Nematodun, Caenorhabditis elegans'ın , nüfusa dayalı bir deneyde çözünür bileşikler için tercihinin otomatik analizini sağlayan bir davranış kayıt kurulumu ve protokolü sunuyoruz. Bu makale bir davranış odasının inşasını, davranışsal analiz protokolünü ve video analiz yazılımının kullanımını anlatıyor.
Nematod, Caenorhabditis elegans'ın sadece 302 nöron kompakt sinir sistemi, çeşitli davranış repertuarının altında yatıyor. Bu davranışların altında yatan sinirsel devrelerin ayrılmasını kolaylaştırmak için sağlam ve tekrarlanabilir davranışsal testlerin geliştirilmesi gereklidir. Önceki C. elegans davranış araştırmaları, C. elegans'ın çözünebilir bileşiklere verdiği tepkiyi araştırmak için bir "düşme testi", "kemotaksis testi" ve "tutma testi" varyasyonlarını kullandı. Bu makalede açıklanan yöntem, yukarıda belirtilen üç tahlilin tamamlayıcı güçlerini birleştirmeyi amaçlamaktadır. Kısaca, her tahlil plakasının ortasındaki küçük bir daire, kontrol ve deneysel solüsyonlar dönüşümlü olarak yerleştirilen dört kadrana bölünür. Solucanlar ilâve edildikten sonra, tahlil plâkaları, mikroskop kameralarının solucanların muamele görmüş bölgelerle olan karşılaşmalarını kaydeden bir davranış odasına yüklenir. Otomatik video analizi daha sonraNd her video için bir tercih indeksi (PI) değeri oluşturulur. Bu yöntemin video edinimi ve otomatik analiz özellikleri deneycinin katılımını ve ilişkili hataları en aza indirir. Ayrıca, test başına dakikalık deney bileşiği miktarı kullanılır ve davranış odasının çok kamera kurulumu deneysel çıktı miktarını artırır. Bu yöntem, genetik mutantların ve yeni kimyasal bileşiklerin davranışsal ekranlarının yürütülmesi için özellikle yararlıdır. Bununla birlikte, bu yöntem, kontrol ve deneysel çözelti bölgelerinin yakınlığına bağlı olarak uyaran gradyan navigasyonunun incelenmesi için uygun değildir. Sadece küçük bir solucan popülasyonu mevcut olduğunda da kullanılmamalıdır. Mevcut formdaki çözünebilir bileşiklere verilen cevapların sadece test edilmesi için uygun olmakla birlikte, bu yöntem çok modlu duyusal etkileşimi ve optogenetik çalışmaları kolaylaştıracak şekilde kolayca modifiye edilebilir. Bu yöntem, diğer nematod türlerinin kemo-duyarlı tepkilerini denemek için de uyarlanabilir. </p>
Hayvancılık hayvanları, çoklu duyu yöntemlerinden gelen girdileri entegre etmeli ve çevreye başarıyla gitmek için uygun davranış stratejilerini seçmelidir. Hareketli seçimi yönlendirmek için harici duyusal girdilerin sinirsel bilgiye nasıl ulaştığını ve aktarıldığını anlamak, nörobiyoloji alanında merkezi bir hedeftir. Genetik olarak eğitilebilen nematod C. elegans , duyusal biyoloji ve multimodal entegrasyonun altında yatan sinirsel mekanizmaları incelemek için çekici bir model organizmasıdır. C. elegans'ın sadece 302 nöronu olmasına rağmen, çözünebilir bileşikler, uçucu koku maddeleri ve ortam sıcaklığı 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 dahil çok çeşitli çevresel uyarıları tespit edebilir ve ayrım yapabilir.Nematod C. elegans , besin kaynaklarını lokalize etmek ve potansiyel tehditlere karşı kendisini uyarmak için kimyasal duyu aygıtına dayanır. Bu nedenle, vahşi tip ve mutant C. elegans'ın kimyasal uyaranlara verdiği yanıtları taramak için tasarlanmış davranış testleri, C. elegans'ın dikkat çekici duyusal yeteneklerinin altında yatan genetik, hücresel ve sinirsel mekanizmaların ayrılmasında hayati bir rol oynamaktadır.
Çözünür bileşiklere verilen cevabı test etmek için, düşme testi, kemotaksis tahlili ve tutma tayini olmak üzere üç tip tahlil tarif edilmiştir. Düşme testinde, bileşimin küçük bir damlası, hareket eden bir solucanın kuyruğuna yerleştirilir ve ön solunum cihazına sıvı ulaştığında solucan ileri geri veya ters hareket etme kararı verilir 4 . Düşme testi, çok az deneysel hazırlık gerektirir ve solucanların örnek boyutu küçük olduğunda (lazerle çalışan solucanlar gibi) kullanışlıdır. Bununla birlikte, yalnızca bir solucan gibiBir seferde denenebilir ve deneyci testin süresi boyunca mevcut olmalı, damla testi zaman alıcı olabilir. Düşme testi ayrıca, bir numunedeki her solucan arasındaki damla aktarımındaki varyasyonlara karşı savunmasızdır ve bu da tahlilin genel sonuçlarını etkileyebilir. Düşme testinin bir diğer kısıtlaması, bileşiğin solucan ileri hareketinden çekici veya nötr bir etki arasında ayrım yapmanın mümkün olmadığı için yalnızca solucanın aversive bileşiklere verdiği tepkiyi tahlil etmek için kullanılabilmesidir.
Çözünür bileşikler için kemotaks analizi genellikle bir agar plakasının dört kadrana bölünmesini içerir, deneysel solüsyon iki karşıt bölmenin agarına karıştırılır ve kontrol solüsyonu diğer iki kadran 8 , 9'a karıştırılır . Deneyin başlangıcında solucanlar içeren bir damla tampon plakanın ortasına yerleştirilir ve solucan sayısı Her kadran farklı zaman noktalarında puanlanır. Kemotaksis tahlili, her deneyde çok sayıda solucan test edildiği için düşme testine kıyasla daha fazla istatistiksel güç sağlar. Bununla birlikte, bu yöntemin bir kısıtlaması, kemotaksis tahlil plakalarının hazırlanmasının deneysel bileşiğin büyük miktarlarını gerektirmesidir. Ascaroside sinyal molekülleri 10'da olduğu gibi ilgilenilen bileşimi elde etmek için sınırlı miktarda karmaşık bir saflaştırma işlemi gerekiyorsa, bu, büyük ölçekli davranış ekranları yürütmeyi zorlaştıracaktır. Ek olarak, solucanların deneme boyunca manuel olarak sayılması hatalara açıktır ve sayma işlemi sırasında plakaların bozulması sonuçları etkileyebilir.
Sözü geçen iki yöntemin aksine, tutma deneyi, puanlama işlemi sırasında hatayı en aza indiren ve deneme sırasında deneycinin girişimini azaltan makine görme özelliğini kullanır > 11. Solucan davranışının video kayıtlarının bilgisayar ortamında analizi potansiyel olarak, puanlama sadece birkaç ayrı zaman noktasında gerçekleştirildiğinde kaçılacak daha belirsiz davranışsal dinamikleri ortaya çıkarabilir. Tutulum testinde, küçük yuvarlak bakteriyel yemeğin karşı taraflarına iki çözelti lekesi eklendikten sonra, yem yamasının ortasında az sayıda solucan yerleştirildi. Solucanlar 'davranışları daha sonra video kaydedilir, analiz edilir ve bir tercih endeksi değeri her solüsyon bölgesindeki toplam solucan piksel sayısına göre hesaplanır. Çekici bir yeme örneğinin bulunması, her tahlilde daha küçük popülasyon solucanları kullanılmasına rağmen, gıda, daha önce çözünebilir iticilere karşı kaçınma davranışlarını hassaslaştırdığı gösterilmiştir 12 . Ayrıca, solucanlar kısa dalga boyundaki ışığa karşı fotofobik bir tepki gösterir ve davranış kaydı ayarında beyaz ışık yayan mikroskop ışık kaynaklarının kullanımı davranışları etkileyebilirS = "xref"> 13.
Bu makalede ele alınan yöntemin amacı, C. elegans'ın çözünür bileşikler için popülasyona dayalı bir tahlil tercihini kaydetmek ve analiz etmektir. Bu amaca yönelik olarak, mevcut yöntem, daha önce tartışılan yöntemlerin her üçünün yönlerini de bütünleştirir ve geliştirir. Büyük solucan popülasyonlarının test edilmesini sağlar ve her deneyde sadece az miktarda deneysel çözelti kullanılmasını gerektirir. Buna ek olarak, analiz, kısa dalga boylu ışığın davranış üzerindeki etkilerini en aza indirgemek için kızılötesi LED arka aydınlatması ile birlikte özel olarak hazırlanmış kapalı bir davranış odasında yürütülür. Her hazne aynı zamanda, tezgah alanından ödün vermeden deneysel verimi artıran çoklu mikroskop kameralarıyla donatılabilir. Son olarak, video analiz yazılımı, zamanla popülasyon davranış dinamikleri görselleştirmek için her video için tercih endeksi değerinin yanı sıra eşlik eden bir solucan doluluk arsa çıktısını verir. Oda konfigürasyonu ve birSsay protokolü, odorantların veya sıcaklığın kemosensör davranışlara etkisi gibi multimodal davranış tepkilerinin incelenmesi için daha da modifiye edilebilir.
Bu makale, davranış odasının yapısını ve tahlil protokolünü anlatmaktadır. Aynı zamanda, bilinen suda çözülebilir itici yabani tip solucanlar ve kimyasal duyu kusurlu mutantlar, bakır iyonları 4 tepkisinin değerlendirilmesinden bu yöntemin kullanımını göstermektedir. Son olarak, verilen yazılımı kullanarak video analiz süreci detaylandırılmıştır.
Protokolde kritik bir adım, tahlil plakalarının farklı deneysel günler boyunca tutarlı bir kuruma seviyesine sahip olmasını sağlamaktır. Farklı kuruluk seviyeleri, çözeltinin agara farklı difüzyon hızlarına ve dolayısıyla davranışsal sonuçlarda değişikliğe neden olacaktır. Böylece, deney plakaları daima deneyler öncesinde öğleden sonra taze yapılmalıdır. Her tahlil için test edilen solucanlar sayısı, tedaviler arasında karşılaştırma kolaylığı için düzenlenmelidir. Referans olarak, bir vahşi tipi sonsuz 4-10 yumurta / gr ortalama h> deney başına 360 solucanlar üzerinde sonsuz senkronizasyon protokol 17 takip olup olmadığını belirlemektedir. Bazı mutant suşlar yumurta atma yeteneğine sahipse, hedef yavru sayısına ulaşmak için daha yumuşak tavuk yumurtacı solucanları seçin. Protokolün bir diğer önemli adımı, yıkama işlemi ve solucan yerleşimi sırasında solucanları hafifçe tutmaktır. Solucanlar mekanik uyaranlara duyarlıdır ve bu tür stres tepkileri ortaya çıkar S tersinme ve yumurta bırakma inhibisyonu 18 . Ayrıca, video analizine başlamadan önce ROI'yi doğru bir şekilde tanımlamak ve belirli aydınlatma koşulları için optimum eşik sabitini belirlemek için özen gösterilmelidir. Ayrıca, son denemenin çalıştırılmasından bu yana geçen uzun bir süre geçtikten sonra kalibrasyon ve eşik değerleme işlemlerinin tekrarlanması önerilir.
Bu yöntemin bir kısıtlaması, küçük solucan popülasyonlarını denemek için uygun değildir. Bununla birlikte, gıda varlığının duyusal davranış üzerindeki etkisini belirlemek için uygun kontroller yapılırsa, solucanların uzaysal keşif yerlerini kısıtlamak için, tutma tahlilinde olduğu gibi gıda kullanımı da mümkündür. Buna ek olarak, bu metot, kullanılan yakın kontrol ve deneysel solüsyon damlaları yakınlığı ve küçük miktarları nedeniyle uyaran gradyan navigasyonunu incelemek için tasarlanmamıştır.
E_content "> İleride çok solucanlı izleme ve tek solucan özütleme sağlayan programlama yazılımı bu sisteme entegre edilebilir 19 , 20. Tek solucan davranışının ters hızlar ve vücut virajlarının genliği gibi ince davranış parametrelerinin kaydedilmesi, Popülasyona dayalı bir tahlil bağlamında bireysel bir solucanın kemosensör davranışının daha ayrıntılı bir resmi. Tahlil, uygun ölçme büyüklüğüne sahip şırınga iğnelerini kullanarak ROI boyunca delikleri delme yoluyla alışkanlığı incelemek ve delikleri agar enfüzyonu ile doldurmak için modifiye edilebilir Deneysel bileşik veya kontrol tamponu ile karıştırma Bu, alışkanlık çalışmaları sırasında gerekli olduğu gibi daha uzun bir kayıt süresi süresi boyunca bileşiğin daha tutarlı bir yüzey konsantrasyonunu sağlayacaktır.Bu yöntemin bir başka potansiyel uygulaması, farklı nematod türleri arasında karşılaştırmalı davranış çalışmaları yapmaktır. Buna ek olarak, davranış odasıMultimodal uyarılara davranışsal tepkiler üzerinde çalışmak için birden fazla yönde değiştirilebilir. Optogenetik uygulamalar için, yüksek yoğunluklu LED dizileri, tahlilde ilgi çekici nöronları seçici olarak etkinleştirmek için kamera yuvasının yanında takılabilir. Sıcaklığın duyusal davranışlar üzerindeki etkilerini incelemek için, ısıtma elemanları, soğutma sistemleri ve sıcaklık sensörleri de kuruluma eklenebilir. Ayrıca, odorensor ve chemosensory modaliteleri arasındaki etkileşimleri araştırmak için oda içine koku iletme sistemleri kurulabilir.The authors have nothing to disclose.
Bazı suşlar NIH Araştırma Altyapı Programları Ofisi (P40 OD010440) tarafından finanse edilen Caenorhabditis Genetics Centre (CGC) tarafından sağlanmıştır. Bu çalışma, PWS'nin araştırmacı olduğu Howard Hughes Tıp Enstitüsü tarafından desteklenmektedir.
Aluminum T-slotted framing extrusions | McMaster-Carr | 47065T101 | Single profile, 1" size, solid |
Brackets | McMaster-Carr | 47065T236 | 1" long for 1" high single profile extrusions |
Compact end-feed fasteners | McMaster-Carr | 47065T139 | 1" (single), pack of 4 |
Twist-in solid panel holders | McMaster-Carr | 47065T251 | For 1" high extrusion |
Plastic end caps | McMaster-Carr | 47065T91 | For 1" high extrusion |
Optically clear cast acrylic sheet | McMaster-Carr | 8560K211 | 3/16" thick, 12" x 12" |
Vinyl-coated polyester fabric | McMaster-Carr | 88505K57 | 0.027" thick, 61" width, black |
Brass grommets | McMaster-Carr | 9604K22 | Trade size 0, 0.545" outer diameter |
Steel washers | McMaster-Carr | 90107A029 | 1/4" screw size |
Rounded head screws | McMaster-Carr | 90272A546 | 1/4"-20 thread size, 1-1/2" long |
Standard operating backlight | Smart Vision Lights | See local vendor | 8"x8", infrared 850nm |
IVP-C1 Variable Control Pot | Smart Vision Lights | See local vendor | |
T1 Power Supply | Smart Vision Lights | See local vendor | |
Dino lite Pro AM4113T | Dino-Lite Digital Microscope | See local vendor | |
MS09B microscope stand | Dino-Lite Digital Microscope | See local vendor |