여기에 제시된 것은 동결된 시료를 동적 핵 편광(DNP) 매직 앵글 방적(MAS) 핵자기 공명(NMR) 프로브로 전송하기 위한 프로토콜이다. 이 프로토콜에는 실험 전의 로터 저장 방향과 실험 전후의 생존 가능성 측정을 위한 방향이 포함됩니다.
동적 핵 편광(DNP)은 MAS(핵자기 공명)의 감도를 크게 증가시킬 수 있다. 이러한 감도 상승 온도 감소 하 고 대부분의 상용 DNP 장착 NMR 분광기의 작동 온도 (~100 K)에서 매우 낮은 농도에서 분자의 연구를 가능하게 할 만큼 충분히 큽니다. 이것은 그들의 네이티브 환경에 있는 그들의 내인성 수준에 있는 거대 분자를 위한 냉동 보존된 세포에 세포 내 구조 생물학의 가능성으로 이끌어 냅니다. 그러나, 세포 극저온 보존에 필요한 동결 율은 DNP MAS NMR에 대한 일반적인 샘플 처리 중에 초과되며 이로 인해 세포 무결성 및 생존능력이 저하됩니다. 이 문서에서는 포유류 세포의 냉동 시료를 MAS NMR 분광계로 준비 및 극저온 전달을 위한 상세한 프로토콜을 설명합니다.
핵 자기 공명 분광기를 회전하는 매직 앵글을 위한 동적 핵 편광의 도입은 MAS NMR의 민감도를 여러 수 주까지 증가시킬 수 있다. 이것은 그들의 생리적인 사격량에 또는 그 근처에 생체 분자의 검출을 가능하게 했습니다. DNP는 복잡한 생물학적 환경에서 내인성(~1 μM) 농도에서 동위원소 표지단백질을 검출하는 데 필요한 감도를 제공할 수 있고1. 그들의 생존가능성에 영향을 미치지 않고 표기되지 않는 포유류 세포로 동위원소 표지된 분자를 소개하는 잘 확립된 프로토콜이 있기 때문에, 이것은 그들의 토착 환경에 있는 그들의 내인성 수준에서 동위원소 풍부한 생체 분자를 공부의 가능성을 열어줍니다. 더욱이, DNP 개선은 낮은 온도2,3,4에서더 효율적이기 때문에, DNP MAS NMR에 대한 실험 온도는 실행 가능한 포유류 세포의 장기 저장에 필요한 것과 깔끔하게정렬5. 그러나, 기존의 방법은 샘플을 DNP MAS NMR 분광계 피험자로 이송하여 포유류 세포를 파열시키는 온도 변동률로 이시가지한다.
MAS NMR 실험은 시료가 이상 4kHz, 그리고 종종 훨씬 더 높은6,7,8,9에평균될 수 있도록 애니소트로피 상호작용의 크기와 같거나 큰 주파수에서 마술 각도에 대해 회전할 것을요구한다. 따라서 샘플은 가스 스트림에 의해 로터회전을 구동하고 타코스터에 의해 회전 주파수를 모니터링할 수 있도록 다른 쪽 끝에 마크가 있는 핀 팁이 있는 로터에 포장됩니다. 대부분의 MAS NMR 기기에 대한 샘플 전송은 건조 공기 또는 질소 가스의 스트림과 NMR 프로브의 끝에 있는 stator에 악기의 외부에서 로터를 주입하여 달성된다. 로터가 회전기를 마술 각도로 고정하는 스테이터에 도달하면 공기 터빈 메커니즘에 의해 샘플 회전이 추진됩니다. 가스 지지체의 별도의 스트림, 추진 및 로터의 온도를 제어할 수 있습니다. NMR 분광계에 로터를 삽입하고 안정적인 MAS 회전을 달성하려면 미세하게 가공된 드라이브 팁과 별도의 가스 스트림의 온도 및 압력을 엄격하게 제어해야 합니다. 이러한 기술적 요구에도 불구하고, 안정적인 MAS를 삽입하고 달성하는 것은 주로 실온 애플리케이션을 위한 상용 MAS NMR 프로브에 자동화됩니다.
그러나 저온 응용 분야에서는 상황이 더 복잡합니다. 저온 어플리케이션을 위한 샘플은 일반적으로 실온에서 분광계에 삽입되고 스테이터에서 동결됩니다. 첫 번째 분에서, 샘플 온도는 빠르게 감소 (> –100 ° C / 분) 시스템 온도는 평형하는 데 몇 분이 필요합니다. 온도와 압력의 상호 작용으로 인해 원하는 MAS의 삽입 및 접근은 종종 저온 응용 제품에 대해 수동으로 처리됩니다. 수동 개입의 요구에도 불구하고, 장비 내부의 로터를 동결하는 것은 성공적인 회전에 중요한 프로브에 물과 응축의 도입을 최소화하기 때문에 유용합니다. 주변 수분 블록 가스 라인, 응축 또는 로터 자체의 서리로 인한 응축 및 얼음 축적은 기계적으로 MAS를 방지할 수 있습니다. 따라서, 저온 MAS NMR에 대한 샘플은 일반적으로 -100 °C /min을 초과하는 속도로 기기 내부로 동결된다.
포유류 세포는 냉각이 느린 경우 동결 해동 주기를통해 무결성을 유지할 수 있습니다5,10,11,12,1 °C/ 분보다 동일하거나 느린 속도로. 또는 셀은 냉각 속도가 10 4°C/min보다 빠른 속도로 초고속13,14,15인경우 무결성을 유지합니다. 이 두 극단에 중간 속도 파열 및 극저온 보호 제(16)의존재에도, 세포 내부와 외부 모두 얼음 결정 형성으로 인해 포유류 세포를 죽일. 미리 냉각된 프로브 내부의 실온 로터에 대한 샘플 냉각 속도는 이 두 극단 사이에 떨어지므로 극저온보존 가능한 포유류 세포를 연구하기 위해서는, 시료를 계측기로 옮기기 전에 동결되어야 하며, 로터의 시료 나 서리 축적을 손상시킬 수 있는 온도 변동 없이 계측기로 옮겨야 한다. 이 프로토콜은 극저온 보존 된 생존 가능한 포유류 세포 샘플의 연구를 위한 극저온 MAS NMR 시스템에 서리가 없는 사전 냉각 로터 삽입방법을 설명합니다. 여기에 설명된 극저온 샘플 전송은 실행 가능한 그대로 세포의 NMR 특성화를 위해 개발되었다. 그러나 온도 변동이 샘플 무결성을 손상시킬 수 있는 모든 시스템에 적용됩니다. 여기에는 갇힌 반응 중급제의 화학적 및 구조적 특성화를 위한 동결 담금질 반응과 같은 모든 복합 시스템이포함되며,17,18,효소학19,20 또는 단백질 접이식21,22.
냉동 시료를 NMR 분광계로 전송하는 것은 NMR 데이터 수집을 통해 냉동 포유류 세포의 생존가능성을 유지하는 데 성공적입니다. 이 방법론의 성공은 MAS NMR 생존 가능성 측정을 사전 및 게시하여 입증됩니다. 이 방법은 온도 변동이 샘플 무결성을 손상시킬 수 있는 모든 시스템에서 성공적이고 일반화할 수 있습니다. 현재 제시된 프로토콜은 HEK 293 세포주와 함께 수행된다. 많은 포유류 세포주를 위한 극저온 보존 조건은 매우 유사하기 때문에, 여기에서 보고된 조건은 그밖 세포 계통에 번역할 가능성이 높습니다; 그러나 동일한 결과를 얻기 위해서는 냉동 보호제, 샘플 볼륨 및 동결 속도의 추가 최적화가 필요할 수 있습니다.
이 방법론은 NMR 실험 후 로터를 더 빠르게 풀면 개선할 수 있습니다. 이 단계는 현재 최적이 지으며 실행은 셀의 생존 가능성에 영향을 미칩니다. 세포가 미디어에서 다시 중단되기 전에 드라이브 팁과 실리콘 플러그를 로터에서 제거해야 합니다. 드라이브 팁과 실리콘 플러그를 제거하는 동안 로터를 보유할 때 샘플이 고르지 않게 해지면 로터 처리 시간이 짧아 더 높은 비우음이 발생합니다. 로터 홀더 또는 기타 도구의 개발은 균일한 해동과 드라이브 팁과 실리콘 플러그의 빠른 제거를 용이하게하기 위해 생존 가능성의 포스트 NMR 평가를 보다 정확하게 만드는 데 도움이 될 것입니다.
본 문서에 기재된 극저온 시료 로딩에 대한 접근법은 NMR 자석의 보어에 프로브를 사용하여 시료 삽입 및 배출을 지원하는 NMR 프로브로 제한됩니다. 외부 샘플 삽입 및 배출은 상용 DNP 시스템에 표준이지만 사용자 지정 프로브에 항상 이 옵션이 있는 것은 아닙니다. 또한 극저온 시료 로딩에 대한 이러한 접근 방식은 다른 크기의 로터와 호환되기 위해 제작된 NMR 프로브에 대해 약간의 수정이 필요할 수 있습니다. 이 프로토콜은 3.2mm 로터에 최적화되었으며 샘플 포수의 외경이 미세 원심분리기 튜브의 내경을 초과하는 경우 변형이 필요할 수 있습니다(예: 단계 3.4.2).
MAS NMR에 DNP를 적용하면, 이제 내인성 생리 농도24,25,26에서단백질 및 기타 생체 분자를 검출할 수 있게 되었다. 이것은 그들의 토착 환경 내의 생체 분자를 공부의 가능성을 엽니다. 실험 전반에 걸친 세포 무결성 및 생존력 의 유지 는 분광법의 실험 결과를 생물학적 현상에 연결하는 데 중요할 것입니다. 정제된 단백질 또는 세포용액을 함유한 시료의 통제되지 않은 동결은 일반적으로 시료 품질7,27을손상시키지 않지만, 동결속도가 정제된시스템(28)에서도중요한 변수가 될 수 있다는 몇 가지 징후가 있지만. 그러나, 포유류 세포의 견본은 세포 손상및 생존성을 보존하는 것이 해석을 위해 중요하다면 통제된 비율로 동결될 필요가 있습니다. 여기서 우리는 포유류 세포의 냉동 샘플을 동결 및 전송하기 위한 프로토콜을 잠재적으로 손상시키는 온도 변동을 피하고 실행 가능한 세포에 대한 측정을 지원하는 미리 냉각된 DNP MAS NMR 계측기로 전달합니다.
The authors have nothing to disclose.
이 연구는 텍사스의 암 연구 예방 및 연구 연구소 [RR150076], 국립 과학 재단 [1751174]의 보조금에 의해 지원되었다; 국립 보건원 [NS-111236], 웰치 재단 [1-1923-20170325]; 루페 머치슨 재단, 테드 내쉬 롱 라이프 재단, 킨십 재단(Searle Scholars Program)
0.4% Trypan blue stain | Invitrogen | T10282 | |
100 mm cell culture dish | Thomas Scientific | 430167 | |
150 mm cell culture dish | Nunc | 157150 | |
3.2 mm sapphire rotor | Bruker | ||
45 ° angled forceps | Hampton Research | HR4-859 | |
AMUPol | Cortecnet | C010P005 | |
Black and Silver marker | Sharpie | ||
Cap removing tool | Bruker ? | ||
Cell culture grade water | HyClone | SH30529.03 | |
Ceramic cap | Bruker | ||
CoolCell | Corning/ Biocision | UX-04392-00 (Corning) / BCS-405 (Bioscion) | |
Countess Cell Counting Chamber Slides | Invitrogen | C10288 | |
Countess II automated cell counter | Invitrogen | AMQAF1000 | |
Cryogen tubes | Nalgene | 03-337-7Y | |
d8-glycerol | Aldrich | 447498 | |
Deuterium oxide, 99.8 % atom D | Aldrich | 756822-1 | |
DMEM | Gibco | 10569-010 | |
DNP NMR system with 1.7 T cryogen free gyrotron | Bruker | ||
Foam dewar | Spearlab | FD-800 | |
Kimwipes | Kimwipes | ||
Packaging tool | Bruker ? | ||
Pen-Strep | Gibco | 15140-122 | |
Powdered PBS | VWR | VWRRV0780 | |
Protonated PBS | Gibco | 10010-023 | |
Silicon plug | Bruker | ||
Standard Vessel forceps | |||
Tryp-L | Gibco | 12605010 |