Summary

In vivo Forward genética Screen para identificar novos genes neuroprotetores em Drosophila melanogaster

Published: July 11, 2019
doi:

Summary

Nós apresentamos um protocolo usando uma aproximação genética para a frente à tela para os mutantes que exibem a neurodegeneração no melanogaster de Drosophila. Incorpora um ensaio de escalada, uma análise da histologia, um mapeamento do gene e um sequenciamento do ADN para identificar finalmente genes novos relativos ao processo de neuroprotection.

Abstract

Há muito a entender sobre o aparecimento e progressão de doenças neurodegenerativas, incluindo os genes subjacentes responsáveis. A triagem genética direta usando mutagénicos químicos é uma estratégia útil para mapear fenótipos mutantes para genes entre a Drosophila e outros organismos modelo que compartilham vias celulares conservadas com seres humanos. Se o gene mutado de interesse não é letal em estágios iniciais de desenvolvimento de moscas, um ensaio de escalada pode ser conduzido para a tela para os indicadores fenotípicos de funcionamento do cérebro diminuído, tais como baixas taxas de escalada. Subseqüentemente, a análise histológica secundária do tecido de cérebro pode ser executada a fim verificar a função neuroprotetor do gene marcando phenotypes do neurodegeneração. As estratégias de mapeamento do gene incluem o mapeamento meiótico e de deficiência que dependem desses mesmos ensaios podem ser seguidos por sequenciamento de DNA para identificar possíveis alterações de nucleotídeo no gene de interesse.

Introduction

Os neurônios são para a maior parte pós-mitótico e incapaz de dividir1,2. Na maioria dos animais, existem mecanismos neuroprotetores para manter essas células ao longo da vida útil do organismo, especialmente na velhice, quando os neurônios são mais vulneráveis a danos. Genes subjacentes a esses mecanismos podem ser identificados em mutantes exibindo neurodegeneração, um indicador fenotípico para a perda de neuroproteção, usando um protocolo genético para a frente. As telas genéticas da frente usando mutagénicos químicos tais como o Methanesulfonate do Ethyl (EMS) ou N-Ethyl-N-nitrosourea (ENU) são particular úteis devido às mutações de ponto aleatórias que induzem, tendo por resultado uma aproximação inerentemente imparcial que derramou a luz sobre funções numerosas do gene em organismos modelo eucarióticas3,4,5 (no contraste, o mutagênese do raio X cria rupturas do ADN e pode conduzir ao rearranjo um pouco do que mutações do ponto6).

A mosca de fruto comum Drosophila melanogaster é um assunto ideal para estas telas devido à sua alta qualidade, seqüência de genoma bem anotado, sua longa história como um organismo modelo com ferramentas genéticas altamente desenvolvidas, e mais significativamente, sua compartilhada história evolucionária com seres humanos7,8. Um fator limitante na aplicabilidade deste protocolo é a letalidade precoce causada pelos genes mutados, o que evitaria o teste na velhice9. No entanto, para mutações não letais, um ensaio de escalada, que aproveita os geotaxis negativos, é um método simples, embora extenso, de quantificar o funcionamento do motor prejudicada10. Para expor a suficiente reatividade locomotora, as moscas dependem das funções neurais para determinar a direção, sentir sua posição e coordenar o movimento. A incapacidade de moscas para escalar suficientemente em resposta a estímulos pode, portanto, indicar defeitos neurológicos11. Uma vez que um phenotype de escalada defeituoso particular é identificado, uns testes mais adicionais usando uma tela secundária tal como a análise histológica do tecido de cérebro, podem ser usados para identificar a neurodegeneração em moscas de escalada-defeituosas. O traço subseqüente do gene pode então ser usado para revelar a região genomic no cromossoma que carreg o gene neuroprotetor defeituoso do interesse. Para restringir a região cromossômica de interesse, o mapeamento meiótico usando linhas de mosca mutante que transportam genes de marcadores dominantes com locais conhecidos no cromossomo pode ser realizado. Os genes do marcador servem como um ponto de referência para a mutação como a freqüência do recombinação entre dois loci fornece uma distância mensurável que possa ser usada para mapear a posição aproximada de um gene. Finalmente, cruzar as linhas do mutante com as linhas que carregam deficiências equilibradas na região cromossomática meioticamente mapeada de interesse cria um teste da complementação em que o gene do interesse pode ser verificado se seu phenotype conhecido é expressado5. Sequências de nucleotídeo polimorfónicos no gene identificado, possivelmente resultando em sequências de aminoácidos alteradas, podem ser avaliadas por sequenciamento do gene e comparando-a com a seqüência do genoma da Drosophila . A caracterização subseqüente do gene do interesse pode incluir o teste de alelos adicionais do mutante, de experiências do salvamento da mutação e da examinação de phenotypes adicionais.

Protocol

1. preparação e envelhecimento das moscas Obter ou gerar6 uma coleção de mutantes de Drosophila que será usado para a tela genética. Aqui, as linhas ENU-mutagenized mapeadas ao segundo cromossoma e balançadas sobre o CYO são usadas. Amplificar as linhagens experimentais de genótipos em uma incubadora definida a 25 ° c, 12 h de ciclo claro/escuro no meio de farinha de milho-melaço. Colete cerca de 20 progên homozygous entre 0-2 dias da ecl…

Representative Results

Neste aerículo, apresentamos os passos utilizados para identificar o tumor cerebral do gene (Brat) como desempenhar um papel na manutenção da integridade neuronal (por exemplo, neuroproteção) em moscas adultas17; uma metodologia que pode ser usada para identificar genes envolvidos na neuroproteção. Utilizamos uma abordagem genética prospecta (a estratégia é delineada na Figura 1a) para a tela através de uma…

Discussion

As telas genéticas para diante em Drosophila têm sido uma abordagem eficaz para identificar genes envolvidos em diferentes processos biológicos, incluindo a neuroproteção dependente da idade5,23,24, 25. using esta estratégia, nós éramos bem sucedidos em identificar o Brat como um gene neuroprotetor novo17.

Um passo cr…

Divulgations

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Estamos particularmente gratos ao Dr. Barry Ganetzky, no laboratório de quem a tela genética foi realizada, permitindo a identificação e caracterização do pirralho como um gene neuroprotetor. Agradecemos ao Dr. Steven Robinow por gentilmente fornecer a coleção de ENU-mutagenized moscas usadas na tela genética apresentada neste artigo. Agradecemos aos membros do laboratório Ganetzky, Drs. Grace Boekhoff-Falk e David Wassarman para discussões úteis durante toda a duração deste projeto, Ling Ling Ho e Bob Kreber para assistência técnica, Dr. aki Ikeda para o uso de sua instalação de micrótomo no Universidade de Wisconsin e Dr. Kim Lackey e a instalação óptica da análise na Universidade de Alabama.

Materials

Major equipment
Fume hood for histology
Light Microscope Nikon Eclipe E100 Preferred objective for imaging is X20
Imaging software Nikon
Microscope Camera Nikon
Thermal cycler Eppendorf
Fly pushing and climbing assay
VWR® Drosophila Vial, Narrow VWR 75813-160
VWR® General-Purpose Laboratory Labeling Tape VWR 89097-912
Standard mouse pad
Stereoscope Motic Model SMZ-168
CO2 anesthesia station (Blowgun, foot valve, Ultimate Flypad) Genesee Scientific 54-104, 59-121, 59-172 Doesn’t iinclude CO2 tank
Fine-Tip Brushes SOLO HORTON BRUSHES, INC.
Drosophila Incubator VWR 89510-750
Gene mapping
CantonS Bloomington Drosophila Stock Center 9517
w1118 Bloomington Drosophila Stock Center 5905
yw  Bloomington Drosophila Stock Center 6599
Drosophila line used for recombination mapping Bloomington Drosophila Stock Center 3227 Genotype: wg[Sp-1] J[1] L[2] Pin[1]/CyO, P{ry[+t7.2]=ftz/lacB}E3
CyO/sno[Sco]  Bloomington Drosophila Stock Center 2555 Drosophila balancer line used for recombination mapping
Deficiency Kit for chromosome 2L Bloomington Drosophila Stock Center DK2L Cook et al., 2012
Histology analysis
Ethanol, (100%) Thermo Fischer Scientific A4094
Chloroform Thermo Fischer Scientific C298-500
Glacial Acetic Acid Thermo Fischer Scientific A38-500
Fisherbrand™ Premium Microcentrifuge Tubes: 1.5mL Thermo Fischer Scientific 05-408-129
Histochoice clearing agent 1X VWR Life Sciences 97060-934
Harris Hematoxylin VWR 95057-858
Eosin VWR 95057-848
Thermo Scientific™ Richard-Allan Scientific™ Mounting Medium Thermo Scientific™ 4112 22-110-610 CyO/sna[Sco]
Unifrost Poly-L-Lysine microscope slides, 75x25x1mm, EverMark Select Plus Azer Scientific
Fisherbrand™ Cover Glasses: Rectangles Fisherbrand 12-545M Dimensions: 24×60 mm
Traceable timer VWR
Slide Warmer Barnstead International model no. 26025
Slide tray and racks DWK Life Sciences Rack to hold 20 slides
Fisherbrand™ General-Purpose Extra-Long Forceps Fisherbrand 10-316A
Kimwipes™ Kimberly-Clark™ Professional 
6 inch Puritan applicators Hardwood Products Company, Guilford, Maine 807-12
VWR® Razor Blades VWR 55411-050
Tupperware or glass containers for histology liquids 16 + 1 for running water
High Profile Coated Microtome Blades VWR 95057-834
Corning™ Round Ice Bucket with Lid, 4L Corning™
Beaker Or other container for ice water and cassettes
Tissue Bath Precision Scientific Company 66630
Microtome Leica Biosystems
Molecular analysis
Wizard® SV Gel and PCR Clean-Up System Promega A9282
Ex Taq DNA polymerase TaKaRa 5 U/μl
Invitrogen™ SYBR™ Safe™ DNA Gel Stain   Invitrogen™
UltraPure™ Agarose  Invitrogen™
1 Kb Plus DNA Ladder  Invitrogen™
ApE-A plasmid Editor software Available for free download
Statistical analysis
R software package
Further analysis
y[1] w[*]; wg[Sp-1]/CyO; Dr[1]/TM3, Sb[1] Bloomington Drosophila Stock Center 59967

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Citer Cet Article
Gevedon, O., Bolus, H., Lye, S. H., Schmitz, K., Fuentes-González, J., Hatchell, K., Bley, L., Pienaar, J., Loewen, C., Chtarbanova, S. In Vivo Forward Genetic Screen to Identify Novel Neuroprotective Genes in Drosophila melanogaster. J. Vis. Exp. (149), e59720, doi:10.3791/59720 (2019).

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