Makrofager er kritiske aktører i det medfødte immunforsvaret mot infeksiøs utfordring eller skade, initiere det medfødte immunforsvaret og dirigerte ervervet immunrespons. Macrophage dysfunksjon kan føre til en manglende evne til å montere en hensiktsmessig immunrespons, og som sådan, har vært innblandet i mange sykdomsprosesser, inkludert inflammatoriske tarmsykdommer. Makrofager vise polariserte fenotyper som er grovt delt inn i to kategorier. Klassisk aktiverte makrofager, aktiveres ved stimulering med IFNγ eller LPS, spille en avgjørende rolle i respons til bakteriell utfordring mens alternativt aktiverte makrofager, aktiveres av IL-4 eller IL-13, delta i rusk scavenging og vev ombygging og har vært innblandet i oppløsning fasen av betennelse. Under en inflammatorisk respons in vivo, er makrofager funnet midt i en kompleks blanding av infiltrere immunceller og kan delta ved å forverre eller resolving betennelse. Å definere rollen makrofager in situ i en hel dyr modell, er det nødvendig å undersøke effekten av tappe makrofager fra komplekset miljøet. Å stille spørsmål om hvilken rolle macrophage fenotype in situ, kan fenotypisk definerte polariserte makrofager utledes ex vivo, fra benmargen aspirates og lagt tilbake til mus, med eller uten forutgående uttømming av makrofager. I protokollen som presenteres her klodronat-holdige liposomer, versus PBS injisert kontroller, ble brukt til å utarme colonic makrofager under dekstran natriumsulfat (DSS)-indusert kolitt i mus. I tillegg ble polarisert makrofager avledet ex vivo og overføres til mus ved intravenøs injeksjon. En påminnelse til denne tilnærmingen er at klodronat-holdige liposomer utarme alle profesjonelle fagocytter, inkludert både dendrittiske celler og makrofager, så for å sikre virkningen observert ved trykkavlastning er makrofag-spesifikk, rekonstituering of fenotype ved adoptiv overføring av makrofager er nødvendig. Systemisk macrophage uttømming i mus kan også oppnås ved tilbakekryssing mus på en CD11b-DTR bakgrunn, som er en utmerket komplementær tilnærming. Fordelen med klodronat-holdig liposome-mediert reduksjon er at den ikke krever tid og kostnader involvert i tilbakekryssing mus og den kan brukes i mus uavhengig av bakgrunn av mus (C57BL / 6, BALB / c, eller blandet bakgrunn ).