2.2H2O | Sigma Aldrich, Germany | C5080-500G | |
D-(+)-glucose | Sigma Aldrich, Germany | G8270-1KG | |
Dimethyl sulfoxide | Sigma Aldrich | D4540-100ML | |
DL-lactic acid | Sigma Aldrich, Germany | L1250-500ML | |
Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline | Merck KGaA, Darmstadt, Germany | D8662-500ML | |
Gas mixture containing 95% O2 and 5% CO2 at barometric pressure | |||
Glue Wekem sekundenkleber WK-110 | Wekem GmbH, Bergkamen, Germany | WK 110-020 | |
HEPES | Sigma Aldrich, Germany | H3375-250G | |
L-(+)-ascorbic acid | Sigma Aldrich, Germany | A9,290-2 | |
LIVE/DEAD Viability/Cytotoxicity Kit, for mammalian cells | Thermo Fischer Scientific, Waltham, MA USA | L3224 | |
Magnesium chloride hexahydrate – MgCl2.2H2O | Sigma Aldrich, Germany | M2670-500G | |
Myo-inositol | Sigma Aldrich, Germany | I5125-100G | |
Oregon Green 488 BAPTA-1, AM | Invitrogen (Thermo FisherScientific) | O6807 | cell-permeable Ca2+ indicator (excitation/emission: 495/523 nm) |
Pluronic F-127 (20% Solution in DMSO) | Invitrogen (Thermo Fisher Scientific) | P3000MP | polaxamer: nonionic triblock copolymer |
Potassium chloride – KCl | Sigma Aldrich, Germany | 31248 | |
SeaPlaque GTG agarose | Lonza, Rockland, USA | 50111 | |
Sodium bicarbonate – NaHCO3 | Honeywell, Germany | 31437-500G | |
Sodium chloride – NaCl | Honeywell, Germany | 31434-1KG | |
Sodium hydroxide – NaOH | Sigma Aldrich, Germany | 30620 | |
Sodium phosphate monobasic- NaH2PO4 | Sigma Aldrich, Germany | S0751-500G | |
Sodium pyruvate | Sigma Aldrich, Germany | 15990-100G | |
Software | |||
FIJI | FIJI is an open source project | ||
LASAF | Leica microsystems, Inc. | ||
Matlab | Mathworks | ||
Python | Python Software Foundation | Python is an open source project |