虽然孟德尔的隔离法指出一个基因的两个等位基因被分成不同的配子，但不同基因如何被遗传的不同问题依然存在。例如，高大植物基因是遗传于绿色豌豆基因吗？孟德尔通过试验一个混合十字架来问这个问题。他又提出了一个交叉，其中两个亲本对于两个不同的性状是纯合的，导致F 1 代，这两个性状是杂合的。
让我们考虑两种纯合子植物，一种是圆的黄豌豆(基因型 YYRR ) ，另一种是皱的绿豌豆 ( yyrr )。在 F1代中，他发现所有的植物都表现出两个显性性状 (黄色和圆形; YyRr )。然而，在F2代中，植物具有以可预测比率出现的性状组合：每16株植物中，9株为黄色和圆形，3株为黄色和褶皱，3株为绿色和圆形，以及1株是绿色和皱纹。根据这一结果，孟德尔提出，在配子中包含绿色等位基因对配子是否接受圆形或褶皱等位基因没有影响：每个组合的可能性都一样。孟德尔的独立分类定律指出，基因在分类配子时不会相互影响。
科学家现在知道，独立的分类是因为染色体在减数分裂I期沿着中期板随机配对。因此，不同染色体上的基因将独立排序。这也意味着同一染色体上的两个基因违反了独立分类的规律，特别是当它们彼此非常接近时，因为它们几乎总是一起遗传的。这种现象被描述为染色体水平上的“连锁”。在双杂交组合的F2代中，连锁基因不显示9:3:3:1的比例。
