Aquí, presentamos un protocolo para disociar y ordenar una población celular específica de las glándulas accesorias masculinas Drosophila (células secundarias) para la secuenciación de ARN y RT-qPCR. El aislamiento celular se logra a través de la purificación FACS de células secundarias que expresan GFP después de un proceso de disociación de múltiples pasos que requiere disección, digestión de proteasas y dispersión mecánica.
Para entender la función de un órgano, a menudo es útil entender el papel de sus poblaciones celulares constituyentes. Desafortunadamente, la rareza de las poblaciones celulares individuales a menudo hace que sea difícil obtener suficiente material para estudios moleculares. Por ejemplo, la glándula accesoria del sistema reproductor masculino Drosophila contiene dos tipos distintos de células secretoras. Las células principales conforman el 96% de las células secretoras de la glándula, mientras que las células secundarias (SC) conforman el 4% restante de las células (alrededor de 80 células por macho). Aunque ambos tipos de células producen componentes importantes del líquido seminal, sólo unos pocos genes son conocidos por ser específicos de los SC. La rareza de los SC ha obstaculizado hasta ahora el estudio del análisis transcriptomico de este importante tipo de célula. Aquí, se presenta un método que permite la purificación de SC s c. para la extracción y secuenciación de ARN. El protocolo consiste primero en disección de glándulas de moscas que expresan un reportero de PfP específico de SC y luego sometiendo estas glándulas a digestión proteasa y disociación mecánica para obtener células individuales. Siguiendo estos pasos, las células individuales, vivas, marcadas con GFP se clasifican utilizando un clasificador de células activado sfluorescentes (FACS) para la purificación del ARN. Este procedimiento produce ARN específicos de SC de 40 machos por condición para la secuenciación de RT-qPCR y/o ARN aguas abajo en el transcurso de un día. La rapidez y simplicidad del procedimiento permite determinar en un corto período de tiempo los transcriptomas de muchas moscas diferentes, de diferentes genotipos o condiciones ambientales.
Los órganos se componen de múltiples tipos de células, cada una con funciones discretas y a veces expresando conjuntos muy diferentes de genes. Para obtener una comprensión precisa de cómo funciona un órgano, a menudo es fundamental estudiar cada tipo de célula distinta que compone este órgano. Uno de los métodos principales utilizados para explorar la posible función es el análisis del transcriptoma. Este potente método proporciona una instantánea de la expresión génica en una célula, para revelar los procesos y vías activas. Sin embargo, este tipo de análisis es a menudo difícil para las poblaciones de células raras que deben ser purificadas a partir de células vecinas mucho más abundantes. Por ejemplo, la glándula accesoria masculina Drosophila es un órgano compuesto principalmente de dos tipos de células secretoras. Como el más raro de los dos tipos de células comprende sólo el 4% de las células de esta glándula, el uso de un análisis de transcriptoma específico de tipo celular no se había utilizado para ayudar a determinar la función de estas células.
Las glándulas accesorias (AG) son órganos del tracto reproductivo masculino en insectos. Son responsables de la producción de la mayoría de las proteínas del líquido seminal (proteínas de líquido seminal (SFP) y proteínas de la glándula accesoria (ACL)). Algunos de estos SFP son conocidos por inducir las respuestas fisiológicas y conductuales en las hembras apareadas, comúnmente llamada la respuesta post-acoplamiento (PMR). Algunos de los PMR incluyen: un aumento de la ovulación y la tasa de puesta de óvulos, el almacenamiento y liberación de espermatozoides, un cambio en la dieta femenina, y una disminución en la receptividad femenina a los varones de cortejo secundario1,2. Dado que los insectos afectan a muchas de las principales cuestiones sociales, desde la salud humana (como vectores de enfermedades mortales) hasta la agricultura (los insectos pueden ser plagas, pero son críticos para la polinización y la calidad del suelo), la comprensión de la reproducción de insectos es un área importante de investigación. El estudio de los AG y los ACP se ha avanzado significativamente con el organismo modelo Drosophila melanogaster. Estos estudios han puesto de relieve el papel de los AG y algunas de las proteínas individuales que producen en la creación del PMR, impactando el trabajo en otras especies como el vector de la enfermedad Aedes aegypti3,4,y otros insectos1 ,5. Además, como los aGs secretan los componentes del fluido seminal1,6 son a menudo considerados como el análogo funcional de la glándula prostática de mamíferos y la vesícula seminal. Esta similitud de función combinada con similitudes moleculares entre los dos tipos de tejido, han hecho de los AG un modelo para la glándula prostática en moscas7.
Dentro del macho Drosophila, hay dos lóbulos de glándulas accesorias. Cada lóbulo puede ser visto como una estructura similar a un saco compuesto por una monocapa de células secretoras que rodean un lumen central, y envuelto por músculos lisos. Como se mencionó anteriormente, hay dos tipos de células secretoras morfológica, de desarrollo y funcionalmente distintas que componen esta glándula: las células principales en forma poligonal (que componen el 96% de las células), y las células secundarias redondas (SC) más grandes (que componen el 4% restante de las células, o alrededor de 40 células por lóbulo). Se ha demostrado que ambos tipos de celda producen conjuntos distintos de ACL para inducir y mantener el PMR. La mayoría de los datos obtenidos hasta la fecha destacan el papel de una sola proteína en la activación de la mayoría de los comportamientos característicos de la PMR. Esta proteína, el péptido sexual, es un pequeño péptido de 36 aminoácidos que es secretado por las células principales8,9,10. Aunque el péptido sexual parece desempeñar un papel importante en el PMR, otros ACP, producidos por las células principales y secundarias, también han demostrado afectar a varios aspectos de la PMR11,12,13,14 ,15,16,17. Por ejemplo, sobre la base de nuestros conocimientos actuales, los SC, a través de las proteínas que producen, parecen ser necesarios para la perpetuación de la señalización SP después del primer día18.
Dada la rareza de los SC (sólo 80 células por macho), todo nuestro conocimiento sobre estas células y las proteínas que producen proviene de la genética y los enfoques candidatos. Hasta ahora, sólo se ha demostrado que una lista relativamente pequeña de genes es específica de SC. Esta lista incluye la proteína homeodominio Proventriculus defectuoso (Dve)19, el lncRNA MSA20, Rab6, 7, 11 y 1921, CG1656 y CG1757511, 15,21 y el factor de transcripción homeobox Abdominal-B (Abd-B)18. Anteriormente, hemos demostrado que un mutante deficiente tanto para la expresión de Abd-B como para el LncRNA MSA en células secundarias(iab-6cocuD1 mutante) acorta la longitud de la PMR de 10 días a solo un día12 , 18 , 20. Este fenotipo parece ser causado por el almacenamiento inadecuado de SP en el tracto reproductivo femenino12,18,20. A nivel celular, las células secundarias de este mutante muestran morfología anormal, perdiendo sus características estructuras similares a la vacuola18,20,21. Usando esta línea mutante, previamente intentamos identificar los genes involucrados en la función SC comparando los perfiles transcripcionales de los aGenteros de tipo salvaje o glándulas accesorias mutantes12. Además, otros laboratorios mostraron que el número de SC, la morfología y el contenido vacuolar dependen de la dieta masculina, el estado de apareamiento y la edad21,25,26.
Aunque se lograron progresos positivos utilizando estos enfoques, un transcriptoma completo de SC dista mucho de lograrse. La rareza de estas células en este órgano hizo difícil progresar aún más incluso desde células de tipo salvaje. Para probar la expresión génica, los cambios en estas células después de estímulos ambientales particulares serían aún más difíciles. Por lo tanto, se necesitaba un método para aislar y purificar el ARN SC que fuera lo suficientemente rápido y simple como para funcionar bajo diferentes orígenes genéticos y condiciones ambientales.
Tanto los genes Abd-B como MSA requieren un potenciador específico de 1,1 kb del Complejo Drosophila Bithorax (llamado potenciador D1) para su expresión en SCs18,20. Este potenciador se ha utilizado anteriormente para crear un controlador GAL4 que, cuando se asocia con un UAS-GFP,es capaz de impulsar la expresión GFP fuerte específicamente en SCs. Por lo tanto, usamos esta línea como base para un protocolo FACS para aislar estas células del tipo salvaje y del iab-6cocuD1 AG). Como los SC mutantes iab-6cocuD1 muestran una morfología celular diferente, mostramos que este protocolo se puede utilizar para aislar las células para la determinación de su transcriptoma de este tipo de célula rara en condiciones muy diferentes.
Los métodos para la disociación celular del tejido Drosophila como los discos imaginativos ya se describen23. Nuestros intentos de simplemente utilizar estos procedimientos en las glándulas accesorias fracasaron, animándonos a desarrollar este nuevo protocolo. La digestión de la proteasa y la trituración mecánica fueron pasos críticos que tenemos problemas para el éxito del procedimiento, y por lo tanto colocamos muchas notas en las secciones 2 a 5 para ayudar a los experimentado…
The authors have nothing to disclose.
Agradecemos a los miembros del laboratorio de Karch, a la forma de placa de genómica iGE3, a las instalaciones centrales de Flow Cytometry de la Universidad de Ginebra y al Dr. Jean-Pierre Aubry-Lachainaye, que estableció el protocolo para FACS. Agradecemos a Luca Stickley por su ayuda para visualizar las lecturas en IGV. Nos damos las gracias por el permiso suave para reutilizar figuras, y a los editores por incitarnos a ser creativos con la escritura.
Esta investigación fue financiada por el Estado de Ginebra (CI, RKM, FK), el Fondo Nacional Suizo de Investigación (www.snf.ch) (FK y RKM) y donaciones de la Fundación Claraz (FK).
24-wells Tissue Culture plate | VWR | 734-2325 | |
Binocular microscope for dissection | |||
Binocular with light source for GFP | |||
Bunsen | |||
Draq7 0.3 mM | BioStatus | DR71000 | |
Plastic microtubes 1.5 mL | Eppendorf | ||
FACS | Beckman Coulter | MoFlo Astrios | |
Fine dissection forceps | |||
Foetal bovine serum | Gibco | 10270-106 | heat inactivated prior to use |
Glass dishes for dissection | |||
Ice bucket | |||
ImProm-II Reverse Transcription System | Promega | A3800 | |
MasterPure RNA Purification Kit | Epicentre | MCR85102 | |
Nextera XT kit | illumina | https://emea.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/nextera-xt-dna.html | |
P1000 | Gilson | ||
P20 | Gilson | ||
P200 | Gilson | ||
Papain | 50U/mL stock | ||
PBS | home made | ||
Penicillin-Streptomycin | Gibco | 15070-063 | |
PolydT primers | |||
Random hexamer primers | |||
RNA 6000 Pico kit | Agilent | ||
Schneider’s Drosophila medium | Gibco | 21720-001 | |
SMARTer cDNA synthesis kit | Takara | https://www.takarabio.com/products/cdna-synthesis/cdna-synthesis-kits/smarter-cdna-synthesis-kits | |
SYBR select Master mix for CFX | applied biosystems | 4472942 | |
Thermo Shaker | Hangzhou Allsheng intruments | MS-100 | |
Tipone 1250 μl graduated tip | Starlab | S1161-1820 | |
Tipone 200 μl bevelled tip | Starlab | S1161-1800 | |
TrypLE Express Enzyme | Gibco | 12604013 | |
Vortex |