이 문서는 퍼스널 케어 제품 (Pcp) 에스트로겐 수용 체 알파 (ERα) 또는 베타 (ERβ)를 결속 하는 ligands를 측정에 대 한 최적화 된 효 모 에스트로겐 화면을 표시 합니다. 메서드는 두 색도계 기판 옵션, 학부 과정에서 사용 하기 위해 6 일 냉장된 인큐베이션 및 데이터 분석을 위한 통계 도구를 통합합니다.
효 모 에스트로겐 화면 (예) 환경 샘플에서 estrogenic ligands를 검출 하는 데 사용 하 고 내 분 비 장애의 연구에 광범위 하 게 적용 되었습니다. Estrogenic ligands는 자연적이 고 인공 “환경 에스트로겐” (EEs) 퍼스널 케어 제품 (Pcp), 플라스틱, 농약, 및 식품을 포함 한 많은 소비자 제품에서 발견 포함 되어 있습니다. EEs는 인간과 다른 동물에서 신호, 잠재적으로 비 옥을 감소 하 고 질병 위험 증가 호르몬을 방해. EEs 및 기타 내 분 비 방해 화학 물질 (EDCs) 공중 보건의 중요성에도 불구 하 고 내 분 비 장애 일반적으로 학부 교육 과정에 포함 되지 않습니다. 이 결점은 또한 학부 학생 들에 게 접근할 수 있으면서도 참여 원칙을 설명 하는 관련 실험실 활동의 부족 때문에 부분적으로. 이 문서를 에스트로겐 수용 체 알파 (ERα) 또는 베타 (ERβ) 퍼스널 케어 제품에 ligands를 측정에 대 한 예는 최적화 된 제공 합니다. 메서드가 두 색도계 기판 중 통합 (ortho-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside (ONPG) 또는 chlorophenol 레드-β-D-galactopyranoside (CPRG))는 β-galactosidase에 의해 죽 습, 6 일 냉장된 인큐베이션 단계 LacZ 계산과 관련된 4-매개 변수 로지스틱 회귀 분석에 대 한 R 코드에 대 한 학부 실험실 과정, 자동화 된 응용 프로그램에서 사용을 촉진 한다. 프로토콜 개발 하 고 있는 그들은 제품의 에스트로겐 모방에 대 한 그들의 선택의 화면 실험 학부생 수 있도록 설계 되었습니다. 이 과정에서 그들은 내 분 비 장애, 세포 배양, 수용 체 바인딩, 효소 활동, 유전 공학, 통계, 그리고 실험 설계에 대해 알아보십시오. 동시에, 그들은 또한 근본적이 고 광범위 하 게 적용 가능한 실험실 기술을 연습와 같은: 계산 농도; 만드는 솔루션; 시연 메 마른 기술; 직렬 diluting 표준; 구성 하 고 표준 곡선; 보간 식별 하는 변수 및 컨트롤; 수집, 조직, 및 데이터 분석 구성 하 고 해석 그래프; 그리고 micropipettors, 광 등 일반적인 실험실 장비를 사용 하 여. 따라서,이 분석 결과 구현 기반 학습 환경 과학 및 건강에 새로운 문제를 탐험 하는 동안에 종사 하는 학생 들을 장려 한다.
효 모 에스트로겐 화면 (예)는 estradiol (e 2 또는 17β-estradiol) 행렬, 물, 식물 조직, 소비자 제품 및 식품1,2,3,를 포함 하 여 다양 한 모방 ligands를 계량에 널리 사용 됩니다. 4. 샨 다, 이러한 ligands “환경 에스트로겐 (EEs).” 라고 예는 낮은 비용, 대안 생체 외에서 vivo에서 테스트 같은 설치류 uterotrophic5,6 분석 결과 및 분석 결과7먹이 무지개 송어로 원래 개발 되었다. 이 테스트의 목표는 제품 포함 자극 또는 에스트로겐-종속 메커니즘을 차단 하는 화학 물질 결정 하는. EEs의 탐지는 중요 한, 그들은 신호, 태아의 개발 중 특히 정상적인 내 인 성 에스트로겐을 방해할 수 있습니다 때문입니다. 이 방해는 비만, 불 임, 암, 그리고 인지 손실8의 위험을 증가 시켜 건강을 타협.
EEs 및 다른 EDCs 공중 보건의 중요성에도 불구 하 고 내 분 비 장애 일반적으로 학부 교육 과정에 포함 되지 않습니다. 이 부족은 또한 학부 학생 들에 게 접근할 수 있는 동안 참여 원칙을 설명 하는 활동의 부족 때문에 부분적으로 이다. 또한, 예 프로토콜의 여러 변형이 존재9,10,11,,1213, 그리고이 다양성은 분석 결과 최적화에 대 한 시간이 실험실 코디네이터는 명확 하 게 관련 기술에서 훈련. 마지막으로, 네 분석 실험은 일반적으로 이상의 1 긴 하루 또는 완료 O/N 외피와 함께 2 일 연속. 이 타이밍은 일반적으로 한 번만 나 학부 실험실 과정의 형식으로 호환 되지 않습니다 / 몇 시간 주.
이러한 요구에 대응,이 원고는 개인 배려 제품 (Pcp)3 , 매주 실험실 회의 수용 하기 위해 6 일 냉장 단계에 대 한 ethanolic 추출 방법을 포함 하는 최적화 된 96 잘 예 프로토콜을 보고 합니다. 절대 에탄올은 다양 한 극 지와 비 극성 용액을 해산 할 수 있는 다양 한 유기 용 매 이다. 또한, 그것은 학부 과정에 적합 하기 때문에 그것은 쉽게 사용할 수, 상대적으로 비 독성, 저렴 한, 혼합할 수 있는 물; 그것은 또한 특별 한 장비 없이 쉽게 증발. 그러나, 에탄올 강하게 소수 성 내 분 비 분리기 또는 많은 오일과 왁 스를 추출 하기 위한 이상적인, Pcp. 가난한 추출 효율에 일반적인 재료 되 고 후자의 두 틀린 부정적인 결과의 모험을 증가 한다. 마음에이 제약 조사 그 주소 샘플 특성 추출 절차 (예를 들어, ethanolic 추출 또는 고체 상 추출)를 선택 하 고 연구 목적 (연구 학부 교육 대)을 충족 해야 합니다.
예는 재조합 Saccharomyces cerevisiae 원래 Tulane 대학에서 박사 찰스 밀러에 의해 만들어진에 의존 합니다. 밀러 그 외 여러분 보십시오 (2010 년) 엔지니어링된 플라스 미드14의 완전 한 지도 위해. 익스프레스 인간의 핵 ERα 또는 ERβ (또한 부르는 ESR1 그리고 ESR2, 각각) 효 모 constitutively이 플라스 미드와 변형 (ERα)에 대 한 갈 락 토스 또는 포도 당 또는 갈 락 토스 (ERβ)에 대 한 포함 된 미디어에 성장 될 때. Estrogenic 화학 미디어에 있다면, 그들은 β-galactosidase (lacZ) 식 estrogenic 화학 물질의 농도에 비례 하는 수준을 활성화 하는 리간드-수용 체 복합물을 만드는 수용 체에 바인딩합니다. 효 모 세포는 다음 출시 축적 된 β-galactosidase lysed. 세포의 용 해 버퍼는 ONPG 또는 CPRG, β-galactosidase 노란색 또는 빨간색 제품을 각각 산출 하 여 죽 습 포함 되어 있습니다. 색도계 제품 microwell 플레이트 분 광 광도 계를 사용 하 여 흡 광도 측정 하 여 측정할 수 있습니다. 색상 변경의 정도 누 룩 노출 되었다 estrogenic ligands의 농도에 비례.
테스트 중인 샘플에서 발생 하는 배경 흡 광도 대 한 잠재력에 따라 기판 (CPRG 또는 ONPG) 선택 합니다. 예를 들어 식물 추출 됩니다 추가 하기도 노란색 색조 미디어 경우 인위적으로 estrogenicity 측정을 웃 기는 ONPG (405에서 계량 nm) β-galactosidase는 기판으로 사용 됩니다. 와 식물 추출 물, CPRG (574에 계량 nm) 더 적절 한 색도계 기판 있을 수 있습니다. CPRG는 ONPG 보다 더 비싼 하지만 10 분의 1 몰에 사용 됩니다. 이 문서는 주치의의 estrogenicities ONPG와 CPRG를 사용 하 여 정량 추출 물을 선물 한다.
ERα 및 ERβ를 사용 하 여 환경 샘플의 estrogenicity를 측정 이러한 수용 체 중 하나만 사용 하 여 보다 더 포괄적인 접근 이다. 동물,이 수용 체 차동 조직 배포, 규제 활동, 및 바인딩 선호도 estrogenic 안티 estrogenic ligands15전시. 예를 들어 식물 기반 에스트로겐 일반적으로 바인딩할 ERβ 더 강력 하 게2, 합성 화학 물질 중 ERα 또는 ERβ에 대 한 선호를 표시할 수 있습니다 또는 두 수용 체 똑같이 잘15를 바인딩할 수 있습니다. 따라서, 한 에스트로겐 수용 체에 바인딩은 반드시 다른 바인딩을 예언 하지 않습니다.
EEs는 식물 뿐만 아니라 많은 소비자 제품 (예, 농약, 세제, 접착제, 윤활제, 플라스틱, 식품 및 의약품)에서 발견, 제시 데이터 Pcp. 선택을 사용 하 여 가져온 Pcp는 경쟁력, 쉽게 사용할 수 있는, 예산 친화적인, 그리고 학부생을 위한 환경 관련. 학생 가정 실험실에서 테스트에서 그들의 좋아하는 Pcp를가지고 초대 될 수 있습니다. 그들은 또한 높은 Pcp의 가설 기반 비교를 생성 하 여 독성 점수 낮은 환경 실무 그룹16 에 의해 개발 된 피부 깊은 데이터베이스를 검색할 수 있습니다. 이 방법에서는, 학생 들은 동시에 고급 실험실 능력; 개발할 수 있습니다. 자율, 기반 학습;에 관여 환경 과학 및 건강에 새로운 문제를 탐구 하 고.
예 물, 음식, 식물 조직, 개인 케어 제품 등 환경 샘플에서 estrogenic ligands를 검출 하는 데 사용 하는 저렴 한 비용 방법입니다. 데이터 되 게 여기 비교 2 에스트로겐 수용 체 (ERα 및 ERβ), 2 기질 (ONPG 및 CPRG), 그리고 2 타임 라인 (냉장 없이 2 d 프로토콜)과 7 일 프로토콜 냉장 예 분석 결과 통해 퍼스널 케어 제품에 estrogenicity를 측정. 한 번만 만족 하는 학부 실험실 과정에 의해 부과 된 또한 시간 제약와 호환 되는 동안 7 d 냉장된 프로토콜 사용 하 여 CPRG 및 ERα 및 ERβ를 가장 잘 표현 하는 효 모 EEQs 단정 / 여러 h 주. 사실, 냉장 없이 2 d 분석 결과에 비해, 7 일간 냉장된 분석 결과와 연관 되었다 감소 분산 판 복제에 걸쳐. 또한, 표준 곡선의 선형 부분 약간 냉장된 분석 결과 사용 하 여 수집 된 데이터에 대 한 확장 되었다. 표준 곡선의 선형 부분 분석 결과 검색 범위를 정의 하 고 샘플 EEQs 보간 하는 데 사용할 수 있는 표준 곡선의 유일한 부분입니다.
테스트 샘플 중 하나를 제외한 모든, CPRG를 사용 하 여 측정 하는 EEQs ONPG와 정량 보다 낮은 했다. 와 높은 멸종 계수 및 낮은 Km V최대, CPRG ONPG17보다 10 배 더 과민 하다. 따라서, CPRG 더 낮은 농도에서 사용할 수 있습니다 그리고 β-galactosidase의 낮은 금액을 감지 하는 데 사용할 수 있습니다. 이러한 이유로 CPRG ONPG,1819통해 일반적으로 기본 설정입니다. 그러나, 큰 기판 감도 낮은 EEQ 값 CPRG을 검색 설명 하지 않는다. 다른 저자2,18에 의해 설명 했 듯이 ONPG 발견 높은 EEQ 값 분석 결과, 매트릭스 방해가 때문일 수 있었다. 퍼스널 케어 제품 추출 물에서 노란 안료 ONPG 감지 하는 EEQ 값을 부 풀 려 수 있습니다. 다른 그들의 실험 디자인2, 실험에 있는 격판덮개의 수를 두 배로 하는 방법에에서 안료 컨트롤을 포함 하 여이 문제를 피할 수 있다. 매트릭스 간섭 문제가 있을 수 있습니다, 비록 더 비싼 ONPG 보다 긴 부 화 시간을 요구 한다 CPRG 예 분석 결과 대 한 바람직 기판 될 수 있습니다. 또한, β-galactosidase에 의해 기판의 분열에 의해 유도 된 색상 변경 쉽게 결과 시각화 하기 위해 학생 들을 위한 CPRG와 함께 더 극적 이다.
밀러 외. (2010), 누가이 프로토콜에 사용 되는 누 룩을 설계, 표현 ERβ 30 x 17β estradiol ERα, 우리의 데이터14에 의해 입증 발견을 표현 하는 효 모 보다 더 민감한 했다 그 누 룩을 지적 했다. 플라스 미드 건설, 밀러 그 외 여러분 에서 잠재적인 뉘앙스를 제외 하 고 (2010 년) 감도14에이 차이 설명할 수. 한 차이 두 플라스 미드 구조 ERβ 식 포도 당 또는 갈 락 토스에 의해 규제 됩니다 반면 ERα 식 갈 락 토스에 의해 통제 된다 이다. 예 시험에 사용 된 효 모 포도 당 미디어에서 교양 있으며 그들이 분석 결과의 시작에서 희석 하 때만 갈 락 토스를 주어진. 따라서, ERβ을 표현 하는 효 모 복사본 수가 수용 체 단백질 estrogenic ligands에 높은 감도 부여 함으로써 분석 결과의 시작 이전에 축적 수 있습니다.
ERα 표현 효 낮은 감도 감지 ERα ERβ와 비교 측정 샘플에서 estrogenicity의 더 높은 속도 설명할 수 있다. 가능성을 증가 하는 샘플 EEQs 검색 됩니다, 사용자 수 다른 추출 용 매 및 방법 또는 높은 볼륨 샘플의 누 룩을 추가. 높은 샘플 볼륨을 사용 하는 경우는 같은 양의 표준 및 샘플 분석 결과에 사용할 수 있습니다 표준 E2의 농도 조정 되어야 한다. 더 많은 샘플을 추가 한 한계 효 모 30 대 35 ° C20의 외피 온도에 더 나은 공차와만 6-10%의 에탄올을 참을 수입니다. 효 모에 에타 놀의 효과 제어 하려면 조사 triplicate “효 모 만” 웰 스 플레이트 레이아웃을 고이 “효 모 만” 웰 스의 OD610 즉시 비교 차량 제어 우물의 OD610 은 확인 후에 LacZ 버퍼의 추가. 또는, 에탄올에 용 해 하는 샘플 건조 microwell 접시와 효 모 추가 되기 전에 떨어져 증발 하는 에탄올에 추가할 수 있습니다. Dimethylsulfoxide (DMSO)는 또한 사용 예에 예제 용 매 분석 실험, 하지만 효 모와 DMSO의 최종 작업 농도 112에 국한 되어야 합니다.
예 시험 환경 샘플에서 estrogenicity을 탐지 하기 위한 강력한 검사 도구입니다. 특히, 예 진 식14를 에스트로겐 응답 요소와 상호 작용 하는 핵 스 트로 겐 수용 체를 바인딩하는 ligands를 감지 합니다. 그러나, 예는 또한 중요 한 제한이 있습니다. 예에 스 막 에스트로겐 수용 체 등 비 핵 메커니즘 또는 활성 제 단백질 1 (AP-1) 녹음 방송 요인에와 같은 추가 요소를 포함 하는 메커니즘을 통해 작동 하는 검색 하지 않습니다. 또한, 효 모 하지 않아도 동일한 대사 용량 포유류 세포로, 때문에 예 estrogenic 되도록 신진 대사 활성화를 필요로 하는 ligands를 검색할 수 없습니다.
또한, 예 분석 결과 구별할 수 없습니다 쉽게 복잡 한 샘플에서 estrogenic 및 안티 estrogenic ligands. 대신, net estrogenicity estrogenic 안티 estrogenic ligands의 합계 효과 측정 합니다. ER 길 항 근의 농도 정량 또는 혼합물의 금지 활동을 평가, 분석 결과 표준 길 항 제 (17β-estradiol)와 다양 한 테스트 샘플 농도12효 모 배양 하 여 수정할 수 있습니다. 이 프로세스 샘플에 길 항 근 주 작동 근 유도 기자 활동을 점감 할 수 있다 하는 경우를 결정 하 고 샘플에서 응급실 길 항 근의 존재를 식별 하는 데 유용한 화면을 제공 합니다.
일부 샘플 추출 및 샘플 준비 단계를 수정 해야 할 수도 있습니다 있지만 여기에 제시 된 프로토콜 샘플 형식의 다양 한을 수용할 수 있습니다. 예를 들어 EEQs 중 널리 다양 한 몇 가지 개인 케어 제품의 복제. 더 가변 샘플 기름 작은 물방울을 포함 하는 경향이 나 그렇지 않으면 하지 완전히 균질, 나타내는 diethyl 에테르 같은 더 질 성 용 매 도움이 될 것 이다. 또는 오일과 왁 스 퍼스널 케어 제품에 샘플 100% 에탄올 대신 50% 에탄올으로 추출 하 여 제외 될 수 있습니다.50% 에탄올 추출 더 많은 수용 estrogenic ligands (예를 들어, 일부 안료) 캡처할 것입니다. 그러나, 50% 에탄올 100% 에탄올 보다 더 느리게 증발 하 고 따라서 추출 시간을 확장할 수 있습니다. 또한, (비누) 등 일부 샘플 했다 감소 셀 밀도 측정 (OD610)에서 발생 하는 효 모 세포 독성. 여우 외. (2008) 같은 샘플 희석 하 고 셀 밀도 차이 차량 제어 웰 스12에 비해 30%를 초과 하는 경우 다시 테스트 해야 좋습니다.
예 시험 분석 연구 목적으로 사용 하는 경우 샘플 풀의 희석 곡선 선제 추출 단계 4.5에서에서 누 룩을 추가할 수의 적절 한 볼륨을 결정 하기 위해 테스트할 수 있습니다. 또는, 추출 물 시험 될 수 있다 동시에 여러 볼륨 (예:5 µ L, 20 µ L 추출 단계 4.5에서에서 효 모에 추가) 또는 주문 크기 (예를 들어, 0.2 µ L, 2 µ L, 및 20 µ L)에 걸쳐 있는 희석. “적절 한” 볼륨 추출의 표준 곡선의 선형 부분을 따라 LacZ 값을 일치 하 여 estrogenicity를 식별 하는 있습니다. 최적화는 효 모 세포 독성, false 네거티브, 또는 표준 곡선을 초과 하는 estrogenicity 등을 너무 많이 또는 너무 작은 샘플을 추가 하 여 발생 하는 문제를 방지할 수 있습니다. 위에서 설명 했 듯이, ligand의 다른 양의 효 모는 접시에 걸쳐 일관 된 볼륨 및 농도의 에탄올 또는 다른 차량에 노출 되도록 사용 하는 경우 샘플 및 E2 표준의 볼륨을 조정 합니다.
False 네거티브를 위한 잠재력에도 불구 하 고 예 분석 결과 확인 되었습니다 계층 3 테스트 도구로 내 분 비 분리기에 대 한 Schug 그 외 여러분 에 의해 (2013), 누가 내 분 비 장애 (TiPED)21에 대 한 포괄적인 계층 프로토콜을 개발. 학부 교육에 대 한 분석 결과 내 분 비 장애, 세포 배양, 수용 체 바인딩, 효소 활동, 유전 공학, 통계, 그리고 실험 설계에 관련 된 개념을 교육에 대 한 유용 합니다. 분석 결과 사용 하 여 학생 또한 직렬 표준; diluting 등 근본적이 고 광범위 하 게 적용 가능한 실험실 연습 추출 샘플; 만드는 솔루션; 구성 하 고 표준 곡선; 보간 계산 농도; 만드는 솔루션; 시연 메 마른 기술; 배양 세포; 식별 하는 변수 및 컨트롤; 수집, 조직, 및 데이터 분석 구성 하 고 해석 그래프; 그리고 micropipettors, 광 등 일반적인 실험실 장비를 사용 하 여.
The authors have nothing to disclose.
이 프로젝트는 시작 자금 TME 및 AMR 루이지애나 기술 대학, Furman 대학에서 각각에 의해 투자 되었다. AMR 및 국립 과학 재단 그리고 루이지애나 Regents 보드에서 TME 여행 수상에서 TME 루이지애나 EPSCoR Pfund 그랜트, 남쪽의에 관련 된 대학에서 TME 2015 교수 발전 보조금에 의해 제공 된 추가적인 자금에 남쪽의 대학입니다. 우리 감사 박사 데이비드 Eubanks (Furman) 통계 분석 및 씨 크리스토퍼 무어에 대 한 “우리에 게 주는 손을” 촬영 하는 동안.
Equipment | |||
Vortex Mixer (for single or multiple tubes) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-215-365 | Any mixer will suffice. |
Bucket centrifuge | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 75-063-839 | Any bucket centrifuge will suffice if it is capable of centrifuging conical tubes at 4000 rpm. |
Bunsen burner | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 17-012-823 | Any Bunsen burner will suffice, or an alcohol burner (Fisher Scientific 04-245-1) can be used instead. |
Incubator | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 50125590H | Any incubator will suffice if it is capable of maintaining 30 °C. |
Microplate reader | BioTek (www.biotek.com) | EPOCH2 | A different brand of plate reader will suffice if it can measure absorbance at wavelengths of 405, 574, and 610 nm. |
Gen5 microplate reader and imager software | BioTek (www.biotek.com) | GEN5 | Software required depends on make and model of plate reader; GEN5 software is intended for use with BioTek plate reader. |
Refrigerator | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 05LREEFSA | Any refrigerator will suffice if it is capable of maintaining 4 °C. |
Pipettor or PipetAid compatible with 1-10 ml serological pipets | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-681-15E | Any pipettors will suffice if they are compatible with 1- and 10-ml serological pipets. |
P10 micropipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F144562G | Any micropipettor will suffice if it is capable of dispensing 5 µl. |
P200 micropipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F144565G | Any micropipettor will suffice if it is capable of dispensing up to 200 µl. |
P300 multichannel pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FBE1200300 | Any multichannel pipettor will suffice if it is capable of dispensing 50 to 205 µl. |
Repeating pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F164001G | Must be able to deliver 100-320 µl; this pipettor is optional because a multichannel pipettor can be used instead. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Supplies | |||
Sterile 15-ml conical tubes with caps | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 05-539-801 | |
Glass scintillation vials | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 03-337-4 | |
Polystyrene 96-well, flat-bottom microplates with lid (non-sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 12565501 | |
Polypropylene 96-well, flat-bottom microplates without lid | Cole-Parmer (www.coleparmer.com) | EW-01728-81 | |
100 ml glass beakers | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-539H | Any glass beakers will suffice if they are autoclavable. |
250 ml glass Erlenmeyer flasks | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FB500250 | Any glass Erlenmeyer flasks will suffice if they are autoclavable. |
Sterile, adhesive, porous film | VWR (www.vwr.com) | 60941-086 | |
Metal forceps | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 12-000-157 | Any metal forceps will suffice. |
Reagent reservoir | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 07-200-127 | |
Filtration units (0.2 µm) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 09-761-52 | |
Squirt bottle (for ethanol) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-897-10 | Any laboratory squirt bottles will suffice. |
Autoclavable storage bottles | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 06-414-1D | Any autoclavable glass storage bottles will suffice. |
10 ml glass serological pipets (sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-678-27F | Any glass serological pipets will suffice. |
1 ml glass serological pipets (sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-678-27C | Any glass serological pipets will suffice. |
P10 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-3810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
P200 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-8810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
P300 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-9810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
Syringe tips for repeating pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F164150G | Only required if a repeating pipettor is used. |
Sterile petri dishes | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FB0875712 | Any sterile petri dishes will suffice. |
Parafilm | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | S37440 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Yeast | |||
Saccharomyces cerevisiae strains that lack the TRP1 gene product (e.g. W303a) | American Type Culture Company (ATCC) (www.ATCC.org) | MYA-151 | Recombinant yeast are also available upon request from the authors. |
Receptor/reporter plasmid for ERα | Addgene (www.addgene.org) | pRR-ERalpha-5Z (Plasmid #23061) | |
Receptor/reporter plasmid for ERβ | Addgene (www.addgene.org) | pRR-ERbeta-5Z (Plasmid #23062) | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Chemicals | |||
Difco agar | BD (www.bd.com) | 214530 | |
Dithiothreitol | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | D0632 | CAUTION: Dithiothreitol is an acute skin and eye irritant. Use appropriate personal protection equipment (gloves, fume hood, dust mask) to avoid skin and eye contact, inhalation and ingestion. |
Ortho-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | N1127 | |
Chlorophenol red-β-D-galactopyranoside | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | 10884308001 | |
Yeast nitrogen base | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | Y0626 | |
Glucose | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | G8270 | |
Galactose | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | G5388 | |
Adenine sulfate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | A9126 | |
Uracil | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | U0750 | |
Leucine | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | L8000 | |
Histidine | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | H8000 | |
17 β-Estradiol | Sigma (www.sigmaaldrich.com) MP Biomedicals | E8875-250 mg 0219456401 – 1 mg | CAUTION: Estradiol is a suspected carcinogen and reproductive toxicant. It is harmful if inhaled, swallowed, or absorbed through skin. Estradiol may cause harm to breast-fed children and fetuses. Estradiol is very toxic to aquatic life. Use appropriate personal protection (gloves, fume hood, dust mask) and avoid exposure during pregnancy and lactation. Estradiol should be disposed of as hazardous waste and not released to the environment. |
100% ethanol | Pharmco-Aaper (www.pharmcoaaper.com) | 111000200 | |
Sodium phosphate monobasic monohydrate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S9638 | |
Sodium phosphate dibasic (anhydrous) | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S0876 | |
Magnesium chloride | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | M8266 | |
Potassium chloride | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | P9333 | |
Sarkosyl (N-lauroylsarcosine sodium salt) | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | L5125 | |
Sodium carbonate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S7795 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Software | |||
Excel spreadsheet software | Microsoft | Excel is convenient spreadsheet software for managing data outputs and generating .csv files for R analysis. | |
Java software (required for Appendix 1 application) | Oracle Corporation | To calculate LacZ values using the application in Appendix 1, first download free Java software (https://www.java.com/en/download/), then open the LacZ application in Appendix 1. LacZ results created by the application can be copied by pressing "control (ctrl) + c" on PC keyboards, or "command + c" on Mac keyboards. | |
JMP statistical software version 13.0.0 | SAS Institute | Appendix 2 includes directions on using JMP to fit LacZ data to a four-parameter logistic regression curve. The curve is used to interpolate test sample estradiol equivalents (EEQs), relative to the estradiol standard curve. | |
R statistical computing and graphics software | R Foundation | Free R software can be downloaded from https://www.r-project.org/. Directions and code for using R to fit LacZ data to a four-parameter logistic regression curve are given in Appendix 2. |