Bu makalede, ortam kütle spektrometresi dayalı benzersiz bir gerçek zamanlı analitik yöntem için örnek hazırlama yöntemleri tanıtılmaktadır. Bu yöntem, herhangi bir özel ön işlem olmadan in vivo biyolojik moleküllerin gerçek zamanlı analizini yapmamızı sağlar.
Kütle spektrometresi (MS), molekül ağırlıklarını ve yapılarını anlamaya yararlı olan kütle-yük oranları(m/z)gibi moleküller hakkında çok doğru bilgiler sağladığından analitik kimyada güçlü bir araçtır. Esasen yıkıcı bir analitik yöntem olmakla birlikte, ortam iyonizasyon tekniğindeki son gelişmeler, dokuları bütünlük açısından nispeten sağlam bir durumda bırakırken veri elde etmemizi sağlamıştır. Probu elektrosprey iyonizasyonu (PESI), numunelerin karmaşık ve zaman alıcı ön işlemesini gerektirmediği için doğrudan bir yöntemdir. İnce bir iğne örnek toplayıcı nın yanı sıra iyonizasyon yayıcısı olarak da hizmet vermektedir. Sonda ucunun çok keskin ve ince özelliğine dayanarak, numunelerin imhası çok azdır, bu da canlılardan gerçek zamanlı moleküler bilgiyi yerinde elde etmemizi sağlar. Burada, biyomedikal araştırma ve geliştirme için yararlı olacak PESI-MS tekniğinin üç uygulama tanıtmak. Bunlardan biri, tıbbi tanı için bu tekniğin temel uygulaması olan katı dokuya uygulama içerir. Bu teknik numunenin sadece 10 mg’ını gerektirdiğinden, rutin klinik ortamlarda çok yararlı olabilir. İkinci uygulama, insan kan serumu ölçülür in vitro tıbbi tanı içindir. Sıvı numunelerini ölçme yeteneği, geleneksel analitik teknikler için yeterli numune hacminin sağlanamadığı çeşitli biyolojik deneylerde de değerlidir. Üçüncü uygulama, belirli organlardaki metabolitlerin veya ilaçların gerçek zamanlı dinamiklerini elde edebileceğimiz canlı hayvanlarda prob iğnelerinin doğrudan uygulanmasına doğru eğilir. Her uygulamada, MS tarafından tespit edilen molekülleri çıkartabilir veya tıbbi tanı almak için yapay zeka kullanabiliriz.
Kütle spektrometresi (MS) indirgemecılığın teknolojik bir gerçekliğidir; analiz nesnesini moleküler türler veya basamaklar temelinde yorumlanabilecek bir birime indirir. Bu nedenle, analitik kimya temsili bir yöntemdir. Dört işlemden oluşur: iyonizasyon, analiz, algılama ve spektral edinim. Molekülün iyonizasyonu kütle spektrometresindeki ilk işlem olduğundan, genellikle işlenecek analitlerin şeklini kısıtlar. Çoğu iyonizasyon işlemi organik örneklerin yapısının, morfolojisinin ve gerçek zamanlı biyolojik süreçlerinin yok edilmesini gerektirir. Örneğin, elektrosprey iyonizasyon (ESI) MS, numunelerin verimli iyonizasyon1için sıvı halde olmasını gerektirir. Bu nedenle numuneler, moleküllerin bileşimini değiştiren karmaşık bir biyokimyasal preparattan geçmelidir. Alternatif olarak, matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyon (MALDI) MS ince kesitli doku moleküler haritaları yeniden inşa ederken2,3, iyonlaşma verimliliği örneklerdeki tüm molekülleri tespit etmek için çok düşük, ve yağ asitlerini analiz özellikle zayıftır. Bu sınırlamalar göz önüne alındığında, prob elektrosprey iyonizasyon (PESI)4 yapısal bütünlüğü yok etmeden yerinde biyolojik sistemlerde gerçek zamanlı değişiklikleri gözlemlemek için kullanılabilir5, biyolojik organizma gözlemlenen bir canlı durumda iken. Çok ince bir iğne aynı anda bir örnek toplayıcı ve bir iyon yayıcısı olarak hizmet vermektedir bu durumda kullanılır. Bu karmaşık örnek ön işlem dizileri yerinde yaşayan sistemin moleküler bileşenleri yansıtan kütle spektrumları elde etmek için atlanabilir anlamına gelir.
PESI-MS’e rakip olan birkaç iyonlaşma yöntemi vardır. Bunlardan biri hızlı buharlaşma iyonlaşma kütle spektrometresi (REIMS)6. Bu teknik ameliyat sırasında iyi çalışır, çünkü elektrik bıçağı ile monte edilir ve kesi sırasında oluşan iyon tüylerini toplar. REIMS ameliyat için çok yararlı olsa da, aslında dokunun elektrikablasyon gerektiren yıkıcı bir yöntemdir. Bu nedenle, önleyici bir numunede veya laboratuvar analizlerinde hücre ve dokuların detaylı analizi nde yararlı değildir. Ayrıca, doku enkazı içeren tüy büyük miktarda toplar çünkü, böylece özel cerrahi prosedürler için bu makinenin kullanımını sınırlayan, her kullanımdan sonra cihazların uzun bakım gerektirir. Benzer bir yöntem, lazer desorpsiyon iyonizasyon kütle spektrometresi denir (LDI-MS)7,noninvaziv ve yüzey analizi için yararlı başka bir tekniktir. Bu teknik bir numunenin yüzeyini taramakta iyi olduğundan, MALDI görüntüleme kütle spektrometresi8,9gibi kapsamlı iki boyutlu analizler elde eder. Ancak, LDI-MS sadece yüzey analizi için geçerli olduğundan, PESI-MS örneğin doku içinde örnekleri analiz etmek için avantajlıdır. Başka bir teknik, MasSpec Pen10, tiroid kanseri tanısında yüksek özgüllük ve duyarlılık elde etmek için bildirilmiştir, ancak sonda çapı mm sırasına göre ve yüzey analizi için özel, bu kanser veya derin lokalize lezyonların küçük nodülleri tespit edemez anlamına gelir. Ayrıca, bu yöntem prob kalemine gömülü bir mikrokapiller akış kanalı kullandığından, ldi-MS’e benzer şekilde çapraz kontaminasyon göz önünde bulundurulmalıdır. Akış probu ve iyonizasyon formu11gibi klinik ortamlara uygulanan diğer teknikler vardır, ancak yaygın değildir.
PESI ESI aşırı minyatürleştirme, nano-elektrosprey kılcal birkaç yüz nm bir uç eğrilik yarıçapı ile katı bir iğne üzerinde yakınsama nerede. İyonizasyon bir Taylor koni oluşturarak iğne ucu nun son derece kısıtlı alanda gerçekleşir, hangi örnekler ucunda ki tüm sıvı iyonizasyon tamamlanana kadar kalır12. Analit metal iğnenin ucunda kalırsa, metal iğne ile analit arasındaki arabirimde sürekli olarak aşırı yük üretilir. Bu nedenle, moleküllerin ardışık iyonizasyonu yüzey aktivitelerine bağlı olarak gerçekleşir. Bu özellik, iğne ucunu bir tür kromatogram yapar ve analitleri yüzey aktivitelerine bağlı olarak ayırır. Daha teknik olarak, daha güçlü yüzey aktivitesine sahip moleküller Taylor koninin yüzeyine gelir ve iyonlaşma işleminin sonuna kadar iğnenin yüzeyine yapışan daha zayıf yüzey aktivitesine sahip moleküllerden daha erken iyonize edilirler. Böylece iğne ile alınan tüm moleküllerin tam iyonizasyonuelde edilir 13. Ayrıca, bu teknik numuneye gereksiz çözücü eklenmesini içermediğinden, yüzlerce femtolitre daha fazla analiz için kütle spektrumları almak için yeterlidir14. Bu özellikler bozulmamış biyolojik numunelerin analizi için avantajlıdır. Ancak PESI-MS’in en büyük dezavantajı, iğnenin dikey eksen boyunca karşılıklı hareketi nedeniyle iyonizasyonda süreksizlikte yatar, testere makinesine benzer. İyonlaştırma, yalnızca iyon deliğin yüksekliği yatay eksenüzerinde hizalandığında sondanın ucu en yüksek noktaya ulaştığında gerçekleşir. İğne numuneleri alırken iyonizasyon durur ve böylece iyonlaşma nın stabilitesi geleneksel ESI’dekine eşit değildir. Bu nedenle PESI-MS proteomik ler için ideal bir yöntem değildir.
Pesi-MS bugüne kadar temel araştırmalardan klinik ortamlara kadar geniş bir alanı kapsayan biyolojik sistemlerin analizine uygulanmıştır. Örneğin, ameliyat sırasında hazırlanan insan dokusunun doğrudan analizi hem renal hücreli karsinom15 hem de faringeal skuamöz karsinom16triasilgliserin birikimini ortaya çıkarmak başardı. Bu yöntem aynı zamanda lipid profiliodaklanmak için kan gibi sıvı örnekleri, ölçebilirsiniz. Örneğin, bazı moleküller tavşan diyet değişiklikleri sırasında hatlarını olmuştur; bu moleküllerin bazılarının deneylerin çok erken aşamalarında azaldığı bildirilmiştir, bu da bu sistemin klinik tanı için yüksek hassasiyetini ve kullanışlılığını göstermektedir17. Ayrıca, canlı bir hayvan doğrudan uygulama oruç sadece bir gece sonra karaciğer biyokimyasal değişikliklerin tespiti ne izin5. Zaitsu ve ark.18 bu deneyitekrar 5 ve hemen hemen aynı şekilde karaciğer metabolik profilleri analiz, istikrar ve orijinal yöntemin tekrarlanabilirlik güçlendirdi sonuçları ile. Ayrıca, bu tekniği kullanarak farelerde kanser olmayan karaciğer çevreleyen kanser dokusu ayırt başardık19. Bu nedenle, bu in vivo ve in vitro hem de çeşitli ortamlarda yararlı olan çok yönlü bir kütle spektrometresi tekniğidir. Başka bir açıdan, PESI modülü montaj eki ayarlayarak çeşitli kütle spektrometresığacak şekilde yapılabilir. Bu kısa makalede, temel leri ve uygulamaları örnekler tanıtmak (Şekil 1), canlı hayvanlar la uygulamalar da dahil olmak üzere5.
Her ülkedeki mevzuat ve yasalara göre, her kurumun kriterlerini karşılamak için bu protokolün bazı bölümlerinin gözden geçirilmesi gerekecek. Canlı organizmaya uygulama en ilginç ve zorlu dur, çünkü canlı hayvanlarda doku veya organlarda biyokimyasal veya metabolik değişiklikler sağlayabilir. Bu başvuru Yamanashi Üniversitesi hayvan bakımı için kurumsal komite tarafından onaylanırken, 20135yılında, hayvan deneyleri için düzenlemelerde yapılan son değişiklikler nedeniyle yeni bir onay turu daha gerekli olacaktır. Deneysel şemada çeşitli değişiklikler, bu nedenle, tavsiye edilir. Deneylerde elde edilen kütle spektrumları ile ilgili olarak, her ölçüm arasındaki kütle spektrumlarının dalgalanmaları dikkate alınarak, nükleotit dizilimi topluluğu için ortak olan spektral bilgi paylaşım sistemi yoktur. Operatör iğne sapı kazalarını önlemek için iğneyi kollarınca, özellikle iğneyi iğne tutucudan çıkarırken dikkatli olunmalıdır. İğneyi ayırmak için özel bir cihaz bu amaç için çok yararlıdır. PESI modülünün bölmesi hava geçirmez, kapalı bir hazne olduğundan, kütle spektrometresi talimatlara göre çalıştırılırsa iyon tüyü sızıntısı oluşmaz.
PESI kütle spektrometresi için ESI bir türevi olmasına rağmen4, gerçek zamanlı metabolomik izleme için en avantajlı, yanı sıra herhangi bir karmaşık veya zaman alıcı ön işlemler gerçekleştirmeden biyokimyasal reaksiyonları analiz etmek için5,14,15,17. Canlıorganizmaların entegre durumuna uygulanabilen kolay ve anlık kütle spektrometresi tekniğid…
The authors have nothing to disclose.
Ayumi Iizuka’ya, SEKretarya yardımı için PESI-MS ve Kazuko Sawa-nobori’yi işlettiği için teşekkür ederiz. Edanz Group’tan (www.edanzediting.com/ac) Bronwen Gardner’a bu makalenin taslağını düzenlediği için teşekkür ederiz.
5-Fluoro-2'-deoxyuridine (5-FdU) | Sigma-Aldrich | F8791-25MG | 25mg |
disposable biposy punch (Trepan) | kai Europa GmbH | BP-30F | bore size 3mm |
ethanol | nacalai tesque | 14710-25 | extra pure reagent |
LabSolutions | Shimadzu | ver. 5.96, Data analyzer | |
micropestle | United Scientific Supplies | S13091 | |
microtube | Treff | 982855 | 0.5 mL clear |
PESI-MS (Direct Probe Ionization-MS) | Shimadzu | DPiMS-2020 | Mass spectrometer equipped with PESI |
PPGT solition | Shimadzu | ND | Attached to DPiMS-2020 |