Summary

Høy-resolution 3D tenkelig av rabiat virus infeksjon inne løsemiddel-klarnet hjerne tissue

Published: April 30, 2019
doi:

Summary

Novel, immunostaining-kompatible vev clearing teknikker som den ultimate 3D Imaging av løsemiddel-ryddet organer tillate 3D visualisering av rabies virus hjerneinfeksjon og komplekse cellulære miljø. Tykk, antistoff-merket hjernevevet skiver er gjort optisk transparent å øke Imaging dybde og for å muliggjøre 3D analyse av konfokalmikroskopi laserskanning mikroskopi.

Abstract

Visualiseringen av infeksjons prosesser i vev og organer ved immunolabeling er en nøkkel metode i moderne infeksjons biologi. Evnen til å observere og studere fordelingen, tropism, og overflod av patogener innsiden av organ vev gir avgjørende data om sykdomsutvikling og progresjon. Ved hjelp av konvensjonelle mikroskopi metoder, er immunolabeling stort sett begrenset til tynne seksjoner Hentet fra parafin-embedded eller frosne prøver. Imidlertid kan den begrensede 2D bildet flyet av disse tynne seksjoner føre til tap av viktig informasjon om den komplekse strukturen i en infisert organ og cellulær sammenheng med infeksjonen. Moderne flerfarget, immunostaining-kompatible vev clearing teknikker nå tilby en relativt rask og rimelig måte å studere høyt volum 3D-bilde stabler av virus-infiserte organ vev. Ved å utsette vevet for organiske løsemidler, blir det optisk transparent. Dette matcher utvalgets brytnings indekser og fører til slutt til en betydelig reduksjon av lysspredning. Således, inne kombinasjonen med lang ledig arbeider avstand målsettinger, stor tissue deler til 1 mm inne størrelse kan avbildet av tradisjonell konfokalmikroskopi laserskanning mikroskopi (CLSM) for høy resolution. Her over, vi beskrive en protokollen å søke dyp-tissue tenkelig etter tissue oppryddingen å visualisere rabiat virus distribusjon inne infisert hjerne for at studere emner like virus patogenesen, spre, tropism, og neuroinvasion.

Introduction

Konvensjonelle histologi teknikker meste stole på tynne deler av orgel vev, som kan iboende gir bare 2D innsikt i en kompleks 3D-miljø. Selv gjennomførbart i prinsippet, 3D rekonstruksjon fra serielle tynne seksjoner krever krevende tekniske rørledninger for både kutting og påfølgende i silisiummangan justering av ervervet bilder1. Videre er sømløs rekonstruksjon av z-volumer etter mikrotomen kutting kritisk, da både mekaniske og beregnings gjenstander kan forbli på grunn av suboptimal bilde registrering forårsaket av nonoverlapping bilde plan, fargevariasjoner og fysiske ødeleggelse av vev av for eksempel mikrotomen bladet. I kontrast, ren optisk kutting av intakt tykke vevsprøver gjør at oppkjøpet av overlappende bilde plan (oversampling) og dermed Letter 3D rekonstruksjon. Dette i sin tur er svært gunstig for analyse av smitte prosesser i komplekse celle populasjoner (f. eks neuronal nettverk i sammenheng med de omkringliggende gliacellene og immunceller). Men iboende hindringer av tykt vev seksjoner inkluderer lysspredning og begrenset antistoff penetrasjon inn i vevet. I de senere årene har en rekke teknikker er utviklet og optimalisert for å overvinne disse problemene2,3,4,5,6,7,8 , 9 andre priser , 10 andre , 11 flere , 12 flere , 13. i hovedsak er målet vev slått optisk transparent ved behandling med enten vandig2,3,4,5,6,7 ,8,9 eller organiske løsningsmiddel BASert 10,11,12,13 løsninger. Innføringen av 3DISCO (3D Imaging av løsemiddel-ryddet organer)11,12 og dens etterfølger uDISCO (ultimate 3D Imaging av løsemiddel-ryddet organer)13 ga en relativt rask, enkel og rimelig verktøy med utmerket clearing evner. De viktigste bestanddelene av clearing-protokollen er organiske løsemidler tert-BUTANOL (TBA), benzylalkohol alkohol (ba), benzylalkohol BENZOATE (bb), og difenyleter ETER (DPE). Utviklingen og tillegg av iDISCO (immunolabeling 3D-avbildning av løsningsmiddel klarerte organer)14, en kompatibel immunostaining-protokoll, utgjorde en annen fordel i forhold til eksisterende metoder og aktiverte den dype vevs merkingen av antigener av interesse, samt langtidslagring av immunostained prøver. Kombinasjonen av iDISCO14 og uDISCO13 gir således Høyoppløselig bilde av antistoff-merket proteiner i store vevs seksjoner (opptil 1 mm) ved bruk av konvensjonelle CLSM.

Bevaring av et organ er kompleks struktur i alle tre dimensjoner er spesielt viktig for hjernevevet. Neurons utgjør en svært heterogen mobilnettet pasientpopulasjonen med svært varierte 3D-morfologier basert på deres neurite anslag (gjennomgått av Masland15). Videre består hjernen av en rekke avdelinger og subcompartments, hver bestående av forskjellige cellulære subpopulasjoner og forhold derav, inkludert gliacellene celler og neurons (gjennomgått av von Bartheld et al.16). Som neurotropisk virus, den rabies virus (RABV, gjennomgått av Fooks et al.17) infiserer hovedsakelig neurons, bruker deres transport maskiner til å reise i retrograd retning langs axons fra den primære stedet for smitte til sentralnervesystemet (CNS). Protokollen som beskrives her (figur 1A) tillater immunostaining-assistert deteksjon og VISUALISERING av RABV og RABV-infiserte celler i store, sammenhengende bilde stabler Hentet fra infiserte hjernevev. Dette muliggjør en objektiv, 3D høyoppløselig vurdering av infeksjons miljøet. Det er aktuelt å hjernevev fra en rekke arter, kan utføres umiddelbart etter fiksering eller etter langtidslagring av prøver i paraformaldehyde (PFA), og tillater lagring og reimaging av farget og ryddet prøver i månedsvis.

Protocol

RABV-infiserte, PFA-faste arkiverte hjerne materiale ble brukt. De respektive dyr eksperimentelle studiene ble evaluert av ansvarlig dyr omsorg, bruk og etikk komité av statens kontor for landbruk, mattrygghet og fiskeri i Mecklenburg-Vorpommern (LALFF M-V) og fikk godkjenning med tillatelser 7221.3-2.1-002/11 (mus) og 7221.3-1-068/16 (oppspore). Generell omsorg og metoder som brukes i dyre eksperimenter ble utført i henhold til de godkjente retningslinjene. FORSIKTIG: denne protokollen bruk…

Representative Results

Kombinasjonen av iDISCO14 og uDISCO13 kombinert med høyoppløselig CLSM gir dyp innsikt i spatiotemporal oppløsning og plastisitet av RABV-smitte av hjernevev og den omliggende cellulære konteksten. Bruke immunostaining av RABV phosphoprotein (P), komplekse lag av infiserte neuronal celler kan bli sett i tykke deler av mus hjerner (Figur 3). Deretter kan sømløs 3D-projeksjoner av de oppnådde bilde stabler bli r…

Discussion

Den gjenopplivet og videre utvikling av vev clearing teknikker i de siste årene2,3,4,5,6,7,8, 9 andre priser , 10 andre , 11 flere , 12 flere ,</s…

Divulgations

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Forfatterne takker Thomas C. Mettenleiter og Verena te kamp for kritisk lesing manuskriptet. Dette arbeidet ble støttet av Federal Excellence Initiative av Mecklenburg Vest-Pommern og European Social Fund (ESF) Grant KoInfekt (ESF/14-BM-A55-0002/16) og en intramural Collaborative forskning stipend på Lyssaviruses på Friedrich-Loeffler-Institutt (ri-0372).

Materials

Reagents
Benzyl alcohol Alfa Aesar 41218 Clearing reagent
Benzyl benzoate Sigma-Aldrich BB6630-500ML Clearing reagent
Dimethyl sulfoxide Carl Roth 4720.2 Various buffers
Diphenyl ether Sigma-Aldrich 240834-100G Clearing reagent
DL-α-Tocopherol Alfa Aesar A17039 Antioxidant
Donkey serum Bio-Rad C06SBZ Blocking reagent
Glycine Carl Roth 3908.2 Background reduction
Goat serum Merck S26-100ML Blocking reagent
Heparin sodium salt Carl Roth 7692.1 Background reduction
Hydrogen peroxide solution (30 %) Carl Roth 8070.2 Sample bleaching
Methanol Carl Roth 4627.4 Sample pretreatment
Paraformaldehyde Carl Roth 0335.3 Crystalline powder to make fixative solution
Sodium azide Carl Roth K305.1 Prevention of microbial growth in stock solutions
tert-Butanol Alfa Aesar 33278 Sample dehydration for tissue clearing
TO-PRO-3 Thermo Fisher T3605 Nucleic acid stain
Triton X-100 Carl Roth 3051.2 Detergent
Tween 20 AppliChem A4974,0500 Detergent
Miscellaneous
5 mL reaction tubes Eppendorf 0030119401 Sample tubes
Coverslip, circular (diameter: 22 mm) Marienfeld 0111620 Part of imaging chamber
Coverslip, circular (diameter: 30 mm) Marienfeld 0111700 Part of imaging chamber
Hypodermic needle (27 G x ¾” [0.40 mm x 20 mm]) B. Braun 4657705 Filling of the imaging chamber with clearing solution
RTV-1 silicone rubber Wacker Elastosil E43 Adhesive for the assembly of the imaging chamber
Ultimaker CPE 2.85 mm transparent Ultimaker 8718836374869 Copolyester filament for 3D printer to print parts of the imaging chamber
Technical equipment and software
3D printer Ultimaker Ultimaker 2+ Printing of imaging chamber
Automated water immersion system Leica 15640019 Software-controlled water pump
Benchtop orbital shaker Elmi DOS-20M Sample incubation at room temperature (~ 150 rpm)
Benchtop orbital shaker, heated New Brunswick Scientific G24 Environmental Shaker Sample incubation at 37 °C (~ 150 rpm)
Confocal laser scanning microscope Leica DMI 6000 TCS SP5 Inverted confocal microscope for sample imaging
Fiji NIH (ImageJ) open source software (v1.52h) Image processing package based on ImageJ
Long working distance water immersion objective Leica 15506360 HC PL APO 40x/1.10 W motCORR CS2
Vibratome Leica VT1200S Sample slicing
Workstation Dell Precision 7920 CPU: Intel Xeon Gold 5118
GPU: Nvidia Quadro P5000
RAM: 128 GB 2666 MHz DDR4
SSD: 2 TB
Primary antibodies
Goat anti-RABV N Friedrich-Loeffler-Institut Monospecific polyclonal goat anti-RABV N serum, generated by goat immunization with baculovirus-expressed and His-tag-purified RABV nucleoprotein N
Dilution: 1:400
Rabbit anti-GFAP Dako Z0334 Polyclonal antibody (RRID:AB_10013382)
Dilution: 1:100
Rabbit anti-MAP2 Abcam ab32454 Polyclonal antibody (RRID:AB_776174)
Dilution: 1:250
Rabbit anti-RABV P 160-5 Friedrich-Loeffler-Institut Monospecific polyclonal rabbit anti-RABV P serum, generated by rabbit immunization with baculovirus-expressed and His-tag-purified RABV phosphoprotein P (see reference 23: Orbanz et al., 2010)
Dilution: 1:1,000
Secondary antibodies
Donkey anti-goat IgG Thermo Fisher Scientific depending on conjugated fluorophore Highly cross-absorbed
Dilution: 1:500
Donkey anti-mouse IgG Thermo Fisher Scientific depending on conjugated fluorophore Highly cross-absorbed
Dilution: 1:500
Donkey anti-rabbit IgG Thermo Fisher Scientific depending on conjugated fluorophore Highly cross-absorbed
Dilution: 1:500
Goat anti-mouse IgG Thermo Fisher Scientific depending on conjugated fluorophore Highly cross-absorbed
Dilution: 1:500
Goat anti-rabbit IgG Thermo Fisher Scientific depending on conjugated fluorophore Highly cross-absorbed
Dilution: 1:500

References

  1. Pichat, J., Iglesias, J. E., Yousry, T., Ourselin, S., Modat, M. A Survey of Methods for 3D Histology Reconstruction. Medical Image Analysis. 46, 73-105 (2018).
  2. Chung, K., et al. Structural and molecular interrogation of intact biological systems. Nature. 497 (7449), 332-337 (2013).
  3. Hama, H., et al. ScaleS: an optical clearing palette for biological imaging. Nature Neuroscience. 18 (10), 1518-1529 (2015).
  4. Ke, M. T., Fujimoto, S., Imai, T. SeeDB: a simple and morphology-preserving optical clearing agent for neuronal circuit reconstruction. Nature Neuroscience. 16 (8), 1154-1161 (2013).
  5. Kuwajima, T., et al. ClearT: a detergent- and solvent-free clearing method for neuronal and non-neuronal tissue. Development. 140 (6), 1364-1368 (2013).
  6. Susaki, E. A., et al. Whole-brain imaging with single-cell resolution using chemical cocktails and computational analysis. Cell. 157 (3), 726-739 (2014).
  7. Susaki, E. A., et al. Advanced CUBIC protocols for whole-brain and whole-body clearing and imaging. Nature Protocols. 10 (11), 1709-1727 (2015).
  8. Yang, B., et al. Single-cell phenotyping within transparent intact tissue through whole-body clearing. Cell. 158 (4), 945-958 (2014).
  9. Treweek, J. B., et al. Whole-body tissue stabilization and selective extractions via tissue-hydrogel hybrids for high-resolution intact circuit mapping and phenotyping. Nature Protocols. 10 (11), 1860-1896 (2015).
  10. Dodt, H. U., et al. Ultramicroscopy: three-dimensional visualization of neuronal networks in the whole mouse brain. Nature Methods. 4 (4), 331-336 (2007).
  11. Erturk, A., et al. Three-dimensional imaging of the unsectioned adult spinal cord to assess axon regeneration and glial responses after injury. Nature Medicine. 18 (1), 166-171 (2011).
  12. Erturk, A., et al. Three-dimensional imaging of solvent-cleared organs using 3DISCO. Nature Protocols. 7 (11), 1983-1995 (2012).
  13. Pan, C., et al. Shrinkage-mediated imaging of entire organs and organisms using uDISCO. Nature Methods. 13 (10), 859-867 (2016).
  14. Renier, N., et al. iDISCO: a simple, rapid method to immunolabel large tissue samples for volume imaging. Cell. 159 (4), 896-910 (2014).
  15. Masland, R. H. Neuronal cell types. Current Biology. 14 (13), 497-500 (2004).
  16. von Bartheld, C. S., Bahney, J., Herculano-Houzel, S. The search for true numbers of neurons and glial cells in the human brain: A review of 150 years of cell counting. The Journal of Comparative Neurology. 524 (18), 3865-3895 (2016).
  17. Fooks, A. R., et al. Rabies. Nature Reviews Disease Primers. 3, 17091 (2017).
  18. WHO. WHO Expert Consultation on Rabies, Third Report. WHO Technical Report Series. , (2018).
  19. CDC. . Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories, 5th Edition. US Department of Health and Human Services. , (2009).
  20. Arnold, M. M., et al. Effects of fixation and tissue processing on immunohistochemical demonstration of specific antigens. Biotechnic & Histochemistry. 71 (5), 224-230 (1996).
  21. Webster, J. D., Miller, M. A., Dusold, D., Ramos-Vara, J. Effects of prolonged formalin fixation on diagnostic immunohistochemistry in domestic animals. Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 57 (8), 753-761 (2009).
  22. Werner, M., Chott, A., Fabiano, A., Battifora, H. Effect of formalin tissue fixation and processing on immunohistochemistry. The American Journal of Surgical Pathology. 24 (7), 1016-1019 (2000).
  23. Orbanz, J., Finke, S. Generation of recombinant European bat lyssavirus type 1 and inter-genotypic compatibility of lyssavirus genotype 1 and 5 antigenome promoters. Archives of Virology. 155 (10), 1631-1641 (2010).

Play Video

Citer Cet Article
Zaeck, L., Potratz, M., Freuling, C. M., Müller, T., Finke, S. High-Resolution 3D Imaging of Rabies Virus Infection in Solvent-Cleared Brain Tissue. J. Vis. Exp. (146), e59402, doi:10.3791/59402 (2019).

View Video