Os domínios das proteínas são unidades pequenas estruturalmente independentes que fazem parte de uma única cadeia de aminoácidos. Embora estes domínios sejam frequentemente estruturalmente independentes, eles podem depender de efeitos sinérgicos para realizar as suas funções como parte de uma proteína maior. Os domínios das proteínas podem ser conservados dentro do mesmo organismo, assim como através de organismos diferentes.
Um conjunto limitado de domínios de proteínas muitas vezes duplicam e recombinam durante a evolução. Esses domínios podem ser organizados em diferentes combinações para formar moléculas funcionalmente distintas em um processo conhecido como shuffling de domínios. A estrutura proteica terciária de proteínas relacionadas evolutivamente é muitas vezes mais semelhante do que a sequência primária de aminoácidos; portanto, analisar a estrutura tridimensional de um domínio proteico, além da sua sequência, é essencial para estudar a conservação de domínios proteicos.
A família de proteínas Argonaute tem três domínios essenciais e conservados – PAZ, MID, e PIWI. Estas proteínas têm módulos de ligação altamente especializados que se associam a pequenos componentes de RNA, incluindo microRNAs, RNAs de interferência curtos, e RNAs de interação com Piwi, para participar na regulação de silenciamento de genes. Estes pequenos RNAs silenciam a função de genes apenas quando se associam às proteínas Argonaute. A característica do domínio PAZ é o bolso de ligação para a extremidade saliente de 3’ dos pequenos RNAs. O domínio PIWI, um domínio que apresenta atividade de slicer, é estruturalmente semelhante à RNase H bacteriana, uma proteína responsável pela hidrolisação de RNA em um complexo RNA-DNA. O domínio MID está presente entre os domínios PAZ e PIWI e tem uma bolsa de ligação para o fosfato de 5′ do pequeno RNA. Um dos motivos conservados nestes domínios é o motivo ácido aspártico-ácido aspártico-histidina (DDH) que participa na sua função catalítica.
As proteínas Argonaute são conservadas através de organismos e têm várias famílias em diferentes organismos, variando de cinco em Drosophila, oito em humanos, dez em Arabidopsis e vinte e sete em C. elegans.
